Development of two microsatellite multiplex PCR systems for high throughput genotyping in Populus euphratica

Eighteen microsatellite primer pairs previously developed at Oak Ridge National Laboratory for Populus tremuloides Michx. and Populus trichocarpa Torr. & Gray were screened for amplification in Euphrates poplar, Populus euphratica Oliv. Thirteen loci were found to express polymorphisms ranging from two to 17 alleles. The eight most variable loci were selected to set up and optimize two multiplex polymerase chain reaction (PCR) assays. Three populations containing altogether 436 trees were used to characterize the selected loci and ascertain their applicability for parentage analysis and genotyping studies. Through cross-checking of clonal identity against sex of the genotyped trees we estimated the maximum error rate for merging genotypes to be less than 0.045. Foundation project: This study was supported by the Deutsche Forschungsgemeinschaft DFG (grant number SCHN 1080/1-1)     

两种微卫星多样PCR系统应用于胡杨高效生产基因型

对已在橡树岭国家实验室建立起来的美洲山杨(Populus tremuloides Michx.)和毛果杨(Populus trichocarpa Torr.＆ Gray)18个微卫星引物进行筛选,用于胡杨相关基因的扩增.发现有13个基因位点可以表达基因多态性,范围是2～17个等位基因.选择了8个最易变的基因位点,来构建和优化2种多样PCR法.用来自3个种群的436株树木表征选择的位点,确定他们在亲缘关系分析、基因型研究的适用性.通过克隆基因型鉴定树木性别的交叉检验,我们估计并入基因型最大误差率小于O.045.     

黄淮地区大豆重要亲本间产量的杂种优势、配合力及其遗传基础

2003-2005年以选自黄淮地区及美国的8个大豆重要亲本品种(系)及其组配的28个双列杂交组合为材料, 分析大豆亲本间的产量杂种优势及其配合力, 探讨高优势组合的遗传基础, 包括杂种优势与亲本系数、SSR标记遗传距离的相关。结果表明: (1)黄淮地区大豆亲本间存在产量超亲优势, 平均20.39%, 组合间差异甚大, 变幅–5.34%~76.88%, 优选出豫豆22×晋豆27、淮豆4号×晋豆27、诱变30×蒙90-24, 超亲优势分别为76.88%、29.90%和34.42%, 超标率均在25.00%以上, 晋豆27和诱变30为优秀亲本材料。单株荚数及单株粒数的优势和产量优势相对一致;(2) 大豆亲本间产量杂种优势既与双亲一般配合力之和及特殊配合力有关, 又不完全相关。高优势高产组合的亲本产量配合力特点为亲本之一具有较高的一般配合力, 或双亲具有较高的一般配合力之和, 兼有较高的特殊配合力。单株荚数和单株粒数的情况和产量一致;(3) 按亲本系数聚类和按SSR标记遗传相似系数聚类揭示的8个亲本间的遗传关系相对一致, 均分为两组, 一组包含6个黄淮中、南部品种(系), 另一组包含1个山西和1个美国品种。要获得高优势高产组合, 亲本间必须具有一定的遗传距离, 但遗传距离大并不一定都高产高优势, 还有其他因素决定杂种优势。     

Development of SNP markers for individual identification and parentage test in a Japanese Black cattle population

This study describes the development of efficient single nucleotide polymorphism (SNP) markers for individual identification and parentage tests in a Japanese Black cattle population. An amplified fragment length polymorphism method was employed to detect informative candidate markers, and yielded 44 SNP markers from 220 primer combinations. 29 unlinked SNPs were finally selected as diagnostic markers. The allelic frequencies for each marker were estimated by using PCR‐RFLP in the Japanese Black population. Based on the frequency data, the estimated identity power of these markers was 2.73 × 10^?12. Parentage exclusion probabilities, when both suspected parents' genotypes were known and when only one suspected parent was genotyped, were estimated as 0.96929 and 0.99693, respectively. This panel of SNP markers is theoretically sufficient for individual identification, and would also be a powerful tool for a parentage test in Japanese Black cattle. The markers could contribute to the management of the beef industry in Japan.     

利用系谱图和SSR标记分析云南自育优良甘蔗品种的遗传关系

利用系谱图和SSR标记,研究27个云南自育优良甘蔗品种的遗传关系.品种血缘组成分析表明,27个品种的血缘共包含24个种质,细胞质源主要来自热带种斑扎马新黑潭;早期自育品种由于反复使用少数骨干亲本,如Co419、CP49-50,使得血缘组成整体相似;近期品种加大了对新优良亲本的使用,所含种质数逐渐增多.SSR标记分析表明,27对SSR引物共获得408个标记,多态条带比例平均为93.24%,位点的多态信息量平均为0.9411,表明云南自育优良品种在27个位点上多样性十分丰富.品种的分子聚类与血缘聚类大体上相似,但YZ99-601、YZ65-55与同一组合的其他品种差异较大,需作进一步鉴定,而经钴60辐射诱变品种YF82-682、YF84-FB5与其他品种亲缘关系较远,说明辐射导致品种基因组发生较大变异.     

2010-2011年度四省小麦区试品种遗传多样性和抗条锈性分析

为探讨2010-2011年度四川、甘肃、河北、河南四省参加区试的小麦品种的遗传多样性和抗条锈性,采用亲缘系数(coefficient of parentage,COP)对92个供试小麦品种进行遗传多样性分析,利用各品种组合间的COP值进行聚类分析;对供试小麦品种接种条锈混合菌系CYR33、CYR32、CYR31、CYR30、CYR29、CYR17、Su-1和V26进行抗条锈性鉴定.结果表明,供试的92个品种的4 186对组合中,约14.76％的品种间存在遗传相似性,所有供试品种的COP值在0.0000～0.7500之间,亲缘系数总和为95.793 9,平均值仅为0.022 9,通过对COP值的聚类分析,将供试材料分为8大类,聚为一类的大多数品种抗病性相似,说明其骨干亲本的抗病性被很好地遗传了;甘肃、四川品种对小麦条锈病的抗性较强,河南、河北品种相对较弱.表明甘肃、四川品种的遗传多样性相对较高,河南品种的遗传多样性相对较低.     

对目前我国推广种植橡胶无性系的状况分析

对我国1991～1993年全国橡胶树优良品种推荐书推荐品系的表现,并结合马来西亚现推荐的橡胶树优良品种资料,进行比较分析,结果我国目前推广橡胶品种的产量比较高,热研88—13、海垦2、大丰95和云研277—5等4个中推级无性系的产量显著高于 RRIM600。同时,由于主要选用抗风或抗寒杂交亲本,现推广品种的抗风或抗寒能力,都明显增强。但鉴于我国主要植胶区台风较频繁,风害较重,使用的橡胶抗寒品种较单纯,今后还必须挖掘新杂交亲本的潜力,使我国抗风高产和抗寒高产的橡胶品种的培育步上新台阶。     

AFLP技术对梅花杂交种的快速鉴定

应用银染法AFLP鉴定以父本‘多萼朱砂”与母本‘雪梅’杂交所得 12株F1 子代。以E AT +P AT选择性引物对扩增 ,父本 180bp的特异带在 12株F1 代中都呈阳性带 ;母本 170bp和 171bp两条特异带在 12株F1 代中也都呈阳性带 ,双亲基因组DNA中这 3个特异位点在F1 子代中稳定遗传。结果表明 ,这 12株均为‘多萼朱砂’ב雪梅’的F1 子代 ,AFLP是适合梅花亲子鉴定的简便技术。AFLP对梅花杂交选育新品种的早期选择具有应用前景。     

转基因克隆绵羊的亲子鉴定

利用IASG上公布的绵/山羊的11个微卫星标记,鉴定转基因克隆羊与供体细胞系和代孕母羊间的亲子关系。结果表明转基因克隆羊与供体细胞系之间11个微卫星标记的基因型一致,而与代孕母羊基因型差异很大,由此确定转基因克隆羊来源于供体细胞系。     

2008-2009年度河北、河南、四川和江苏四省冬小麦区试品系的遗传多样性和抗条锈性分析

探讨2008-2009年度河北、河南、四川、江苏四省参加区试的70个小麦品系的遗传多样性和抗条锈性,以期了解小麦种质资源间的遗传差异,并为小麦品种抗条锈病基因的合理布局提供科学依据。采用亲缘系数（coefficient of parentage, COP）分析2008-2009年度四省的70个供试小麦品系的2 415对组合并进行聚类分析,同时,对这70个品系接种条锈菌混合菌系CYR32、CYR31、CYR33、CYR30和CYR29,进行抗条锈性鉴定。供试的所有品系的COP值的变化范围在0.000 0～0.750 0之间,COP值的总和为24.607 5,其平均值为0.010 2。聚类分析分为6大类,聚为一类的多为同一个骨干亲本培育的品系且它们的抗性相似,说明使用同一骨干亲本抗病性得到了较好的遗传,但使用同一亲本降低了小麦品种间的遗传多样性。增大对亲缘关系较远的品种的应用,有利于增加小麦品种间的遗传多样性,创造出更多的优异种质。小麦条锈病抗性鉴定结果表明,四省的小麦区试品系对条锈病感病和抗病分别占总参试品系的57.14%和40%,其中,四川抗病品系占参试品系的61.55%,总体上看抗条锈性相对较好,其他三省抗条锈性相对较差,抗病品种选育工作亟待加强。