固始白鹅遗传多样性微卫星标记分析

［目的］对固始白鹅的遗传多样性进行微卫星标记分析。［方法］利用11个微卫星标记对固始白鹅进行遗传检测,筛选出多态性较好的微卫星位点,用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳法分析这11个微卫星位点在固始白鹅中的遗传变异,计算了微卫星位点的等位基因频率、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数。［结果］8个位点在固始白鹅上有较好的多态性,平均每个座位检测到4.25（3～6）个等位基因,平均杂合度为0.597（0.273～0.695）,平均多态信息含量为0.635（0.530～0.769）,平均有效等位基因数为3.3447（2.3830-4.9840）。［结论］为固始白鹅的保种和选育工作提供参考依据。     

利用微卫星标记对级进杂交绵羊群体遗传特性的鉴定分析

[目的]对内蒙古巴彦淖尔市级进杂交肉羊群体的遗传特性进行评估和坚定：[方法]利用10个微卫星标记对3个选育绵羊群体（选育级进1代、级进2代、巴美肉羊）,3个引进肉羊品种（德克塞尔、无角道塞特、德国美利奴）和1个当地母本群体（蒙古羊）进行微卫星标记鉴定,分析这7个绵羊群体的多态性和遗传聚集性。[结果]通过聚类分析,7个群体明显可以分为2大类群,即选育级进1代首先和德国美利奴聚在一起,然后再依次和级进2代、巴美肉羊、蒙古羊聚在一起为一大类,德克塞尔和道塞特聚在一起为一大类;各群体贝叶斯判别结果显示,级进1代和级进2代的遗传聚集性比较低,巴关肉羊和国外肉用绵羊品种德克塞尔、道塞特、德国美利奴的遗传聚集性比较高。[结论]巴美肉羊已经形成了较好的遗传稳定性。     

微卫星标记MCM38在波尔山羊及其级进杂交后代中的遗传多态性的研究

利用经筛选的与产肉性能相关的微卫星引物MCM38,对波尔山羊及其与关中奶山羊级进杂交后代的MCM38基因座进行了多态性分析,分析检测了纯种和F1-F3代中该位点的等位基因频率、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数。结果表明,微卫星标记MCM38在波尔山羊及其级进杂交后代中都存在丰富的多态性,其中以F1代多态性最丰富(PIC=0.8441)。本研究表明微卫星标记MCM38可作为肉用山羊生长发育性状候选基因的标记辅助选择,也可为波尔山羊的杂交改良、杂种优势利用、后代标记辅助选择(MAS)提供试验依据。     

11种热带植物EST-SSR标记的开发和多样性分析

对11种热带植物的640 863条表达序列标签（ESTs）进行分析，发掘出13 916个EST-SSR位点，平均分布频率约为109.37个/Mb，主要特点表现为：（1）不同物种间的EST-SSR丰度存在明显差异，其中菠萝EST-SSR位点最为丰富（201.75个/Mb）；芒果EST-SSR位点丰度最低（49.55个/Mb）；（2）二、三核苷酸基元的SSR最为常见，两者占总数的88.68％。其中，AG/CT、AT/AT和AAG/CTT在不同基因组区域都是占优势的SSR类型；（3）SSR在基因组不同区域分布丰度存在很大差异。其中，麻疯树基因组SSR（gSSR）的丰度是EST-SSR丰度的17倍多；（4）保守基因内AG/CT重复的SSR极其丰富。此外，设计了一批具有物种特异性的EST-SSR PCR引物。     

南江黄羊体重性状的微卫星标记研究

通过10个微卫星位点,对周岁体重差异较大的南江黄羊极端个体基因组DNA进行扩增检测, 方差分析寻找与体重性状显著相关的微卫星标记。然后,利用该引物对随机群体进行检测,应用线性模 型计算含有相应标记个体体重性状的标记效应和替代效应。结果发现,BM3413位点的186bp和190bp 等位基因、MFA70位点的109bp等位基因、INRA063位点的178bp和184bp等位基因、MB066位点的 110bp等位基因、MB3501位点的176bp等位基因,这些标记基因与南江黄羊周岁体重呈极显著正相关, 相关系数在0．5180-0．7375之间。BM3413位点的182bp等位基因、MFA70位点的115bp等位基因、 MB066位点的98bp等位基因,这些标记与南江黄羊周岁体重呈显著(极显著)的负相关．相关系数在- 0．6539--0．388之间。     

甘肃地方绵羊品种微卫星遗传多样性与系统发育分析

通过对甘肃省6个地方绵羊品种(240只个体)15个微卫星座位的等位基因的研究,结果共发现了179个等位基因。其中在藏羊中发现的等位基因数最多(136个),兰州大尾羊最少(94个)。多态信息含量、期望杂合度和观察杂合度的数据表明:在研究的6个绵羊品种中藏羊和甘肃高山细毛羊的遗传多样性较丰富,而兰州大尾羊和岷县黑裘皮羊的遗传多样性较低。DA遗传距离和D s遗传距离构建的NJ系统发育树均表明:兰州大尾羊、蒙古羊和滩羊具有较近的亲缘关系,预示这3个品种可能具有相同的原始祖先。而甘肃高山细毛羊与其他5个甘肃地方品种的遗传距离较远,另为一类。     

Inference of admixture in the endangered Blanca Cacereña bovine breed by microsatellite analyses

Blanca Cacereña cattle is the most threatened Spanish bovine breed. Although a Conservation Plan, exists, the little reproductive success and some chromosome abnormality were observed in the breed making it advisable to extend the genetic basis of the animals opening up the recorded herd book to new animals from local farms. However, the crossing with meat breeds like Charolais cattle is used to improve the commercial product. We used 30 microsatellites to determine the Charolais genetic influence in the current herds by the identification of the hybrids and to recognize new “purebred” animals in the “Blanca Cacereña” population. Blood samples were taken from animals of Blanca Cacereña bovine breed (112 animals with pedigree and 68 without pedigree), Charolais breed (60 animals) as a breed used commercially in crosses with Blanca Cacereña, and Retinta breed (60 animals) as a reference population. STRUCTURE analyses were performed with or without prior population information to assign individuals to breed, identifying admixed individuals, and inferring their ancestry. We have found that 37/68 animals without pedigree were purebred. Our results will be useful to manage a conservation plan of the breed, preserving the characteristic genetic pool and avoiding its extinction.     

Evaluation of parentage testing in the Turkish Holstein population based on 12 microsatellite loci

In the present study, 12 microsatellite loci (ETH10, ETH225, ETH03, TGLA122, TGLA227, BM1824, BM2113, INRA23, SPS115, TGLA126, RM006 and BM1818) were evaluated for their possible use to confirm selected pedigree relationships between 7 bulls, their 21 male offspring, and their 64 second-generation female offspring within the progeny test started in Turkey. The nine loci (BM1824, INRA23, BM2113, SPS115, ETH10, TGLA122, ETH225, TGLA126 and TGLA227) recommended by ISAG displayed high values for the measures of informativeness (allele numbers, heterozygosity, polymorphic information content, frequency of the most common allele, and power of discrimination). When both parents are known calculated combined probability of exclusion was at least 0.999. Range of probability of paternity (POP) values were 0.814–0.9999. Except 3 cases (4.7%), the alleged paternity relationships were confirmed. To have a higher confidence in POP values new loci must be integrated into the set of 9 loci used.     

基于PCR的SSR标记分离方法综述

SSR分子标记是目前应用最广泛的第二代共显性分子遗传标记。SSR标记具有物种特异性,要应用该方法需要提前开发相应物种的特异SSR标记,而获得微卫星标记的经典方法是通过构建基因组片段文库和特殊标记SSR探针杂交法获取,这些方法经济成本相对较高且耗时耗力。近年来,该领域的研究中积累了很多研究成果和技术改进,发展起来几种基于PCR简便易操作且节约成本的SSR标记分离方法,例如基于RAPD的微卫星分离方法、基于ISSR抑制PCR扩增法、序列标签微卫星分析法、选择性扩增微卫星分析法以及荧光ISSR-PCR分离微卫星和微卫星扩增文库法等。本文主要对这些方法逐一进行综述,旨在为各个物种SSR标记的开发提供参考。     

马铃薯X病毒完整基因组上微卫星分布

本文利用自编计算机程序提取并展示马铃薯X病毒完整基因组（NC_011620.1）上微卫星分布特性。借助MATLAB软件和借用最优完全子图算法,分析NCBI数据库中该基因组（NC_011620.1）微卫星分布特性。结果表明,计算出所有各种N-碱基组（N取1至6）在完整基因组序列上重复出现次数和出现位置,展示它们的分布规律（指数函数）,马铃薯X病毒完整基因组（NC_011620.1）上各种N-碱基组最大的重复出现次数随N按指数函数数减少;且呈现出重复出现次数由少到多排序,重复出现次数随序号增加;本文使用的方法,可以系统地应用到其它病毒完整基因组序列微卫星分布特性分析,从而为有效利用微卫星分布特性研究完整基因组的结构和功能、遗传和变异规律提供完整的数据支撑。