黄喉拟水龟摩氏摩根菌的分离鉴定及系统发育分析

从广西某黄喉拟水龟(Mauremys muticaCantor)养殖场发病的黄喉拟水龟的肝、肺分离到一致病性的菌株(HX081027),经人工感染实验证实其为该病的病原菌。对该菌的形态、生理生化进行分析,试验结果与报道的摩氏摩根菌一致,表现为革兰氏阴性、两端钝圆的短杆菌,无荚膜及芽孢,葡萄糖产酸产气,接触酶、脲酶、苯丙氨酸脱氨酶和鸟氨酸脱羧酶阳性,氧化酶、脂酶、DNA酶和赖氨酸脱羧酶阴性,甲基红阳性,VP反应阴性,MR阳性等特征。采用扩增细菌16S rDNA的通用引物对该菌的16S rDNA基因进行PCR扩增、克隆测序,得到1条长度为1506bp的核苷酸序列(GenBank登录号为FJ858185)。以该菌16S rDNA序列和GenBank数据库内同源性较高的细菌16S rDNA序列进行同源性比对分析和构建系统发育树,结果显示分离菌HX081027与摩氏摩根菌属内相关菌株的同源性在98.8%~99.6%,且在系统发育树上与来源于鱼类的M.morganiiJCM1672聚为一支,结合形态及生理生化特点将其确定为摩氏摩根菌(Morganella morganii)。     

艾叶内生放线菌的分离、系统发育及相关特性研究

从艾叶药用植物中共分离得到19株内生放线菌,对这些菌株分泌胞外淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶和纤维素酶特性以及拮抗农作物病原菌和人类病原菌活性进行了研究,并对部分活性菌株进行了16SrDNA系统发育分析。结果表明:在这19株内生放线菌中,具有产胞外淀粉酶活性的菌株11株,产蛋白酶活性的菌株11株,产纤维素酶活性的菌株8株;拮抗活性试验显示,有2株菌对禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum Schw.)、水稻胡麻斑病菌[Bipolaris oryzae(Breda deHaan)Shoem]和肠球菌(Enterococcus sp.)具有拮抗活性,3株菌对耐青霉素类金黄色葡萄球菌(Staphyloccocus aureus)具有拮抗活性。对其中的3株菌进行了16SrDNA系统发育分析,该3株菌均属于糖霉菌属,菌株IF11、IXS和IF22均同时与Glycomyces mayteni YIM61331T、Glycomyces sambucusE71T、Glycomyces scopariae YIM56256T亲缘关系最近,序列相似性分别为98.3%、98.3%和98.1%。     

寄生蜂28S rDNA D2 区序列及其分子系统学研究

对棉铃虫齿唇姬蜂Campoletis chlorideae Uchida、腰带长体茧蜂Macrocentrus cingulum Brischke和麦蚜茧蜂 Ephedrusplagia-tor（Nees）3种寄生蜂28S rDNA D2区序列进行了聚合酶链式反应（PCR）,检索了GenBank核酸序列库中姬蜂总科和小蜂总科的其它26种寄生蜂的相应序列,利用29种寄生蜂及2种弹尾目昆虫28S rDNA D2区序列对寄生蜂进行了系统进化分析.结果表明,3种寄生蜂28S rDNA D2区序列与同一亚科的其他种相似性达90%以上.3种寄生蜂中,腰带长体茧蜂和麦蚜茧蜂与弹尾目昆虫的遗传距离较远,是较进化的种类;棉铃虫齿唇姬蜂与弹尾目昆虫的遗传距离较近,是较早分化的种类.29种寄生蜂系统进化分析表明,茧蜂科的蚜茧蜂亚科和长体茧蜂亚科处于同一分化地位,但有明显分化;小蜂总科与姬蜂科处于同一分化地位,比茧蜂科分化晚.     

由16S rDNA序列初步推断鳜类与低等鲈形目鱼类的系统关系

为验证鳜类系统分类位置的各种假说,对部分鳜类鱼类线粒体16SrDNA基因片段进行PCR扩增和测序,利用其与GenBank中鳕科以及鲈形目其它科鱼类的同源序列,初步构建了鳜类与部分低等鲈形目鱼类的分子系统关系。结果表明,鳜类为单系类群,但未与绪科聚合成单系群体,与目前假设的暖鲈科、狼鲈科、锯盖鱼群、花鲈等亲缘关系相对较远。由于鳜类为淡水特化类群,系统演化上较晚发生,因而,支持将其独立为一科——鳜科。本研究结果可为理解低等鲈形目鱼类的系统进化关系提供分析资料。     

新疆乌苏地区棉花黄萎病菌分离鉴定和致病力分析

为了研究新疆乌苏地区棉花黄萎病菌的致病型和群体间的变异性,从该地区不同棉株上分离8株病原菌,通过对病原菌的菌落培养形态、菌丝和孢子的显微结构、对寄主的致病性、ITS序列的克隆、菌株间的系统进化及营养亲和性分析等方面进行了研究。结果表明：分离的病原菌均属于非落叶型棉花黄萎病菌(Verticillium dahliae),为大丽轮枝菌;系统进化树显示8株菌在系统进化上属于2个不同的进化方式;8株黄萎病菌在相同的寄主上致病性存在差,Vd-1菌株致病力最强,Vd-34致病力最弱;不同致病力的菌株之间的营养亲和性分为2个营养亲和群(VCGs)。新疆乌苏地区棉花黄萎病的致病菌是大丽轮枝菌,病原菌在进化上差异显著。     

寿星桃种质资源的RAPD分析

该研究利用RAPD技术,从分子生物学角度对寿星桃种质进行分析.采用从200个10碱基随机引物筛选的22个引物对10个寿星桃类型的基因组DNA进行扩增,通过对180个扩增位点的谱带的聚类,分析供试寿星桃的系统发育;运用特殊谱带,建立了寿星桃的分子检索表;并对扩增的特殊位点进行统计,提出了重点保存的寿星桃种质.     

从福尔马林保存的牙鲆中克隆的18S rDNA进行系统发育分析的可靠性

从福尔马林保存的牙鲆和活体牙鲆肌肉组织中，利用基因拼接的方法首次克隆到1205bp和1295bp的长片段序列。福尔马林保存标本与活体标本DNA序列的同源率为82％；和活体标本的18S rDNA序列相比，标本DNA的碱基缺失率为7％，碱基替换比例为11％。利用福尔马林标本的18S rDNA同源性高的区域进行系统发育分析，表明其结果是可信的。     

抗稻瘟病菌的海绵放线菌Hmp-S14的生物学特性及其鉴定

从大连海域的繁茂膜海绵(Hymeniacidon perleve)中分离到一株具有抗稻瘟病菌(Magnaporthe gmea)活性的放线菌Hmp—S14菌株，对分离菌株的形态特征、培养特征、生理生化特征、细胞壁化学组分、16SrDNA序列进行了系统的研究。在系统发育树中，Hmp—S14菌株与Streptomyoes setonii在同一分支中，二序列相似性为98％，结合形态、生理生化和细胞壁化学组分分析结果，将其鉴定为Streptomyces setonii。     

基于COS Marker分析柑橘属及其近缘、远缘属植物的遗传与进化

【目的】研究柑橘属及其近缘、远缘属种质资源的遗传多样性及亲缘关系,为柑橘类果树的遗传和进化关系提供新的视点,也为遗传育种以及种质资源深入的收集、保护及评价利用提供新工具和参考。【方法】下载Phytozome网站公布的全部克里迈丁Conserved ortholog sequences,并在NCBI中与测序甜橙序列比对,获得具有Gap的序列,从中设计60对COS引物,筛选并利用多态性标记对柑橘属及其近缘、远缘属植物进行扩增检测,通过Structure、Power Marker和Gen Al Ex等软件进行数据分析。【结果】从设计引物中筛选出谱带清晰、稳定性好、具有多态性且分布在柑橘不同连锁群的引物25对,对45份柑橘属及其近缘、远缘属种质资源进行扩增检测,共得到584条谱带,平均每对引物约为23.36条;基因多样性为0.26—0.88,平均0.49;PIC为0.26—0.87,平均0.48。群体遗传结构分析显示,在K=9时,群体结构图清晰地揭示了柑橘属及其近、远缘属植物间的遗传组成关系,可区分为宽皮柑橘类群、柚类群、枸橼类群、大翼橙类群、金柑类群、枳及澳沙檬澳圆檬类群、花椒类群、黄皮酒饼簕九里香类群以及印度野橘和莽山野柑杂合类群,类群关系与聚类分析结果总体比较一致。UPGMA聚类分析显示,COS Marker能够明确地区分柑橘属及其近缘、远缘属种质资源,柑橘属在较高分类层次与金柑属、枳属、澳沙檬属、澳圆檬属、花椒属以及黄皮、酒饼簕、九里香等近、远缘植物分离;在柑橘属内,枸橼和大翼橙类首先聚类,然后与宽皮柑橘、柚类等其他柑橘属植物聚类;宽皮柑橘类群里,道县野橘、岑溪酸橘等半野生宽皮柑橘与椪柑等栽培宽皮柑橘可以明确区分,而莽山野柑和印度野橘不在本类群。【结论】根据甜橙和克里迈丁基因测序信息设计的COS引物,在柑橘近缘、远缘属植物中均能获得有效扩增,能够有效区分柑橘属及其近缘、远缘属种质资源;莽山野柑和印度野橘的遗传组成表现杂合,聚类分析中与宽皮柑橘距离比较远,可能并非宽皮橘类群最原始类型。     

猪Ⅱ型圆环病毒江苏株全基因进化及ORF3蛋白的生物信息学分析

对NCBI已经登记的国内分离的PCV2江苏株(GQ358994.1)进行序列比对及进化分析,并对其ORF3编码蛋白的氨基酸序列进行生物信息学方法分析,对其组分、理化性质、跨膜结构域、二级结构、糖基化位点、磷酸化位点和B细胞抗原表位进行预测和推断。结果表明,PCV2江苏株与国内分离株序列同源性极高(>99%),ORF3蛋白无跨膜区域,二级结构中自由卷曲含量最高,为54.81%,不含有糖基化位点,但有8个磷酸化位点。综合分析得出,ORF3蛋白具有大量的抗原决定簇。通过对ORF3蛋白进行生物信息学方法分析,为PRRSV疫苗设计提供理论基础。