压砂甜瓜白粉病病原菌18S rDNA序列分析

[目的]测定并分析压砂甜瓜白粉病病原菌的18S rDNA序列。[方法]从宁夏中部干旱带压砂甜瓜主栽品种＂玉金香＂发病植株上分离白粉病病原菌,采用Chelex-100法从其分生孢子中提取基因组DNA,PCR扩增18S rDNA序列,测序后进行Blast分析比对,并构建系统发育树。[结果]18S rDNA序列分析表明压砂甜瓜白粉病病原菌属单囊壳属（Podosphaera）。[结论]为生物防治压砂甜瓜白粉病和抗白粉病育种研究提供了参考。     

呋喃唑酮降解菌株的分离鉴定及降解特性研究

从污染鱼塘底泥中筛选分离出一株能有效降解低浓度呋喃唑酮的细菌F5,经16S rDNA同源性序列分析,鉴定为铜绿假单胞菌(Pseudom onas aeruginosa)。30℃静置避光培养30 d后,该菌株对0.75、1.0和2.5 mg/L呋喃唑酮的降解率分别为58.8%、64.1%和38.2%。温度为20~25℃更有利于该菌株的降解作用,对1.0 mg/L呋喃唑酮降解率均能达85%。碳源和氮源浓度的提高均能促进该菌株的生长和对呋喃唑酮的降解。在0.5 mg/L低磷浓度下,该菌株生长受抑制但降解活性增加,对1.0 mg/L呋喃唑酮降解率达71.8%。     

患暴发性败血症中华鳖体内细菌的分离与鉴定

从患暴发性出血性败血症中华鳖(Trionyx sinensis)的肠、心、肝、胃等组织和腹腔液中分离培养得到8株细菌.通过光镜与电镜观察和16S rDNA序列测定、比对,对所分离细菌进行鉴定.结果表明,它们分别为格氏乳球菌(Lactococcus garvieae)、假单胞菌(Pseudomonas sp.)、海氏肠球菌(Enterococcus hirae)、屎肠球菌(Enterococcus faecium)、人苍白杆菌(Ochrobactrum anthropi)、惰性嗜血杆菌(Haemophilus segnis)、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)和迟钝爱德华氏菌(Edwardssiella tarda).用含抗生素的20种药敏纸片对格氏乳球菌、弗氏柠檬酸杆菌和迟钝爱德华氏菌进行药敏试验发现,格氏乳球菌对青霉素等4种药物敏感,对头孢唑啉等6种药物中度敏感,对阿米卡星等10种药物有耐药性.弗氏柠檬酸杆菌对头孢唑啉等13种药物敏感,对青霉素等3种药物中度敏感,对万古霉素等4种药物有耐药性.迟钝爱德华氏菌对新霉素等3种药物敏感,对阿米卡星等5种药物中度敏感,对青霉素等12种药物有耐药性.本研究旨在为中华鳖败血症的防治技术提供科学支撑.     

基于细胞核ITS序列的变叶海棠起源新证据

在利用ITS序列初步证明苹果属植物变叶海棠(Malus toringoides Hughes.)杂种起源的基础上,对其3个自然居群(马尔康雅尔珠林场、柯河和下阿坝)47个样品(其中18个新样品)的核糖体DNA的ITS区进行了进一步测序分析。以窄叶海棠(M.angustifolia Michx.)、草原海棠(M.ioensis Britt.)和台湾林檎(M.doumeri Chev.)作为外类群,结合已报道的变叶海棠的ITS序列,对变叶海棠及其假定亲本的种间特异位点和系统进化关系进行了分析,并用软件RDP3beta27对变叶海棠的ITS序列进行了重组检测。结果表明,变叶海棠居群有3种ITS拷贝变异类型:1)与陇东海棠(M.kansuensis Schneid.)相似的ITS拷贝;2)与花叶海棠(M.transitoria Schneid.)相似的ITS拷贝;3)杂合的ITS拷贝。在ITS基因树上3类ITS拷贝分别与2个推测亲本单独聚在一支(自展值分别为100%和92%);杂合的ITS拷贝虽与花叶海棠聚在同一大支(B),但杂合的ITS拷贝在B支内形成具有94%自展值支持的次级分支。重组检测支持杂合ITS拷贝是假定亲本ITS重组进化的产物。上述结果为变叶海棠的杂种起源提供了进一步的分子证据。     

A cultivation independent,PCR-based protocol for the direct identification of plant pathogens in infected plant material

A protocol involving PCR, shot-gun cloning and sequencing was developed as a pre-diagnostic screening tool working directly on disease symptoms. The method was used to show the presence of biotrophic and non-biotrophic eukaryotic plant pathogens in leaves and fruits.     

齐口裂腹鱼无乳链球菌的分离鉴定及其感染的病理损伤

2012–2013年四川齐口裂腹鱼(Schizothorax prenanti)养殖场流行一种临床特征为突眼、体表出血和神经症状的传染病, 在肝、肾涂片检查中发现链状G⁺球菌。从自然发病齐口裂腹鱼分离到2株形态与涂片检查一致的G⁺球菌(DML120817, YZH130830), 其在脑心浸液培养基(BHI)平板上28℃培养48 h, 形成白色圆形、表面光滑、边缘整齐的针尖大小菌落。经人工感染实验证实分离菌株为该病的病原菌。根据分离菌株的形态学和生理生化检测结果初步判定其为无乳链球菌(Streptococcus agalactiae); 16S rRNA基因序列分析表明, 2分离株 (GenBank登录号分别为KF773744和KF761304) 与GenBank中无乳链球菌(S. agalactiae)16S rDNA序列同源性达96.5%以上。在以分离菌16S rDNA序列 (GenBank登录号分别为KF773744和KF761304) 及其GenBank中同源性较高的链球菌16S rDNA序列构建的系统发育树上, 分离菌与无乳链球菌聚为一族; 同时在基于无乳链球菌cfb基因进行的特异性PCR检测中, 分离菌均为阳性, 进而鉴定2株分离菌为无乳链球菌。2株无乳链球菌对强力霉素、阿莫西林、先锋霉素V、氧氟沙星和左氧氟沙星等均敏感, 但在新霉素与丁胺卡拉霉素上存在差异。病理学观察发现, 无乳链球菌感染齐口裂腹鱼对多组织器官都造成明显的病理损伤, 尤其是肝、肾、脑的损伤较为严重, 表现为明显的变性、坏死以及炎症细胞浸润, 且细菌侵入肝、肾、脾以及神经元细胞内, 导致线粒体、内质网等细胞器损伤。     

甘肃本地产当归、黄芪和大黄的rDNA ITS序列分析

本研究采用改良CTAB法分别提取18份甘肃本地产当归、黄芪和大黄基因组DNA,并用PCR分别扩增其ITS1-5.8S-ITS2序列、直接测序并作序列同源性比对分析。双向测序分析结果表明,甘肃6个不同产地当归rDNA的ITS1、5.8S和ITS2序列一致,片段长度分别为215bp、162bp和223bp;供试的黄芪ITS1、5.8S和ITS2序列分别为228bp、164bp和210bp;大黄ITS1、5.8S和ITS2序列分别为160bp、159bp和164bp。供试材料的ITS1-5.8S-ITS2核苷酸序列已提交GenBank。本研究为提供甘肃当归、黄芪和大黄指纹图谱鉴别的分子标记、其道地性药材的分子鉴定和品质评价提供参考。     

一株海洋石油烃降解菌的分离鉴定及特性研究

在福建省厦门市集美嘉庚公园旁的码头,从受污染的海水中筛选出一株能以0#柴油为唯一碳源的石油降解菌JMUXMS-100,通过生理生化鉴定和16SrDNA同源性序列分析,鉴定该菌为不动杆菌属（Acinetobacter sp．）．实验研究了时间、底物浓度、pH值和温度对该菌生长和降解率的影响,结果表明,降解率随时间的延长而增大,随着底物浓度的上升而降低．最佳初始pH值为7．0,最适生长温度为28℃．经3d培养,对质量浓度为100—500mg／L的柴油降解率为38．7％～57．2％．     

野生玫瑰多态性cpDNA和ITS引物的筛选与验证

为了筛选出具有高多态性的cpDNA 和ITS序列引物,用于研究野生玫瑰自然种群的分子谱系地理,以野生玫瑰8个种群为试材,通过12对叶绿体基因组引物和4对核基因组ITS引物的PCR扩增和PCR产物测序,筛选出trnL-trnF、rpl20-rps12、rbcl、ITS1四对具有高多态性的引物。序列变异计算与系统发育树结果显示,8个野生玫瑰种群变异较低,可划分为2支。筛选出高多态性的cpDNA引物3对和ITS引物1对,适用于研究野生玫瑰系统发育和谱系地理结构,能够进一步探究濒危物种野生玫瑰的谱系地理。     

地方特色卤鸭掌优势腐败菌的鉴定

为了探究卤鸭掌优势腐败菌的菌相构成,将卤鸭掌在35℃恒温条件下贮藏10d后,应用传统细菌分离培养法与16S rDNA菌群分析法对卤鸭掌中优势腐败菌进行菌群鉴定。结果表明,采用传统培养法分离鉴定出卤鸭掌中优势腐败菌为乳酸菌、葡萄球菌、假单胞菌属;16S rDNA菌群分析结果表明,卤鸭掌中含有9个纲的13个属种类的菌群结构。传统培养法和16S rDNA菌群分析法所得优势腐败菌的菌相不完全相同,综合2种研究方法,确定卤鸭掌优势腐败菌为乳酸菌、葡萄球菌属、小球菌属、放线菌属、假单胞菌属。卤鸭掌优势腐败菌菌相的确定为采取有针对性的防腐保鲜措施,延长卤鸭掌货架期奠定了研究基础。