烟草青枯病病株根际土壤可培养细菌多样性特征分析

【目的】解析保山植烟土壤罹患烟草青枯病病株根际土壤可培养细菌种群多样性特征,揭示烟草青枯病害发生与根际可培养微生物种群间的关系,为利用微生物功能多样性防控烟草青枯病提供理论支撑。【方法】采集隆阳区和施甸县10个乡(镇)、30个村的30份患病烟株根际土壤样品和30份健康烟株根际土壤样品,利用稀释涂布平板法获得可培养细菌种群,基于Illumina MiSeq高通量测序结果,分析健康烟株和患病烟株根际土壤可培养细菌种群结构组成和多样性的差异。【结果】健康烟株和患病烟株根际土壤可培养细菌的OTU数量和α多样性指数间差异不显著。与健康烟株相比,在门分类水平上,患病烟株根际Proteobacteria和Bacteroidetes的相对丰度提高,Firmicutes和Actinobacteria的相对丰度降低;在纲分类水平上,γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)和拟杆菌纲(Bacteroidia)的相对丰度提高;杆菌纲(Bacilli)和放线菌纲(Actinobacteria)的相对丰度降低;在属分类水平上,假单胞菌属(Pseudomonas)、无色杆菌属(Achromobacte...     

芜菁叶绿体基因组结构与进化关系分析

本试验以白色芜菁W 21为材料,对其叶绿体基因组进行测序和组装,发现芜菁叶绿体基因组呈153 621 bp的环状双链,共检测到132个基因,CG含量分析显示GC占总碱基数的36.3%,重复结构分析显示共有13种类型的841个重复序列,与6个十字花科蔬菜叶绿体基因组做进化分析比较,显示芜菁叶绿体基因组和白菜亲缘关系更近,芜菁和白菜的叶绿体基因组特征比较进一步发现,ycf1和ndhF基因在叶绿体基因组中比较容易突变。     

珍稀濒危植物金丝李种子休眠解除的转录组分析

[目的]探讨珍稀濒危植物金丝李种子休眠解除的分子机理,挖掘其休眠解除相关的候选基因,以期为金丝李的育种、保护和利用提供有益参考.[方法]以新鲜成熟种子(OS)、播种60 d未萌发的种子(UG)及播种60 d已萌发的种子(GS)的胚和胚乳为材料进行转录组测序.[结果](1)从3组样本中得到120 040个unigenes...     

从水稻单粒糙米中快速制备基因组DNA的方法

本方法用粳稻和籼稻单粒糙米作材料制备基因组DNA,在制备过程中,加入2%CTAB破裂液直接磨碎,无需加入液氮研磨,获得浓度接近40 ng/μL,可直接用于PCR扩增的基因组DNA.与从嫩叶中提取的DNA相比,其质量无明显的差异.     

龙眼DRB家族全基因组鉴定及其表达分析

为了解龙眼中双链RNA结合蛋白家族(DRB)的潜在功能,采用生物信息学方法鉴定龙眼DRB基因家族成员,并分析其在龙眼体胚发生早期、不同组织部位和外源脱落酸、水杨酸、茉莉酸甲酯处理下的表达模式.结果 显示:龙眼DRB家族的8个成员分布在5个亚组中,并且都具有2～3个双链RNA结合结构域,内含子数1～7;龙眼DRB家族含有...     

结合PCA和GWAS解析甘蓝型油菜株型相关性状的遗传调控位点

作物株型改良是提高收获指数和产量的重要途径,为了解其复杂的遗传调控机制,以373份甘蓝型油菜组成的自然群体为基础,对4个株型相关性状(株高、第一分枝高度、有效分枝数和主花序长度)进行多环境下表型鉴定,组合利用全基因组关联分析(GWAS)和主成分分析(PCA)方法对株型的遗传调控进行解析.研究表明,PCA可以合理地解释株...     

不同树龄沙田柚果园土壤肥力、叶片养分和土壤细菌群落的特征

通过分析不同树龄沙田柚果园土壤肥力和果树叶片营养成分的变化,以期为沙田柚果园精准施肥管理提供理论依据.选择广西壮族自治区玉林市容县12个不同树龄的沙田柚果园,对沙田柚果园土壤肥力指标及果树叶片营养成分含量进行测定,利用高通量测序技术对土壤细菌群落进行测序.结果表明,12个沙田柚果园土壤呈酸性,pH值、有机质含量、土壤全...     

大凌河流域典型水生植物微生物群落吸附特征试验分析

本文采用高通测序方法对大凌河流域五刺金鱼藻、格菱、狐尾藻、水蓼及芦苇5种水生植物不同季节的微生物群落进行试验分析,分析表明:藻类密度在沉水植物表层要高于浮叶植物表层,微生物群落在浮叶植物根部的结构与其表面存在明显差异.各水生植物的优势生物群落依次为变形菌、梭菌、柔膜菌、鞭脂杆菌、杆菌、疣微菌门,且各微生物群落在季节丰度...     

牡丹根腐病病株和健株根内微生物菌群的差异

为有效防控牡丹根腐病,采用Illumina MiSeq测序技术对牡丹健康及患病植株根部样本中细菌16S rRNA基因V5—V7可变区、真菌ITS基因进行高通量测序分析,以明确牡丹根腐病发病植株和健株根部组织中细菌、真菌菌群结构差异,解析牡丹根腐病的发生机制。结果表明,与健株相比,患病植株中细菌和真菌群落丰富度均降低;真菌种群多样性显著降低,但细菌种群多样性差异不大。细菌优势菌的相对丰度在门、属水平上发生了变化,与健株相比,患病植株中变形菌门（Proteobacteria）相对丰度明显增加,增加了34.03个百分点,厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度明显降低,降低了65.00个百分点;在属水平上,链霉菌属（Streptomyces）和固醇杆菌属（Steroidobacter）细菌相对丰度增加,分别增加了3.56、0.38个百分点,而假诺卡氏菌属（Pseudonocardia）细菌相对丰度明显降低,其降低幅度为13.42个百分点。真菌优势菌的相对丰度在在门、属水平上也发生了显著变化,与健株相比,患病植株中担子菌门（Basidiomycota）相对丰度明显增加,增加了9.21个百分点,...     

复垦土壤细菌群落结构及其与土壤肥力的关系

为了解两淮煤矿区复垦状况及其对土壤微生物的影响机制,合理人工干预,快速有效提高复垦土壤生产力,本研究以煤矸石充填复垦土壤为研究对象,通过野外调查与采样分析,采用Illumina MiSeq 高通量测序分析土壤细菌特定基因片段V4 区域,基于非度量多维尺度分析、冗余分析、方差分析、肥力指数、回归模型方法,对矸石充填土壤不同复垦方向的土壤细菌优势群落和生物多样性进行了探索,明晰土壤细菌群落及其与土壤肥力的响应作用。研究结果表明：细菌群落组成上,不同复垦方向对细菌优势群落分布并无显著性影响,变形菌门、酸杆菌门和放线菌门菌群为主要优势菌群。土壤微生物多样性层面上,表层土壤微生物有较高的丰富度和多样性,均匀度并无显著性差异。微生物多样性在不同复垦方向不存在显著性差异,Shannon_Wiener指数介于5.23～6.91之间,Chao1指数为867.1～5436,Pielou指数介于0.79～0.84之间,表中层同深层土壤的细菌群落结构具有差异性。TN、SOM、AP和AK是影响土壤细菌群落的主要肥力因子,土壤肥力质量指数与奇古菌门相对丰度呈显著正相关（P＜0.01）,同链霉菌属呈显著负相关（P＜0.05）,在一定程度上可将二者的相对丰度作为评价复垦土壤肥力状况的重要生物指标。研究成果可为两淮矿区矸石充填复垦土壤在微生物层面提高肥力质量提供理论支持。