禽腺病毒血清4型贵州株全基因序列分析

为了解禽腺病毒血清4型(FAdV-4)地方流行毒株的分子进化情况,基于实验室分离的2株FAdV-4贵州株GZ-BJ株和GZ-QL株,分别对2株FAdV-4毒株进行PCR分段扩增,扩增产物克隆至载体,提取质粒进行PCR和双酶切鉴定后筛选出重组质粒进行测序,将测序结果依次拼接得到病毒的全基因组,获得FAdV-4贵州株的全基因序列,并对其进行序列和遗传进化分析。结果显示,通过PCR分段扩增成功获得了2株FAdV-4贵州株(GZ-BJ株和GZ-QL株)的全基因序列,长度分别为43352、43723 bp,FAdV-4 GZ-BJ株全基因序列长度比FAdV-4 GZ-QL株短371 bp,少6个ORF(22K、putative 9.1 ku、u-exon、ORF17、ORF28、ORF42),二者的氨基酸同源性为57.1%。2株FAdV-4贵州株同国内外不同地区FAdV-4毒株核苷酸同源性在88.7%~100%,与FAdV-4经典毒株ON1比对,2株FAdV-4贵州株和国内FAdV-4分离株均缺失ORF19、ORF27、ORF30。系统进化树分析显示,2株FAdV-4贵州株GZ-BJ株和GZ-QL株仍属于Ⅰ群C种FAdV。研究结果表明,2株贵州株FAdV-4 GZ-BJ株和FAdV-4 GZ-QL株较国内外FAdV-4毒株均存在进化与突变,且FAdV-4 GZ-BJ株变化较大,但尚未改变其血清型,这为探索FAdV-4致病机理的分子机制研究提供依据。     

气肿疽梭菌细胞毒素CctA基因的克隆及生物信息学分析

根据GenBank中气肿疽梭菌细胞毒素CctA基因的参考序列,采用PCR方法扩增细胞毒素CctA基因。在将该基因进行克隆和测序后利用生物信息学方法,对细胞毒素CctA蛋白的理化性质、结构功能域、蛋白质二级结构和三级结构及抗原表位等重要参数进行了预测和分析。结果表明:与参考序列(JQ692583)相比,存在3处突变,核苷酸序列的同源性和氨基酸序列的同源性均为99.4%;CctA蛋白的理论等电点为8.00,不存在跨膜区和信号肽序列,二级结构以β-折叠和无规则卷曲为主,主要有4个抗原表位区域。本研究为CctA蛋白功能的深入研究提供了参考,并为气肿疽梭菌单克隆抗体的制备及合成肽疫苗的研发奠定了基础。     

法科学家绘制虹鳟鱼完整基因组 有助理解脊椎动物进化

正法国科研人员最近完成了虹鳟鱼基因组的完整测序,并发现虹鳟鱼基因组较好地保留了1亿年前一次重要进化事件的遗迹,可以帮助了解脊椎动物的进化历程。虹鳟鱼属鲑科,原产于北美洲太平洋沿岸。它肉质鲜美,在全世界被广泛养殖,同时也是被科学家研究最多的鱼类之一。来自法国国家农学研究中心、国家基因测序中心等多家机构的科研人员在最新一期英国《自然-通讯》杂志上刊登了研究报告。这是科学界首次发布鲑科鱼类的完整基因组测序。     

畜禽泛基因组研究进展

泛基因组是近些年来基因组研究领域出现的一个新名词，相较于单个线性参考基因组具有明显优势，能够有效解决参考基因组涵盖遗传信息有限的问题。随着测序技术的发展和对基因组的深入研究，泛基因组学相关研究也得到快速发展。本文综述了泛基因组学的发展历程、构建策略及其在畜禽上的研究现状，并对未来的应用趋势进行了展望，以期为畜禽泛基因组的深入研究提供参考。     

草鱼全基因组序列图谱绘制完成

<正>中国科学院水生生物研究所、中国科学院国家基因研究中心、中山大学等机构的研究人员,合作完成了草鱼(Ctenopharyngodon idellus)基因组序列草图的绘制,相关研究成果在5月4日的《自然·遗传学》杂志上在线发表(The draft genome of the grass carp(Ctenopharyngodon idellus)provides genomic insight into its evolution and vegetarian diet adaptation)。该研究采用鸟枪法测序策略,分别对一尾雌     

琯溪蜜柚炭疽病病原鉴定

【目的】确定引起琯溪蜜柚炭疽病的病原种类,为针对性地防治炭疽病提供理论依据。【方法】2014—2015年从平和县4个乡镇采集发病材料,对病原菌进行分离、纯化、致病性测定以及形态特征观测、r DNA-ITS序列分析,对病原菌的种类进行鉴定。【结果】经单孢分离后,所获得的菌株对琯溪蜜柚果实可致病,并产生典型症状,对病原菌进行显微形态观测,病原菌分生孢子及附着孢的形态为炭疽菌属真菌,以菌株GX(3)的DNA为模板,扩增得到全长为600 bp的DNA片段,并获得该菌的rDNA-ITS序列,发现其与胶孢炭疽菌Colletotrichum gloeosporioides Penz的相似性高达100%。【结论】根据病害症状、病菌的形态特征及ITS序列同源性比较的结果,将琯溪蜜柚炭疽病的病原菌鉴定为胶孢炭疽菌C.gloeosporioides。     

土耳其斯坦裂体吸虫23kDa蛋白基因的序列分析及抗原表位预测

为研究土耳其斯坦裂体吸虫23 kDa蛋白的生物学特性,以土耳其斯坦裂体吸虫cDNA为模版,利用PCR对23 kDa基因进行扩增,并将其克隆到T-easy载体后进行序列测定。利用生物信息学对其结构、抗原指数进行分析,并对其抗原表位进行预测。序列分析结果表明,该虫体的23 kDa基因长度为657 bp,A+T含量为57.38%,与曼氏血吸虫、埃及血吸虫和日本血吸虫的23 kDa基因的相似性分别为85.24%、83.71%和81.89%。蛋白二级结构分析表明,23 kDa蛋白经过4次跨膜,主要由6个α-螺旋、3个β-折叠、7个β转角和若干个无规则卷曲构成。抗原表位预测结果表明,该蛋白有3个B细胞抗原表位。综合分析土耳其斯坦裂体吸虫23 kDa蛋白是一种较好的抗原分子,是土耳其斯坦裂体吸虫疫苗的重要候选分子。