Quantitative PCR assays to enumerate Rhizobium leguminosarum strains in soil also target non viable cells and overestimate those detected by the plant infection method

The plant infection method is commonly used to estimate the Most Probable Number (MPN) of soil rhizobia. Here, a qPCR method was set-up and validated with newly developed ANU (strain specific) and RHIZ (more general) primers to quantify the specific Rhizobium leguminosarum bv. trifolii ANU843 strain or general R. leguminosarum strains. Detection limits of qPCR protocols in soil were 1.2 × 10⁴ (ANU) and 4.2 × 10³ (RHIZ) cells per g soil. The qPCR assay appears robust and accurate in freshly inoculated soils but overestimated MPN for indigenous soil rhizobia. An incubation experiment showed that qPCR detected added DNA or non viable cells in soils up to 5 months after addition and incubation at 20 °C in moist conditions.     

Experimental infections of a ciliate Tetrahymena pyriformis on ornamental fishes

SUMMARY: Experimental infection of Tetrahymena pyriformis was conducted on ornamental fishes with skin wounded by acetic acid treatment. Among fishes used in this experimental infection, guppy Poecilia reticulata , pristella Pristella maxillaris , neontetra Paracheirodon innesi and cherry barbs Puntius titteya proved to be sensitive to challenge, while medaka Oryzias latipes , dwarf gourami Colisa lalia , goldfish Carassius auratus , platy Xiphophorus maculatus and angelfish Pterophyllum scalare were resistant. In catfish Corydoras aeneus infection was unsuccessful. Exposure to Tetrahymena at ≥100 cells/mL at 25 to 30°C and at pH of 6.0 to 8.0 resulted in the successful infection of some sensitive fish species. Histological and bacteriological observations suggest that deeply destroyed skin tissues from the acid-treated method are the primary factors in successful infection.     

基于qPCR和LAMP技术的马铃薯晚疫病菌快速检测方法

马铃薯晚疫病菌（Phytophthora infestans）能侵染多种茄科植物,它引起的马铃薯晚疫病,是马铃薯生产中的第一大病害。为了开发能在田间快速检测马铃薯晚疫病病原的方法,利用P. infestans T30-4基因组测序数据的contig 1.18131,设计qPCR和LAMP引物,优化扩增条件后得到引物的特异性和灵敏度,最后通过检测田间收获薯块,比较形态学传统方法、qPCR及LAMP的差异。特异性检测结果发现,qPCR和LAMP仅在含有P. infestans DNA模板的体系有阳性扩增,在寄主和其他微生物DNA中均无扩增;在优化的条件下,qPCR和LAMP的检测下限可达1×10 ^-6ng/μL,在有寄主和其他微生物DNA存在的条件下,引物的灵敏度没有显著差异。利用两种快速方法对在大理、丽江及昆明3个地区田间收获薯块上检测发现,qPCR和LAMP方法得到的检出率差异极为不显著（P=0.420）,两种快速检测方法和形态学鉴定方法检出率差异极显著（P=0.009）。在大理、丽江及昆明3个地区的薯块中,两种分子检测方法检出率均比形态学方法高。其中,qPCR检测方法比形态学方法分别提高了12.00%、2.00%、8.70%;LAMP检测方法比形态学方法分别提高了11.30%、2.00%、8.70%。     

The effect ofCorynebacterium sepedonicum on symptoms and yield of four potato cultivars

Summary Inoculating the roots of potato cvs Ostara, Laila, Kerrs Pink, and Pimpernel withCorynebacterium sepedonicum caused severe rotting of tubers and between 12 and 51 % decrease in yield. There was a significant cultivar/infection interaction. The numbers of tubers decreased significantly except for cv. Laila, which also showed little rotting of tubers, and the average tuber weight decreased most in cv. Pimpernel. The concentration ofC. sepedonicum was high in most inoculated tubers including those not showing symptoms.

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Zusammenfassung Wurzeln von gekeimten Saatknollen der Sorten Ostara, Laila, Kerrs Pink und Pimpernel wurden durch Tauchen in Suspensionen vonCorynebacterium sepedonicum inokuliert. Dies erbrachte einen betr?chtlichen und signifikanten Ertragsrückgang, vor allem bei der Sorte Pimpernel (Tabelle 1); desweiteren zeigte sich eine signifikante Sorte/Infektion-Wechselwirkung. Inokulation ergab, mit Ausnahme von Laila, eine signifikante Senkung der durchschnittlichen Knollenzahl (Tabelle 2); am gr?ssten war der Rückgang bei Kerrs Pink, w?hrend das durchschnittliche Knollengewicht am meisten zurückging bei Pimpernel (Tabelle 3). Der Ertragsrückgang bei Laila erfolgte durch Reduktion des durchschnittlichen Knollengewichtes, bei den anderen Sorten jedoch durch Rückgang der durchschnittlichen Knollenzahl. Diese Beobachtung l?sst darauf schliessen dass die Entwicklung der Infektion bei Laila nach der Knollen-Initiierung einsetzte, w?hrend sie bei den anderen Sorten schon früher einsetzte und somit die Knollenzahl beeinflusste. Im Gegensatz zu den anderen Sorten zeigten einige Tochterknollen von Laila ?ussere Symptome, in Verbindung mit starker F?ule, w?hrend in der Entwicklung interner Symptome nur geringe Unterschiede zwischen den Sorten gefunden wurden (Tabelle 4). Dennoch waren die Konzentrationen vonC. sepedonicum in den meisten symptomlosen Tochterknollen inokulierter Pflanzen hoch (Tabelle 4). Die Ergebnisse zeigen dass die Sorte Laila gegen eineC. sepedonicum-Infektion resistenter als die anderen geprüften Sorten ist, dass jedoch hohe Konzentrationen des Erregers in symptomlosen Knollen von inokulierten Pflanzen gegen eine Verwendung bei der Züchtung sprechen.

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Résumé Des racines de tubercules de semence germés (variétés Ostara, Laila, Kerrs Pink et Pimpernel) sont inoculées par immersion dans des suspensions deCorynebacterium sepedonicum. Cela provoque une diminution conéquente et significative du rendement, en particulier pour la variété Pimpernel (tableau 1), et il existe une interaction significative variété/infection. L'inoculation diminue significativement le nombre moyen de tubercules (tableau 2) sauf pour la variété Laila; la diminution est la plus importante pour la variété Kerrs Pink, tandis que le poids moyen de tubercules diminue le plus pour la variété Pimpernel (tableau 3). La diminution du rendement pour la variété Laila est provoquée par une réduction du poids de tubercules. Cette observation suggère que le développement de l'infection pour la variété Laila débute après l'initiation de tubérisation, alors que pour les autres variétés, elle commence plus t?t et de ce fait influence le nombre de tubercules. Peu de tubercules fils de la variété Laila montrent des sympt?mes externes associés à une pourriture importante en comparaison avec les autres variétés, alors que de petites différences s'observent entre toutes les variétés au niveau du développement de sympt?mes internes (tableau 4). Les concentrations deC. sepedonicum sont cependant élevées dans la plupart des tubercules fils ne présentant pas de sympt?mes et provenant de plantes inoculées (tableau 4). Les résultats montrent que la variété Laila est plus résistante à l'infection deC. sepedonicum que les autres variétés testées, mais les fortes concentrations du pathogène dans les tubercules sans sympt?me provenant de plantes inoculées empêchent son utilisation en multiplication.

     

中国马铃薯晚疫病的研究进展和建议

轻微感染的种薯可以越冬，第二年播种后产生病苗，形成中心病株，再向周围蔓延，形成发病中心；1996年中国首次报道发生A2交配型，以后在马铃薯主产区陆续发现A2交配型，其发生频率北方高于南方；对人工培养基上卵孢子产生的条件，病菌的薯片培养法和液态氮的保存效果，也进行了初步研究；影响晚疫病开始流行的气候条件主要是温度和湿度，但是在我国复杂的地理气象条件下，温、湿度在各地的作用是不同的，在春旱地区，湿度是限制因素，在潮湿多雨的地区，湿度是限制因素；经过多年的试验，初步建立了宁夏南部山区马铃薯晚疫病流行的灰色预测模型，可以对当地晚疫病的流行进行长期预测，回测准确；抗病育种的研究，目前倾向于水平抗性的筛选，已评价出一批对晚疫病具有水平抗性的优良无性系，利用这些无性系，有希望培育出具有水平抗性的有推广价值的高产品种；对马铃薯块茎晚疫病鉴定方法，马铃薯抗晚疫病的遗传工程也开展了研究，并取得良好进展；室内菌株测定和田间试验，均证明抗瑞毒霉菌株的存在，导致瑞毒霉防效降低，但是它的复配药剂瑞毒霉锰锌仍保持很高的防效；中国在近几年已研究出一种新的杀菌剂氟吗啉，具有很好的保护和治疗效果，明显高于克露、普力克、瑞毒霉以下问题的研究和调查：消灭或控制带病种薯内病菌的方法；卵孢子在流行中的作用；消灭土壤内或残株内部孢子的方法；开展晚疫病菌对农药抗性的监测；加强长、短期测报技术的研究，成立全国或地区晚疫病测报中心；春秋二作区，不同地区的温室和网室网疫病发生的特点；品种抗病性的监测。     

河南省新乡市奶牛隐孢子虫感染情况调查

本文应用病原学检查法对新乡市4个奶牛场的102头奶牛进行了隐孢子虫感染情况调查，调查结果：隐孢子虫感染率为20.6%；发病率为5.8% ；不同年龄的奶牛感染情况不同；机体免疫功能较低的奶牛易感染；经鉴定虫种为鼠隐孢子虫（Cryptosporidium muris)。     

The Relationship Between Wheat Seed Weight, Infection by Fusarium culmorum or Microdochium nivale, Germination and Seedling Disease

The distribution of seeds by weight for three lots of winter wheat cv. Avalon infected by Fusarium culmorum and three lots of winter wheat cv. Riband infected by Microdochium nivale was determined. The distribution of infected seeds within each seed lot was then determined by isolating F. culmorum from seeds on moist filter paper and M. nivale from seeds on potato dextrose agar. The distribution of M. nivale infected seeds between seeds of different weight was similar to that of the seed lot as a whole, whereas the distribution of F. culmorum was greater in light seeds than heavy seeds. The percentage germination of infected seeds decreased with seed weight. A similar situation was found with respect to seedling emergence in compost for F. culmorum infected seeds. However, with M. nivale infection, similar numbers of seedlings emerged from both light and heavy infected seeds. Seed treatment with guazatine increased seedling emergence for both light and heavy seed infected by M. nivale. However, seedling emergence from F. culmorum infected seed was poor even following treatment with guazatine. Poor emergence was most evident from light seed.