河北省玉米小斑病菌优势生理小种鉴定及ITS序列分析

2007~2016年在河北各地采集玉米小斑病标样,对分离出的356株玉米小斑病菌菌株进行生理小种鉴定。结果表明,在鉴定的年度范围内,玉米小斑病菌T小种、C小种、S生理型、O小种的分离频率在年度间存有差异,O小种的平均分离频率94.94%,是河北省玉米小斑病菌的优势小种;O小种对主栽品种郑单958和自交系C103的致病力呈下降趋势,在C103上致病力下降幅度小于郑单958。对河北省石家庄、保定、衡水、沧州邯郸、邢台采集的45株菌株进行ITS序列分析构建UPGMA进化树,分析表明,河北省内玉米小斑病菌株的遗传进化与地域有一定关系,差异不明显。     

间作栽培对宁夏南部山区马铃薯根际土壤真菌菌群结构的影响

根据宁夏南部山区气候和作物的生长特点,设计马铃薯‖玉米（P‖M,行比分别为4∶1,3∶2, 2∶3）、马铃薯‖蚕豆（P‖F,行比同前）、马铃薯不同品种（A‖B‖C,行比1∶1∶1）间作栽培模式,以马铃薯连作为对照,研究马铃薯根际土壤真菌多样性和菌群结构的变化,探寻能够减轻宁夏南部山区马铃薯连作障碍的有效栽培模式。采用基于18S rDNA的末端标记限制性片段长度多态性 (Terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP) 技术研究不同间作栽培模式下马铃薯根际土壤真菌的菌群结构和多样性变化,构建真菌ITS克隆文库,利用Genbank数据库比对各栽培模式中ITS序列的测序结果,并作群落结构组成和功能分析。结果表明,马铃薯间作栽培后真菌Shannon-Wiener指数和Simpson指数均有不同程度降低;马铃薯与玉米、蚕豆间作后根际土壤真菌的物种丰富度在门、纲和目的分类学水平上与连作相比明显下降,菌群结构发生较大变化,成熟期马铃薯‖玉米3∶2行比间作模式与连作的差异最大,属的比例下降67.74%。间作栽培后,黑孢属（Nigrospora）、地丝霉属（Geomyces）、圆盘菌属（Orbilia）、枝顶孢属（Acremonium）、四枝孢属（Tetracladium）等9个属的真菌消失,同时新增刺盘孢属（Colletotrichum）、毛壳属（Chaetomium）、巨孢囊霉属（Gigaspora）、小球腔菌属（Pleosporineae）等13个属的真菌,其中马铃薯‖玉米3∶2行比间作后巨孢囊霉属比例高达60.35%。可见,马铃薯‖玉米间作栽培能有效改善马铃薯根际土壤的真菌菌群结构,使其微环境得以改善,缓解宁夏南部山区马铃薯连作障碍。     

规模化畜禽养殖场粪便中多重耐药菌分离鉴定及其耐药特征

为了解禽畜粪便中多重耐药菌的污染特征,本研究对鸡粪、牛粪、猪粪和有机肥这4种不同样品中多重耐药菌进行了计数分析,并对不同来源的多重耐药菌株进行了分离和纯化,进一步开展了基于16S rDNA序列比对的分子生物学鉴定以确定其种属地位,以及基于药敏试验的耐药性特征分析。结果表明:不同养殖动物粪便中四环素、恩诺沙星、磺胺甲恶唑和泰乐菌素4种抗生素多重耐药菌的绝对数量和相对数量排序均为鸡粪>猪粪>牛粪,粪源有机肥中可培养的多重耐药菌的绝对数量和相对数量在堆肥后均有所下降。通过对耐药菌株鉴定和分类学分析,发现禽畜粪便中多耐药菌的菌门集中分布在Proteobacteria、Firmicutes和Actinobacteria,多重耐药菌的优势菌属为Escherichia、Corynebacterium、Kurthia;而有机肥样品中多重耐药菌的优势菌属为Staphylococcus、Glutamicibacter。菌株的药敏试验表明,3类动物粪污中的多重耐药菌都对红霉素、四环素有着较高的耐药率,均高于80%,而对阿米卡星这种抗生素表现出较好的敏感性,其耐药率低于30%。通过对Ⅰ、Ⅱ类整合子基因盒的扩增,发现PCR产物的大小从0.8 kb到1.8 kb不等,基因盒ad A2、dfr A17、dfr A1及sat2在养殖场粪污中检出率均较高。     

铺地木蓝对肇庆地区柑橘园土壤养分及细菌群落的影响

【目的】探究铺地木蓝在柑橘果园种植 1 年后对杂草、0~20 cm 土层土壤养分含量和土壤细菌多样性的影响。【方法】设置自然生草（CK1）、土壤覆盖遮草布（PD1）、土壤覆盖银黑地膜 + 种植铺地木蓝（PD2）、种植铺地木蓝（PD3）4 个处理,1 年后调查杂草种类、测定土壤理化性质（pH、有机质、全氮、碱解氮、全磷、速效磷、全钾和速效钾）和土壤细菌群落情况。【结果】 PD2 处理土壤全氮（0.86 mg/g）、全磷（0.78 g/kg）、速效磷（23.84 mg/kg ）、全钾（11.91 g/kg）、有机质（34.82 g/kg）含量最高;PD2 处理土壤全氮和碱解氮含量比 PD1处理的分别增加了 0.37、27.43 mg/kg,PD1 处理土壤全磷含量最低（0.41 g/kg）,PD3 处理速效磷（10.67 mg/kg）和有机质（25.99 g/kg）含量最低;PD1~PD3 处理的土壤全钾含量均大于 CK1 处理,速效钾含量则相反;杂草调查结果表明 PD1、PD2 处理均可很好地抑制杂草的生长。与 CK1 相比,PD1~PD3 处理均可降低土壤细菌群落多样性,但不影响细菌群落分布均匀性。PD2 和 PD3 处理的土壤细菌群落结构和丰度较相似,表现为变形菌门（Proteobacteria）相对丰度降低,绿弯菌门（Chloroflexi）、酸杆菌门（Acidobacteria）、浮霉菌门（Planctomycetes）、罗库菌门（Rokubacteria）、芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）等有益细菌的相对丰度增加;其中 PD2 处理的优势菌属为 MND1（3.47%）、Sh765B-TzT-35（4.37%）,PD3 处理的优势菌属为 MND1（4.29%）。从 PD1 处理土壤中检测到视为土壤环境恶化的标志类群异常球菌 - 栖热菌门（5.10%）。【结论】柑橘果园行间道覆盖地膜后再种植铺地木蓝的综合表现最好,可以增加土壤养分和土壤中有益细菌群落的相对丰度。     

西北地区马铃薯疮痂病病原菌鉴定及其生物学特性

为明确西北地区马铃薯疮痂病病原菌的种类和生物学特性,分别采用常规组织分离法和土壤混悬液分离法从宁夏、陕西和甘肃3个省区采集的29份疮痂病发病薯块和8份发病地块土壤中进行病原菌分离,并利用形态特征、生理生化特性和16S rDNA序列分析对病原菌进行鉴定。结果表明,从发病薯块和发病土壤中共分离到50株链霉菌Streptomyces spp.,通过回接法验证获得6株马铃薯疮痂病致病菌株。6株致病菌株的培养特性和形态特征差别较大;其中菌株G4-1、G9和SYN13不能以果糖和木糖为单一碳源,菌株SYNT3不能以棉子糖为单一碳源;除菌株NLG4-1外,其余5株菌株均能在络氨酸琼脂培养基上产生黑色素。经16S rDNA序列分析,菌株G4-1、G9与疮痂病链霉菌S. scabiei的相似率分别达99.47%和99.34%,菌株NLG4-1、SYNT3与S. enissocaesilis的相似率分别达97.90%和98.18%,菌株GBH2与加利利链霉菌S. galilaeus的相似率达99.93%,菌株SYN13与S. turgidiscabies的相似率达97.56%,表明西北地区马铃薯疮痂病病原菌至少存在4个种。     

生草对关中地区有机猕猴桃园土壤养分及细菌群落的影响

为探究不同生草模式对关中地区有机猕猴桃园土壤养分及细菌群落的影响,试验设置多年生黑麦草+毛苕子(Mode 1)、多年生黑麦草+草木樨(Mode 2)、多年生黑麦草+白三叶(Mode 3)及鼠茅草(Mode 4),以自然生草处理为对照(CK),观察草种生长特性、研究生草对果园耕层(0～20 cm)土壤养分影响,采用高通量测序法分析细菌群落结构。结果表明：鼠茅草越冬率最高,样地杂草株数最少。人工生草较自然生草有机质提高了6.46%～38.63%,以多年生黑麦草+毛苕子效果更为明显,且该处理提高土壤脲酶、蔗糖酶和碱性磷酸酶活性最为显著,分别为3.37、44.17和3.46 mg·d^-1·g^-1。同时,与自然生草相比,多年生黑麦草+毛苕子、多年生黑麦草+草木樨和多年生黑麦草+白三叶提高了土壤细菌群落的丰富度和多样性,多年生黑麦草+毛苕子存在最多差异显著的细菌分支。综上,关中地区有机猕猴桃园种植多年生黑麦草+毛苕子在一定程度上有助于提高土壤有机质及养分含量,改善土壤微生态环境。     

1株军曹鱼病原弧菌的鉴定及其系统发育树分析

从养殖的患病军曹鱼身上分离出1株病原菌JT2，革兰氏阴性，短杆状，有极生鞭毛，能运动，菌落半透明。经回归感染实验，证明该菌为军曹鱼病原菌。进行了常规生理生化实验，并用API-ID32E系统鉴定该菌。再经Biolog-GN细菌鉴定系统鉴定，结果JT2与鲨鱼弧菌（Vibrio carchariae）相似度最高。为了进一步确定该菌的分类学地位，测定了其16SrDNA序列，分析了相关细菌的同源性，构建其系统发育树。结果表明，该菌株与V．carchariae的亲缘关系最近。综合上述几种方法的鉴定结果，最后鉴定该株菌为鲨鱼弧菌V．carchariae。     

Analysis of bacterial community and bacterial nutritional enzyme activity associated with the digestive tract of wild Chilean octopus (Octopus mimus Gould, 1852)

Information on the bacterial community associated with octopus is very scarce, unlike fish and other molluscs. This study revealed the bacterial community associated with digestive tract of wild Chilean octopus Octopus mimus using a culture‐dependent method and 16S rDNA clone library. Moreover, we analysed the bacterial nutritional enzyme activity of culturable bacteria. A culture‐dependent method showed that the composition of the culturable bacterial community was substantially different between female and male octopus. The predominant species in female octopus were Vibrionaceae and Streptococcaceae, whereas only Vibrionaceae was dominated in male octopus. Bacterial nutritional enzyme activities of culturable bacteria from male octopus were much higher than female octopus. The 16S rDNA clone library analysis showed that the bacterial community of male octopus exhibited a higher diversity than that of female octopus. The genus Mycoplasma was the predominant bacteria in the digestive tract of all octopus samples. The results obtained in this study raise the possibility that each octopus has different food consumption due to different bacterial community and nutritional enzyme activity, although Mycoplasma sp. is one of the predominant bacteria in the digestive tract. Moreover, our results are useful for the future of microbiological investigation associated with the octopus and for probiotics in the octopus aquaculture.     

基于16SrDNA分析的浒苔外生细菌多样性研究

为研究浙江近海浒苔Ulva spp.(Enteromorpha spp.)外生细菌多样性,采用传统的形态学和16S rDNA测序分析的方法,从舟山朱家尖、宁海国华电厂和奉化南沙3个地区分离到可培养的浒苔外生细菌及其周围海水细菌65株。根据细菌菌落特征和革兰氏染色结果等将分离到的细菌分为26种表型。16S rDNA序列测序比对发现:菌株与不动杆菌属(Acinetobacter)、交替单胞菌属(Alteromonas)、弧菌属(Vibrio)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、微小杆菌属(Exiguobacterium)、芽孢杆菌属(Bacillus)、赤细菌属(Erythrobacter)、微球菌属(Micrococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、深海杆菌属(Idiomarina)、Phaeobacter、Roseivirgaj和Silicibacter等23个属相应菌株具有较高同源性。对不同地区浒苔外生细菌进行了Shannon-Wiener多样性指数分析。研究表明:(1)宁海国华电厂的浒苔外生细菌多样性最丰富,多样性指数为93.98%;(2)浒苔外生细菌与其生活地区密切相关,其群落组成具有地域差异,其优势类群也不尽相同,但均归属于变形菌门。     

厚壳贻贝不同组织中的微生物群落结构

为了解厚壳贻贝（Mytilus coruscus）各组织中微生物的分布差异,本实验在Illumina MiSeq 测序平台利用16S rDNA克隆子测序（V3-V4区）对嵊泗养殖贻贝的血淋巴、消化腺、肾脏、鳃、外套膜、性腺和足等7种组织中的微生物群落结构进行分析,并比较组织间微生物的多样性差异。结果显示,21个样本平均产生36,860条高质量序列。血淋巴共有1,237个OTU,其次是消化腺（1,014个OTU）和肾脏（1,015个OTU）,性腺最少（仅有553个OTU）。尽管血淋巴OTU数最高,但仅有9个独有OTU。肾脏拥有最多172个独有OTU,消化腺次之（144个独有OTU）。所有组织中均以变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和疣微菌门（Verrucomicrobia）为主要菌群。Alpha多样性指数分析显示血淋巴、消化腺和肾脏微生物多样性最高。以上结果表明,厚壳贻贝微生物存在一定的组织差异性,这将为今后深入阐释厚壳贻贝与微生物之间的相互作用及其调控机理奠定基础。