血红鸡爪槭叶片WD40转录因子的克隆及序列分析

以血鸡爪槭叶片总RNA为模板,采用RT-PCR和RACE-PCR的方法,研究血红鸡爪槭叶片花色素苷的合成机理,成功获得了调控花色素苷表达的转录因子WD_(40)基因。结果表明:WD_(40)基因全长1 104 bp,编码337个氨基酸。通过NCBI中的Blast软件对其进行核苷酸序列和氨基酸序列的同源性进行分析,表明所获得的核苷酸序列和推导的氨基酸序列与其它物种的转录因子WD_(40)有较高的同源性,并且C端含有4个WD重复基序,推断该基因为血红鸡爪槭的WD_(40)转录因子。     

紫大麦草中DREB类转录因子基因Hvi917DREB2的克隆、原核表达及序列分析

DREB类转录因子是一类与植物逆境胁迫响应相关的重要蛋白,本研究利用同源克隆方法和RACE技术从紫大麦草(Hordeum violaceum)中分离到1个DREB类转录因子基因,命名为Hvi917 DREB2。序列分析表明Hvi917 DREB2基因含有1个792bp的开放阅读框,编码264个氨基酸残基,含有1个保守的AP2结构域,属于AP2大家族。该基因编码的氨基酸序列与Genebank中短芒大麦草AP2蛋白HbDREB2、DREB1(登录号分别为:AAU29412.1和AER42620.1)具有99%的氨基酸序列一致性。将该基因构建成原核表达载体,经IPTG诱导表达了1个分子量为34.5kD的蛋白。     

水稻白叶枯病抗性基因的鉴定、定位、克隆与育种应用

水稻白叶枯病是由黄单胞杆菌水稻变种(Xanthomonas oryzae pv.oryzae Xoo)引起的细菌性病害,发掘、鉴定和利用新抗源是控制水稻白叶枯病的有效途径.白叶枯抗性基因定位和克隆,使分子标记辅助选择和转基因技术在白叶枯抗病育种中发挥了重大作用,也使人们在分子水平对白叶枯病抗性机制有了深刻认识.文章综述了白叶枯病抗性基因定位,克隆以及在育种方面的应用,并对如何利用抗病育种减轻白叶枯病的危害提出了几点建议.     

柱型苹果MADS-box家族的2个同源基因克隆与生物信息学分析

基于笔者前期进行的柱型苹果转录组测序(RNA-seq)结果,采用RT-PCR方法,从柱型苹果花芽中克隆了MADS-box基因家族的2个同源基因,分别命名为MdSOCla和MdSOClb。分析结果表明,MdSOCla开放阅读框长度为708 bp,编码235个氨基酸,蛋白质分子量为26.95 kDa,等电点为9.13;MdSOClb开放阅读框长度为717 bp,编码238个氨基酸,蛋白质分子量为27.49 kDa,等电点为9.61。MdSOCla和MdSOClb的编码区碱基序列相似性为83.49%,氨基酸的相似性为73.72%。MdSOCla和MdSOClb的第1～75个氨基酸为高度保守的MADS盒结构域,第105～170个为K盒结构域。在构建的SOC1系统进化树中,MdSOCla与MdSOClb与苹果SOC1关系最近,其次为橙SOC1,与拟南芥SOC1同源基因进化关系最远。苹果、橙、大岩桐关系较近而聚为一类,而大豆、豇豆、葡萄、拟南芥、草莓和玉兰聚为一类。蛋白质二级结构预测显示,MdSOCla蛋白有8个α-螺旋,5个β折叠区,13个β-转角;而MdSOClb蛋白有11个α-螺旋,7个β折叠区,11个β-转角。推测二者在花的发育中可能起不同的调控作用。     

Molecular Cloning and Preliminary Analysis of Clmk-1 Gene in Cochliobolus lunatus

谷子弯孢病菌(Cochliobolus lunatus)为谷子上重要的叶部病害,发生严重时会影响谷子的产量及品质.为了解MAPK级联途径在谷子弯孢病菌发育及致病性中的作用,根据已知植物病原真菌MAPK基因的保守结构域设计简并引物,通过PCR扩增法获得了谷子弯孢病菌MAPK基因的同源片段,并利用RACE技术获得了基因的全长cDNA 序列,该基因命名为Clmk-1.Clmk-1基因开放阅读框为1065bp,编码354个氨基酸,并且含有MAPK基因的保守的TGY和CD基序.聚类分析结果表明,谷子弯孢病菌Clmk-1基因与其他植物病原真菌Hog1类似MAPK基因的同源性很高.利用Promoterscan软件发现,Clmk-1基因启动子区含有热激转录因子(HSF)、ADR转录因子和GCR转录因子的结合元件.MAPK途径特异性抑制剂U0126抑制谷子弯孢的孢子萌发及芽管发育.研究初步表明,Clmk-1基因为Hog1类似MAPK基因,可能与渗透胁迫相关,并且MAPK级联途径参与病菌孢子萌发及芽管形态建成.克隆的Clmk-1基因为进一步研究谷子弯孢病菌MAPK基因的功能奠定基础.     

甘蓝型油菜BnCOP9基因的克隆及其环境信号响应分析

植物COP9(Constitutively photomorphogenic 9)信号体(CSN)是一个多亚基复合体,而CSN8是这个复合体必不可少的亚基。为了克隆油菜CSN8基因并分析其在各种环境信号下的表达变化,以甘蓝型油菜中双9号为材料,采用同源克隆法克隆油菜CSN8(BnCOP9)cDNA。序列分析表明,BnCOP9编码的蛋白含有197个氨基酸残基,在其蛋白质中部含有1个PCI结构域,与Arabidopsis thaliana CSN8(AtCOP9)有92%的相似性。定量RT-PCR分析显示,Scle-rotinia sclerotiorum、伤处理以及甲基茉莉酸快速激活BnCOP9的表达,苯丙噻重氮抑制其表达,表明BnCOP9作为各种环境信号的响应基因在水杨酸和茉莉酸信号的交叉谈话中及油菜对S.sclerotiorum和机械伤害反应的网络中起作用,这些结果为研究BnCOP9在油菜抗逆中的作用提供线索。     

棉花GDP-甘露糖-3’,5’-异构酶基因的克隆及其表达分析

根据棉花盐胁迫相关的EST序列设计特异性引物,利用3’,5’-RACE技术,从棉花叶片中克隆出GDP-甘露糖-3’,5’-异构酶(GDP-mannose-3’,5’-epimerase,GME)基因,命名为GhGME。基因全长1 467 bp,开放阅读框1 131 bp,编码376个氨基酸,分子量为42.39 6 kDa,等电点pI=6.291。利用荧光定量Real-time RT-PCR方法对棉花根、茎、叶和3种处理下该基因的表达特性进行分析,结果表明,GhGME在根、茎中高水平表达,在叶中表达量较低。在4℃低温和200 mmol/L NaCl处理下该基因表达上调,然而用100μmol/L GA3处理则表现为下调表达。GhGME的不同表达情况暗示该基因可能在棉花抗逆反应中起着重要的作用,为该基因在棉花中抗逆功能和应用研究提供了基础。     

陕北白绒山羊MSX2基因克隆及表达分析

本研究旨在克隆陕北白绒山羊MSX2基因cDNA全序列,并对其序列特征及其表达规律进行分析。试验以陕北白绒山羊皮肤组织为材料,采用RT-PCR技术,对陕北白绒山羊MSX2基因的cDNA序列进行克隆,并进行生物信息学分析。采用实时荧光定量PCR检测并分析MSX2mRNA在陕北白绒山羊毛囊不同发育时期皮肤组织中的表达规律。结果表明,山羊MSX2基因cDNA全长804bp（GenBank登录号:JQ617290）,为一个完整的开放阅读框（ORF）,编码267个氨基酸,与牛（NM₀01079614）、人（NM₀02449）、犬（NM₀01003098）、黑猩猩（NM₀01135625）、大鼠（NM₀12982）和小鼠（NM₀13601）的相似性分别为96%、90%、89%、88%、87%和85%;MSX2基因在4月和11月的相对表达量出现峰值,与其他月份差异显著（P<0.05）。山羊MSX2基因编码区核苷酸序列高度保守。MSX2基因在陕北白绒山羊皮肤毛囊发育的4月份和11份月高度表达,其余月份均有不同程度的表达,推测MSX2基因对毛囊周期调控具有一定的作用。     

桃水孔蛋白基因克隆及序列分析

为给水孔蛋白(AQP)在低温对花芽发育和休眠调控中的作用研究奠定基础,以低温休眠的桃"满天红"花芽为试材,提取总RNA,根据其它植物AQP基因保守区设计简并引物,采用RT-PCR方法,扩增出3个编码长约147个氨基酸序列的水孔蛋白基因PpPIP1-1、PpPIP1-2和PpPIP2-1。同源性比对结果表明这些序列与其它物种AQP基因具有较高的同源性。这3个AQP基因的氨基酸序列均具有MIP家族的特征信号序列SGXHXNPAVT,还具有植物质膜水孔蛋白(PIP)家族的特征信号序列GGGANXXXXGY和TGI/TNPARSL/FGAAI/VI/VF/YN。经系统发育分析将这3个AQP基因分为2类,分属PIP蛋白的PIP1和PIP2亚家族成员。     

坛紫菜有丝分裂阻滞缺陷蛋白2基因(Ph-mad2)的克隆及其在单性生殖过程中的表达

为探究坛紫菜雌配子体单性生殖过程的细胞二倍化机制,实验基于坛紫菜雌性配子体的转录组信息,克隆和分析了坛紫菜的有丝分裂阻滞缺陷蛋白2(PhMAD2)基因(Phmad2),同时对其在坛紫菜单性生殖发生过程中处于不同发育时期的细胞中的表达特征进行了初步研究。结果显示,坛紫菜Ph-mad2基因的cDNA的完整开放阅读框为672 bp,编码223个氨基酸,分子量为23.8 ku。从氨基酸序列比对结果可知,坛紫菜PhMAD2蛋白中所具有的典型的HORMA结构域和保守的丝氨酸和苏氨酸磷酸化位点,均与团藻和莱茵衣藻MAD2蛋白相同。系统发育分析表明,坛紫菜与藻状菌纲的异丝水霉和寄生水霉的亲缘关系最近。实时荧光定量PCR检测显示,与可进行正常有丝分裂的营养细胞相比,在坛紫菜单性生殖过程中发生细胞二倍化的生殖细胞和单性孢子时期,Ph-mad2基因的表达量显著下降;但是,在随后可进行正常有丝分裂的单性孢子萌发体细胞和处于营养生长期的单性孢子体细胞中则表达上调。这一结果暗示Ph-mad2基因的表达下调可能阻碍了坛紫菜单性生殖初期单倍体细胞进行有丝分裂时纺锤体组装检验点的形成,在一定程度上致使它们发生了染色体加倍。