The Inhibitors of CDK4/6 from a Library of Marine Compound Database: A Pharmacophore,ADMET, Molecular Docking and Molecular Dynamics Study

Background: CDK4/6 (Cyclin-dependent kinases 4/6) are the key promoters of cell cycle transition from G1 phase to S phase. Thus, selective inhibition of CDK4/6 is a promising cancer treatment. Methods: A total of 52,765 marine natural products were screened for CDK4/6. To screen out better natural compounds, pharmacophore models were first generated, then the absorption, distribution, metabolism, elimination, and toxicity (ADMET) were tested, followed by molecular docking. Finally, molecular dynamics simulation was carried out to verify the binding characteristics of the selected compounds. Results: Eighty-seven marine small molecules were screened based on the pharmacophore model. Then, compounds 41369 and 50843 were selected according to the ADMET and molecular docking score for further kinetic simulation evaluation. Finally, through molecular dynamics analysis, it was confirmed that compound 50843 maintained a stable conformation with the target protein, so it has the opportunity to become an inhibitor of CDK4/6. Conclusion: Through structure-based pharmacophore modeling, ADMET, the molecular docking method and molecular dynamics (MD) simulation, marine natural compound 50843 was proposed as a promising marine inhibitor of CDK4/6.     

植物K+吸收转运的分子机制研究进展

K 在植物的生命活动中发挥着十分重要的作用。植物对K 的吸收,可分为高亲和吸收与低亲和吸收两个组分。在分子水平上,高亲和吸收主要由KUP/HAK/KT及HKT家族的K 转运蛋白来承担;而Shaker、KCO等家族的K 通道蛋白,则主要在植物的低亲和吸收中发挥重要作用。在高等植物K 吸收转运的分子机制的研究中,KAT1及AKT1是两个最先克隆出来的K 通道基因。植物中最先克隆出来的高亲和K 转运体基因,是小麦的HKT1。在棉花的生长发育过程中,K 的作用十分关键。棉花的K 转运蛋白GhKT1在棉纤维的发育中至关重要。综述了高等植物K 吸收运转及调节的分子机制研究方面的最新进展,并对研究的前景进行了展望。     

Investigation of the In Vivo,In Vitro,and In Silico Wound Healing Potential of Pinctada martensii Purified Peptides

Previous studies found that both oral and topical administration of enzymatic digestion products < 3 K Da ultrafiltration fractions of Pinctada martensii mantle (PMPs) had pro-healing effects. Thus, we further purified them by Sephadex-G25 and screened them by cellular assays to obtain Pinctada martensii purified peptides (PMPPs). In this study, we explored the mechanism of PMPPs on wound healing by in vivo, in vitro, and in silico experiments. LC-MS/MS results showed that PMPPs consisted of 33 peptides with molecular weights ranging from 758.43 to 2014.04 Da, and the characteristic peptide was Leu-Asp. The results of cellular assays showed that PMPPs promoted the proliferation of human skin fibroblasts (HSF) (135%) and human immortalized keratinocyte (HaCaT) cells (125%) very significantly at 12.5 μg/mL. The in vivo results showed that PMPPs could achieve scarless healing by inhibiting the inflammatory response, accelerating the epithelialization process, and regulating collagen I/III ratio. The optimal peptide sequence FAFQAEIAQLMS of PMPPs was screened for key protein receptors in wound healing (EGFR1, FGFR1, and MMP-1) with the help of molecular docking technique, which also showed to be the key pro-healing active peptide sequence. Therefore, it may provide a therapeutic strategy with great potential for wound healing.     

蓝莓枝枯病病原菌鉴定

 蓝莓 (Vaccinium spp.),是一类属于杜鹃花科 (Ericaceae) 越橘属 (Vaccinium) 的多年生小浆果类果树,广泛地应用于医药、保健、化妆品和环境保护等各方面,联合国粮农组织将其果实列为人类世界五大健康食品之一,也是我国南方酸性土丘陵地区值得发展的经济作物。全国已超过 10 个省份开始大面积的蓝莓商业化栽培,预计未来 10 年将超过 10 万 hm^{2 [1]}。但是,随着生产面积的不断扩大,蓝莓病害也日趋严重,严重影响和制约蓝莓产业的发展。2010年至今,在云南省昆明市周边及丽江市蓝莓种植区发生一种病害,主要为害嫩枝、枝条和主干,发病初期,感病枝条上产生红褐色圆或椭圆形坏死斑,随后逐渐扩大,造成枝条干枯死亡,并可扩展造成主干枯萎。调查发现,该病发病率通常在 10％～20％,重者可达 25％ 以上,可引起蓝莓整株枯萎死亡。本文通过病原菌分离、致病性测定及传统、分子鉴定,明确了该病的病原,以期为病害防治提供理论依据。     

β-折叠抗菌肽的研发及应用策略

抗生素的滥用导致全球细菌耐药性问题愈发严重,严重威胁人类、畜禽健康及畜牧业发展,功能多样且不易导致细菌产生耐药性突变的抗菌肽（antimicrobial peptides,AMPs）逐渐发展为抗生素的潜在替代品。β-折叠是抗菌肽一个主要的二级结构分类,该类肽通常由一个或多个二硫键来维系结构的稳定,现已发现许多抗菌肽具有此类结构。相比于目前研究广泛的α-螺旋AMP,它们被认为拥有更强的抗酶解能力和更高的细胞选择性。本篇综述介绍了β-折叠抗菌肽的来源和抗细菌机理,并梳理了一些常见的分子设计方法和应用策略,以期为β-折叠抗菌肽的研发应用提供新思路。     

预防兽医学分子生物学技术发展概况

概括介绍了分子生物学理论、技术的发展，重点从病原学、免疫学和疫病预防与控制学三方面阐述了分子生物学在预防兽医学中的应用、发展及其贡献。同时，阐明了预防兽医学对分子生物学的贡献和促进作用。     

玉林市犬狂犬病流行状况调查

通过调查问卷方式得知2010-2016年玉林市犬只饲养量年均20.13万头,免疫犬年均为13.64万头,免疫密度年均为67.74%,仍存在未经免疫的犬。ELISA方法检测免疫犬抗体阳性率为91.57%(1509/1648),非免疫犬为4.13%(10/242);RT-PCR方法检测520份犬脑组织,病原检出率为5.00%(26/520)。通过数据分析与实际情况结合,表明玉林市犬狂犬病免疫抗体合格率较高,疫苗效果表现稳定,外观健康犬仍携带狂犬病病毒。     

禽流感病毒分子生物学的研究进展

禽流行性感冒(av ian in fluenza,A I,简称禽流感)是由A型禽流感病毒(av ian in fluenza v irus,A IV)引起的禽类烈性传染病。作为被世界动物卫生组织(O IE)定为A类的传染病,A I不仅给世界养禽业造成了巨大的经济损失,而且对人类健康和生命安全构成了严重威胁。因此,A I已经成为人们关注的焦点,国内外学者也对其进行了大量研究。作者从病原基因组及其编码的蛋白质、致病力、变异性以及对人类感染A IV的分子机制等角度就A IV的分子生物学研究作一综述,为防制A I提供理论基础,并在此基础上探讨了人类禽流感的防治措施,加深人们对A I的认识。     

蓝狐多重感染的病原学及主要病原的分子生物学特性

2006-2007年期间,山东6地区规模化毛皮动物养殖场出现母狐空怀、流产,幼狐呼吸困难,鼻孔出血,气喘并伴有腹泻、死亡等症状,为探明病因,对发病场进行流行病学调查和送检的236份病料组织进行病原学检查,结果表明造成该病的主要原因是由绿脓杆菌(Pseudomonas aerudinosa)、沙门菌(Salmonella)、大肠杆菌(Escherichia coli)和普通变形杆菌(Proteus vulgaris)共感染所致.这4种细菌单独感染、二重感染、三重感染和四重感染的平均感染率分别为50%、45.8%、3.8%和0.4 0%.在分离的4种细菌中以绿脓杆菌的分离率为最高,达到86%,对该痛原又进行(G+C)mol%、16SrRNA序列同源性和系统发育分析,构建了包括9株邻近种属细菌在内的系统发育树,其中与绿脓杆菌(AJ249451)同源性最高,为99.2%,进一步确定该病原菌属于假单胞菌属中绿脓杆菌.本研究为目前规模化毛皮动物养殖场蓝狐病的原因提出了新的思路,为疾病的防治提供了依据.     

异源抗体对接方法预测流感病毒血凝素B细胞构象表位

为了对异源抗体对接方法预测流感病毒血凝素B细胞构象表位的可行性进行分析,本研究基于蛋白质相互作用界面的形状互补理论,使用异源抗体(来自于抗原抗体复合物1G9M、1RVF、1TPX、1NCA、1A2Y)的晶体结构同流感病毒血凝素(A/Aichi/2/68(H3N2))的晶体结构进行刚性分子对接,通过计算B细胞表位的预测表面和实际表面C-α原子之间的RSMD以及表位氨基酸的准确率,分析用异源抗体探测出血凝素B细胞表位的可能性。结果表明,不同的异源抗体均可结合到A/Aichi/2/68(H3N2)的已知B细胞表位,最佳的对接构象与原晶体结构重叠后表位残基C-α原子的均方根偏差均小于0.6埃,表位氨基酸预测的准确性大于60%,说明异源抗体对接方法可以尝试用于B细胞构象表位的预测。