高通量测序解析冰鲜刀鲚细菌群落变化特征

为了研究养殖刀鲚冰鲜保存过程中细菌群落组成及变化情况,采用Illumina Miseq高通量测序方法对冰鲜条件不同贮藏时间（0、3、6、9、12、15、18 d）刀鲚肌肉样本细菌的16S rRNA基因的2个高变区（V3—V4）进行测序,比较其细菌多样性及门、属水平的细菌相对丰度,并进行主成分分析、Heatmap分析以及特定腐败菌分析。结果显示,7组样品细菌分布于40门787属,冰鲜条件下刀鲚肌肉的优势致腐败菌属为假单胞菌、微杆菌属和气单胞菌属。主成分分析显示,刀鲚腐败前后的微生物结构存在差异。Heatmap图分析显示新鲜样本的细菌丰度最大。3组冰鲜贮藏6 d前的样品群落结构较相似。贮藏12 d时常见致腐菌（微杆菌属、假单胞菌属、气单胞菌属）占比显著提高,其细菌的多样性及丰富度最低。随着冰鲜保存时间的延长,刀鲚肌肉的细菌菌落结构产生了动态变化。冰鲜保存6～9 d后刀鲚肌肉的细菌菌落结构变化较大,研究结果可以为预测冰鲜刀鲚货架期提供参考。     

风景园林研究的跨界融合与量化革新——以香港大学城市环境与人类健康实验室为例

以香港大学城市环境与人类健康实验室这一新兴学术共同体作为研究切入点,使用文献综述与案例研究的方法深入探讨学术共同体在推动风景园林学科的发展和进步中扮演的关键角色。研究结果发现：该实验室在以往的风景园林学科内容、框架和知识体系基础上,运用新兴技术并结合定量的统计学方法,将城市环境与居民健康紧密相连,为快速城市化地区的环境和人类健康问题提供高效、精准、人文关怀且切实可行的解决方案,并极大地拓展了风景园林学科的研究领域;实验室的核心关注点在于城市感知：探究城市环境特征如何以及在何种程度上通过心理、生理等途径影响人类健康;在健康城市领域,这支先锋团队担任着理论研究、技术探索以及教育者的角色。     

核桃细菌性疫病菌特性及其与核桃内生菌的竞争作用

为了明确本实验室前期分离得到的一株核桃细菌性疫病菌Xaj DW3F3的相关特性及其与寄主内生菌的竞争能力。对该病原细菌进行了显微观察、生物膜形成测定,不同培养基上多糖和色素含量,以及18项生理生化指标测定。通过毛细管法和滴落法观察其趋化作用,并测试其与寄主内生菌的竞争能力。结果表明,病原菌DW3F3为杆状、极生鞭毛、有运动性并能形成生物膜。其在YPGA、King’B 和NA培养基上生长较好,产生多糖和色素较多。病原菌有较强的耐盐性,致死温度达60℃,对纤维素和淀粉都有较强的分解能力,对NaCl和寄主叶片表现出一定的趋性。在其与核桃叶部内生菌的共培养中表现出一定竞争优势。该病菌菌DW3F3有树生黄单胞菌核桃致病变种（Xanthomonas arboricola pv.juglandis,Xaj）的基本特征及致病相关特性,这些特征可能与其致病性强及病害难以控制有关。     

不同有机肥对土壤及核桃果实品质的影响

为探究‘辽宁1号’核桃较适宜的有机肥种类及施肥方式,以‘辽宁1号’核桃树为试验材料,利用半焦肥、鸡粪及生物菌肥三种有机肥进行施肥处理,检测不同有机肥对土壤及核桃产量品质的影响。结果表明,生物菌肥施肥能显著提高果仁黄酮含量;鸡粪能显著提高果仁Fe、Zn含量以及土壤速效磷、速效钾含量;5.0 kg半焦肥能显著提高果仁多酚、土壤有机质含量;10.0 kg半焦肥施肥能显著提高核桃单果重、横径、脂肪含量,矿质元素中K、Ca、Mg、Cu的含量以及土壤全磷含量。综合比较,10.0 kg/株半焦肥施肥对核桃相关果实品质的影响较大;根据隶属函数分析得出10.0 kg/株半焦肥施肥是较优施肥方式。     

长期秸秆掩埋配施氮肥对土壤细菌群落特征的影响

为揭示典型潮土微生物群落及其生态网络对秸秆还田的响应机制,选择长期小麦-玉米轮作下不同秸秆还田处理的试验地为对象,应用高通量测序和生态网络等方法,阐明秸秆掩埋配施不同氮肥后土壤细菌群落组成、细菌网络共存关系以及与土壤养分的关联。结果表明：（1）与秸秆移除且不施氮肥处理相比,秸秆还田配合常规施肥处理显著降低土壤pH,提高了土壤全氮、有机碳、有效磷、速效钾和硝态氮含量（P < 0.05）。秸秆掩埋配施氮肥有利于增加土壤养分含量。（2）不同秸秆还田方式和氮肥施用量处理的细菌Alpha多样性无显著差异,而细菌群落结构差异显著。pH、SOC和TN等因子驱动了细菌群落结构变异。酸杆菌门、变形菌门、拟杆菌门和绿弯菌门是潮土细菌群落的主要优势菌门。（3）共现网络分析得到4个主要的生态集群,均与土壤养分有显著相关性。模块1中物种丰度与SOC、TN、TP、NO3- -N、AP和AK呈极显著负相关（P < 0.001）,与pH呈极显著正相关（P < 0.001）;模块2和模块3中物种丰度与大部分养分含量呈正相关,与pH呈负相关。因此秸秆还田配施氮肥可以通过调节细菌互作关系,从而调控土壤肥力。研究结果可为秸秆的资源化利用和土壤施肥管理提供科学依据。     

柑橘溃疡病拮抗芽孢菌株的筛选及其控病作用

从柑橘根际土壤中获得192个细菌分离物,通过平板拮抗测试,筛选出对柑橘溃疡病菌（Xanthomonas axonopdis pv. citri）有较强拮抗作用的6个芽孢菌株,抑菌圈直径达12.0～25.0mm,其中菌株G32对柑橘溃疡病菌抑制效果最好,稳定性高;温室控病试验表明,菌株G32的控病效果最佳,提前喷施拮抗菌其预防效果达60.7%,接种溃疡病菌后喷施的治疗效果为53.2%;根据其形态特征、培养性状、生理生化特性及16S rDNA序列比对分析,将G32鉴定为枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis。     

我国猕猴桃细菌性溃疡病研究分析及防控

【目的】为了明确猕猴桃细菌性溃疡病的研究动态和进展,为该病的研究和防治提供参考。【方法】对1988-2015年期间中国知网中国期刊全文数据库上的猕猴桃细菌性溃疡病文献进行了统计分析。【结果】结果表明：我国猕猴桃细菌性溃疡病逐年加重,各猕猴桃产区发生不均衡;从文献研究内容上看,对猕猴桃细菌性溃疡病的防治和药剂筛选试验等内容较多,对病害的基础性研究以及规律、预测预报等方面研究较少。【结论】本文在详细分析文献的基础上提出了猕猴桃细菌性溃疡病的防控建议。     

次生盐化对溪流底栖分解者和凋落物分解的影响

次生盐化是人类活动引起的淡水水体盐度异常增高的现象。目前,次生盐化已经由干旱区的局域环境问题,蔓延成为全球性生态问题,严重威胁淡水生态系统生物多样性、生态系统功能和生态系统服务。然而,次生盐化对溪流生态系统的效应尚不清晰,本研究以分解者亚系统结构和功能为切入点,解析次生盐化对溪流分解者群落和凋落物分解过程的影响,以期为河溪生态系统保护、管理、修复提供理论依据。已有研究表明,在盐化溪流中,（1）细菌群落和真菌群落对盐化过程的响应模式存在显著不同,相应作用路径对凋落物分解过程变化的调控能力也不同,真菌响应更为复杂;（2）盐化可通过致死效应和亚致死效应对底栖动物群落产生显著影响,撕食者通常对盐度敏感,盐化作用下底栖撕食者变化对凋落物分解过程的影响非常重要;（3）凋落物分解速率普遍降低,但凋落物分解过程与水体盐化特征和模式之间的关系尚未确定。后续的研究重点应包括溪流盐化时空动态的生态效应研究、凋落物分解的元素释放动态等过程参数监测、溪流次生盐化与其他因素（全球变化、富营养化、新兴污染物等）的交互作用研究等     

Community structure and carbon and nitrogen storage of sagebrush desert under grazing exclusion in Northwest China

Overgrazing is regarded as one of the key factors of vegetation and soil degradation in the arid and semi-arid regions of Northwest China.Grazing exclusion(GE)is one of the most common pathways used to restore degraded grasslands and to improve their ecosystem services.Nevertheless,there are still significant controversies concerning GE’s effects on grassland diversity as well as carbon(C)and nitrogen(N)storage.It remains poorly understood in the arid desert regions,whilst being essential for the sustainable use of grassland resources.To assess the effects of GE on community characteristics and C and N storage of desert plant community in the arid desert regions,we investigated the community structure and plant biomass,as well as C and N storage of plants and soil(0-100 cm depth)in short-term GE(three years)plots and adjacent long-term freely grazing(FG)plots in the areas of sagebrush desert in Northwest China,which are important both for spring-autumn seasonal pasture and for ecological conservation.Our findings indicated that GE was beneficial to the average height,coverage and aboveground biomass(including stems,leaves and inflorescences,and litter)of desert plant community,to the species richness and importance values of subshrubs and perennial herbs,and to the biomass C and N storage of aboveground parts(P<0.05).However,GE was not beneficial to the importance values of annual herbs,root/shoot ratio and total N concentration in the 0-5 and 5-10 cm soil layers(P<0.05).Additionally,the plant density,belowground biomass,and soil organic C concentration and C storage in the 0-100 cm soil layer could not be significantly changed by short-term GE(three years).The results suggest that,although GE was not beneficial for C sequestration in the sagebrush desert ecosystem,it is an effective strategy for improving productivity,diversity,and C and N storage of plants.As a result,GE can be used to rehabilitate degraded grasslands in the arid desert regions of Northwest China.     

6 个不同品种荔枝果肉内生细菌群落多样性的高通量测序分析

【目的】内生菌在植物生长发育中发挥重要作用,分析不同品种荔枝果肉内生细菌群落结构及多样性,挖掘和利用潜在荔枝内生菌种资源,为进一步研究荔枝与内生菌互作关系提供参考依据。【方法】以 6 个不同品种荔枝的果肉组织为材料,PCR 扩增 16S rDNA 的 V3~V4 区,利用 MiSeq 高通量测序技术分析果肉组织内生细菌在门、科、属和种分类水平上的群落组成及优势菌群,结合 Alpha 多样性分析评估内生细菌群落多样性。【结果】对 6 个品种荔枝果肉内生细菌 16S rDNA 的 V3~V4 区进行扩增,共获得 2 139 086 条序列,其平均长度为 376 bp。不同品种荔枝果肉内生细菌群落在相对丰度和多样性上无显著差异。在门分类水平,变形菌门为主要优势细菌门类,其次为放线菌门。在科、属和种分类水平上,不同品种荔枝内生菌群落结构相似,但相对丰度占比不同。差异菌群分析结果显示,假单胞菌属（Pseudomonas）、果胶杆菌属（Pectobacterium）、苍白杆菌属（Ochrobactrum）和迪基氏菌属（Dickeya) 在优良品种‘鹅蛋荔’‘糯米糍’和‘观音绿’中显著富集,根瘤菌属（Bradyrhizobium）和变形菌属（Snodgrassella）只在‘鹅蛋荔’中富集。根据菌群相对丰度进行聚类分析,‘观音绿’‘糯米糍’和‘鹅蛋荔’的相似性更高。Alpha 多样性分析结果表明,6 种荔枝果肉内生菌群仅在丰度和多样性上存在差异,但未达到显著水平。【结论】该研究首次分析了 6 个不同品种荔枝果肉内生细菌的群落结构,并在优良荔枝品种中发现特有的微 生物类群富集现象,可为后续提升荔枝品质、开发利用内生菌提供理论依据和重要参考。