普通西瓜3个变种45S rDNA和5S rDNA的染色体定位

【目的】为了探明普通西瓜种(Citrullus lanatus)3个变种间的亲缘关系和进化与驯化过程,【方法】利用双色荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,FISH),将核糖体45S rDNA和5S rDNA在11份栽培变种(Citrulluslanatus subsp.vulgaris)、2份Egusi变种(C.lanatus subsp.mucosospermus)和3份Citroides变种(C.lanatus subsp.lana-tus)有丝分裂中期染色体上进行了定位研究。11份栽培变种西瓜和2份Egusi类型西瓜都含有2对45S rDNA位点和1对5S rDNA位点,3份Citroides变种都含有1对45S rDNA位点和2对5S rDNA位点。【结果】结果表明,普通西瓜种3个变种内部各基因型间具有相同的45S rDNA和5S rDNA分布模式,栽培变种和Egusi变种具有相同的分布模式,但它们均与Citroides变种存在明显差异,说明栽培变种与Egusi变种之间的亲缘关系更近一些。【结论】rDNA序列分布分析为在分子细胞学水平开展栽培西瓜的进化与驯化分析提供了证据。     

珍珠豆型花生品种白沙1016核型分析

珍珠豆型花生白沙1016是重要的花生种质资源.利用高度保守的重复序列5S和45SrDNA作探针对白沙1016根尖细胞中期染色体进行荧光原位杂交(FISH)分析,发现两探针在白沙1016的12条染色体上能产生杂交信号,其中1对染色体长臂与短臂、2对染色体短臂、3对染色体长臂具有杂交信号.综合DAPI+染色带纹和染色体长度、臂比、面积等特征,可以将白沙1016大部分染色体区分开,为白沙1016的育种利用提供了染色体遗传分析基础.     

铁皮石斛及其混伪品的rDNA ITS序列分析与鉴别

[目的]从分子水平上实现对铁皮石斛及其混淆品快速准确的鉴别。[方法]通过对铁皮石斛及其混淆品的rDNA ITS区序列进行分析,计算遗传距离,并采用邻接法构建NJ系统树。[结果]8个来自不同产区的铁皮石斛rDNA ITS区序列全长636 bp;铁皮石斛及其6个常见混淆品药材ITS序列长度范围为636～641 bp,其中ITS区(不包括5.8S)片段长度为483 bp,含信息位点60个(12.4%),变异位点185个(38.3%);各样品间遗传距离范围为1.108%～2.594%,NJ系统树也表明铁皮石斛与其混淆品的亲缘关系较远。[结论]ITS序列可对铁皮石斛及其混淆品进行快速简便的鉴别。     

泡桐根瘤内生细菌的分离及初步鉴定

【目的】为了探究非豆科植物泡桐与微生物共生固氮体系,对泡桐根瘤内生细菌的分离培养条件 及其系统发育地位进行初步研究。【方法】对从广西钦州市采集的泡桐根瘤上分离纯化得到的根瘤内生细菌, 进行传统生理生化研究和 16S rDNA 系统发育分析。【结果】经分离纯化得到 9 株根瘤内生细菌,大部分菌株 能较好地利用 8 种碳源;78% 的菌株能利用铵盐,89% 的菌株能利用硝酸盐;所有的供试菌株在 3- 酮基乳糖 和淀粉水解试验中呈阴性;89% 的菌株能利用柠檬酸盐;B.T.B 反应除菌株 PG-7 产碱外,其余都产酸;33% 的菌株能使硝酸盐还原;有 56% 的菌株能在牛肉膏蛋白胨培养基上生长良好,多数菌株具备豆科植物根瘤菌的 一般生理生化特征。通过 16S rDNA 全序列分析,确定 9 株供试菌株可分为 4 个菌属,其中菌株 PG-1 和 PG-2 共属于土壤杆菌属（Agrobacterium）,PG-3、PG-5、PG-6、PG-8 和 PG-9 等 5 株菌株共属于根瘤菌属（Rhizobium）, PG-4 隶属于草螺菌属（Herbaspirillum）,PG-7 隶属于伯克氏菌属（Burkholderia）。【结论】分离自同一寄主 的根瘤内生细菌其生理生化特性方面存在较大的差异性,同时表现出了遗传的多样性。     

45S和5S rDNA序列在20种葫芦科植物染色体上的定位

【目的】了解45S和5S rDNA序列在20种葫芦科Cucurbitaceae植物基因组中位点数目和分布特点,为研究葫芦科植物核型、遗传育种和进化分类等提供依据。【方法】采用改进的荧光原位杂交(FISH)法,在45S rDNA和5S rDNA的5′端进行荧光修饰,对20种葫芦科植物中期染色体进行45S和5S rDNA的物理定位,在Nikon 80i荧光显微镜下观察,冷CCD收集图像并分析。【结果】确定了金瓜Gymnopetalum chinense、波棱瓜Herpetospermum pedunculosum、葫芦Lagenaria siceraria、木鳖子Momordica cochinchinensis、云南木鳖Momordica dioica、西葫芦Cucurbita pepo、蛇瓜Trichosanthes anguina、糙点栝楼Trichosanthes dunniana、全缘栝楼Trichosanthes ovigera、钮子瓜Zehneria maysorensis、红瓜Coccinia grandis和佛手Sechium edule等12种植物45S rDNA和5S rDNA荧光位点在中期染色体上的数量、位置和特征,在这些植物中分别检测到3、7、2、4、2、5、3、3、5、1、2和2对45S rDNA,检测到2、1、1、1、1、2、1、1、1、1、1和1对5S rDNA。20种植物中,45S rDNA和5S rDNA在染色体短臂、短臂顶端和着丝点等位置均有分布。【结论】FISH是葫芦科植物构建精细核型的有效工具,可帮助判断随体、鉴别染色体和鉴定同源染色体,是核型分析的有力佐证。     

甘露寡糖添加方式对哺乳期犊牛瘤胃细菌菌群结构的影响

为利用16S rDNA技术研究甘露寡糖不同添加方式对哺乳期犊牛瘤胃细菌菌群结构影响,本研究选用出生日龄一致、体重接近、健康状况良好的荷斯坦公犊牛20头,随机分为4组。CR组为对照组,饮用乳及开食料中均不添加甘露寡糖;ORa组在饮用乳中添加5 g甘露寡糖,开食料中不添加甘露寡糖;ORb组在开食料中添加5 g甘露寡糖,饮用乳中不添加甘露寡糖;ORc组在饮用乳及开食料中各添加2.5 g甘露寡糖(混合添加)。应用16S rDNA测序技术,研究了甘露寡糖添加方式对犊牛瘤胃细菌构建的影响。结果表明:甘露寡糖添加方式会影响哺乳期犊牛瘤胃细菌总数,但对哺乳期犊牛瘤胃细菌菌群多样性未产生显著影响(P>0.05)。在门水平上,与对照组相比,ORb组颗粒料中添加甘露寡糖显著降低了厚壁菌门与放线菌门的丰度(P<0.05),极显著提高了变形菌门的丰度(P<0.01),优势菌门增加为3种,分别为拟杆菌门、厚壁菌门与变形菌门。在属水平上,甘露寡糖不同添加方式导致哺乳期犊牛瘤胃细菌菌群结发生了改变,其中甘露寡糖不同添加方式对小杆菌属和脱硫弧菌属在瘤胃内丰度均产生了影响,但对ORa组与ORc组犊牛瘤胃细菌影响不及ORb组;且ORb组犊牛瘤胃细菌功能性菌属普雷沃氏-7属、氨基酸球菌属、优杆菌属和琥珀酸弧菌等均发生显著变化。基于以上结果,得出如下结论:本研究条件下,甘露寡糖添加方式对哺乳期犊牛瘤胃细菌菌群多样性未产生显著影响(P>0.05),但开食料中寡糖添加方式对菌群结构产生部分影响,其中发挥瘤胃蛋白降解作用和淀粉降解作用的琥珀酸弧菌科-UCG-001属、利用乳酸的新月形单胞菌属丰度极显著提高(P<0.01),而利用乳糖的优杆菌属丰度显著降低,降解半纤维素的小杆菌属丰度极显著降低(P<0.01)。     

The true nature of Ganoderma in Iran: Taxonomy based on ITS and mtSSU rDNA

The genus Ganoderma Karst. has broad‐spectrum usage in biotechnology, medicine and the food industry. The complexity of the morphology within species has led to uncertain identification in the past, but recent advancements in molecular identification methods have provided scientists with the opportunity to better understand the taxonomy of the species. The present study attempts for the first time to elucidate the distinctiveness of the Ganoderma species growing in Iran concerning those elsewhere in the world based on mitochondrial small subunit ribosomal DNA (mtSSU rDNA) and internal transcribed spacer (ITS) sequence data. The results disclosed that the G. lucidum Karst. samples collected in Iran are more similar to the European Ganoderma species than to the Asian (Chinese) one used in this study.     

一株乳酸片球菌的筛选、鉴定及其固态发酵饲料原料的产酸分析

本研究从猪的新鲜粪便中分离纯化出一株具有较强产酸效果的乳酸菌HF14,综合形态、生理生化、16SrDNA序列分析,初步鉴定该菌株为乳酸菌片球菌(Pediococcus acidilactici)。对HF14固态发酵豆粕、麸皮、玉米粉与稻壳粉等饲料原料的产酸类别进行分析发现,产生的有机酸以L-乳酸与乙酸为主,其中,发酵玉米粉的pH最低,为3.77,L-乳酸与丙酸含量最高,分别为21.91、1.03mg/g;发酵麸皮的pH降幅最大,丁酸含量最高,为0.72mg/g;发酵稻壳粉的乙酸含量最高,为6.15mg/g,L-乳酸含量最低;发酵豆粕的各个指标居中。     

氨氮与亚硝酸盐对吉富罗非鱼肠道菌群的影响

氨氮和亚硝酸盐是蛋白质的代谢副产物,水体中高浓度的氨氮和亚硝酸盐会显著抑制罗非鱼的免疫力。肠道微生物与鱼类的免疫息息相关,然而氨氮和亚硝酸盐是否影响罗非鱼的肠道微生物仍不清楚。本研究采用基于16S rDNA基因序列的高通量测序,研究了氨氮和亚硝酸盐对吉富罗非鱼肠道菌群的影响。结果表明,罗非鱼肠道微生物群落主要以变形菌门和放线菌门为主。氨氮和亚硝酸盐不改变罗非鱼肠道菌群的alpha多样性,但显著改变物种组成,其中Aurantimicrobium菌属在两种处理下比例显著降低。原核类群功能注释(FAPROTAX)分析表明,氨氮和亚硝酸盐胁迫导致的差异ASVs主要涉及化能异养、好氧化能异养、硝酸盐还原、脂肪族非甲烷烃降解、芳香烃降解和芳香族化合物降解。本研究通过了解氨氮和亚硝酸盐对罗非鱼肠道微生物的影响,为研究肠道微生物对罗非鱼免疫的影响奠定基础。     

45S rDNA在4种百合属植物染色体上的物理定位

 利用荧光原位杂交的技术将45S rDNA在麝香百合(Lilium longiflorum),柠檬色百合(L. leichtlinii), 天香百合(L. auratum)和豹纹百合(L. pardalinum)的染色体上进行了定位。结果表明：45S rDNA在这4种植物中都分布于染色体的着丝点附近,但其位点数量、所在的染色体和信号的强弱有很大的变化。其中,麝香百合和豹纹百合中各有3对染色体在着丝点附近有45S rDNA的信号,柠檬色百合和天香百合中各有4对染色体在着丝点附近有45S rDNA的信号。但是天香百合的两对中部染色体的着丝点附近都有45S rDNA的信号,柠檬色百合的两对中部染色体中只有一条有45S rDNA的信号,而麝香百合和豹纹百合中没有任何一条有45S rDNA的信号。由于这4种百合在百合属中分别属于不同组,其45S rDNA的位点数量、所在染色体和信号强弱的变化为这种分组的合理性提供了一些分子生物学的证据。