烟草脉清病毒完整基因组上微卫星分布特性研究

借助MATLAB软件和最优完全子图算法,提取并展示NCBI数据库中烟草脉清病毒完整基因组（NC-003 378.1）上微卫星分布特性。结果表明,计算出了各种1碱-基组~6-碱基组在完整基因组序列上重复出现次数和出现位置,并展示它们的分布规律（指数函数）。烟草脉清病毒完整基因组上各种N-碱基组最大的重复出现次数,随N按指数函数数减少;各种N-碱基组重复出现次数由少到多排序的结果,重复出现次数随序号增加。该研究方法可以系统地运用到其他病毒完整基因组序列微卫星分布特性的提取和展示,从而为有效利用微卫星分布特性研究完整基因组的结构和功能、遗传和变异规律提供依据。     

碱胁迫下粳稻幼苗前期耐碱性的数量性状基因座检测

以粳粳交“高产106/长白9号”F_2:3代200个家系为作图群体, 在0.15% Na₂CO₃溶液的碱性胁迫下, 进行了水稻耐碱性鉴定, 并以SSR标记构建的分子连锁图谱为基础, 对水稻幼苗前期的根数、根长和苗高及其相对碱害率进行了数量性状基因座(QTLs)的检测。结果表明, 上述性状在F₃家系群中均表现为具有1~2个峰的连续分布, 认为由主效基因和微效基因共同控制的数量性状。共检测到与碱胁迫下幼苗前期根数、根长和苗高及其相对碱害率相关的QTL 26个, 分布于第1、5、6、7、8、9和11染色体上。其中, 碱胁迫下与根数相关的QTL 4个, qRN6-1和qRN11对表型变异的解释率较大, 分别为29.91%和13.42%;与根数相对碱害率相关的QTL 5个, qRRN11-2对表型变异的解释率较大, 为23.86%;与根长相关的QTL 6个, qRRL11-2对表型变异的解释率较大, 为21.06%;与根长相对碱害率相关的QTL 2个, 但对表型变异的解释率均较低;与苗高相关的QTL 5个, qSH1和qSH11-2对表型变异的解释率较大, 分别为15.81%和16.53%;与苗高相对碱害率相关的QTL 4个, qRSH5和qRSH6-2对表型变异的解释率分别为29.89%和34.63%。而这些解释率较大的QTL所处的标记区间距离, 除qRN6-1相对较小(19.0 cM)外, 其余QTL的标记区间距离均大于26.3 cM, 需作进一步的精细定位。在所检测到的QTL中, 13个QTL的增效等位基因均来自耐碱亲本长白9号, 而其余QTL的增效等位基因来自敏碱亲本高产106;基因的主要作用方式为超显性或部分显性。     

猪微卫星座位杂合度与肌肉肌苷酸含量的关系

英系大白猪和梅山猪产生的139头F2代个体用作试验猪。分析猪1、2和6号染色体的24个微卫星座位与肌肉肌苷酸的关系,发现5个座位与肌苷酸含量显著关联(P<0 05)。它们分别是1号染色体的Sw2185、2号染色体的Sw2516、S0170、Sw1883和Sw2192。6号染色体9个微卫星座位均没有显著的相关(P>0 05)。这提示2号染色体的一些基因或QTL对肌苷酸含量有较大的遗传作用。分别以24个座位分类、以5个显著关联座位分类和以19个中性座位分类来研究基因杂合度与肌苷酸含量的关系,结果均表明随着基因杂合度增加,肌苷酸含量呈下降趋势。其中前两者分析结果大体一致。基因杂合度在0 5～0 8范围内,每增加0 05则肌苷酸含量下降幅度大约是群体肌苷酸均值的1 2%～7 5%。提示显著关联座位在肌苷酸的杂种优势中可能具有重要的遗传效应。同时,在应用微卫星标记估计基因杂合度与肌苷酸含量的关系时,尽可能选用显著关联座位,可以作到多快好省。     

微卫星标记及其在羊遗传育种中的应用

微卫星DNA (Microsatellite DNA)与其他DNA分子标记相比较,具有数量多、分布广且均匀、多态性丰 富、呈孟德尔共显性遗传、易于检测、分析快速方便等一系列优点,并在动植物遗传多样性评估、遗传连锁图谱构建、 绘制系统发生树、QTL定位、标记辅助选择、疾病诊断及血缘关系鉴定等研究领域中得到广泛应用。本文就微卫星标记 及其在羊品种遗传育种中的应用作一综述。     

甜樱桃SSR标记的选择性扩增微卫星( SAM) 法筛选

 以甜樱桃‘红灯’为试材, 应用选择性扩增微卫星( SAM) 法分离、克隆了100个SSR序列, 其中81个非重复, 可用。加上搜索数据库所获得的1个SSR序列, 一共82个序列用于特异引物的设计。仅从69个序列的77个基因座设计出特异引物。合成38对特异引物, 对其中的36个基因座进行检测。其中19对引物扩增出相应大小的片段, 另外8对引物扩增出非预期片段。最后, 以27个甜樱桃种质的基因组DNA为模板, 从27对可扩增出带的引物中, 筛选出多态性引物24对, 获得了24个甜樱桃基因座特异性SSR标记。     

来自同一母本的两个早世代稳定水稻群体的分析比较

DB102是自然突变的多倍体水稻,利用它做母本,分别与两个二倍体水稻品种太空369和中作59进行杂交,获得到了来自同一母本的两个早世代稳定F2群体:718群体和736群体.田间观察这两个F2群体非常相似,如同一个组合.这两个群体的田间观测数据也非常相近,但是微卫星结果分析表明,这两个群体分别含有来自不同父本的多条染色体,且26个微卫星位点存在差异,这表明这两个群体中可能发生了基因沉默或失活.     

南方大口鲶微卫星标记在怀头鲶群体中适用性研究

本研究分析了31对南方大口鲶（Silurus meriaionalis）微卫星标记引物在怀头鲶（Silurus soldatovi）群体中的适用性。结果表明,南方大口鲶微卫星标记引物在怀头群体中具有较高的适用性,共筛选出可以稳定扩增的微卫星标记15对,每个位点等位基因数为1～5个不等;不同重复拷贝类别的位点以富含AC重复单元的等位基因数较多,多态性比较丰富。借用已有的遗传标记资源,增加同目鱼类遗传连锁图谱上遗传标记的密度,将对今后开展怀头鲶种质资源保护及分子育种奠定坚实基础。     

用微卫星(MS)标记分析稻瘟病菌的有性生殖和遗传多样性

 用2对稻瘟病菌的两性能育菌株(交配型1.1和交配型1.2)测定中国9省、市89个稻瘟病菌株及由法国国际农艺研究和发展中心(CIRAD)提供作对照的巴西(BR)、喀麦隆(CM)、马达加斯加(MD)、马里(ML)、菲律宾(PH)、泰国(TH) 6国7个菌株的交配型。用微卫星分子标记分析了这些菌株的遗传多样性及其亲缘关系,并对其在稻瘟病菌的群体遗传的应用前景进行了讨论。     

小尾寒羊微卫星标记的多态性及其与繁殖性能的相关性研究

[目的]为小尾寒羊的选育和利用提供参考。[方法]选取与小尾寒羊FecB基因紧密连锁的5个微卫星位点(OarHH55、OarJ1A、McM53、BM1329、BM143),分析其在小尾寒羊群体中的多态性,并初步探索其与小尾寒羊高繁殖性能的关系。[结果]5个微卫星位点在小尾寒羊群体中的平均纯合度为0.37,平均杂合度为0.63,说明小尾寒羊微卫星位点存在一定程度的变异。其中,McM53的纯合度最小、杂合度最大,而OarHH55的纯合度最大、杂合度最小。5个微卫星位点均为高度多态性,其中OarHH55、OarJ1A、McM53和BM143的多态信息含量均大于0.6,接近0.7,是较理想的基因选择标记。[结论]该研究结果对小尾寒羊和其他绵羊繁殖性能进行标记辅助选择具有借鉴意义。     

用微卫星探针的DNA指纹技术分析9个家猪群体的遗传结构

本研究用微卫星探针（GT）10得到了9个家猪品种的DNA指纹图。1-9品种依次为：13/17罗伯逊易位纯合子猪群体、13/17罗伯逊易位杂合子猪群体、13/17罗伯逊易位杂合子猪互交所得到的正常核型猪群体（杂交0号）、丹系长白猪群体、加系双肌臀杜洛克猪群体、加系双肌臀大约克猪群体、加系双肌臀长白猪群体、丹系长白猪与13/17易位杂合子猪产生的杂交后备猪群体（杂交1号）、杜洛克猪与13/17易位杂合子猪产生的杂交后备猪群体（杂交2号）。根据指纹带型计算了每个群体的相似系数（F）、平均等位基因频率（Q）、最低平均杂合率（H）和遗传距离指数（D）。9个品种的相似系数介于0.582-0.911，根据各品种之间的遗传距离指数作出矩阵图，并据此绘制出品种间亲缘关系树状聚类图。