中国9个家驴品种mtDNA D-loop部分序列分析与系统进化研究

本研究利用Dnasp4.10软件对中国9个家驴品种162个个体的mtDNA D-loop区385bp进行遗传多样性分析,共检测到32种单倍型35个核苷酸多态位点,其单倍型多样度为0.8137～0.9722,核苷酸多样度为0.0182～0.0270,表明我国家驴的遗传多态性丰富;利用MEGA3.1软件采用邻接法与3个努比亚野驴、3个索马里野驴和6个亚洲野驴的序列构建NJ系统发育树,并进行系统进化分析。结果表明:我国家驴的母系起源是非洲野驴中的努比亚野驴和索马里野驴,亚洲野驴不是中国家驴的母系祖先。     

新麦草(Psathyrostachys juncea)两个高分子量谷蛋白亚基基因上游序列的克隆与分析

应用PCR技术对新麦草PI429801和PI406469的高分子量谷蛋白基因上游序列进行了克隆,得到长度分别为998和1000 bp的HMW-N1和HMW-N2序列。比较发现,HMW-N1与麦类HMW-GS基因上游序列一致性在85%以上,与滨麦(Leymus mollis)序列DQ073542一致性最高,达98%;HMW-N2与麦类HMW-GS基因上游序列一致性在81%以上,与二角山羊草(Aegilops bicornis)序列AY611726一致性最高,达98%。系统进化分析表明,HMW-N1与含Ns染色体组的赖草属物种的同源基因序列DQ073551、FJ600498和DQ073546亲缘关系最近,HMW-N2却与含D染色体组节节麦和普通小麦的同源基因序列FJ008134、AY248704和DQ537337以及含S染色体组的山羊草物种的同源基因序列AY611726、AY611721和AY611724的亲缘关系较近。同时,HMW-N1和HMW-N2也具有E-box、N-box、partial Enhancer、complete Enhancer、TATA-box和Start等高分子量谷蛋白基因启动子区域的典型特征。本研究结果可为新麦草高分子量谷蛋白基因的克隆提供帮助,对从新麦草属以及其他小麦近缘属物种中分离未知高分子量谷蛋白基因有参考价值和借鉴意义。     

羊痘病毒G蛋白偶联趋化因子受体基因序列分析及其在鉴别病毒种属上的作用

为明确G蛋白偶联趋化因子受体(GpCR)基因在羊痘病毒种属鉴别中的作用,本实验对3株绵羊痘病毒(SPV)和2株山羊痘病毒(GPV)弱毒疫苗株的GpCR进行了克隆测序,并与GenBank中登录的21个羊痘病毒属成员相关序列进行了比对。核酸同源性分析表明SPV不同毒株之间同源性达到99.5%～99.8%;GPV之间同源性达到98.8%～99.8%;GenBank上公布的疙瘩皮肤病病毒(LSDV)之间同源性达到100%。而GPV、SPV和皮肤疙瘩病毒两两比对的同源性仅达到94.2%～95.9%。对GpCR的系统进化树分析可以看出GPV、SPV和LSDV分别位于不同的进化分枝上,而GPV与LSDV具有更近的亲缘关系。GpCR基因在鉴别GPV属和流行病学分析中具有重要价值。     

河南省3个山羊品种mtDNA D-loop区的序列变异与系统发育关系研究

对河南省3个山羊品种(槐山羊、伏牛白山羊、牛腿山羊)共计27个个体的线粒体D-loop区(mtDNAD-loop)全序列进行了PCR扩增和测序分析。检测到98个变异位点,19个单倍型,平均核苷酸差异数(K)为18.13,核苷酸多样度(Pi)为1.65%,单倍型多样度(Hd)为0.92;4种碱基A、T、C、G的频率分别为31.1%、28.9%、25.8%和14.2%;多态位点的突变类型以转换为主;构建的NJ进化树分为3枝,槐山羊、伏牛白山羊、角羊骨羊和部分牛腿山羊聚为一枝,部分牛腿山羊单独聚为一枝,作为外群的捻角山羊单独为一枝。河南省3个山羊品种遗传多样性丰富,支持山羊品种的多起源说。     

CPA-核酸试纸条检测鸭肉源性成分方法的建立和优化

为建立简单、有效的动物源性成分定性检测方法,根据交叉引物恒温扩增技术(CPA)原理,以鸭属线粒体D-loop基因序列设计引物和探针,优化反应体系与恒温扩增条件,并配合核酸试纸条显色,建立鸭肉源性成分的快速检测方法。结果表明,建立的鸭D-loop基因CPA扩增体系中交叉引物、内引物、外引物分别为0.6、0.3、0.1μmol·L-1,Mg SO4为8 mmol·L-1。在63℃、60min恒温扩增条件下,单一鸭源性DNA成分检出限为0.1 ng·μL-1,对混合肉制品中鸭肉成分的检出比例为1%(相当于1ng·μL-1)。本研究建立的鸭源性成分检测方法为肉制品掺假鉴定提供了有效的手段。     

我国苏南地区美洲鲥7个养殖群体的遗传多样性分析

为探讨苏南地区美洲鲥（Alosa sapidissima）养殖群体的种质资源现状及遗传多样性水平,本研究采用15个微卫星标记和线粒体D-loop序列,对7个不同群体：镇江丹徒（Dtq）、镇江扬中（Yzq）、苏州张家港（Zjg）、苏州相城（Xcq）、南通中洋（Zyq）、常州滆湖（Ghq）和常州武进（Czq）共计210尾个体,进行了群体多样性分析。结果显示,15个SSR位点中除Asa-12外,其余位点均表现为高度多态性（PIC > 0.5）。其中,7个群体期望杂合度He为0.615～0.758,多态信息含量PIC为0.568～0.723,两者均以Zjg群体最高。D-loop序列共检测到32个变异位点,定义了20个单倍型,其中Zjg群体单倍型最多（11个）。7个群体的单倍型多样性、核苷酸多样性指数分别为0.618～0.945、0.003～0.008。基于SSR和D-loop序列的遗传距离分析,发现Ghq群体和Zyq群体的Nei’s遗传距离（0.058）和K2P遗传距离（0.003）最近,低于其他群体间的遗传距离（分别为0.073～0.397和0.003～0.006）。综合分析,我们发现7个美洲鲥群体的遗传多样性较为丰富,而群体间遗传变异程度不高,基因流Nm > 1和镶嵌式排列的个体进化树也证实7个群体的亲缘关系较近。基于本研究,可初步了解苏南地区鲥的种质现状,为后续进一步开展育种工作奠定理论基础。     

由16S rDNA序列初步推断鳜类与低等鲈形目鱼类的系统关系

为验证鳜类系统分类位置的各种假说，对部分鳜类鱼类线粒体16SrDNA基因片段进行PCR扩增和测序，利用其与GenBank中鳕科以及鲈形目其它科鱼类的同源序列，初步构建了鳜类与部分低等鲈形目鱼类的分子系统关系。结果表明，鳜类为单系类群，但未与绪科聚合成单系群体，与目前假设的暖鲈科、狼鲈科、锯盖鱼群、花鲈等亲缘关系相对较远。由于鳜类为淡水特化类群，系统演化上较晚发生，因而，支持将其独立为一科——鳜科。本研究结果可为理解低等鲈形目鱼类的系统进化关系提供分析资料。     

一种快速·有效分离T-DNA插入位点的侧翼序列的方法——DW-ACP-PCR技术

DW-ACP-PCR(DNAWalking-Annealing control primer-PCR)是一种分离已知DNA序列的侧翼未知序列的新技术。该技术通过3个嵌套的特异引物分别和ACPC复性控制引物组合,进行3步连续的PCR反应,所有反应可以在1 d内完成。ACP的特殊结构能有效地控制非特异扩增。用DW-ACP-PCR技术扩增7个稻瘟菌T-DNA插入突变体的T-DNA插入位点的侧翼序列,均获得了特异目标片段。     

甜菜西方黄化病毒两个山东辣椒分离物全基因组扩增及序列分析

 通过RACE和RT-PCR技术相结合的方法,在山东省潍坊市和济宁市辣椒上克隆出2个甜菜西方黄化病毒(beet western yellows virus,BWYV)的全基因组序列,基因组全长均为5 699 nt。与GenBank比对发现,2个分离物的5′UTR(Untranslated region,UTR)变异程度小、相对比较保守,而3′UTR变异程度大、为突变热点区域。潍坊、济宁两地分离物与GenBank中该病毒的全基因组序列相似度平均值分别为89.89%和89.72%。系统进化树分析发现BWYV亚洲地区的分离物聚类在3个不同的组别,本研究克隆的2个山东分离物和3个日本分离物(LC428355、LC428356、LC428357)、2个韩国分离物(LC198684、KM076647)聚在一组,而美国分离物与法国分离物聚在其他分支,表明该病毒的进化存在地理相关性。这是首次对BWYV中国辣椒分离物的全基因组序列克隆,丰富了BWYV的序列信息,有助于进一步了解该病毒种群的遗传进化关系。     

Characterisation of a ω-gliadin gene in Triticum tauschii

A ω-gliadin gene at the Gli-D^t1 locus of Triticum tauschii accession AUS18913 was isolated using PCR primers, designed from published sequences of ω-gliadin genes of bread wheat cv Cheyenne, and deduced sequences of the N-terminal amino acids of ω-gliadin proteins. Further, the derived protein was isolated from A-PAGE and was sequenced. The protein sequence contained a signal peptide of 19 amino acids followed by a short N-terminal sequence of 11 amino acids, a central repetitive domain that covers approximately 90% of the sequence and a short C-terminal domain of 12 amino acids. The sequence comparison with other ω-gliadins showed a high level of similarities between them. Further analysis of the ω-gliadins using A-PAGE revealed that there are three ω-gliadin proteins in AUS18913 accession. Comparison of N-terminal sequences of these proteins revealed that two of these proteins have very high homologies with ω-gliadins of Cheyenne while the third one was significantly different.