玉米叶片表皮蜡质相关性状的全基因组关联分析

为发掘玉米叶片表皮蜡质合成与调控相关基因,以218份由温带、亚热带和热带自交系组成的关联群体为材料,在原阳对其3个生物学重复叶片表皮挂水能力进行调查,利用1.25 M覆盖玉米全基因组的SNPs进行Q、K和Q+K这3种模型下的全基因组关联分析。结果表明,Q模型较K模型和Q+K模型能更好地评价叶片表皮的挂水能力。Q模型下,共检测到88个覆盖玉米9条染色体的显著SNPs（P ≤ 2.04E-6）,88个SNPs分布于47个QTLs内,单个QTL可解释13.6%~45.6%的叶片挂水能力表型变异,47个QTL内共有97个候选基因,其中,77个具有功能注释。位于第2染色体上的转录因子NAC77（GRMZM2G018436）和第3条染色体上的亚油酸酯氧合酶（GRMZM2G156861）编码基因,是叶片表皮蜡质性状的重要候选基因。     

不同程度重金属污染对稻田土壤真菌群落结构的影响

为了研究土壤真菌群落结构在不同程度重金属污染中的变化,本文用Illumina Hi Seq高通量测序技术分析了苏南地区某金属冶炼厂和加工产业区的重金属污染水稻土的真菌群落结构,发现不同程度重金属污染对水稻季土壤真菌丰度和群落结构均有显著影响。经过真菌主成分分析发现,PC1影响因素对样品处理差异的贡献率是35.96%,PC2影响因素对样品处理差异的贡献率是21.48%;通过真菌冗余度分析发现,重金属Pb和Cu污染对土壤真菌群落结构的影响显著;通过对真菌属水平的相对丰度分析表明,重金属污染会显著降低敏感真菌的丰度,如被孢霉属相对丰度最高降低了87.50%、木霉属最高降低了99.46%、离壳菌属和菇属最高降低了100.00%,同时耐性真菌的相对丰度会提高,如类球囊霉属的相对丰度最高增加了98倍、四枝孢霉属最高增加了56倍、根囊壶菌属最高增加了2.62倍。综上所述,不同程度重金属污染对稻田土壤真菌群落结构有显著影响,且随着污染程度的增加,抗逆真菌相对数量和种类显著增加,敏感真菌的相对数量急剧减少,真菌群落结构随着重金属污染程度增加进一步分化。     

一个八倍体小偃麦染色体组成的分子细胞学分析及品质特性鉴定

八倍体小偃麦是普通小麦遗传改良的重要种质材料,为进一步发掘和利用其优良基因,对从匈牙利科学院农业研究所引进的八倍体小偃麦BE-1的染色体组成和高分子量麦谷蛋白亚基（HMW-GS）进行了分析鉴定。细胞学观察结果表明,其体细胞染色体数目为2n=56,花粉母细胞减数分裂中期Ⅰ（PMC MI）粢色体构型2n=28Ⅱ的细胞占65．8％;分别用长穗偃麦草（Thinopyrum elongatum,D．R Dewey,2n=14,EE）、百萨薄冰草（Thinopyrum bessarabicum,A．Love,2n=14,JJ）、假鹅观草（Pseudoroegneria strigosa,A．Love,2n=14,StSt）的总基因组DNA作撂针进行原位杂交,结果发现仅在假鹅观草总基因组DNA作探针时。能够检测到BE-1 14蒂染色体明显的杂交信号,进而认为它们来源于St基因组相近的鹅观草属的物种;对八倍体小偃麦BE-1麦咎蛋白进行SDS-PAGE分析,结果表明其HMW—GS组成为1,6＋8,5＋10。红外谷物品质分析仪测试结果表明,它的蛋白质、湿面筋含量度沉淀值均超过当前优质小麦品种,可做为普通小麦品质改良的重要基因源。     

贝母属植物叶绿体基因组候选SNP位点应用分析

贝母属植物是中国中药材的宝库,由于形态上难以区分,在民间应用、临床应用和中药市场中还存在混淆应用、以次充好的现象,急需开发基于新型分子标记位点的精准检测方法。本研究应用多重序列比对、SNP筛选等生物信息学分析手段,对贝母属15种植物28条叶绿体基因组序列进行分析。结果发现,贝母属叶绿体基因组DNA同源性达97.22%,通过分析共发现SNP位点5879个,其中川贝母类鉴别候选位点71个,川贝母鉴别候选位点4个,瓦布贝母鉴别候选位点37个,太白贝母鉴别候选位点147个,浙贝母鉴别候选位点91个,湖北贝母鉴别候选位点271个,平贝母鉴别候选位点1393个,伊贝母鉴别候选位点89个。本研究还对SNP位点在精准鉴定、精确定量应用方面进行了讨论,可为川贝母中药资源鉴定提供技术支撑。     

禽腺联病毒的分离及其基因组鉴定

为了获得用于重组载体构建的禽腺联病毒(AAAV),用无菌处理后的鸡粪便样品与鸡胚致死孤儿病毒同时接种SPF鸡胚,根据已发表的AAAV基因序列设计引物,用PCR对致死鸡胚的尿囊液进行检测,结果从1份样品接种的鸡胚尿囊液中扩增到预期大小的AAAV Rep和Cap基因片段;对纯化后的PCR产物进行序列测定,将所获序列与已发表的AAAV Rep和Cap基因进行比较,其核苷酸序列同源性分别为97．1％和94．6％;将PCR检测阳性的尿囊液进行鸡胚传代,用PCR对不同时间死亡鸡胚的尿囊液进行再次检测,结果均扩增到预期大小的基因片段;提取病毒核酸,电泳观察到约4．7kb的AAAV基因组。说明已成功地从鸡粪便样品中分离到1株AAAV,为重组AAAV载体的构建打下了基础。     

高通量测序技术对猕猴桃叶斑病微生物多样性研究

以叶斑病猕猴桃叶片为试材,采用高通量测序方法,研究了猕猴桃叶斑病患病叶片中微生物群落结构,以期获得猕猴桃叶斑病的致病原因为针对性防治提供参考依据。结果表明:患病叶片中共检测到18 473个高质量细菌序列,包括14个细菌门、77个细菌属;以及43 229个高质量真菌序列,包括3个真菌门、145个真菌属。获得患病叶片的优势细菌假单胞菌属(Pseudomonas)及优势真菌种(Cercospora agavicola)。     

我国高致病性猪蓝耳病病毒的演化分析

自2006年以来,我国大面积暴发高致病性猪蓝耳病,但目前对其病原HP-PRRSV的起源还不得而知.本试验通过对多株HP-PRRSV进行全长基因组分析,发现HP-PRRSV中存在4处缺失,而且这4处缺失是逐步形成的,在中间过渡类型的毒株中存在着缺失1处、2处、3处的毒株.此外,中间过渡类型毒株中的一些氨基酸基序也是逐步变化的.本试验初步阐明了我国HP-PRRSV的起源是CH-1a-1ike PRRSV,在中间过渡的毒株中能够发现逐步演变的轨迹.     

4种滑叶铁线莲基因组DNA提取方法比较(英文)

[目的]对4种滑叶铁线莲基因组DNA提取方法进行比较研究,建立滑叶铁线莲最适的DNA提取方法。[方法]以滑叶铁线莲叶片为材料,比较改良CTAB法Ⅰ、改良CTAB法Ⅱ、改良CTAB法Ⅲ、改良SDS法这4种基因组DNA提取法在提取的DNA纯度、浓度和提取时间等方面的不同。[结果]4种方法都可提取滑叶铁线莲基因组DNA。改良CTAB法Ⅰ提取DNA纯度最高,但浓度最低且提取时间最长;改良SDS法提取DNA浓度最高,所需时间较短,但纯度较低;改良CTAB法Ⅲ提取所需时间最短。[结论]建立了铁线莲最适DNA提取方法,为运用分子生物学手段对其研究提供支持。     

石榴采后腐烂病病原菌的分子鉴定

按照柯赫氏法则对石榴采后腐烂病病原菌进行了分离, 应用PCR技术对分离菌rDNA的内转录间隔区( ITS区) 基因克隆后测序, 并将所测序列提交到欧洲分子生物学实验室核酸数据库( EuropeanMolecular Biology Laboratory Genbank) , 通过Blast程序将该序列与数据库已有的序列进行分析比较, 发现与葡萄座腔菌(Botryosphaeria dothidea) 的同源性达到了99%以上, 因此认为石榴腐烂的病原菌是葡萄座腔菌。该菌引起的石榴腐烂病害特征与以往报道的石榴干腐病相似。对葡萄座腔菌的部分生物学特性和侵染循环规律进行了描述。     

饲喂粪肠球菌对断奶仔猪粪便与猪舍气溶胶中细菌群落结构的影响

为了研究日粮添加粪肠球菌对猪粪便和猪舍空气中细菌群落结构特征的影响,选取254头断奶仔猪,随机分成2组,其中对照组饲喂基础日粮,试验组在基础日粮中添加粪肠球菌。饲喂38 d后,采集粪便和猪舍空气样品,采用Illumina高通量测序技术分析粪便和猪舍空气的细菌群落结构特征。结果表明:试验组与对照组猪粪便及猪舍空气中细菌多样性无显著性差异(P0.05);厚壁菌门(Firmicutes)在所有粪便和空气样品中相对丰度最高,介于65.45%～81.10%之间,但试验组和对照组中厚壁菌门相对丰度没有显著性差异(P0.05);试验组猪粪便和猪舍空气中蓝细菌门(Cyanobacteria)相对丰度显著高于对照组(P0.05),变形菌门(Proteobacteria)相对丰度显著低于对照组(P0.05)。饲喂粪肠球菌可使粪便和猪舍空气中条件致病菌不动杆菌属(Acinetobacter)和埃希氏菌属-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)相对丰度显著降低(P0.05),对于养殖对象和饲养工人健康以及周边生态环境都具有有益作用。