Cloning,Expression and Bioinformatics Analysis of Enterococcus faecalis from Northeast Black Bear

In order to detect Enterococcus faecalis endocarditis antigen (EfaA) of bear that was used to disclose the infected Northeast Black bear immediately, a pair of PCR primers was synthesized by EfaA gene of Enterococcus faecalis that was recorded in GenBank (accession number:U03756.1) and the target fragment was 689 bp. The PCR product was cloned by pMD19-T vector, then was transferred to Escherichia coli DH5α competent cells and the positive clones were filtered. Recombinant plasmid (pMD19-T-EfaA) was extracted. Identification of PCR and digestion, sequencing, the structure prediction of proteins were operated. The results showed that EfaA gene was cloned successfully, and the gene homology with ATCC 29212 was 100.0%. pMD19-T-EfaA was constructed successfully, structure of proteins was predicted. This study provided theoretical basis for diagnostic methods of Enterococcus faecalis and laid basis for prevention and control of Northeast Black bear disease.     

梭鲈ho1基因的克隆及其低氧胁迫下表达分析

梭鲈(Sander lucioperca)对低氧极敏感,在集约化养殖和苗种运输过程中易发生低氧应激和死亡现象。为探究血红素加氧酶1 (Heme oxygenase 1, HO1)在梭鲈响应低氧过程中的调节作用,通过RACE (Rapid amplification of cDNA ends)技术克隆了梭鲈ho1基因,其cDNA全长为1 256 bp,包含840 bp的开放阅读框(Open reading frame, ORF)、162 bp的5’非编码区(Untranslated region, 5’-UTR)和254 bp的3’-UTR,编码279个氨基酸。多重序列比对显示,梭鲈HO1与翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)、舌齿鲈(Dicentrarchus labrax)和大口黑鲈(Micropterus salmoides)的氨基酸序列相似性分别为91.84%、88.69%和88.11%。实时荧光定量结果显示,ho1基因在所有检测组织中均有表达,其中在脑组织中高表达,其次是肾、肝、鳃等组织。低氧刺激前3 h,梭鲈ho1主要在皮肤、鳃中响应;低氧胁迫3 h后,ho1主要在心...     

烟草HPL基因的生物信息学分析与抗逆功能分析

为了探究烟草脂氢过氧化物裂解酶(HPL)的功能,以烟草叶片cDNA为模板克隆HPL基因,获得过表达NtHPL转基因烟株进行抗逆性功能研究.结果表明,NtHPL基因包含1个内含子和2个外显子,其cDNA全长为1494 bp;NtHPL蛋白的C-端具有细胞色素P450蛋白家族的保守序列,N-端含有叶绿体转运肽;NtHPL在...     

弓形虫SAGⅠ基因的克隆与原核表达

利用PCR技术从弓形虫RH株基因组中扩增出SAGⅠ部分基因片段,亚克隆入表达载体pGEX-KG,将重组质粒转化入大肠杆菌BL21,IPTG诱导表达,SDS-PAGE电泳显示表达的重组蛋白的分子量为56ku。免疫印记分析显示此表达产物能被猪抗弓形虫阳性血清所识别,表明该重组蛋白具有免疫反应活性。为进一步进行弓形虫病的免疫预防和诊断研究奠定了基础。     

膜荚黄芪异黄酮3′-羟化酶基因的克隆及表达分析

异黄酮3′-羟化酶(Isoflavone 3′-hydroxylase,I3′H)是催化合成毛蕊异黄酮和毛蕊异黄酮葡萄糖苷的关键酶.该研究从膜荚黄芪中克隆了I3′H基因cDNA全长,并对其进行了生物信息学分析,同时采用高效液相色谱法分别测定了毛蕊异黄酮和毛蕊异黄酮葡萄糖苷的含量.结果表明:I3′H基因cDNA全长为18...     

犬瘟热病毒疫苗株附着蛋白基因的克隆及同源性比较

根据发表的犬瘟热病毒(CDV)参考株Ondetstepoort的序列设计1对引物,以犬瘟热病毒疫苗株感染Vero细胞总RNA为模板,利用RT-PCR扩增出附着蛋白基因843 bp片段,将这个片段连接到pMD18-T载体上,经过PCR鉴定、酶切鉴定得到1个阳性克隆,将阳性质粒进行序列测定,结果表明,该片段与Onderstepoort株核苷酸同源性为95.9%。从基因角度为犬瘟热的预防、诊断和治疗提供理论依据。     

植物基因克隆实现方法及甜菜基因克隆相关研究现状

综述了植物基因克隆在基因的获取、生物信息学分析与载体构建策略方面的技术研究进展,以期为基因克隆研究的方案制定提供依据.在应用中,可根据已知基因信息与已有植物材料的具体情况,选择不同的基因分离方法;在开展体内功能分析前,对基因进行适当的早期分析与处理,可更好地预判基因产物,并据此完善功能分析方案;选择适当的载体构建方案,...     

雨生红球藻植物类型隐花色素基因克隆与序列分析

为了从雨生红球藻中获得感知蓝光信号的植物类型隐花色素(CRY)序列,采用同源克隆和RACE相结合的方法获得了雨生红球藻编码植物类型Hae-P-CRY的c DNA全长,并对其序列进行生物信息学分析。结果表明,Hae-P-CRY基因的c DNA全长为3 608 bp,包含开放阅读框全长2 988 bp,编码995个氨基酸,预测等电点6.19,理论分子质量为107.7 ku。经Blast P分析发现,Hae-P-CRY氨基酸序列与莱茵衣藻来源植物类型Cre CRY氨基酸序列的相似性达到66.6%,与拟南芥CRY氨基酸序列相似性为46.94%。系统进化分析表明,Hae-P-CRY与其他真核绿藻来源的植物型CRY聚在一支,属于植物类型CRY。结构域分析表明,Hae-P-CRY基因含有光感知PHR结构域和信号转导CCT结构域,暗示具有感知和转导光信号功能。试验从雨生红球藻得到植物类型Hae-P-CRY基因序列,可为其表达、功能及互作蛋白研究奠定基础,同时为进一步解析雨生红球藻在蓝光响应中的分子机制奠定基础。     

绵羊角细胞关联蛋白2基因克隆与表达分析

为克隆绵羊角细胞关联蛋白2(Keratinocyte-associated protein 2, KRTCAP2)基因mRNA并分析该基因表达分布规律,本研究首先提取小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤及不同组织总RNA,RT-PCR方法克隆KCTCAP2基因并进行两个品种间的比较分析,随后利用HRM方法对目的 SNP位点进行基因多态性分析,最后用q RT-PCR方法分析两个品种不同组织间KRTCAP2基因的时空表达分布。RT-PCR扩增显示绵羊皮肤组织出现略小于500 bp的特异性条带,测序证实该片段为KRTCAP2基因,长度为466 bp,编码149个氨基酸。所克隆的4条片段中存在4个SNP位点,其中2个SNP位点引起氨基酸位点突变。针对c.194位A>G突变位点设计的HRM检测发现小尾寒羊、新吉细毛羊等群体中并不存在该多态位点。小尾寒羊与新吉细毛羊不同组织间的表达分布显示,KRTCAP2基因存在多组织表达特性,在两品种羊组织表达模式既存在一致性也存在差异性。一致性主要表现为小尾寒羊与新吉细毛羊中肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肠道与皮肤组织中KRTCP2表达量较心脏组织呈现上调表达的趋势。差异性表现为新吉细毛羊在肝脏、脾脏、肺脏、肠道、脑和皮肤的组织表达量均高于小尾寒羊,在肌肉和卵巢组织中的表达量低于小尾寒羊,在肾脏组织中的表达量基本持平。本研究成功克隆出绵羊KRTCAP2基因并进行了系统分析,为探讨绵羊角细胞功能奠定了基础。     

玉米轴色突变体698-3R的遗传鉴定

以辐射诱变获得的玉米红轴突变体698-3R为材料,通过遗传交配设计分析轴色的遗传规律,利用SSR-BSA法初步定位轴色基因,并对候选基因进行克隆和表达分析。结果表明:(1)突变体698-3R的红轴对白轴性状表现为显性遗传,受一对核基因控制,初步定位在第一染色体上的SSR标记phi095与umc1452之间,与phi095相距3.9cM,与umc1452相距7.1cM,将该基因暂定名为C(t);(2)以轴色基因 P1的cDNA为模板克隆C(t),发现698-3R有3个C(t)转录本,而野生型698-3中至少有2个;预测氨基酸序列比对发现,698-3R中3个C(t)蛋白的氨基酸序列与已知P_1-wr蛋白一致,突变使其获得完整的MYB结构域和酸性激活域,而野生型698-3中698-3-P-1蛋白由于编码序列缺失导致移码突变,不具有该功能结构域;(3)对C(t)基因qRT-PCR分析发现,除25DAP外,其余4个时期在698-3R中表达水平均显著或极显著高于698-3;以 A1和 C2基因表达验证分析发现,C(t)与验证基因表达模式一致,说明C(t)可能具有 P1激活调控 A1和 C2基因表达的功能。推测该红轴基因C(t)可能为一个 P_1-wr基因。