苹果MADS-box转录因子的生物信息学及其在不同组织中的表达

【目的】分析已知苹果（Malus×domestica）MADS-box基因基本信息,研究其在不同组织中表达情况。【方法】利用NCBI数据库查询并获得苹果MADS-box基因,采用CLC Combined Workbench version 6、WebLogo 3、MEGA4.1、MapInspect和MEME等软件对其蛋白序列进行生物信息学分析。采用RT-PCR技术研究MdMADS基因在不同组织中的表达情况。【结果】共得到26个苹果MADS-box基因。MADS-box结构域分析显示,氨基酸10（I）、16-19（RQVT）、22-23（KR）、29-31（KKA）、33（E）、37-39（LCD）、42（V）和48（S）是保守不变的。保守元件分析表明,苹果MADS-box基因包含4个保守元件：元件1、3为MADS盒;元件2、4为K盒。所有苹果MADS-box蛋白都包含有MADS盒（除MdMADS9）和K盒。进化树分析结果显示,苹果MADS基因共分为5个亚组。MdMADS1、3、4、6、7、8、11、18属于SEP亚组;MdMADS2、5、12属于AP1亚组;MdMADS10、14、15、19、22和MdAGL属于AG亚组;MdMADS16、17、21、MdSOC1、MdSOC1a和MdSOC1c属于SOC1亚组;MdMADS13、23和MdPI属于AP3亚组;MdMADS20属于SVP亚组。染色体定位分析显示,MdMADS在8号染色体上分布最多,共有4个;其次是染色体2、14和17,均分布3个;染色体1、5、6、7、11和16均分布1个;染色体3、4、12和15则没有分布。RT-PCR结果分析显示,SEP和AGL亚组表达模式较为一致,主要在花和果实中表达;AP1亚组除在花和果实中表达外,在其它组织器官中也有表达。【结论】苹果MADS-box基因结构高度保守,多数成员参与调控花和果实发育过程。     

芽孢杆菌的筛选及其在豆粕发酵中的应用

筛选出耐酸耐胆盐且产蛋白酶、淀粉酶性能较好的优势芽孢杆菌菌株,以期制备高效复合益生素或应用于豆粕发酵。首先,对分离并镜检出的17株菌株进行耐酸耐胆盐特性初筛,而后对筛出的3株菌株进行耐酸耐胆盐梯度复筛,随后检测其发酵豆粕的蛋白酶和淀粉酶活性以及对抗原蛋白的降解能力。最后通过16SrRNA扩增比对鉴定筛选的菌种,进而通过MEGA4.0构建系统进化树进行分析。成功筛选出1株耐酸耐胆盐、产蛋白酶和淀粉酶,且能高效降解豆粕抗原蛋白的解淀粉芽孢杆菌B9。     

嗜水气单胞菌低分子质量蛋白的相关研究

以水产养殖中鱼类致病细菌-嗜水气单胞菌为材料,采用DS法对该菌的低分子质量蛋白(LMW)进行分离提取,LMW蛋白的纯度为90%,通过LC MS/MS分析鉴定了97个蛋白,其中理论分子质量小于25 ku的蛋白有57个,这些蛋白在蛋白合成转录、细胞代谢调控等方面都具有重要功能.实验结果表明,该方法在研究LMW蛋白中具有广阔的应用潜力.     

不同荞麦品种落粒基因的筛选

为获得荞麦落粒性相关基因,分别选取甜荞、苦荞和金荞的不同品种不同组织混合样品进行转录组测序,通过数据库比对、功能分析与功能注释获取与落粒性相关的Unigene。设计引物通过RACE方法扩增候选基因,测序后将候选基因全长序列提交到NCBI数据库中,通过blast寻找候选基因的命名,用实时定量荧光PCR测候选基因的表达量。结果表明:得到6个候选基因,其中,根向光性蛋白基因、SOBIR1-like蛋白基因、NPR5-like蛋白基因主要在花器官的发育和形成过程中起调控作用,而SRG1-like蛋白基因、过氧化物酶基因和AGL蛋白基因主要在植物离区的形成和发育过程中起调控作用。NPR5-like蛋白基因在落粒品种与不落粒品种间的表达量差异最大。结论:NPR5-like蛋白基因在荞麦落粒过程中起一定的调控作用。     

口蹄疫病毒A/GDMM/CHA/2013株结构蛋白VP1 H-2d限制性CTL表位预测

[目的]预测A型口蹄疫病毒结构蛋白VP1的H-2d限制性T细胞表位。[方法]使用多种在线表位预测软件,包括Syfpeithi、IEDB、Net MHC-3.2、IMTECH和BIMAS预测A型口蹄疫病毒VP1上可能有的H-2d限制性T细胞表位,然后用Prot Param软件分析预测出的候选表位。[结果]综合比较5个表位预测软件的预测结果,遴选出10个候选表位;再结合Prot Param软件分析结果,最后共预测出5个表位:其中H-2Kd限制性表位有第27~35、118~126位,H-2Ld限制性表位有第43~51位,H-2Dd限制性表位有第45~53、146~154位。[结论]预测出5条口蹄疫病毒结构蛋白VP1 H-2d限制性CTL表位,为进一步鉴定口蹄疫病毒CTL表位提供数据和基础。     

5种七彩神仙鱼5S rDNA序列的比较

采集鳍条,设计引物,提取了5种(黑格尔、盖子红、鸽子红、天子蓝、红点绿)七彩神仙鱼(Symphysodon)的5S r DNA,分析了其序列。结果表明:5种七彩神仙鱼均具有201 bp和401 bp 5S r DNA结构单元,而黑格尔(野生)、盖子红和鸽子红分别具有300,299,338 bp 5S r DNA结构单元。其编码区高度保守,而非转录间隔区差异显著,特别是黑格尔(野生)300 bp、盖子红299 bp和鸽子红338 bp的非转录间隔区。5种七彩神仙鱼G+C碱基的含量很高。红点绿、盖子红、鸽子红和天子蓝4个人工品种与野生品种黑格尔的亲缘关系分别为97.53%、90.12%、88.89%和85.19%,其中红点绿与黑格尔的亲缘关系最近。     

转录组技术在果树研究中的应用

介绍了转录组技术的概念及研究的技术手段,并重点综述了转录组在果树的品种鉴定、生长发育、逆境胁迫以及发现新基因等方面的研究进展,及其在果树上的应用前景。     

鸡堆型艾美尔球虫3-1E抗原表位的生物信息学预测

应用生物信息学分析和预测鸡堆型艾美尔球虫3-1E蛋白二级结构和抗原表位,为确定和筛选优势表位,研制安全、高效表位疫苗奠定基础。以克隆获得的鸡堆型艾美尔球虫3-1E蛋白氨基酸一级结构为基础,采用DNAStar软件和生物信息学在线分析程序Prot Param、SOSUI、IEDB、SYFPEITHI等预测3-1E蛋白理化性质和二级结构,并分析其序列跨膜区、可溶性、亲水性、可及性、柔韧性参数以及抗原指数,预测B细胞表位和T细胞表位的可能区域。3-1E蛋白由170个氨基酸组成,分子式C818H1257N213O272S3,分子质量18.5234 ku,理论等电点为4.25,半衰期为10 h;无跨膜区均为膜外区,是一种可溶性蛋白。其二级结构中α螺旋占31.76%,β转角为12.35%。B细胞表位预测区域:44-49、65-67、86-87、111-116;分值较高的T细胞表位区域:52-60、94-102、97-105、154-162、157-165。运用生物信息学方法确定3-1E存在多个抗原表位,对进一步研究3-1E的抗原性和研发优势表位疫苗具有重要意义。     

核糖体失活蛋白及其在植物抗立枯丝核菌基因工程中的应用

核糖体失活蛋白(RIPs)是一类主要出现在植物中并具有r RNA N-糖苷酶活性的蛋白质,大体上分为Ⅰ型和Ⅱ型2类。介绍了RIPs在抗真菌活性、毒性和免疫原性方面的研究进展,并对其在抗立枯丝核菌植物基因工程方面的应用进行了综述。     

基于α_s-酪蛋白特异性的牛乳总蛋白质ELISA定量检测方法的建立

本研究旨在建立牛乳中总蛋白质的ELISA定量检测方法,并评价该方法在牛乳掺假辨识中的应用效果。首先用αs-酪蛋白标准品免疫新西兰白兔,制备αs-酪蛋白特异性抗血清,并建立αs-酪蛋白的间接ELISA检测方法,结果显示血清效价为1∶640,αs-酪蛋白检测的线性范围是25~600 ng/ml,R2=0.999 5,回收率是96.6%~105.2%。再应用乳成分分析仪,凯氏定氮法和所建立的ELISA法测定8份来源不同的原料乳中总蛋白和αs-酪蛋白含量,结果显示不同牛乳中总蛋白质含量在0.029 2~0.029 8 g/ml,αs-酪蛋白含量在0.008 4~0.009 2 g/ml,占牛乳总蛋白质的比例恒定,平均为0.3,并用该系数建立牛乳中总蛋白质的定量方法。最后对5份人为兑水稀释、添加尿素、BSA和三聚氰胺的模拟掺杂牛乳样品进行检测,测定结果表明基于αs-酪蛋白的ELISA方法比乳成分分析仪法和凯氏定氮法具有更高的灵敏性和特异性,含氮添加物对测定结果无显著影响(P0.05),更适合于作为原料乳及含乳产品中牛乳蛋白质的定量分析。