我国部分地区土壤杆菌的数值分类及DNA同源性分析

 本研究对我国42株土壤杆菌待测菌株和28株参比菌进行了数值分类和DNA同源性分析,结果将41株土壤杆菌与2株根瘤菌分在3个土壤杆菌种内,其中23株来自内蒙等地葡萄的菌株分在葡萄土壤杆菌种内,10株来自山东等地樱桃、桃树的菌株为发根土壤杆菌,8株来自4个地区4种植物的菌株及分自宁夏刺果甘草的2株根瘤菌菌株参比菌分在根癌土壤杆菌种内。1株土壤杆菌和1株根瘤菌的分类地位有待进一步研究。     

鹅细小病毒河北流行株HBZF07 NS1基因的克隆与序列分析

鹅细小病毒HBZF07株经13日龄鹅胚增殖后收集尿囊液,提取病毒基因组总DNA,采用PCR方法,一次性扩增出与预期大小相符的特异性条带。将扩增产物提纯回收后克隆入pMD18-T载体,经转化、筛选及酶切鉴定后,对阳性克隆进行了序列测定和序列分析。测序后拼接的基因长1892bp,包含完整的NS1开放阅读框（1884bp）,编码623个氨基酸。与GenBank中其它毒株的NS1基因核苷酸序列相比,同源性分别为DY（EF515837）98．4％,与B（GPU25749）为99．2％,与HG5／82（AY506546）为93．9％,与YG（AF416726）为93．9％,与SHM319（GPU34761）为97．0％。     

牛口蹄疫病毒受体β6亚基的基因克隆和分子特征

从口蹄疫病毒（Foot-and-mouth disease virus,FMDV）感染康复牛的舌皮组织中克隆到了β6亚基基因并对其核苷酸序列和推导的氨基酸进行了比较分析。牛β6基因的编码区含有2367个核苷酸,编码788个氨基酸残基,其中信号肽由26个氨基酸组成（1～26aa）;胞外域由681个氨基酸组成,含有10个潜在的糖基化位点（NXT/NXS）和51个半胱氨酸（Cys）残基;跨膜区由29个氨基酸组成（708～736aa）;胞浆域由52个氨基酸组成,含有1个NPLY核心基序,该基因在GenBank中的登录号为DQ867017。牛β6基因与羊、猪、人、小鼠、挪威大鼠β6基因的核苷酸序列同源性分别为97.0%、91.6%、88.6%、82.5%和82.7%,推导的氨基酸序列同源性分别为97.1%、93.7%、93.0%、89.2%和89.2%。口蹄疫病毒自然宿主（牛、羊、猪）的β6亲缘关系较近,提示β6亚基可能与口蹄疫病毒的宿主范围有关。     

鹿茸X型胶原基因的全长cDNA克隆及序列分析

采用RT-PCR和RACE技术,从鹿茸软骨细胞总RNA中扩增克隆了梅花鹿X型胶原（collagen X,colX）全长cDNA序列,并进行了序列特性分析。序列分析结果表明,梅花鹿colX全长cDNA序列为3135nt,其中5′非编码区96nt、3′非编码区1014nt和2022nt的开放阅读框编码674个氨基酸的鹿colX前体蛋白,与牛、猪、犬、人类和小鼠等脊椎动物colX氨基酸序列之间的同源性超过82%。按该基因氨基酸序列构建了进化树,揭示其与牛基因更加同源。     

新城疫病毒SDWF2003株F基因的克隆与分子特征分析

将新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）SDWF2003株经10日龄SPF鸡胚增殖后,提取病毒基因组RNA,并以此为模板,RT-PCR扩增获得与F基因预期大小一致的DNA片段,亚克隆到pMD18-T载体并酶切鉴定正确后进行测序。软件分析显示：基因全长1662bp,编码553个氨基酸,裂解住点为^112R-R-Q-K-R-F^117,是典型强毒株氨基酸序列结构;此分离毒株属于基因Ⅶ型,该型F蛋白第101位、第121位特征性氨基酸残基分别是K（赖氨酸）和V（缬氨酸）,而本研究分离病毒F蛋白第101位、第121位分别是Q（谷氨酰胺）和V（缬氨酸）;同源性比较,与LaSota、F48E9、Ch99核苷酸同源性分别为84．4％、87．1％、98．9％,氨基酸同源性分别为88．3％、91．7％、98．4％。     

白刺盐碱胁迫相关基因片段的克隆与分析

采用mRNA差异技术分离白刺盐碱胁迫相关基因片段,得到27个与白刺盐碱胁迫相关的基因片段,并且对它们的同源性进行了研究与分析。结果表明：有6个片段(A1013b,G388,G1013c,G1013c,C391a,C391a)分别与多种植物盐相关基因存在一定的同源性。基因片段C391a与多种植物如香树、烟草等叶绿体光系统亚基A(PsaA)有较高的同源性(86％～94％)。     

大白菜CMS96细胞质雄性不育分子特性研究

大白菜CMS96细胞质不育系是由大白菜株系与甘蓝型油菜细胞质不育源杂交、多代回交后获得的。该不育系生长势旺、不育性稳定,不育度和不育株率均为100%,蜜腺正常,在大白菜杂种一代生产中具有广阔的应用前景。为了定位大白菜CMS96细胞质不育所属的类型和获得其不育有关的特异序列,依据atp9、coxI、orf138和orf224保守序列设计4对引物,对3组11份大白菜材料线粒体DNA进行PCR扩增,每组材料内包含同核异质PolCMS、OguCMS、CMS96三种大白菜不育系和一种共用保持系。结果表明,atp9和coxI引物在所有材料中均有扩增产物,供试材料间没有差异;而orf138和orf224引物扩增产物存在差异。orf138引物仅在全部OguCMS和CMS96不育系中扩增出309bp特异带,而保持系和PolCMS不育系没有扩增产物;orf224引物仅在所有PolCMS中扩增出689bp特异带,而保持系、OguCMS和CMS96不育系没有扩增产物。同时,对保持系和不育系花组织mRNA进行RT-PCR分析,进一步验证了orf138和orf224引物扩增产物的特异性和一致性。同源性分析结果表明,利用orf138引物所获得的309bp大白菜mtDNA特异片段均与萝卜OguCMS、甘蓝型油菜OguCMS萝卜体细胞杂种所具有的Oguorf138高度同源,二者有172个核苷酸完全相同,有58个氨基酸完全相同;orf224引物所获得的689bp大白菜mtDNA特异片段与甘蓝型油菜的Polorf224高度同源,二者有677个核苷酸完全相同,有225个氨基酸完全相同,同源性均达到100%。初步认为大白菜OguCMS和CMS96不育系具有相似性,OguCMS萝卜所具有的orf138是导致二者不育的原因;Pol甘蓝型油菜所具有的Polorf224是导致大白菜PolCMS不育的原因。     

肾型IBV山东分离株S1高变区(HVR)的基因克隆与序列分析

根据Genbank上发表的IBV病毒的S1基因序列,用Oligo6．0设计了一对用于扩增HVR基因的引物,经RT-PCR扩增得到了预期大小的产物。将目的条带纯化回收后克隆到PMD18-T载体上,对插入的目的片段进行序列测定,并与已发表的IBV HVR基因序列进行比较,发现与ARK-1592-29株的血清型较近,其同源性为91％,从基因序列比较来看可初步把SF株定为ARK株的变异株。     

雌激素受体基因对泥鳅雌雄和倍性生长差异的表达调控作用

为探讨雌激素受体基因与鱼类雌雄及倍性生长差异之间的相关性,选取雌性生长快于雄性、且四倍体生长快于二倍体的泥鳅为研究对象,首先克隆泥鳅雌激素受体基因,获得ERα（1 821 bp）、ERβ1（1 008 bp）和ERβ2（1 197 bp）的cDNA序列,氨基酸序列比对发现泥鳅ERs分别与鲤科鱼类相应亚型具有较高的同源性。采用qRT-PCR检测ER基因在二倍体泥鳅性成熟前后5个关键时期的表达情况及二倍体、四倍体相关组织间的差异表达。结果显示,3个基因在雌雄个体性成熟前后脑、肌肉、肝脏和性腺组织中均存在差异表达,其中ERα 在泥鳅雄性个体脑、肌肉和性腺组织中的表达量显著高于雌性（P<0.05）,而在雌性肝脏组织中的表达量普遍高于雄性（P<0.05）;ERβ1和ERβ2在精巢组织中的表达量一直处于较高水平。泥鳅倍性间的比较结果显示,3个ER基因在泥鳅二倍体脑组织中的表达量显著高于四倍体的表达量,且雄性的表达量均高于雌性,其中〖JP2〗ERα表达差异最为显著。本研究结果表明,无论是针对倍性生长差异还是雌雄生长差异,ERα均表现为在生长较慢（二倍体、雄性）个体脑组织中有相对高表达,推测脑组织中ERα 基因对鱼类个体生长速度具有一定抑制作用。