PCR-RFLP技术分析沼气池厌氧活性污泥细菌的多样性

应用PCR-RFLP和rRNA分析法研究了户用沼气池厌氧活性污泥细菌的多样性。采用直接提取法提取了户用沼气池微生物宏基因组DNA,构建了细菌的16S rDNA克隆文库。随机挑取了144个准确含有16S rDNA的阳性克隆进行PCR-RFLP分析,聚类得到46个OTUs（operational taxonomic units）,其中3个OTUs是优势类群,分别占14％,10％和9％,21个OTUs只含有单个克隆。随机挑取了26个克隆进行测序,并构建了系统发育进化树。结果表明：农村户用沼气池中细菌种类较为丰富,占优势的类群分别为Firmicutes（28％）、Delta-proteobacteria（18％）和Bacteroidetes（17％）,大多数16S rDNA序列与GenBank数据库中未培养细菌相似性最高（91％～99％）,为进一步研究、利用沼气池能源提供了基础资料。     

针叶林岩-土-植系统中毒害元素赋存规律研究

以成都天台山及其周边区域马尾松、柳杉、杉木林为研究对象,通过野外调查、室内测试分析,开展了针叶林岩—土—植系统中毒害元素赋存规律研究,结果表明:3种针叶林立地As,Hg元素岩石库风化对土壤地质潜在输入次序为杉木林地、马尾松林地、柳杉林地;5种毒害元素中As,Hg,Cd,Pb4种元素均表现出在土壤表层有累积态势;而As元素在马尾松、柳杉等植物体运移能力强;Hg元素在杉木体内容易迁移;Al元素在杉木、柳杉内部的运输能力高;Pb元素在柳杉、马尾松中有较高的迁移能力;Cd在马尾松内容易发生转移;3种针叶树种对Pb,Hg,Cd的赋存能力高,而对Al,As两种元素的赋存能力较低。     

甘肃黄土高原区潜在蒸散量时空变化与成因研究

基于甘肃黄土高原区12个气象站点1960—2008年逐日气温、降水、风速、日照时数、太阳总辐射和相对湿度数据,应用Penman—Monteith模型和Kriging插值法,分析了其潜在蒸散量的时空变化及其影响因子。结果表明:近49a来,陇中北部冷温带半干旱区和陇中南部冷温带半湿润区的潜在蒸散量均呈上升趋势。在四季中,潜在蒸散量的值夏季最大,春秋季次之,冬季最小。潜在蒸散量空间差异显著,潜在蒸散量的值表现为自北向南递减,其中最大值在景泰为1 105.82mm,最小值在岷县为772.31mm。相关分析表明,研究区年均潜在蒸散量所受气候因子的影响不尽相同,其中,陇中北部冷温带半干旱区为太阳总辐射和日照时数,而陇中南部冷温带半湿润区为太阳总辐射和最高气温。辐射项主要受太阳总辐射和最高气温影响,动力项主要受风速影响,辐射项的值都远大于动力项。不同气候区辐射项均呈上升趋势,但动力项有所不同,在陇中北部冷温带半干旱区呈下降趋势,斜率为-0.631mm/a,在陇中南部冷温带半湿润区呈上升趋势,斜率为0.415mm/a。     

一株硫酸盐还原菌DSRBa的分离鉴定及特性分析

从内循环厌氧反应器颗粒污泥中分离、纯化得到一株硫酸盐还原菌命名为DSRBa,经形态和基于16SrDNA序列分析,该菌株归属于脱硫弧菌属（Desulfovibrio）。分别以甲酸钠、乙醇、乳酸钠、葡萄糖等为碳源,以硫酸盐、硫代硫酸盐、亚硫酸盐、单质硫为硫源,研究了不同温度、pH及不同硫酸根浓度对该菌株的影响。结果表明,菌株最适宜生长温度为30～35℃,最佳生长pH为7.0,无需绝对严格厌氧,当溶液中氧化还原电位（ORP）≤-40mV时,该菌株能较好生长,且生长4d后使溶液内氧化还原电位值达到-380mV,随后溶液内氧化还原电位基本保持不变。当系统内乳酸钠和酵母提取物浓度分别为3.5g·L-1和1g·L-1时,硫酸根浓度在1～4.5g·L-1范围对菌株生长无明显影响,且当SO24-浓度≤3g·L-1时,菌株生长4d对硫酸根的去除率达到90%以上。     

Cell wall degrading isoenzyme profiles of Trichoderma biocontrol strains show correlation with rDNA species

Species of the fungus Trichoderma, a genus of Hyphomycetes, are ubiquitous in the environment, but especially in soil. They have been used in a wide range of commercial applications including the production of hydrolases and in the biological control of plant diseases. A fundamental part of the Trichoderma antifungal system consists of a series of genes coding for a surprising variety of extracellular cell wall degrading enzymes (CWDE). Characterisation and identification of strains at …     

应用核DNA ITS序列探讨广义花楸属（Sorbus L.）属下系统关系

 花楸属属内杂交和多倍化现象比较普遍,分类处理一直存在争议。选取核基因的ITS序列对花楸属（Sorbus L.）的46个种进行测序,并选取栒子属（Cotoneaster multiforus,Cotoneaster horizontalis）、白鹃梅属（Exochorda racemosa）、蔷薇属（Rosa hugonis）和樱属（Cerasus glandulosa）作为外类群,基于最大简约分析（Maximum parsimony analysis,MP）,最大似然分析（Maximum likelihood analysis,ML）和贝叶斯推断（Bayesian inference,BI）对花楸属进行分子系统发育重建。结果表明：花楸属为自然的单系类群,并且得到很高的支持率;Aria、Micromeles和Sorbus,3个亚属各自不能形成单系,甚至单叶类群和复叶类群的分类学界限都不是很清楚,这说明目前的分子系统发育证据与花楸属属内的分类划分并不十分吻合。     

大豆疫霉的分子检测

利用核糖体内转录间隔区(internaltranscribedspacer,ITS)序列通用引物ITS1/ITS4分别获得了大豆疫霉(Phytophthorasojae)和辣椒疫霉(P.capsici)的ITS序列,通过获得序列设计了大豆疫霉的特异性引物PS1和PS2,并建立了分子检测方法。该方法对大豆疫霉(P.sojae)菌丝体和土壤中卵孢子检测的灵敏度分别为10-5ng/μL和每克土壤0.05个卵孢子。     

明党参和川明参种间遗传分化和系统关系的分子标记和ITS序列分析

    为了阐明明党参(Changium smyrnioides)和川明参(Chuanminshen violaceum)种间遗传分化和系统关系,利用RAPD、ISSR和ITS序列分析方法对明党参和川明参不同居群,以及芹亚科(Apioideae)6个族的一些代表种进行研究.RAPD和ISSR分析表明,明党参与川明参种间在全基因组水平出现明显的遗传分化.ITS序列分析则表明,明党参的6个居群在ITS序列上稍有差异,ITS-1的GC含量为58.3%～59.2%,ITS-2的GC含量为54.3%～56.6%.ITS-1的长度范围为215～219 bp,ITS-2的长度范围为224～227 bp.川明参与明党参种间的ITS序列也出现明显分化.芹亚科6个族一些代表种的ITS序列系统发育分析结果支持明党参置于美味芹族(Smyrnieae Koch)的分类地位.在ITS系统树上,川明参与明党参为姐妹类群的置信度为100%,因此,提出将川明参置于美味芹族的分类学处理.     

矿物油室温保存棉花黄萎菌的ISSR分析

从ITS序列和ISSR分子标记水平对45株棉花黄萎菌进行遗传变异研究,共扩增到178条多态性条带,呈现丰富的多态性。依据ISSR分子标记的聚类分析结果、菌株的致病性以及ITS测序结果,可将45个菌株分为弱致病类型大丽轮枝菌、强致病类型大丽轮枝菌和变黑轮枝菌3类,ISSR分子标记多态性与棉花黄萎病菌的致病类型呈现一定的相关性,但与保存年限间无明显的相关性,所有菌株均表现出了典型的分子标记模式,仅有菌株394的ITS序列出现了单位点突变。     

鲟形目鱼类rDNA扩增及限制性位点分析

使用长PCR技术扩增鲟形目（Acipenseriformes）15个种的核糖体DNA（rDNA）18SrRNA基因与28SrRNA基因之间约2．5kb的片段，并用7个限制性内切酶对该片段进行限制性位点分析。结果显示，使用LATaqDNA聚合酶及GCBuffer结合长PCR技术能够很好地扩增鲟形目鱼类的rDNA。根据酶切图谱可确定93个限制性位点，其中21个为保守位点，72个多态信息位点。Hha I酶切的带型在所有个体中完全一致，提示这些位点对保持rDNA的功能有重要作用。一些酶的酶切产物长度之和大于扩增产物的长度，暗示鲟形目鱼类个体内存在多个rDNA等位基因。对种间遗传距离进行计算，并构建UPGMA分子系统树，发现鲟科鱼类的系统关系与以往研究有较大差别，这可能是受个体内rDNA等位基因存在的影响，说明用酶切片段来重建鲟科鱼类的系统树不太可靠。文中还讨论了高GC含量模板的PCR扩增和rDNA在鲟形目分子系统关系中的使用。