DNA Barcoding, Fungal Diversity,and Authentication of Wild Gourmet Mushrooms

The application of molecular tools for the identification of strains, populations and species has become a common practice in a variety of applied and basic investigations in many parts of the world. However, standardization of such applications varies widely among organisms and scientific fields. In this mini-review, the author provides a brief introduction to one of the most prominent effort for species identification - the international barcode of life (iBOL) project, discusses the features of fungal diversity including the proposed fungal barcode DNA fragment-the intergenic spacer regions (ITS) of the nuclear ribosomal RNA gene clusters, and illustrates the potential promises and problems of using ITS for barcoding and for analyzing the phylogeographic pattern of the wild gourmet mushroom Tricholoma matsutake species complex. The analyses show that identification to species level is often insufficient for practical applications and that sequences from multiple genes in combination with critical morphological and physiological evaluations are needed to identify strains, populations and species.     

养殖大菱鲆(Scophthalmus maximus)腹水病的病原多样性及其耐药性分析

为了解引起养殖大菱鲆(Scophthalmus maximus)腹水病的病原多样性及其耐药性情况,针对2002-2010年由不同地区病样分离的27株细菌性病原进行了16S rDNA鉴定,并采用K-B法测定了27株细菌对22种抗生素的耐药性,分析了病原菌的耐药谱及耐药率变化.结果显示,大菱鲆腹水病病原菌主要有大菱鲆弧菌(Vibrio scophthalmi)、迟钝爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)、鳗弧菌(Vibrio anguillarum)、哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)、假交替单胞菌(Pseudoalteromonas espejiana).山东青岛地区以大菱鲆弧菌为主,威海地区以迟钝爱德华氏菌为主,烟台地区菌株种类分布平均.5类细菌对青霉素类、头孢菌素类、大环内酯类、复方新诺明耐药率高于50％.只有1株迟钝爱德华氏菌对氟苯尼考产生了耐药,其余菌株对其均没有耐药性,且在长期使用中不易产生耐药性,证实氟苯尼考为当前防治腹水病的一种良好抗菌药物.27株病原菌的耐药谱数量为27个,每个菌株具备自己独特的耐药谱,74.1％的菌株对10种以上的抗菌药物产生了耐药性,均有多重耐药性.     

广西北海红树林土壤放线菌的分离与鉴定

[目的]鉴定广西北海红树林土壤放线菌的物种多样性。[方法]从广西北海红树林土壤中分离、筛选10株典型放线菌菌株,提取基因组DNA,进行16SrDNAPCR扩增与测序,并构建进化树。[结果]通过Blast比对,10株放线菌属于2个属,其中8株为链霉菌属（80%）,2株为拟诺卡氏菌属（20%）。[结论]广西北海红树林土壤蕴藏着种类丰富的放线菌。     

秤锤树叶片内生真菌的分离鉴定及其对植株生长的影响

本研究从秤锤树叶片中分离内生菌进行分子鉴定,并接种到无菌组培苗中研究其对植株生长的影响。研究结果显示,从秤锤树叶片中共分离获得7株真菌。扩增出的6个菌株经ITS测序,在NCBI网站上进行基因序列比对,鉴定出其中5株菌株均属于球毛壳菌（Chaetomium globosum）,1株属于子囊菌（As-comycete）。进一步实验表明：分离的菌株多数对组培苗的株高生长影响不大,可初步鉴定其为内生菌,其中的属于球毛壳菌的F和H菌株对无菌苗的株高有明显的促进作用。     

再植枸杞根际真菌群落对长期连作的响应研究

受枸杞自身种植特点和道地产区土地资源限制,连作障碍已成为制约宁夏枸杞产业可持续发展的主要因素之一,导致严重的经济损失和生态问题。前期研究表明,连作能够显著影响再植枸杞根际土壤细菌的群落结构和多样性,但就连作对真菌群落结构和功能的影响目前仍不清楚。本文利用实时荧光定量PCR和高通量测序技术,研究连作对再植枸杞根际真菌群落丰度及多样性的影响。实时荧光定量PCR分析表明,与对照样地相比,连作显著促进再植枸杞根际及非根际土壤中细菌和真菌的丰度。但连作对真菌的促进作用明显高于细菌,导致细菌/真菌比例失衡,使再植枸杞根际及非根际土壤微生物环境偏向于真菌型。对测序结果的分析发现,所测定样地中枸杞根际及非根际土壤中的优势真菌门分别为子囊菌门、担子菌门、接合菌门、壶菌门及球囊菌门,其中连作地再植枸杞根际子囊菌门的相对丰度较对照样地显著降低,而接合菌门的相对丰度则显著增加(P0.05)。FUNGuild真菌功能预测也证实连作显著抑制再植枸杞根际土壤丛枝菌根真菌的相对丰度(P0.05)。基于距离的冗余分析(db-RDA)结果表明,土壤pH、电导率、硝态氮和有效磷含量是影响枸杞根际土壤真菌群落变化的主要因子(P0.05),而土壤硝态氮和有效磷含量则是解释非根际土壤真菌群落变化的主要因子(P0.05)。这些结果说明长期施用化肥可能是改变连作地再植枸杞根际土壤真菌群落结构及枸杞-真菌互作关系的主要因素之一。这一研究结果为理解枸杞连作障碍的形成机制提供理论基础。     

毛竹竹鞭内生细菌的特征及16S rDNA多样性分析

本研究利用传统的细菌分离方法,结合16S rDNA序列分析对毛竹竹鞭内生细菌的特征和多样性进行了分析。从福建省武夷山、将乐、长汀毛竹竹鞭中分离到34株内生细菌,初步归属于14属,20种。来源于不同地区的毛竹竹鞭内生细菌组成存在较大差异,其优势菌群为产碱杆菌属（Alcaligenes）和葡萄球菌属（Staphylococcus）。     

昆虫病原线虫rDNA多态性分析

本文对国内外昆虫病原线虫斯氏属和异小杆属的47个品系进行rDNA—ITS PCR—RFLP分析，研究其DNA多态性，并构建了分子系统发育树状图。各品系的ITS区无明显的长度差异，PCR—RFLP分析将47个品系分为斯氏属和异小杆属两大类，两属线虫又分别分为11组和4组。所得结果丰富了ITS PCR—RFLP图谱库，为弄清我国的昆虫病原线虫与国外种类的分子系统发育关系及未定名线虫的鉴定提供重要依据，同时为筛选适合的线虫种类防治害虫奠定基础。     

香草兰生防细菌的筛选、分子鉴定及其抑菌机制的初步研究

通过平板对峙法从香草兰根际微生物中筛选出对香草兰根(茎)腐病菌(Fusarium oxysporum)、香草兰疫病菌(Phytophthora nicotianae)和香草兰细菌性软腐病菌(Erwinia carotovora)均有良好抑制效果的生防菌10株。通过16S r DNA序列比对及系统发育树分析,其中7株为解淀粉芽孢杆菌(Bacillus.amyloliquefaciens),2株为枯草芽孢杆菌(B.subtils),1株为甲基营养型芽孢杆菌(B.methylotrophicus)。提取脂肽类化合物进行抑菌分析,发现10株生防菌脂肽类提取物对香草兰根(茎)腐病菌和香草兰疫病菌均有良好的抑制效果,有4株的脂肽类粗提物对香草兰细菌性软腐病菌有强烈的抑制活性。对其中2个菌株脂肽类粗提物进行MALDI-TOF/TOF-MS检测,发现菌株VX2R11产生表面活性素(Surfactin)和伊枯草素A(Iturin A)2种脂肽类化合物,菌株VX2S02仅产生伊枯草素A,推测产生伊枯草素A是菌株VX2R11和VX2S02拮抗香草兰根(茎)腐病菌和疫病菌重要机制;产生表面活性素是菌株VX2R11拮抗香草兰细菌性软腐病菌的重要机制。     

Investigation of biological behavior and colonization ability of Iranian indigenous phosphate solubilizing bacteria

Soil phosphorous (P) uptake mechanisms by the interaction of plants and soil microorganisms benefit plant growth with preparing agriculture inoculants. But it is influenced by soil factors. The present study was performed to identify three effective strains of phosphate solubilizing bacteria (PSB) on the basis of 16S rDNA sequence in vitro. Bacillus lentus strain PS5, Bacillus licheniformis strain PS7 and Pseudomonas putida strain PS13 were isolated from an alkaline soil in Iran and the rhizosphere of Beta vulgaris and Solanum tuberosom. Their high root colonization ability and P solubilizing activity was detected in relation to soil physical and chemical properties influenced by environmental factors including salinity of 800 mM/L and temperature of 42 °C.     

芽胞杆菌种类脂肪酸鉴定与分子鉴定方法的比较

基于ITS序列和脂肪酸鉴定方法对从土壤中分离得到的16株芽胞杆菌进行分类研究,与分子鉴定结果相比,脂肪酸种的鉴定准确率可达到99%以上。通过生物软件SPSS和Mega分别对16株菌进行聚类分析,结果表明,脂肪酸比ITS更适合于芽胞杆菌的分类研究,根据脂肪酸成分可以将16株芽胞杆菌准确聚在一起,而ITS则不能。芽胞杆菌特征性脂肪酸为15∶0ANTEISO和15∶0ISO,但不同种芽胞杆菌的此类脂肪酸含量不同。对芽胞杆菌3大类菌群主要特征性脂肪酸的含量比例(15∶0ISO/15∶0ANTEISO)进行了分析,其中比较特殊的为蜡状芽胞杆菌类群,蜡状芽胞杆菌主要脂肪酸为15∶0ISO,其次为13∶0ISO,而15∶0ANTEISO的含量很低,而且不是主要类型,15∶0ISO/15∶0ANTEISO的比值约为5.6～7.9。简单芽胞杆菌群主要脂肪酸为15∶0ANTEISO和15∶0ISO,15∶0ISO/15∶0ANTEISO比值约为1/6。巨大芽胞杆菌类群主要脂肪酸15∶0ISO和15∶0ANTEISO含量相近,其余脂肪酸远远低于这2种主要脂肪酸。巨大芽胞杆菌的15∶0ISO/15∶0ANTEISO的比值约为4/5～5/4,菌株FJAT-4500为短小芽胞杆菌,其15∶0ISO/15∶0ANTEISO比值约为2。短小芽胞杆菌和巨大芽胞杆菌归为一类是因为其脂肪酸类型相近,但含量并不同。枯草芽胞杆菌群主要脂肪酸15∶0ISO的含量小于15∶0ANTEISO,15∶0ISO/15∶0ANTEISO的比值为1/3～2/3。