仙茅根茎DNA的提取及其ISSR-PCR反应体系的优化

为了改进仙茅基因组DNA的提取方法,从而为其遗传多样性研究提供参考依据,以仙茅根茎为材料,采用CTAB法探讨了仙茅根茎DNA大量提取中CTAB浓度、PVP用量及Na Cl浓度对其DNA质量的影响情况。结果表明,仙茅根茎DNA的大量提取方法的最优组合为:CTAB的浓度为2%,PVP的加入量为0.20 g,Na Cl的浓度为4 mol/L。为了得到仙茅的最佳ISSR-PCR反应体系,以(CT)8 RG为引物,采用单因素实验与正交实验相结合的方法,得到的最优反应体系(25μL)为:1×PCR Buffer,模板DNA浓度为50 ng,Mg2+浓度为2.50 mmol/L,d NTPs浓度为0.20 mmol/L,引物浓度为0.40μmol/L,Taq DNA聚合酶浓度为1.50 U。     

不同地域马尾松优良无性系ISSR遗传多样性分析

采用ISSR分子标记技术,对贵州都匀、广西南宁及福建漳平马尾松良种种子园内的132个优良无性系进行了遗传多样性分析.结果表明,以筛选出的稳定性强、多态性丰富及条带清晰的12条ISSR引物进行PCR扩增,共获得185条谱带,其中多态性谱带为183条,多态性比率高达98.9％;引物UBC 840标记指纹能区分18份马尾松红心材种质材料;聚类分析显示,供试种质的遗传相似性系数为0.57～0.90,表明供试马尾松种质遗传多样性丰富;以相似性系数0.68为阈值,可将其大致按地域分为3大类,且同一地域内种质聚类结果与特异性状一致.     

菊芋不同部位DNA提取的比较研究

分别以菊芋的茎段、叶片和块茎为材料,采用改良CTAB法分别提取菊芋3个部位的基因组DNA,用0.8%的琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量,分别测定3个部位的DNA在A260和A280下的吸光值,根据A260/A280的值检测DNA的浓度和纯度,并以3个部位提取的DNA为模板进行ISSR扩增。结果表明：采用菊芋叶片提取DNA的产率最高,茎段次之,块茎最低。三个部位提取的DNA纯度均相近,提取叶片获得的DNA浓度最大,为163.2 ng·μL-1;其次是茎段,为137.4 ng·μL-1;块茎获得的DNA浓度最低,为95.5 ng·μL-1。菊芋不同部位提取的DNA模板对ISSR扩增没有明显影响,DNA浓度都能达到扩增的要求。菊芋3个部位提取的DNA质量均较好,可以进行后续的酶切和PCR扩增等实验。     

古蔺牛皮茶种质资源遗传多态性

古蔺牛皮茶是四川省特有的茶树种质资源, 原产于四川省泸州市古蔺县古蔺镇枣林村椒子沟。为了更好地保护和利用珍稀的茶树种质资源, 在椒子沟山区选取7个居群共76株典型的古蔺牛皮茶树, 采用实地调查记录、生化成分检测及ISSR分子标记等方法, 分析该种质资源的形态学特征、品质生化成分及遗传多态性。结果表明: (1)古蔺牛皮茶树型为灌木或小乔木; 成熟叶片为绿色或深绿色, 主要为中叶, 叶形为椭圆或长椭圆; 新梢芽叶玉白、黄绿、绿色或紫绿色。表明古蔺牛皮茶居群间表型特征多样化。(2)在7个居群中鉴定出高茶多酚(春梢>27%, 夏梢>31%)和儿茶素(春梢>150mg g^-1, 夏梢>190 mg g^-1)的居群2个, 游离氨基酸较高( >4.5%)的居群2个; 其酚/氨值在3.84~16.95之间。表明古蔺牛皮茶在茶叶育种和茶叶加工等方面具有较高的利用价值。(3) 15条ISSR引物共扩增出135条谱带, 其中122条多态性条带, 多态性位点百分比为90.4%。供试材料间的平均Nei’s基因多态性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)分别为0.254和0.392, 表明材料间的遗传多态性较低。     

应用ISSR和线粒体COI序列对不同地理种群双齿围沙蚕（Perinereis aibuhitensis）遗传多样性的分析

采用COI基因序列和ISSR分子标记对分布于我国大连（DL）、乳山（RS）、盘锦（PJ）、青岛（QD）、盐城（YC）、晋江（JJ）和朝鲜西海岸（CX） 7个地理种群双齿围沙蚕（Perinereis aibuhitensis）的遗传多样性和遗传结构进行了研究。10个ISSR引物在7个种群中共扩增出116条条带,其中多态性条带109条,总多态位点比率为93.97%,Neis基因多样性指数为0.365 2,Shannons信息指数为0.518 6,群体间遗传分化系数Gst值为0246 0。数据表明24.60%的遗传分化发生在不同地理种群间,76.40%的遗传分化发生在整个种群内,群体内分化大于群体间分化。对7个群体70个个体COI基因序列进行分析,对比长度包括469 个位点,其中变异位点68个,简约信息位点47个。在68个变异位点中,62个位点发生转换,6个位点发生颠换,简约信息位点率达9.611%,系统树分析表明供试群体内具有较高的遗传多样性,与ISSR分析结果相一致。该结果为科学有效的利用和保护沙蚕种质资源提供了理论依据。     

24份杜鹃属植物的ISSR分子鉴定

采用ISSR分子标记对24份杜鹃属植物进行亲缘关系分析, 7个ISSR引物共扩增出92条谱带,其中89条为多态性谱带,多态性比率达96.7%。利用NTSYS-pc2.10e软件计算24份杜鹃属植物间的遗传相似系数,变化范围在0.456 5~0.782 6之间,平均相似系数为0.613 4。通过UPGMA聚类分析发现,24份杜鹃属植物被划分为3大类,聚类结果与地理分布存在一定的相关性,其中第2类与形态学分类基本吻合,表明24份杜鹃属植物的ISSR扩增图谱差异较大,易于区分,可用于杜鹃属植物的鉴定。     

美洲黑杨新无性系的ISSR鉴别及SCAR标记转化

为了从分子水平上对美洲黑杨新无性系材料进行准确快速鉴定,从100条ISSR引物中筛选出10条具多态性的引物对包括钻天杨和69杨在内的6个黑杨无性系开展指纹图谱的初步构建,并将钻天杨和03-北-1-15中扩增出的特异ISSR条带转为可用于快速鉴别黑杨无性系的SCAR标记。结果表明,ISSR指纹分析结合SCAR标记可以对供试黑杨无性系进行区分与鉴定,进而为杨树林木品种鉴定以及黑杨育种研究提供理论依据。     

燕麦属种质资源遗传多样性及遗传演化关系ISSR分析

为了研究燕麦属（Avena）物种遗传多样性及遗传演化关系,利用ISSR分子标记对燕麦属16个种共47份种质资源进行分析。结果表明：燕麦属种间存在丰富的遗传多样性,种间遗传相似性系数（GS）在0.5092～0.9544之间,种内平均遗传相似性系数（GS）最高的A. sativa为0.9512,最低的A. lusitanica为0.7119,说明燕麦属物种间存在较大的遗传变异,而物种内的遗传变异会因物种的不同存在差异。聚类结果显示,47份种质资源根据基因组组成聚成4大类群,AC基因组燕麦与ACD基因组燕麦聚成一大类,说明2组亲缘较近;由AB基因组燕麦聚成的第Ⅱ大类和由As和Ad基因组燕麦聚成的第Ⅲ大类在一分枝上,说明As和Ad基因组燕麦与AB基因组燕麦亲缘关系较AC基因组燕麦更近;Cp基因组燕麦单独构成一类群,且与其他燕麦相似数较低,说明该基因组燕麦与其他燕麦亲缘关系较远。所试燕麦种质资源种内的遗传差异性和遗传关系与地理来源密切相关。     

利用ISSR标记分析几个家蚕品系的遗传多样性

利用ISSR技术对6个家蚕品种和2个不同地域的野桑蚕群体进行了遗传多样性分析。通过6条ISSR引物扩增,共检测到66个位点。平均每条引物扩增的条带数为11条,其中65条具有多态性,多态位点百分率为98.48％。基于Ne＆Li遗传算法计算出各品种间的遗传距离,家蚕品种问的遗传距离为0．4286—0．6491。根据遗传距离,用UPGMA方法进行了聚类分析。     

拟穴青蟹ISSR-PCR条件的优化

分析DNA模板、Mg2+、dNTPs、引物和Taq DNA聚合酶及甲酰胺、二甲基亚砜等对拟穴青蟹ISSR-PCR反应的影响.研究结果确定了获得清晰条带的模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶的浓度范围分别为:模板DNA 8～50 ng/μl ,Taq DNA聚合酶0.75～1.0 U, Mg2+1.0～2.0 mmol/L(与引物密切相关),dNTP 0.15～0.20 mmol/L,引物浓度0.6～0.8 μmol/L.甲酰胺的添加并不能优化拟穴青蟹ISSR-PCR反应结果,而低浓度的二甲基亚砜可提高扩增产物的清晰度,但与引物相关.