辣椒Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶序列的克隆及分析

[目的]从辣椒基因组中克隆Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶序列,分析其家族特性及进化关系.[方法]根据Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶保守区域设计简并引物,通过PCR扩增、回收、克隆、测序得到的目的基因序列.[结果]克隆从辣椒基因组14条逆转录转座子逆转录酶序列,序列大小均为340 bp左右.生物信息学分析表明,序列长度变化范围为310 ～345 bp,同源性范围为60.2;～99.1;.这些核苷酸序列具有较高的异质性,主要表现为终止密码子突变.聚类分析可将所得序列分为5大类,基于逆转录酶序列进行的不同物种进化树分析显示,第Ⅳ、Ⅴ类序列与荸荠、潘那利番茄等组成一大类,可能是逆转录转座子横向传递的结果.[结论]辣椒Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶序列具有普遍性、异质性等特点,与荸荠、潘那利番茄等物种的同类型逆转座子可能有相同的起源.     

玉米Mutator转座子的结构特征与作用性质

玉米转座子系统主要有En/Spm系统、Ac/Ds系统和Mutator系统3大类,其中Mutator转座子易于插入到基因内部及基因周围,引起的正向突变频率为10-4~10-5,比野生玉米高出近30倍,所引起的突变大部分为隐性突变。由转座子引起的突变,可以通过TAIL-PCR的方法对相关的突变基因进行克隆。本文主要对Mutator转座子的种类、结构特征和作用性质进行综述,并对Mutator转座子的研究应用进行展望。     

mariner 转座子及其在昆虫种系转化中的应用

转座子是不需要同源重组便能在基因组内和基因组间移动的遗传学顺式元件.mariner是最简单的真核转座子,在昆虫中广泛分布.mariner转座子的转座作用只与转座酶有关,是一种很有发展前景的转基因载体,可以实现异源昆虫间的基因转移,产生稳定遗传的转基因品系.     

利用高效转座质粒克隆Streptinomonas maltophilia YHJ-1的分解羽毛相关基因

嗜麦芽窄食假单胞菌Streptinomonas maltophilia YHJ-1是一株能高效降解羽毛角蛋白的菌株;该菌对卡那霉素等多种抗生素不敏感。本实验利用携带Tn5转座酶和卡那霉素抗性转座质粒pRL27和含氯霉素抗性基因盒的pMCm质粒,构建了以氯霉素抗性作为选择标记的转座质粒pRH30。以E. coli UQ3021/pRH30为供体,通过双亲本杂交,构建了S. maltophilia YHJ-1的插入突变体文库,该库共含1246个转化子。随机挑选4个突变子的氯霉素抗性检测和PCR扩增测序分析结果显示文库是可靠的。已从文库中筛选出3株不能降解羽毛转化子,表明利用氯霉素抗性的转座质粒pRH30来构建菌株YHJ-1的突变体是克隆其相关基因并进行遗传分析的有效方法。     

转座子诱变生防枯草芽胞杆菌B-916及抗真菌活性相关基因的克隆

摘要：生防枯草芽胞杆菌(Bacillus subtilis)B-916对水稻纹枯病有很好的防治效果。研究报道了采用转座子诱变技术从8 500个突变株中筛选到3株抗水稻纹枯病菌(Rhizoctonia solani )下降的突变株。PCR验证了转座子插入到了突变株基因组DNA中。虽然突变株相对B-916的生长速度,生物量和最终活菌数没有显著差异;但培养液对水稻纹枯病菌毒力和溶血性能显著下降。HPLC分析表明,B-916分泌的脂肽类抗生素与伊枯草素保留时间不同;突变株M-1、M-2和M-3相对B-916产生脂肽类抗生素发生显著变化。反向PCR克隆转座插入位点周边序列及测序结果表明,转座突变的基因与编码脂肽类化合物合成和调控相关的malonyl coenzyme A transacylase、lipopeptide synthetase B和sensor histidine kinase蛋白基因具有高度同源性。通过基因步行法实验已克隆到插入位点全长基因,分别命名为BacD,BacD和Degs,递交到GenBank,接受序列号为FJ192262和FJ194461。进一步进行了生物信息学分析发现,B-916 编码lipopeptide synthetase B基因与目前已报道的相应基因存在低同源性区域。     

桃果肉近核色素copia-like反转录转座子序列分析及分子标记的建立（英文）

通过对与桃果实近核色素紧密连锁的SRAP标记Me07Em02扩增得到的片段进行了验证、回收、测序和分析,并登录桃基因组Peach v1.0进行比对,获得部分copia-like反转录转座子的部分序列,应用DANMAN和DNASTAR序列分析软件辅助,在桃基因组数据库和GenBank中进行BLASTn比对获得了桃copia-like反转录转座子的全基因组序列,位于Peach v1.0基因组的Scaffold-1的9 939 764～9 944 771 bp位置,全长5 008 bp,其左右两边的长末端重复序列(LTR)完全一致,长度为444 bp,其最大开放阅读框(ORF)位于该序列的487～4 545bp,编码1 535个氨基酸,将该氨基酸序列提交到GenBank中进行Protein BLAST比对,结果显示该序列也具有典型的copia-like反转录转座子的氨基酸序列特征。同时初步建立了桃反转录转座子标记方法,并对桃的遗传多样性进行了分析。     

干旱条件下玉米转座子插入关联的表观调控分析

【目的】干旱是全球范围影响玉米生产的最主要胁迫因素之一。解析抗旱性的遗传基础与分子机制为玉米的抗旱改良提供依据。【方法】利用代表性玉米自交系,以叶片相对含水量和散粉-吐丝间隔为指标开展田间抗旱性精准鉴定。筛选2个抗旱性极端差异的自交系,开展基因组重测序分析和转座子插入鉴定;利用全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）方法分析不同水分处理下叶片和根系组织的DNA甲基化水平;同时利用转录组测序方法对相同样品的基因表达进行分析;通过比较分析获得2个材料间的转座子插入缺失变异、差异甲基化区域和差异表达基因,并综合分析这三者间的相关关系。针对前期克隆的玉米抗旱基因ZCN7,分析该基因区域转座子插入缺失变异介导的DNA甲基化和基因表达变化情况。【结果】在田间干旱处理下,自交系H082183的叶片相对含水量和散粉-吐丝间隔均与正常处理没有显著差异,而旅28在所有试验材料中表现最低的叶片相对含水量和最大的散粉-吐丝间隔。利用H082183和旅28这两个抗旱性极端差异的玉米自交系开展基因组重测序和转座子插入分析,分别检测到333 754和333 296个转座子插入,其中,有89 954个转座子插入在2个自交系...     

转基因昆虫的研究概况及应用前景

利用转基因昆虫防治害虫是害虫基因防治方法之一,它是用遗传工程方法,体外连接昆虫转座子、对昆虫有害基因和启动子,构建一个复合转座子(Transposons with armed cassettes,TAC),在昆虫转座子的引导下,TAC插入昆虫基因组,形成转基因昆虫.转基因昆虫与野生型昆虫交配,TAC随着昆虫转座子的自然扩散传递到子代,并在后代中迅速扩散,经过几个世代,TAC扩散到靶昆虫种群的所有个体,使害虫种群"自毁".     

利用遗传突变基因改良特用玉米--紫糯玉米遗传与育种的几个问题

概述玉米子粒色素在糊粉层受多对基因控制.紫色糯玉米的遗传较为复杂,早年,麦克林托克(Mclintock, B.)指出的跳跃基因,在80年代探明这类跳跃基因导致的玉米花斑色突变,实质上是受转座子控制.紫糯玉米青穗市场的需求与紫糯玉米色素的遗传形成了矛盾,难以克服.紫糯玉米的育种方法是值得研究的课题。