不同海拔高度四川地方猪品种的胴体和肉质性能的比较研究

为研究不同海拔高度的四川地方猪品种在胴体和肉质性能上是否存在差异，并且探究这种差异是否与海拔高度有关，本实验通过对生活在低海拔（800～1 200 m）的6头青峪猪、中海拔（1 500～2 500 m）的15头乌金猪（凉山猪）和较高海拔（2 900～4 100 m）的12头藏猪进行屠宰测定并收集胴体和肉质性状参数，运用单因素方差分析和主成分分析，对所得的数据进行显著性分析和聚类分析。结果表明：青峪猪、凉山猪和藏猪的屠宰体重分别为89.58、77.86、41.13 kg，胴体长分别为73.22、70.20、56.75 cm，背膘厚分别为4.20、3.79、2.63 cm，皮脂率分别为54.56%、48.58%、40.91%，光反射值（L）分别为45.42、41.63、38.84，水分含量分别为66.49%、70.29%、73.10%，说明生长环境海拔越高的地方猪体型和体重越小，脂肪沉积量也越小，且L值越小，其肉色越鲜红，肌肉中水分含量越大，并且猪肉中氨基酸和脂肪酸的组成有明显差异。海拔作为一种自然选择的压力，在长期进化过程中会对猪的胴体和肉质的变化产生影响。     

SMAD4基因在藏猪卵巢组织中的表达分析

藏猪是我国青藏高原特有的珍贵品种，但因其繁殖能力低下，使得藏猪产业的发展受到严重阻碍，影响农牧民经济效益。为探究藏猪繁殖性状效应的基因分子机制，本文以藏猪及大约克猪的卵巢组织为研究对象，利用RT-q PCR技术从m RNA层面对调控藏猪繁殖性状的SMAD4基因的表达情况进行分析。结果表明，在卵巢组织中，藏猪SMAD4基因的表达量高于大约克猪，两者间差异极显著（P<0.01），推测SMAD4基因可能是参与调节藏猪繁殖性能的重要功能基因。本研究可为下一步开展SMAD4基因对藏猪繁殖性能的影响提供参考依据。     

大型迪庆藏猪不同生长阶段肌肉生长差异基因及其调控通路分析

为筛选大型迪庆藏猪不同生长阶段肌肉生长差异的关键基因并分析其调控途径，以40、80和120 kg的大型迪庆藏猪为对象，基于RNA-seq技术对背最长肌组织进行转录组测序，对获得的测序数据进行拼接、比对、注释和差异分析，筛选与肌肉生长相关的差异基因进行STEM趋势分析、功能分析并构建差异基因互作网络。结果表明:1)10~40 kg阶段与40~80 kg阶段、40~80 kg阶段与80~120 kg阶段比较共检测到730 个、981 个基因显著差异表达；2)差异表达基因STEM趋势分析显示，共有4 个差异显著模块，模块11和14的差异基因先上调表达后轻微下调；模块9和10的差异基因先上调后下调表达；3)差异基因互作网络显示，10~40 kg vs 40~80 kg，FOS基因位于调控网络核心，与EGRs、CCL2和NOR-1等基因有互作关系，NOR-1基因上调导致肌肉生长速度加快，FOS基因下调抑制肌源性分化，EGRs基因下调导致胶原纤维束减少，CCL2基因下调导致肌肉再生受损；40~80 kg vs 80~120 kg，FOXO1、PDK4和PPARD等基因位于网络中心，SFRPs基因上调阻止成肌细胞终末分化，FZD7基因下调减缓肌纤维肥大速度，FOXO1下调导致肌生长抑制素mRNA下降减缓肌肉萎缩进程，PPARD与FOXO1均降低PDK4含量从而使肌肉丙酮酸脱氢酶复合物活性增强，对碳水化合物氧化和葡萄糖摄取增加，肌纤维变粗，与大型迪庆藏猪40至80 kg生长速度显著快于10至40 kg阶段，而80 kg之后缓慢下降的规律吻合；4)挑选了12 个差异基因进行qPCR验证，EGR1、SFRP1和FOXO1等12 个基因定量验证结果与转录组测序结果一致。综上，本研究利用RNA-seq技术筛选出12 个影响大型迪庆藏猪不同生长阶段肌肉生长的差异基因，可为解析地方猪肌肉生长的遗传调控机制、应用分子标记辅助选择提高迪庆藏猪瘦肉产量提供参考。     

四川省甘孜州藏猪戊型肝炎病毒分子流行病学调查

为了解甘孜州藏猪戊型肝炎病毒(HEV)的感染情况，分析其相似性和遗传进化关系。本试验用反转录套式聚合酶链反应(RT-nPCR)方法对采集于2018—2019年甘孜藏族自治州藏猪主要养殖区域4个县10个藏猪养殖场的229份藏猪粪便样本进行核酸检测，并对全部阳性样本进行ORF2基因部分片段扩增测序，遗传进化分析。结果显示：猪粪便HEV核酸阳性率为16.59%(38/229,95%CI=12.00%～22.10%),猪场HEV阳性率为70%(7/10,95%CI=34.8%～93.3%);38个ORF2基因片段彼此之间核苷酸序列相似性为76.1%～100.0%,推导的氨基酸序列相似性为79.6%～100.0%,系统进化树分析显示所有阳性毒株均为基因4型，且与人源HEV毒株亲缘关系近。结果表明甘孜州藏猪中存在一定程度的HEV感染，与人源HEV毒株遗传关系近，相关部门采取防控措施以降低HEV感染的公共卫生风险。     

基于全基因组重测序分析藏猪骨骼肌发育相关基因

为从全基因组水平探索影响藏猪骨骼肌发育的遗传变异，本研究对5头迪庆藏猪进行全基因组重测序，并合并NCBI数据库中来自3个省的藏猪、与藏猪同样小体型及生长慢的巴马香猪、及体型大且生长快速的杜洛克和大白猪共70个猪只的全基因组重测序数据进行整合分析，获得全基因组SNP后结合选择信号检测与等位基因频率(AF)分析鉴定藏猪-香猪与杜洛克-大白猪的遗传差异；利用GO和KEGG功能富集分析藏猪骨骼肌转录组与蛋白组相关基因。结果发现:1)2 211个基因在藏猪-香猪与杜洛克-大白猪2个比较组中存在遗传差异，138个基因富集到骨骼肌发育相关的GO功能集及KEGG通路；2)9个基因(UCHL3、POSTN、COL12A1、PGK1、JPH1、GPT2、RBFOX1、FLNB和DCX)已报道参与藏猪60 d胚胎背最长肌发育调控，1个(CKM)参与6月龄藏猪背最长肌发育调控；3)10个基因共包含936个SNP，其中655个SNP位于基因间区，255个是内含子变异，少量SNP是外显子及调控区变异。本研究从全基因组水平鉴定了与藏猪骨骼肌发育相关基因及其遗传变异，为以后持续深入解析藏猪骨骼肌发育的遗传机制提供参考。     

藏猪和大约克猪FABP3基因多态性及差异表达分析

【目的】脂肪酸结合蛋白3(FABP3)参与长链脂肪酸的摄取及利用，在脂肪沉积中发挥重要作用。探究FABP3基因在藏猪和大约克猪间的基因多态性和表达差异可为藏猪品质改良提供分子机制参考。【方法】选取180日龄藏猪和大约克猪为研究对象，对两猪种FABP3基因5’侧翼区和CDS区进行单核苷酸多态性（SNPs）筛选，使用实时荧光定量检测FABP3基因在肝脏、背最长肌和背脂3个组织中的表达量。【结果】在FABP3基因5’侧翼区筛选到T-114C和C-635A等2个SNPs位点，且SNPs位点基因型频率在藏猪与大约克猪群体间均呈极显著差异（P <0.01）；经转录因子预测发现这2个SNPs位点与前脂肪细胞的更新、分化以及脂肪沉积相关，推测这两个多态性位点是参与调控FABP3基因表达的重要功能位点。FABP3基因在藏猪肝脏、背最长肌中的表达量极显著高于大约克猪（P<0.01），在背脂中的表达量显著高于大约克猪（P <0.05）。【结论】推测FABP3基因可能为调控藏猪脂肪代谢的重要候选基因，在藏猪脂肪沉积中呈正向调控作用。     

不同品种猪PVALB基因多态性及其在肌肉组织的表达差异分析

为探究小白蛋白（PVALB）基因在藏猪和大约克猪上的单核苷酸多态性（SNP）位点及在不同品种猪腿肌、背最长肌中的表达规律，以30、90、180日龄的藏猪和大约克猪作为试验对象，对藏猪和大约克猪PVALB基因起始密码子上游2 000 bp区域DNA序列进行SNP筛选与基因分型，利用实时荧光定量PCR技术检测PVALB基因在腿肌和背最长肌中的差异表达情况。结果显示，PVALB基因起始密码子上游2 000 bp区域存在2个SNP位点G1659C和C1269T，且均符合哈迪-温伯格定律（P>0.05）；预测转录因子结果显示，G1659C和C1269T突变位点导致NRF2、NCOR1转录因子结合位点消失，新增与肌肉生长和细胞分化有关的NR1D1和OTX2转录因子结合位点；PVALB基因在藏猪及大约克猪腿肌和背最长肌中mRNA相对表达量趋势基本一致，在30日龄和90日龄，大约克猪背最长肌PVALB基因表达量极显著高于藏猪（P<0.01），在180日龄时显著高于藏猪（P<0.05）。综上，PVALB基因表达可能与肌肉的生长发育呈正相关，同时PVALB基因可作为骨骼肌早期发育和肉质性...