腐烂茎线虫不同地理种群ITS区序列比对及系统发育

为弄清我国腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor)不同地理种群ITS(Internal transcribed spacer)区之间的碱基差异及系统发育关系,本研究通过网络软件Clustalw1.83对腐烂茎线虫的核糖体ITS区核酸序列进行了比对,结果发现腐烂茎线虫的8个种群中,DEll、DEly、DEAY987007三个种群(I组)内部之间的碱基差异在1%以内,其它的5个种群(II组)之间的差异为0～1%,而I组与II组种群之间的差异达到了15%(根据ITS1+5.8s+ITS2序列)或20%(根据ITS1+ITS2序列)。这说明我国腐烂茎线虫很可能是1个复合种。根据ITS区核酸序列构建的系统发育图同样显示,我国腐烂茎线虫的7个地理种群明显分为2个分支A和B。     

河南省玉米田根腐线虫三个病样品的病原种类鉴定

短体属线虫(Pratylenchus Flipjev,1936)又称根腐线虫,是一类重要的迁移性植物内寄生线虫,世界范围内分布广泛且危害性大,在我国多个省份皆有发生危害.本文采用改进的贝尔曼漏斗法从河南省商丘市、荥阳市和洛阳市的3个玉米土壤样品中分离出根腐线虫,利用光学显微镜进行形态学鉴定,基于rDNA的ITS和28S...     

由16S rDNA序列初步推断鳜类与低等鲈形目鱼类的系统关系

为验证鳜类系统分类位置的各种假说,对部分鳜类鱼类线粒体16SrDNA基因片段进行PCR扩增和测序,利用其与GenBank中鳕科以及鲈形目其它科鱼类的同源序列,初步构建了鳜类与部分低等鲈形目鱼类的分子系统关系。结果表明,鳜类为单系类群,但未与绪科聚合成单系群体,与目前假设的暖鲈科、狼鲈科、锯盖鱼群、花鲈等亲缘关系相对较远。由于鳜类为淡水特化类群,系统演化上较晚发生,因而,支持将其独立为一科——鳜科。本研究结果可为理解低等鲈形目鱼类的系统进化关系提供分析资料。     

昆虫病原线虫共生细菌的分子鉴定及其培养特性的初步研究

【目的】确定昆虫病原线虫共生细菌YL001和YL002菌株的分类及其系统进化地位,并为该类生物资源的后续研究及开发应用奠定基础。【方法】对YL001和YL002菌株进行分子鉴定,PCR扩增并克隆其16SrRNA全序列,对其全序列进行了序列测定及系统进化分析,并采用参数测定法对其培养特性进行了初步研究。【结果】YL001和YL002菌株与嗜线虫致病杆菌(Xenorhabdus nematophila)种内菌株形成一个类群,序列同源性大于99%,与发光杆菌(Photorhabdus)属内菌株的序列同源性大于94%。2菌株的延缓期、对数生长期、稳定期和衰亡期分别为0~6,6~18,18~66和66 h;培养12 h后,YL001和YL002菌株发酵液的pH值分别降低至5.70和5.56,此后逐渐上升,至发酵结束时其pH值分别为7.74和8.07;培养0~18 h时2菌株发酵液中还原糖含量迅速降低,此后保持稳定;12 h时氨基氮含量达到最低,此后开始缓慢上升;YL001菌株培养54 h后及YL002菌株培养42和66 h后,其对番茄灰霉病菌和枯草芽孢杆菌的抑制作用最强。【结论】YL001和YL002菌株属于嗜线虫致病杆菌种内的菌株;YL001和YL002菌株的培养特性符合细菌生长和代谢的一般规律,其适宜的发酵周期分别为54和66 h。     

寄生蜂28S rDNA D2 区序列及其分子系统学研究

对棉铃虫齿唇姬蜂Campoletis chlorideae Uchida、腰带长体茧蜂Macrocentrus cingulum Brischke和麦蚜茧蜂 Ephedrusplagia-tor（Nees）3种寄生蜂28S rDNA D2区序列进行了聚合酶链式反应（PCR）,检索了GenBank核酸序列库中姬蜂总科和小蜂总科的其它26种寄生蜂的相应序列,利用29种寄生蜂及2种弹尾目昆虫28S rDNA D2区序列对寄生蜂进行了系统进化分析.结果表明,3种寄生蜂28S rDNA D2区序列与同一亚科的其他种相似性达90%以上.3种寄生蜂中,腰带长体茧蜂和麦蚜茧蜂与弹尾目昆虫的遗传距离较远,是较进化的种类;棉铃虫齿唇姬蜂与弹尾目昆虫的遗传距离较近,是较早分化的种类.29种寄生蜂系统进化分析表明,茧蜂科的蚜茧蜂亚科和长体茧蜂亚科处于同一分化地位,但有明显分化;小蜂总科与姬蜂科处于同一分化地位,比茧蜂科分化晚.     

牛的巴贝斯虫18S rRNA基因序列比较研究

对中国已报道的8株牛的巴贝斯虫（包括1株牛巴贝斯虫、1株双芽巴贝斯虫、1株大巴贝斯虫、3株卵形巴贝斯虫和2株巴贝斯虫未定种）的18S rRNA基因序列进行了测定与比较。自感染动物的血液中纯化虫体，提取基因组DNA，PCR扩增靶基因，然后将其连接到pGEM—T Easy载体上，进行克隆测序。研究结果显示：牛的巴贝斯虫18S rRNA基因大小在1653～1699bp之间；用所测得的和自GenBank下载的各种动物的巴贝斯虫18S rRNA基因序列构建了系统发生树，发现由刻点血蜱传播的大巴贝斯虫伊犁株与由长角血蜱传播的3株卵形巴贝斯虫存在明显差别，应属于2个独立种；由小亚璃眼蜱传播的牛巴贝斯虫未定种不同于目前已报道的任何种类，在中国应为一个新种。因而，中国存在5种牛的巴贝斯虫，即：牛巴贝斯虫，双芽巴贝斯虫、大巴贝斯虫，卵形巴贝斯虫和巴贝斯虫未定种。     

华东地区健康水禽携带新城疫病毒情况调查

近年来,新城疫逐渐成为了一种严重的家养水禽疾病。尽管如此,目前对于我国水禽新城疫的流行和分布情况依然知之甚少。本研究采集了2011-2012年中国华东6省1市的部分活禽市场和养殖场表观健康家鸭和家鹅泄殖腔棉拭样品,进行新城疫病毒的分离和毒力检测工作。通过测定分离株F基因高变区nt47-420,对其进行遗传进化分析。结果显示,在1200份样品中,检测到阳性样品23份,分离率为1．92％,表明眼观健康家鸭和家鹅中携带新城疫病毒。对比寒冷的春冬两季和炎热的夏季,新城疫病毒的分离率存在明显的差别。在中国家鸭和鹅中流行的新城疫毒株依然对温度敏感,高温天气不利于新城疫疫情蔓延。对分离株的鸡胚平均死亡时间和脑内接种指数进行了测定。参考76株GenBank中已发表并鉴定基因型毒株的F基因高变区nt47～420,对23株家养水禽分离株进行了遗传进化分析,结果发现分离株与流行的强毒株和疫苗株遗传距离较远。其中,13株与ClassII基因Ib亚型遗传距离最近;3株属于ClassI基因2型;7株与ClassI基因3b亚型遗传距离最近。     

PRRSV云南A06株ORF5和ORF7基因的克隆与序列分析

设计2对引物分别扩增PRRSV的ORF5和ORF7基因,对从云南某猪场分离到的毒株A06进行RT-PCR检测,得到2条特异性扩增带,克隆至pMD18-T载体并测序。将A06株的ORF5和ORF7基因及其推断氨基酸序列分别与PRRSV欧洲型代表株LV、美洲型代表株VR2332和7株中国分离的美洲型毒株相应基因进行核苷酸和氨基酸序列比对分析。结果显示,A06株属于美洲型,其ORF5和ORF7基因及推断氨基酸与我国2006年分离的4株HP-PRRSV代表株的相似性高达98%～99%,与欧洲型代表株LV的相似性只有56%～64%。分别构建了以上毒株ORF5和ORF7基因的亲缘关系图谱,反映了A06株ORF5和ORF7基因的进化位置,完成2个基因的遗传变异分析。     

温氏附红细胞体部分16S rRNA基因的序列测定和分析

从确诊为附红细胞体感染的黄牛无菌采集血样，抽提附红细胞体基因组DNA，用实验设计的能扩增多种动物血营养菌部分16SrRNA基因的通用引物进行PCR扩增，结果扩增出大小约为370bp的DNA片段。PCR产物序列测定和系统进化分析显示，实验获得的核苷酸序列为温氏附红细胞体的16SrRNA基因，与国外报道的温氏附红细胞体的同源性为97％。反映出不同地理株的温氏附红细胞体存在一定的遗传差异，为牛附红细胞体病的诊断和分子流行病学研究提供科学依据。     

35株不同来源的新城疫病毒(NDV)分离株F-糖蛋白基因序列测定和基因型

采用病毒分离试验、鸡胚平均死亡时间毒力试验、RT－PCR和F－糖蛋白基因序列测定及基因分析，对1996－2000年从国内不同地区多种禽类中分离到的新城疫病毒（NDV）分离毒株进行了研究，绘制了基因树。毒力试验结果表明，其中有32株为强毒株，有3株为中等毒力株。DNA序列分析和基因树结果表明，这35株NDV分为4个类群，其中27株为基因Ⅶ型（主要流行毒株），3株为基因Ⅵ型，4株为基因Ⅱ，1株为基因Ⅲ型。结果指示，我国新城疫感染来源是一个值得关注的问题。