基于Fiber1基因分型的安卡拉病毒感染病例实验室检测

为确诊贵州省某养鸡场发生疑似安卡拉病毒感染的病例,实验基于安卡拉病毒Fiber1基因设计合成引物,对病料样本进行病原核酸检测和核酸测序与序列分析。结果:(1)从病例的肝脏样本中扩增出大小约1 296 bp的Fiber1基因目的片段,与预期结果相符。(2)序列测定与分析显示,扩增的Fiber1基因序列与国内分离株序列同源性高,亲缘关系近。(3)系统进化分析显示,感染病例中的安卡拉病毒流行株(命名为:GZ-LPS)与K31、MX-SHP9、ON1和河北、江苏等地的FAdV-4分离株处于同一进化分支,而与其他血清型禽腺病毒株处于不同进化分支。结论:此次疫情经实验室诊断,确定为禽腺病毒Ⅰ群C种血清4型的安卡拉病毒感染所致。     

Cloning and Sequence Analysis of PTTG1 Gene in Luchuan Pig

This experiment was aimed to clone PTTG1 gene CDS sequence of Luchuan pig,and was analyzed by bioinformatics methods.A pair of special primers was designed according to predicted sequence of porcine PTTG1 in GenBank.The coding sequence of PTTG1 in Luchuan pig was amplified by RT-PCR,its gene sequence characteristics and protein structure was systemically analyzed by bioinformatics techniques.The results showed that the cloned PTTG1 fragment included a 609 bp CDS (coding 202 amino acids).The sequence multi-aligned results showed that Luchuan pig shared 90.15%,87.85%,87.52%,87.03%,76.03%,74.38%,55.74% and 44.48% of similar nucleotide sequence with that of Bos,Pan troglodytes,Homos,Macaca,Rattus,Mus,Gallus and Danio retio,respectively.The protein structure analysis results showed that the protein attributed hydrophilic protein without signal peptide,localized in cell cytoplasm and had 16 phosphorylation sites.The phylogentic tree of amino acid indicated that PTTG1 was highly conserved in the process of evolution of different species.The cloning and analysis of PTTG1 gene provided an important foundation for further study biological function of porcine PTTG1 during early embryonic development.     

马铃薯生育抗病关键基因被发现

中国农科院日前在北京宣布．由14个国家29个单位的97名研究人员组成的“马铃薯基因组测序国际协作组”，继2009年完成“马铃薯全基因组序列图”后。经过近两年工作，马铃薯基因组研究又获得重大成果。     

基于低深度全基因组测序分析内江猪群体结构和遗传多样性

旨在更好的了解内江猪群体结构和遗传多样性，更好的保护和利用内江猪遗传资源。本研究基于低深度全基因组测序，检测了133头(12头公猪，121头母猪)内江猪的SNP,按照SNP检出率大于90%和95%获得两组SNP数据，分别编号为NJ90和NJ95。针对两组数据，通过群体分层、遗传距离、亲缘关系、家系划分等方法分析了内江猪群体结构，通过等位基因频率、有效等位基因数、多态性标记比、杂合度等指标估计了群体遗传多样性，最后利用不同方法评估了群体近交系数。结果显示：1)NJ90共包含135 760个SNPs位点，其等位基因频率为0.87,有效等位基因数为1.27,多态性标记比为0.76,观测杂合度为0.15,期望杂合度为0.21;NJ95包含32 266个SNPs位点，其等位基因频率为0.79,有效等位基因数为1.44,多态性标记比为0.74,观测杂合度为0.30,期望杂合度为0.31。2)NJ90结果显示群体平均遗传距离为0.20,平均亲缘系数为0.9%;NJ95结果显示群体平均遗传距离为0.25,平均亲缘系数为0.7%。3)根据NJ90公猪和群体聚类以及亲缘关系，可将群体分为6个家系。4)根据...     

大白、长白和杜洛克猪多品种多性状一步法基因组选择准确性分析

种猪企业在实际育种中会面临单个品种（例如杜洛克）数据量稀少的情况，利用其他品种数据量的优势，将品种作为固定效应可以提升育种值估计准确率。此外，多性状一步法可以利用性状间的遗传联系提升育种值计算的准确率，也被企业视作重要的育种方法。本研究以大白、长白和杜洛克猪为研究对象，分析多性状一步法（ssGBLUP）与单性状一步法育种值预测的准确率，以及多品种联合计算与单品种独立计算育种值预测的准确率。研究包括3个品种、5个生长性状和3个繁殖性状以及超过8 000头的芯片数据，利用BLUPF90+软件计算育种值以及标准误差（SE）。结果表明，对于生长性状和繁殖性状，多性状在ssGBLUP、GBLUP和BLUP方法上的育种值准确率均优于单性状3%～15%；当参考群数量<500头时，多品种联合计算能获得比单品种独立计算更高的育种值准确率。表明在实际育种中，单品种数据量小于500头时，可以采用多品种联合计算育种值，随着数据量增大到1 000头时，应该切换回单品种独立计算；在算法和算力满足的情况下，多性状在育种值准确性上优于单性状。     

鸡肾型传染性支气管炎病毒IBV-SD04株M基因克隆与序列分析

IBV-SD04(以下简称SD04株)为一株临床分离的鸡肾型传染性支气管炎病毒.通过RT-PCR技术扩增出该毒株的M基因片段,并将其克隆到pMD-18T载体中进行序列测定与分析,结果表明该分离株M基因长度为678 bp,编码225个氨基酸,与国内外主要的疫苗毒株和国内分离株核苷酸同源性为86.6％～99.9％;通过DNAStar软件对M蛋白进行二级结构预测,结果表明M蛋白的N端前98位氨基酸具有良好的亲水性、抗原性指数以及表面可能性;通过在线软件TMHMM Server v.2.0对M蛋白进行跨膜区分析,结果显示SD04株M蛋白跨膜3次,跨膜区分别位于23 ～40、47～69和79～98肽段区;应用在线软件NetNGlyc 1.0和NetOGlyc 3.1对M蛋白进行糖基化位点分析,结果表明SD04株M蛋白无氧连糖基化位点,存在2个氮连糖基化位点.综合以上信息,SD04株可作为疫苗候选株进行研究.     

谷子弯孢病菌Clga-1基因克隆及特征分析

谷子弯孢病菌(Cochliobolus lunatus)引起的谷子叶斑病是谷子生产上的重要病害之一,常造成严重经济损失.本研究利用候选基因法和RACE技术克隆了谷子弯孢病菌中的1个Ga基因,命名为Clga-1,在GeneBank登陆号为HQ699081.Clga-1基因开放阅读框为l 062 bp,编码353个氨基酸多...     

油桐LEC1基因的cDNA克隆与序列分析

为了解LEC1(Leafy Cotyledon 1)基因对油桐油脂合成过程的调控机理,以油桐种仁转录组数据库中基因的部分c DNA序列为基础,采用RT-PCR技术从油桐种子中克隆LEC1基因的全长c DNA,并对其进行序列分析。油桐LEC1基因全长c DNA为1 152 bp,编码区为729 bp(142~870),编码243个氨基酸,5′端非编码区和3′端非编码区分别为141 bp和263 bp。该基因编码蛋白质的相对分子质量为27 025.4 Da,理论等电点为6.97;蛋白二级结构以不规则卷曲和α螺旋为主,是不具有跨膜结构的膜外蛋白。经对比发现,油桐LEC1具有典型的HAP3结构特点,在不保守的N端和C端中间有1个十分保守的结构域,与拟南芥、玉米、麻风树、黄连木等的LEC1氨基酸序列高度同源。     

深县猪群体遗传多样性分析及SNP特征位点挖掘

深县猪是河北优质地方猪种之一，为探究其群体遗传多样性情况，本研究利用39头深县猪的全基因组重测序数据分析了深县猪群体全基因SNP变异情况及特征，并进一步利用检出的SNP探究了其有效群体大小、近交状况和个体间亲缘关系等。结果表明深县猪有效群体大小为5.83头，相比于大白猪（42.47）、北京黑猪（10.27）和民猪（8.38）较小，略高于蓝塘猪（3.52），但遗传多样性保持良好。基于ROH的分析表明群体平均近交系数为（0.054±0.01），通过IBS距离分析则发现部分个体间亲缘关系略近。为了更好地鉴定和区分深县猪，本研究综合运用最大分类能力方法及机器学习方法，最终确定了10个SNP作为深县猪群体特征位点。本研究结果有助于了解深县猪群体的保种现状并为其后续保种措施的制定提供一定参考，同时也为深入挖掘深县猪重要性状形成的分子机制提供新的素材，此外本研究中所挖掘的深县猪SNP特征位点可用于对深县猪进行快速鉴定，从而推动深县猪在地方猪育种中更广泛地应用。