鸡白细胞介素2的克隆及其序列分析

旨在从分子生物学角度进一步研究鸡免疫刺激因子白细胞介素2(IL-2),探究IL-2蛋白结构。根据GenBank发表的IL-2序列设计引物扩增IL-2基因,将其克隆到p GM-T载体后进行鉴定,鉴定正确的pT-IL-2重组质粒,然后对其进行序列分析。应用生物信息学软件对IL-2序列进行跨膜区、磷酸化位点、氨基酸序列、开放阅读框进行分析和IL-2蛋白的三级结构进行预测。核苷酸序列测定结果表明:IL-2基因片段为430 bp,编码143个氨基酸。生物信息学分析结果表明:本实验获得的IL-2基因编码的蛋白质中含有1个丝氨酸和3个苏氨酸,这可能成为蛋白激酶磷酸化的位点。IL-2蛋白可能在5~28位含有跨膜区。其蛋白二级、三级结构预测结果显示其属于亲水性蛋白,多为α-螺旋、β-转角和N端无规卷曲结构。该结果为IL-2的分子生物学探究奠定了基础。     

茄子单性结实差异表达序列鉴定及分析

利用实时荧光定量PCR技术,研究茄子单性结实SSH-c DNA文库中的96条EST序列在单性结实自交系和非单性结实自交系果实发育过程中的表达模式。分析表明,在低温条件下,相对表达量有显著差异的EST序列有31条,总体上调表达的EST序列有17条,总体下调表达的EST序列有14条。通过NCBI对EST序列进行Blastx比对,得到与其同源性高的序列信息。其中5条EST与抵御低温相关,6条EST与植物激素代谢相关,多条EST与植物代谢过程中的蛋白质和碳水化合物合成相关,1条EST无比对结果,可能为新基因。差异表达序列可作为研究茄子单性结实和耐低温的候选基因。     

新疆、甘肃和河南部分地区甜瓜瓜类蚜传黄化病毒分子变异初步分析

从新疆鄯善县、甘肃瓜州县和河南通许县采集表现瓜类蚜传黄化病毒(Cucurbit aphid-borne yellows virus,CABYV)症状的甜瓜叶片样品63份,利用反转录PCR(RT-PCR)检测,从阳性样品中选取25个分离物扩增出1.4 kb的片段,并对其序列进行分析。结果表明:63份样品中,36份为CABYV阳性;获得的序列包括部分3′端的依赖RNA的RNA聚合酶(RdRp)基因、非编码区(NCR)和全长外壳蛋白(CP)基因。随机选取25个分离物的CP基因与GenBank中的序列进行比对,其序列相似性为93.2%~100%。通许分离物间序列相似性为98.8%~99.8%,瓜州分离物间序列相似性为98.2%~100%,鄯善分离物间序列相似性为99.2%~100%,组内表现出极高的同源性。基于其部分RdRp基因、NCR及CP基因序列构建的系统进化树表明:25个CABYV分离物与中国及周边地区(泰国、韩国等)的分离物聚为一簇,而与欧洲地区分离物距离较远,说明了该病毒分子变异与分离物的地理分布有关。     

菜薹蛋白精氨酸甲基转移酶基因BrcuPRMT5的克隆及表达分析

以‘油青49’和‘油青甜菜薹80’菜薹茎尖为材料,采用RT-PCR和RACE技术克隆获得组蛋白甲基转移酶基因Brcu PRMT5的全长cDNA和gDNA序列。BrcuPRMT5 cDNA序列全长为2 117 bp,其中完整开放阅读框为1 929 bp,编码642个氨基酸,相对分子量为71.55 kD,理论等电点(p I)为5.87;多序列比对结果表明,Brcu PRMT5编码的氨基酸序列含有高等植物PRMT5基因1个高度保守的结构域;系统发育分析结果显示与大白菜、油菜及甘蓝的亲缘关系最近;亚细胞定位软件分析得知,Brcu PRMT5蛋白无跨膜区域,可能定位于线粒体中;对应的gDNA全长为4 151 bp,含有23个外显子和22个内含子,最长的外显子长度为140 bp,内含子的长度范围为50~150 bp。利用半定量RT-PCR和实时荧光定量PCR技术分析基因的表达,BrcuPRMT5在菜薹不同组织中均有表达,其中在花中表达量最高,叶次之,根中最低;BrcuPRMT5从苗期至完全抽薹开花期的表达量呈现上升趋势。BrcuPRMT5在菜薹花发育过程中可能起一定的调控作用。     

Generation and analysis of expressed sequence tag sequences from a soft‐seeded pomegranate cDNA library

The cultivation of soft‐seeded pomegranate is an important direction in pomegranate breeding. To comprehensively understand the molecular mechanisms involved in the formation of soft‐seeded pomegranate (Punica granatum. var. Hongmanaozi), we established an expressed sequence tag (EST) resource. Two thousand valid sequences were generated, from which 907 unigenes were obtained after initial assembly using the clustalx program. Among these unigenes, 51 showed no similarity to any protein in the public databases, 433 matched with proteins of unknown function, and 423 matched with proteins of known or putative functions. The 423 unigenes were further classified into 13 categories. Among these categories, protein synthesis, cell structure, protein destination and storage, secondary metabolism, signal transduction and transporters accounted for 8%, 8%, 4%, 7%, 6% and 17%, respectively. We also successfully developed 10 highly polymorphic expressed sequence tag‐simple sequence repeat (EST‐SSR) markers for pomegranate. The results provide a new tool for future activities in pomegranate breeding.     

村庄空心化背景下的农村居民点空间布局重构研究

农村居民点空间布局重构对于指导区域农村居民点整理规划、实现土地可持续发展具有重要意义。笔者以黑龙江省明水县明水镇为研究区,通过计算研究区空心化程度、农村居民点整理的重要性指数、迫切性指数、整理时序指数,对农村居民点的整理时序进行划分,提出农村居民点的整理迁移方案。研究结果表明:研究区各村屯农村居民点空心化现象明显,向阳村张奎英屯空心化率最高;在空心化趋势预测结果中,规划近期城北村空心化增强趋势变化最明显,规划中期互助村空心化增强趋势变化最明显,规划远期向阳村空心化增强趋势变化最明显;在农村居民点整理时序上,保留农居点占总数的35.29%,近期整理农居点占总数的9.8%,中期整理农居点占总数的23.53%,远期整理农居点占总数的31.37%。最后提出合理的整理迁移方案,研究成果为指导县域农村居民点整理规划提供参考和科学依据。     

无核白葡萄多酚氧化酶基因的克隆与序列分析

为获得无核白葡萄中多酚氧化酶(PPO)的基因序列,以无核白葡萄果实为试材,进行基因同源克隆,得到多酚氧化酶基因CDS全长序列,其完整的编码框为1 824 bp,编码607个氨基酸(GenBank登陆号为KP271928);系统进化分析可知,其与葡萄科植物PPO基因同源性最高;生物信息学方法发现该蛋白分子量为67 392.44 Da,等电点为6.42,具典型的酪氨酸家族结构域,无信号肽结构,但有一个跨膜结构域,为亲水性蛋白;二级结构预测发现,PPO具有CuA与CuB两个结合区,分别嵌入蛋白活性腔中。该研究为进一步从分子水平探讨多酚氧化酶与褐变的关系奠定理论基础。     

罗氏沼虾白斑综合征病毒囊膜蛋白VP28基因的克隆及分析

根据已公布的罗氏沼虾白斑综合征病毒(WSSV)囊膜蛋白VP28基因序列设计一对特异性引物,从疑似患白斑病毒病的罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)中提取总DNA,并以此为模板,经PCR扩增、克隆并测序后将该片段通过GenBank比对,证实为WSSV的VP28基因;与20个已公布的WSSV VP28进行同源性比较,结果显示:从中国对虾、斑节对虾、南美白对虾、日本对虾、波纹龙虾提取的病毒株聚为一类,印度对虾WSSV VP28为另一类,罗氏沼虾WSSV VP28又单独为一类。根据测序结果推测VP28蛋白的二级结构在氨基酸的7～29区间可能为跨膜螺旋区,且该区域高度保守。     

基于ISSR标记的龙眼种质资源遗传多样性及亲缘关系分析

为明确收集的龙眼种质资源遗传多样性水平和亲缘关系,以20份龙眼种质资源为研究对象,采用ISSR分子标记进行遗传多样性及亲缘关系分析。11条引物共扩增出113条DNA片段,其中多态性片段90条,占总扩增片段数的79.65%。供试龙眼材料的遗传相似系数介于0.5487～0.8673之间,平均遗传相似系数0.7758。20份龙眼资源材料的ISSR聚类结果表明,供试龙眼材料间的亲缘关系较近,聚类结果受亲本关系影响,一定程度上反映了品种的地理分布情况,与传统分类方法较为一致。研究结果为龙眼种质资源的分类、遗传进化研究及杂交组合选配提供一定的理论和技术支持。     

JS018菌有机磷农药降解酶的纯化

实验对一株能高效降解几种有机磷农药菌株JS018的降解酶进行分离和纯化。经分析该降解酶主要位于细胞间质,最适盐析硫酸铵饱和度为60%~70%,粗酶液经硫酸铵沉淀、Sephadex G-100凝胶过滤和DEAE-52柱层析得到较高纯度的酶液。通过PAGE和SDS-PAGE电泳测定该酶分子量约为37KDa,N末端16个氨基酸残基测序的结果为:GAPFQNDVPPACYRFR。