番茄黄化曲叶病毒的系统发育分析及多重PCR快速检测

通过对国内已报道的番茄黄化曲叶病毒（TYLCV）的DNA-A全基因组进行序列比对分析,发现TYLCV各中国分离物具有较高的相似性。TYLCV全序列及CP序列核苷酸和氨基酸系统发育分析结果显示,我国中东部及东南沿海地区为番茄黄化曲叶以色列病毒（TYLCV-IL）各分离物所侵染,而西部和西南部内陆地区为番茄黄化曲叶中国病毒（TYLCCNV）各分离物所侵染。基因多态性分析结果表明,TYLCV在进化上具有较强的保守性,但核苷酸突变位点（Pi）在染色体上的分布却具有较高的多态性,因此针对TYLCV的严格保守区设计出3对特异性引物,建立了以多重PCR技术为基础的快速、高效、特异性检测TYLCV的方法。     

槟榔内生真菌的分离与初步鉴定

为了解槟榔内生真菌的多样性,采用组织块培养法从槟榔根、叶、花中分离纯化得到47株内生真菌,同时对这些菌株进行了r DNA-ITS序列扩增和系统发育分析。结果表明:所得内生真菌分属于8个属,包括青霉属(Penicillium)、镰孢属(Fusarium)、叶点霉属(Phyllosticta)、弯孢霉属(Curvularia)、黑孢属(Nigrospora)、炭疽菌属(Colletotrichum)、枝顶孢属(Acremonium)和突脐蠕孢属(Exserohilum)。其中,青霉属(Penicillium)和镰孢属(Fusarium)为优势菌属,这2个属的内生菌株数分别占分离菌株总数的31.91%和27.66%。     

基于线粒体基因对直翅目昆虫系统发育学的研究

简要概述了线粒体基因组的结构和特点,同时基于线粒体基因组中的13个蛋白编码基因,选螳螂目、蜚蠊目、等翅目及螳脩目的5个种为外群,对直翅目34个种进行系统发育学研究.结果表明直翅目与外群分开,形成单系群.直翅目内部形成螽亚目与蝗亚目2个单系群.在螽亚目内部形成螽次亚目与蟀次亚目2个分支,且驼螽总科与螽斯总科形成姐妹群,但...     

一种新的获取海洋贝类基因组DNA的取样方法

[目的]探讨一种新的获取海洋贝类基因组DNA的取样方法,为开展珍稀贝类的分子生物学研究提供参考。[方法]以文蛤、栉江瑶、翡翠贻贝、香港巨牡蛎、毛蚶为供试材料,以闭壳（合）肌全基因组DNA作为参考,采用常规酚-氯仿法抽提贝类贝腔液基因组DNA,使用生物光度计法、琼脂糖凝胶电泳、目的片段扩增测序验证其质量,并建立系统发育树检测其来源的真实可靠性。[结果]采用常规酚/氯仿基因组DNA提取方法获得的贝腔液DNA质量优于闭壳（合）肌DNA,蛋白质、多酚色素污染较少,完全满足目的片段扩增测序;系统发育进化树则证实了贝腔液并非外源污染。[结论]从贝腔液中获取基因组DNA是完全可行的,并可将其用于目的基因片段的扩增。     

豆科全基因组DGAT 基因家族的鉴定与进化分析

本文运用生物信息学方法在12个豆科植物基因组中对DGAT（甘油二酯酰基转移酶）基因进行了全基因组鉴定,发现在四倍体花生和大豆基因组中含有的基因拷贝数相对较多,分别为17、10,这可能是导致其油脂合成能力高于其他作物的重要因素。通过对家族基因进行系统发育分析,发现DGAT 基因在真双子叶植物分化之前已存在,在豆科植物中经历反复的全基因组加倍,使得家族得到扩张;并且串联重复对于家族扩增起到了不可忽视的作用,如葡萄中的两个旁系同源基因,由于串联重复使得基因拷贝数量提高了150%。大豆中DGAT 基因在不同的组织中表达模式与其系统发育关系也表现出了关联性。该基因家族相对保守,与豆科基因组进化基本保持了一致的进化速率。本研究对于认识豆科植物DGAT 基因进化过程具有重要的理论意义,同时在基因组学水平为大豆、花生等油脂合成品质改良提供了理论支撑。     

6种帘蛤科贝类18SrRNA基因全序列比较分析

对文蛤（Meretrix meretrix）、青蛤（Cyclina sinensis）、江户布目蛤（Protothaca jedoensis）、薄片镜蛤（Dosinia corrugata）、紫石房蛤（Saxidomus purpuraus）和菲律宾蛤仔（Ruditapes philippinarum）6种帘蛤科（Veneridae）贝类的18S rRNA基因序列进行了PCR扩增并测序,以期获得这一序列的基本特征,评估其种间变异程度,探讨这一序列在种类鉴定和分子系统发育等研究中的应用价值。测序结果表明,文蛤、青蛤、江户布目蛤、薄片镜蛤、紫石房蛤和菲律宾蛤仔18S rRNA基因序列全长分别为1900bp、1838bp、1831bp、1831bp、1829bp和1833bp。序列中A、T、C和G碱基的平均含量分别为24.0%、24.0%、24.2%和27.8%。用MEGA软件对6种帘蛤18S rRNA基因全序列进行了分析,对位排列后的总长度1 906 bp,其中变异位点210个,简约信息位点28个,si/sv=1.4（46/32）。从GenBank下载了7种帘蛤科贝类18S rDNA全序列,与本研究实测的6种帘蛤一起用MegAlign软件对其18S rDNA序列进行了比对,物种间序列相似百分比为88.7%-99.7%。文蛤与其他12物种间序列差异较大,序列差异百分比均超过了10%,其他各物种间序列差异百分比不超过3%。以异韧带亚纲（Anomalodesmata）笋螂目（Pholadomyoida）的Lyonsia floridana和Cardiomya costellata为外群,采用相邻连接法（NJ）和最大简约法（MP）构建了帘蛤科贝类的系统发育树,其拓扑结构显示雪蛤亚科（Chioninae）、帘蛤亚科（Venerinae）和镜蛤亚科（Dosiniinae）的种类首先聚在一起,形成一个聚类簇;缀锦蛤亚科（Tapetinae）、卵蛤亚科（Pitarinae）、仙女蛤亚科（Callistinae）、青蛤亚科（Cyclininae）和文蛤亚科（Meretricinae）的种类先后分别单独聚成一枝;最后所有帘蛤科物种聚为一枝,与外群相区别,说明18S rDNA序列适合作为帘蛤科系统发育研究的分子标记。     

苏丹鱼染色体核型及系统进化分析

鱼类染色体核型和系统进化分析在鱼类种质资源保护和利用等方面发挥着重要作用,为丰富苏丹鱼(Leptobarbushoevenii)种质资源研究内容,本研究以苏丹鱼为研究对象,采用染色体冷滴片制备法分析了染色体核型特征,运用线粒体16S rRNA基因序列比对分析了其系统进化关系,探讨了鲃亚科鱼类种属间亲缘关系。染色体核型分析结果显示:苏丹鱼二倍体的染色体数为2n=50,其中包含中部着丝粒染色体(m)8条、亚中部着丝粒染色体(sm) 14条、亚端部着丝粒染色体(st) 2条和端部着丝粒染色体(t) 1条,核型公式为2n=16m+28sm+4st+2t,染色体臂数(NF)为94。14种鲃亚科鱼类的线粒体16SrRNA基因比对分析结果表明:鲃亚科鱼类的种间遗传距离为0.016～0.134,平均遗传距离为0.074;苏丹鱼与粗须白甲鱼(Onychostomabarbata)的种间遗传距离最大(0.134),与泰国短吻鱼(Sikukiastejnegeri)的种间遗传距离最小(0.090);系统进化关系结果显示:苏丹鱼位于进化树的基部,与四须鲃属亲缘关系较近。本研究结果可为苏丹鱼种质资源鉴定、品种改...