基因型鹅副粘病毒NA-1株全基因组的克隆及特性分析

将本实验室分离保存的NA-1株鹅副粘病毒(GPMV)经SPF鸡胚增殖,收集鸡胚尿囊液进行病毒纯化,提取病毒基因组RNA。参考GenBank已收录的GPMVZJ1株基因组序列,设计了8对特异性引物,RT-PCR法分别特异性的扩增出病毒各基因片段,并将各目的基因片段回收纯化,克隆PGEM-T载体,转化大肠杆菌DH5α,小提质粒选取阳性克隆酶切鉴定并进行序列测定,对测定结果进行拼接得到全长cDNA序列(GenBank登录号:DQ659677)。NA-1株核苷酸比新城疫病毒(NDV)核苷酸多6个碱基,位于1644~1645nt之间,符合NDV核苷酸“六碱基原则”。序列分析结果表明,GPMVNA-1株与各地代表株核苷酸同源性81.2%~91.3%。同时根据各毒株F基因开放阅读框前389个核苷酸序列绘制出系统发育进化树,结果表明GPMNNA-1株与SF02和QY97病毒株同属于基因型,不同于基因IX型NDV的国家标准株F48E9和基因型的LaSota传统弱毒株。     

基于选择信号分析揭示猪终端父本群体间性状趋同的关键基因

【目的】试验旨在揭示终端父本皮特兰猪与杜洛克猪在人工选择作用下重要经济性状呈现出表型趋同的基因组变化特征。【方法】利用376头皮特兰猪、451头杜洛克猪品系Ⅰ、841头杜洛克猪品系Ⅱ和497头杜洛克猪品系Ⅲ群体的50K SNP芯片数据,以100 kb窗口、50 kb步长计算综合单倍型评分(iHS)和等位基因频率差(△AF),分别取前5%作为猪群体内、群体间的基因组选择信号候选区域;利用bedtools分别对iHS、△AF按照左右200 kb进行合并,每2个群体间合并后的iHS、△AF统计量的重叠区域定义为性状趋同区域,并挖掘该区域与猪重要经济性状相关的平行选择信号。【结果】iHS结果显示,在皮特兰猪和杜洛克猪4个群体内共检测到5 112个选择信号候选区域,总长约487.51 Mb。基于△AF方法,于皮特兰猪和杜洛克猪每2个群体间共检测到9 579个选择信号显著区域,总长约913.50 Mb。基于合并后的iHS和△AF,共检测到52个性状趋同区域,总长约4.67 Mb,注释到88个与猪的繁殖、胴体和肉质等性状相关的平行选择候选基因。【结论】皮特兰猪和杜洛克猪群体间存在性状趋同的基因组选择区域有52个,平行选择信号主要涉及猪的繁殖、胴体及肉质等重要经济性状,这与瘦肉型猪种相同的育种方向相关,这些关键基因的发现可为后续商业猪品种遗传改良提供参考。     

基于高通量测序技术挖掘分子遗传标记及其在蛋鸡生产中的精准应用

高通量测序技术是研究物种复杂生物性状遗传机制的基础,随着高通量测序技术的不断优化提升,一些与生物表型性状密切相关的基因组变异被精准地挖掘出来,其中包括单核苷酸多态位点(SNP)、小片段的插入或缺失(Indel)、拷贝数变异(CNV)以及结构变异(SV)为代表的分子标记。与传统遗传标记相比较,分子遗传标记具有多态性高、遍布整个基因组、检测手段简单快捷以及成本低廉的特点。通过检测覆盖全基因组范围内的分子标记,利用基因组水平的遗传信息对个体或群体遗传资源进行评估,能够缩短世代间隔、提高选种的准确性,进而在短期内取得较大的遗传进展。作者从高通量测序技术挖掘分子遗传标记角度入手,综述了三代测序技术发展历程和应用领域以及三代分子遗传标记检测技术在蛋鸡种业创新中的应用,并详细阐述了高通量测序技术与分子遗传标记相结合在蛋鸡群体遗传多样性及进化分类、群体遗传图谱的构建和功能基因定位、数量性状形成的遗传机制解析和质量性状形成的遗传机制解析等4个方面的精准应用,以期为蛋鸡基因组选择进入实质应用阶段提供科学依据和指导。     

猪基因组结构变异研究进展

结构变异（structural variation,SV）广泛分布在基因组中,并主要以缺失、插入、重复、倒位和易位的形式出现。SV可以通过不同的机制直接或间接影响基因剂量,从而导致畜禽的表型变异,甚至引起疾病。随着分子生物学的发展和新基因组技术的进步,SV在猪基因组的研究越来越多,主要包括繁殖性状、肉质性状、生长性状、毛色、疾病等。本文参考了国内外相关报道,对SV的定义、分类、形成机制、检测方法以及在猪基因组的研究进展进行综述,并对目前SV研究存在的问题提出了建议以及未来的研究趋势进行了展望。     

产蛋前期和产蛋高峰期鸡全基因组甲基化差异及其对肝脏转录组影响的研究

旨在通过对产蛋前期和产蛋高峰期鸡肝全基因组甲基化差异进行分析,解析基因组甲基化对不同发育阶段肝中基因表达差异的影响。本研究采用全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）技术对产蛋前期（20周龄）和产蛋高峰期（30周龄,各3只DNA混池）卢氏绿壳蛋鸡肝全基因组的甲基化水平进行检测,并与已有的肝mRNA转录组数据进行整合分析,探讨基因组甲基化对不同生理阶段基因表达差异的影响。结果表明,全基因组范围约有4%的胞嘧啶（C）发生了甲基化（mC）;两个生理阶段的总体甲基化水平基本一致。共检测到670个差异甲基化区域（DMRs）和356个差异甲基化基因（DMGs）。基因本体（GO）和相关信号通路（KEGG）分析发现,超甲基化DMGs显著富集在发育的正向调控、细胞形态改变的调控、VEGF信号通路、肌动蛋白细胞骨架的调控、粘着斑及间隙连接等相关过程,低甲基化DMGs显著富集在胚胎消化道形态的发生、间充质细胞增殖的正向调控、淀粉和蔗糖代谢及Wnt信号通路等相关过程。基因不同功能区域甲基化水平与基因表达水平有关,启动子（promoter）及基因体（gene body）区域甲基化水平与基因表达水平呈显著负相关,其他区域（内含子、3'UTR）的甲基化水平与基因的表达水平无明显关系。其中,与肝脂质代谢相关的候选基因RASD1、HAO1、UBE2O、MSRB3受甲基化调控。本研究绘制了不同生理时期卢氏绿壳蛋鸡全基因组甲基化图谱,结合mRNA转录组数据阐述了DNA甲基化在基因表达方面的调控作用,并鉴定出了不同生理时期受甲基化调控的基因,为深入研究表观遗传调控在不同生理时期蛋鸡肝代谢中的作用机制提供参考。     

基于高通量测序的牛床垫料发酵过程细菌群落变化研究

为了探讨在外源菌剂作用下使用了3年的牛床垫料堆肥发酵过程中细菌群落变化的规律,采用三代高通量测序方法研究了牛床垫料堆肥发酵过程细菌群落的相对丰度、群落多样性及组成结构等的变化.结果表明:(1)添加腐熟菌后有利于牛床垫料的发酵进程,温度>50℃的时间保持了16 d,而对照和添加单一菌剂枯草芽孢杆菌则没有这种效果;(2)各...     

绵羊基因组印记遗传研究进展

1前言 自20世纪90年代开始,在欧洲与美国的哺乳动物分子发育遗传学研究领域,配子印记(gameticimprinting),基因组印记( genomic imprinting)和亲本印记(parental imprinting)的分子生物学机理研究,是一个非常活跃的研究课题.这方面的研究成果和论文越来越多地出现于许多分子生物学文献中.这3种imprinting都是指在哺乳动物的两性配子发生过程和个体发育过程中,来自某一亲本的等位基因缄默,使后代的表型特征完全模仿或拷贝某一亲本的表型特征,即等位基因是否表达,取决于它来自哪个亲本.这种新的遗传现象明显有悖于传统的孟德尔遗传法则.例如,孟德尔遗传学的基本假定是,常染色体上的一个等位基因,无论是通过父亲配子途径还是母亲配子途径到达合子的,其遗传性质和表型特征是相同的,不会因来源不同而有差别.     

猪戊型肝炎的研究进展

戊型肝炎是由戊型肝炎病毒(Hepatitis Evirus,HEV)引起的一种急性、自限性病毒性肝炎,主要经粪-口途径传播,通常是由于饮用被HEV污染的水源而引起,在青壮年表现为暴发性肝炎的比例较高,死亡率在0.5%～3%,但在孕妇中死亡率     

非洲猪瘟疫苗研究新进展

非洲猪瘟是由非洲猪瘟病毒引起猪的一种急性、热性、出血性和高度接触性传染病,死亡率高达100%。给许多国家养猪业造成了严重打击。该病由于基因组庞大且免疫逃逸机制复杂,至今尚无有效的预防疫苗和治疗药物。本文针对非洲猪瘟疫苗的相关研究进展进行了综述,以期为该病疫苗的研发提供参考。     

高通量测序技术结合传统方法筛选及鉴定奶酒中曲霉菌

奶酒含有丰富的营养,且具有驱寒活血、开胃消食等保健功效。但由于传统的可培养方法对其微生物全貌的认识具有一定的局限性。因此,本文采用高通量测序技术,对奶酒的真菌生物多样性进行检测。结果表明,酵母菌属(Saccharomyces)和曲霉属(Aspergillus)是奶酒最主要的真菌群落,其中,酵母菌属为第一丰度的真菌,丰度约为62%。第二丰度的真菌为曲霉属,丰度为33%。通过进一步分离并采用16S鉴定出了一株曲霉菌,这可为奶酒发酵剂的开发提供依据。