微卫星引物PCR快速鉴定兔皮肤病原真菌方法的建立及应用

本研究旨在借助微卫星引物PCR和聚类分析软件,建立一种快速准确鉴定兔皮肤病原真菌的分子生物学方法.本试验以寡核苷酸重复序列(GACA)4为引物,首先对3种常见兔皮肤病原真菌(须癣毛癣菌、犬小孢子菌和石膏样小孢子菌)标准菌株的DNA进行扩增,然后用NTSYS-pc2.10软件分析其DNA指纹的多态性,并根据其多态性的差异进行鉴定分析.最后,用上述方法对临床上的分离株进行鉴定分析,并与传统的形态学鉴定方法进行比较.结果表明,3种不同的兔皮肤病原真菌均呈现不同的DNA指纹,且条带差异明显;聚类分析图显示,同种病原真菌的DNA指纹有很高的相似性(90％～100％);该方法对分离株的鉴定结果与形态学鉴定结果一致.可见,通过微卫星引物PCR结合聚类分析软件可以准确、快速地鉴定兔皮肤病原真菌.     

模型分类法对动物个体鉴定效率影响的因素

1材料与方法1.1试验材料以北京鸭和高邮鸭为试验材料,在各自保种场或者繁育场每个鸭种随机采取60个个体。取样尽量分布在不同家系,以避免较近的血缘关系,公、母比例1∶4,翅静脉采血。血液DNA提取采用酚-氯仿抽提法,见参考文献1。1.2微卫星标记选择及PCR检测取分布在不同染色体上的20个微卫星座位(APH01、APH09、APH10、APL2、APL11、APL23、APL26、APL36、APL79、APL80、APL82、APL83、CMO11、CMO12、SMO6、SMO7、SMO9、SMO10、SMO11、SMO12)作为试验位点。所有引物均由上海生工生物工程技术服务有限公司(Sangon)合成。PCR反应体系     

鸡MHC多态性及血型与部分免疫指标的关联分析

利用荧光标记微卫星技术对雪山鸡MHC基因Ⅰ~Ⅳ区进行遗传多样性及血型判断进行检测,并分析不同血型与部分抗性性状的相关性。结果发现:雪山鸡MHC-Ⅰ基因观察杂合度为0.6075,多态信息含量为0.5382;MHC-Ⅳ基因观察杂合度为0.7975,多态信息含量为0.7668。雪山鸡血型较为复杂,主要血型有B2、B5、B13、B21、B22、B76。其中,B2综合抗性指标显著好于其他血型(P<0.05)。该结果为利用血型进行抗病育种提供了基础资料。     

12个微卫星DNA标记在江口萝卜猪群体中的遗传多样性研究

采用12对微卫星引物对江口萝卜猪群体的遗传多样性进行研究。结果发现12个微卫星位点在江口萝卜猪群体中均具有多态性,平均基因杂合度、多态信息含量和有效等位基因数分别为0.760 1、0.707 9和4.173 7。实验结果表明,江口萝卜猪群体具有较高的遗传多样性,群体内部变异较大,若通过家系育种有较大的选育潜力。     

云南肉山羊黑色品系内不同家系遗传多样性分析

应用QIAxcel全自动遗传分析仪进行毛细管电泳,对云南肉山羊黑色品系5只公羊134只后代的基因组DNA进行了11个微卫星位点多态性分析,以期为这一品系的选育提高和合理选配提供科学依据。结果表明,在11个微卫星位点共检测到101个等位基因,片段大小在115～249 bp之间,全群平均期望杂合度和平均多态信息含量均在0.5以上,表明云南肉山羊黑色品系遗传多样性丰富。对5只公羊UPGMA聚类分析表明:5只公羊间遗传一致度较高,说明云南肉山羊黑色品系具备了相对统一的遗传基础;系统聚类图直观地显示出公羊N7379和N7373存在较近的亲缘关系,被聚为一支,而公羊N5043、N7303、N5049间也存在较近的亲缘关系,被聚为另一支,分属于不同分支的公羊间亲缘关系相对较远。     

陶赛特羊Carwell基因微卫星标记多态性与体重和体尺指标的相关性分析

据相关研究报道,在澳洲无角陶赛特羊18号染色体末端微卫星标记CSSM18和TGLA122之间的区域有控制其肌肉生长发育的Callipyge和Canvell基因。研究选择了微卫星标记CSSMl8和TGLAl22之间的TGLA122、LS33、ILSTS54、MCMA26四个微卫星标记,测定了新疆引进的澳洲无角陶赛特羊所产后代163只羔羊早期生长发育性状指标,采用PCR—SSCP技术检测了上述4个标记在研究群体中的多态性,分析了研究群体中4个微卫星标记不同基因型与早期生长发育性状的相关性。结果显示：微卫星标记TGLA122的杂合度0．4301,多态信息含量0．2733,有效等位基因数1．3761;微卫星标记MCMA26的杂合度0．4824,多态信息含量0．3660,有效等位基因数1．577O;微卫星标记LS33的杂合度0．3283,多态信息含量0．2744,有效等位基因数1．3780。微卫星标记TGLA122的3种基因型（AA／BB／AB）对90日龄母羔臀宽影响显著（P〈0．05）,对其他生长指标均无显著影响;微卫星标记MCMA26的3种基因型（GG／Tr／GT）对60日龄母羔胸围和臀宽有显著影响,对其他生长指标均无显著影响;微卫星标记LS33的2种基因型（EE／EF）个体的体重和体尺均无显著性差异;微卫星标记ILSTS54在该群体中无多态性。     

8个微卫星座位在海北金银滩藏羊群体中的多态性分析

研究旨在分析金银滩藏羊的微卫星DNA多态性,以期了解该品种的遗传多样性,为该品种的保种选育和品质的进一步提高提供有益资料。利用8对微卫星引物,以金银滩藏羊为研究对象,通过计算基因频率、多态性信息含量、有效等位基因数和杂合度,评估其品种内的遗传变异。结果表明：在8个微卫星座位中,共检测到83个等位基因,每个座位平均10.38个等位基因;平均杂合度0.893;平均有效等位基因数9.06;平均多态性信息含量0.871。结果提示,金银滩藏羊群体存在丰富的遗传多样性,所选微卫星标记可用于绵羊遗传多样性评估。     

利用微卫星DNA技术进行绵羊亲子鉴定

利用9个微卫星DNA对9头陶赛特羊DNA进行扩增,每3对微卫星DNA扩增产物混合后经聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染检测.采用已确定母女关系的2头陶赛特羊和7个嫌疑父亲的耳组织为样本,对1头母本已知的陶赛特羊在嫌疑父本中找出父本,并计算父权概率为99.997%.     

抗条锈、抗穗发芽六倍体人工合成小麦Cereta/Aegilops tauschii783的SSR标记分析

Cereta/Aegilops tauschii783是由CIMMYT引进的硬粒小麦/节节麦人工合成种,具有高抗条锈和高抗穗发芽等优良特性.本文选用小麦A、B、D染色体组的91对SSR引物将人工合成小麦Cereta/Aegilops tauschii783与绵阳26在分子水平上进行了比较分析,结果表明：91对引物中有88对引物能扩增出清晰条带;88对引物中除3对引物外,86对引物（96.59%）均能揭示出Cereta/Aegilops tauschii783与绵阳26之间的差异.人工合成小麦Cereta/Aegilops tauschii783与育成小麦品种遗传差异很大,是丰富现代小麦遗传多样性的优异基因源;利用人工合成小麦Cereta/Aegilops tauschii783与绵阳26构建SSR标记群体,可有效标记双亲优良基因.     

基于月季微卫星标记的7个遗传相似系数比较

以月季品种的微卫星标记数据为基础,选择7个遗传相似系数对月季品种间遗传相似度进行计算,并采用非加权组平均法(UPGMA)建立相应的系统树.通过遗传相似系数相关性、聚类结果一致性以及拟合优度等分析方法,探讨不同的遗传相似系数在微卫星遗传分析中的适用性.分析数据显示7个系数之间相关系数介于0.726 ～1.000.共表型相关系数rc介于0.85～0.93,表明品种间遗传差异在基于UPGMA方法的聚类树状图中有良好体现.系统树之间的CI.指数范围为0.468 ～1.000,表明采用不同相似系数进行聚类分析时,结果存在较大差异.7个遗传相似系数的S统计值介于16.24％ ～ 29.90％,Russel and Rao系数最低,Simple Matching等3个系数S值均大于20％.综合考虑分子标记特点、物种杂合度、Kruskal拟合优度等因素,并结合聚类分析与品种谱系比较结果,研究认为Dice系数和Jaccard系数适用于月季的微卫星遗传分析,其次是Simple Matching系数.