水稻基因组中分泌蛋白的初步分析

本文利用Signa1P3．0两种算法NN（neural network）和HMM（hidden markov model）对水稻基因组中59712个ORF进行了初步的筛选,其中有4433个ORF编码的蛋白具有分泌特性,占整个基因组的7．3％。4433个具有分泌特性的蛋白,在染色体的分布是不均一的。在1号染色体的所占的比例最多,为8．8％;而12号染色体上所占的比例最少,为5．0％。其中在具有分泌特性的蛋白中,酶类、非酶类和推测蛋白分别占具有分泌型信号肽蛋白的24．9％、45．7％和29．5％。     

河南省樱桃谷鸭乙型肝炎病毒全基因组克隆与序列分析

对河南省樱桃谷鸭主产区信阳、新郑、焦作三地628份樱桃谷鸭血清样本应用PCR技术进行鸭乙型肝炎病毒（DHBV）检测,并将三地DHBV阳性样本各挑选1份进行DHBV全基因的扩增、克隆、测序及序列分析。结果显示,信阳、新郑、焦作三地樱桃谷鸭DHBV自然携带率分别为10.5%、8.9%、17.6%;3株DHBV基因组全长分别为3 021、3 027、3 024bp,均含有编码P、S和C蛋白的3个开放阅读框,各开放阅读框氨基酸同源性比较显示差异显著的区域位于P蛋白。序列分析显示,3株DHBV河南株核苷酸同源性为89.8%~93.9%,与参考株为89.4%~99.5%。遗传进化分析及P蛋白关键位点分析结果表明,信阳分离株为西方基因型,其余2株为中国基因型。本试验掌握了河南省樱桃谷鸭主产区DHBV自然感染情况,并成功克隆了3株樱桃谷鸭DHBV全基因序列,为该病毒的进一步研究提供了有益信息。     

Inter- and intraspecific sequence variations of the chloroplast genome in wild and cultivated Raphanus

To assess the differentiation of the chloroplast genome in wild and cultivated species of Raphanus , nucleotide sequence polymorphisms were investigated for approximately 2 kbp ranging from trnL (UAA) to psbG in R. raphanistrum and R. sativus . Eighteen plants of wild species, 10 Japanese wild radish plants ( R. sativus ), and 31 cultivated plants were used for sequence analysis. Intraspecific variations of the chloroplast genome were present both in wild and cultivated Raphanus . All three genes investigated ( trnL , trnF and ndhJ ) contained nucleotide substitutions within the genus. Whereas, larger numbers of mutations were observed in the intergenic regions. Using the detected variations, the 59 radish plants were classified into 11 haplotypes, seven of which were unique to wild species. Among the haplotypes, one type corresponded completely with the Ogura male sterile cytoplasm. All the cultivated radishes belonged to one of four types, of which three were also observed in Japanese wild radish. The haplotypes were classified into four groups by cluster analysis, and the distribution in the dendrogram confirmed that cultivated radish has multiple origins. On the other hand, the seven haplotypes uniquely observed in R. raphanistrum were considered as useful materials to provide genetic diversity of cytoplasm for breeding of cultivated radishes.     

郏县红牛全基因组测序分析及关键基因SNP分子标记在育种的应用研究

为了更好地扩展对郏县红牛基因组变异的研究,开发更多有效的分子标记,达到促进郏县红牛的进一步选育改良的目标。本研究对30头郏县红牛进行了全基因组重测序,分析了郏县红牛的基因组变异情况,并结合查阅文献筛选影响重要经济性状的遗传变异,检测这些变异在郏县红牛群体中的分布情况。并同时通过实验在3头郏县红牛中加以验证,为郏县红牛的保种与淘汰提供一定的理论依据。     

三种鹅鸡草的生物系统学研究

通过对鹅观草属犬草组长芒鹅观草、缘毛鹅观和鹅观草３个种及春种间杂种的形态变异、染色体配对行为和繁育特性进行研究,探讨这３个种的亲缘关系。Ｆ１植株的外形趋于两亲本之间。在减数分裂过程中,亲本种染色体配对正常。杂种Ｆ１的染色体配对数较高,平均构型：Ｒ．ｐｅｎｄｕｌｉｎａ＊Ｒ．ｄｏｌｉｃｈａｔｈｅｒａ为０．５６１Ⅰ＋１３．７２Ⅱ;Ｒ．ｄｏｌｉｃｈａｔｈｅｒａ＊Ｒ．ｋａｍｏｊｉ为７．５８Ⅰ＋１３．５８Ⅱ＋     

Practical capability of a DNA pool‐based genome‐wide association study using BovineSNP50 array in a cattle population

Genome‐wide association mapping for complex traits in cattle populations is a powerful, but expensive, selection tool. The DNA pooling technique can potentially reduce the cost of genome‐wide association studies. However, in DNA pooling design, the additional variance generated by pooling‐specific errors must be taken into account. Therefore, this study aimed to investigate factors such as: (i) the accuracy of allele frequency estimation; (ii) the magnitude of errors in pooling construction and in the array; and (iii) the effect of the number of replicate arrays on P‐values estimated by a genome‐wide association study. Results showed that the Illumina correction method is the most effective method to correct the allele frequency estimation; pooling errors, especially array variance, should be taken into account in DNA pooling design; and the risk of a type I error can be reduced by using at least two replicate arrays. These results indicate the practical capability and cost‐effectiveness of pool‐based genome‐wide association studies using the BovineSNP50 array in a cattle population.     

基于叶绿体trnL-F序列对广义披碱草属物种的系统进化研究

广义披碱草属包括了披碱草属、鹅观草属、猬草属、裂颖草属和仲彬草属。为深入研究这5个小麦族多年生属的系统地位、母本来源及St染色体组的来源和分化等问题,本研究根据叶绿体DNA trnL-F序列构建了系统树和网状结构图。结果表明,1)广义披碱草属物种的母本不完全来源于拟鹅观草属的St染色体组,其中黑药仲彬草和梭罗仲彬草的母本染色体组为P染色体组,Hystrix duthiei及长芒猬草的母本染色体组为Ns染色体组;2)系统树中反映了P、W和St染色体组之间具有较近的亲缘关系,它们与H和Ns染色体组的关系较远;3)仲彬草属中黑药仲彬草和梭罗仲彬草与冰草属的二倍体物种聚类在一起,表明黑药仲彬草和梭罗仲彬草与冰草属的关系较近;猬草属中猬草聚在St支中,而H. duthiei和长芒猬草包括在Ns支中,表明它们具有不同的染色体组组成;4)5个不同地理分布的具有St染色体组的拟鹅观草属二倍体物种没有形成一个单系组,表明St染色体组在二倍体物种中存在一定程度的分化;在异源多倍体物种中,其St染色体组的质体序列构成了不同的分支,表明St染色体组在多倍体物种中也具有分化;5)亚洲分布的拟鹅观草属二倍体物种可能参与了大部分欧亚物种的起源,北美分布物种的St染色体组可能来源于北美的拟鹅观草属物种;有些物种在多倍化起源过程中可能发生了重复杂交过程。     

广西猪瘟流行毒株全基因组的克隆与序列分析

参考已发表的猪瘟病毒(CSFV)Shimen株、HCLV株、Paderborn株的核苷酸序列，设计并合成11对引物。应用RT—PcR技术，成功地分11个片段扩增了CSFV广西流行毒株GXWZ02的全基因组，将这11个基因片段克隆，并测定了其核苷酸序列。应用计算机生物软件Vector NT1将11个基因片段进行拼接。确认CSFV GXWZ02株全基因组序列的长度为12296个核苷酸(GenBank收录号AY367767)。将GXXZ02株与国内外已发表的Slhimen、HCLV、39、Brescia、Eystrup、Glentorf、Alfort187、Pader190rn、CS、ALD、GPE、P97、LPC毒株进行全基因组核苷酸序列和推定的氨基酸序列比较，核苷酸同源性分别为85．4％、84．6％、88．7％、85．7％、85．7％、85．3％、85．6％、95．3％、85．7％、85．7％85．4％、83．4％、84．3％，推定的氨基酸同源性分别为92．6％、91．7％、94．2％、93．1％、92．9％、92．3％、93．0％、97．7％、92．6％、93．0％、92．6％、90．5％、90．6％。GXWZ02与Shimen、HCLV的全基因组序列及推定的氨基酸序列有明显差异，表明GXWZ02株在遗传性和抗原性上发生了较明显的变化。系统发育树分析，所比较的14株CSFV被分为2个群：GXWZ02、Paderborn和39这3个毒株被归为群Ⅰ，其余的11个毒株被归为群Ⅱ，GXWZ02与Paderborn的亲缘关系最接近。将GXXZ02与Shimen、HCLV基因组中单个基因分别进行核苷酸及推定的氨基酸序列同源性比较，结果显示，基因E^ms、E2、P7、NS2、NS5A的遗传变异程度大。而NS3、NS4A、NS4B的遗传性则相对保守。     

一株山羊支原体山羊肺炎亚种的分离鉴定与分子特征

从送检的山羊肺炎肺脏中成功分离到一株支原体，经过3次克隆纯化后进行生化试验、电镜观察、PCR及酶切、基因特征鉴定，结果显示分离物SD3属于山羊支原体山羊肺炎亚种成员。将培养物经气管接种2只山羊可引起1只山羊典型发病，体温升高至41．5℃，IgG和IgM抗体效价明显升高，其中IgG抗体变化与临床表现基本同步。剖检发现肺脏发生严重病变，并从中再次分离到该病原体。