Characterization of phosphate solubilizing fluorescent pseudomonads from the rhizosphere of Aloe vera (L.)

Soil phosphorous (P) deficiency is a major constraint to plant production which is overcome by adding inorganic-phosphate as chemical fertilizers. Fluorescent pseudomonads are the diverse group of bacteria able to mobilize sparingly soluble phosphate form. Total three hundred seven fluorescent Pseudomonas isolates were obtained from the Aloe barbadensis (Miller) rhizosphere. These Pseudomonas strains were further evaluated in vitro for their ability to solubilize phosphate and to produce indole acetic acid (IAA), hydrogen cyanide (HCN), siderophore and 1-aminocyclopropane 1- carboxylate (ACC) deaminase. Fifty three (36.8%) isolates produced IAA and 52 (36.1%) isolates produced siderophores whereas 36 (25.0%) and 31 (21.5%) isolates produced HCN and ACC deaminase, respectively. A positive correlation existed between siderophore and ACC deaminase producers. Cluster analysis showed rhizosphere as the major factor influencing the ecological distribution and physiological characterization of phosphate solubilizing bacteria (PSB). Based on partial 16S rRNA gene sequencing PSB were identified as Pseudomonas putida, Pseudomonas sp. and Pseudomonas plecoglossicida with highest phosphate solubilization ability. In conclusion, these phosphate solubilizing fluorescent pseudomonads would help in understanding their role in phosphorus solubilization and identification of potent phosphorus solubilizers from the rhizosphere of commercially grown A. barbadensis.     

燕麦Actin基因片段的克隆及序列分析

【目的】克隆与分析燕麦肌动蛋白基因片段.【方法】根据其他植物Actin基因的保守序列设计一对简并性引物,以燕麦叶片总RNA为模板,采用RT-PCR的方法扩增出Actin基因片段并克隆到PUCm-T载体,进而转化大肠杆菌E.coli DH5α感受态细胞.阳性克隆经PCR鉴定后进行测序.【结果】扩增片段长678bp,共编码225个氨基酸;所得序列与GenBank中注册的Actin基因序列的同源性均在85%以上,与其他肌动蛋白的氨基酸序列的同源性达93%以上.【结论】系统进化分析表明,扩增到的燕麦肌动蛋白基因与羊草、长穗偃麦草和黑麦草等植物的肌动蛋白基因亲缘关系最为密切.     

玉米脱水素基因家族的鉴定与分析

脱水素(dehydrin,DHN)属于LEA蛋白第二家族成员,是一种植物中广泛存在的亲水性蛋白,在干旱、低温和高盐等非生物胁迫的环境中起到重要作用。通过生物信息学方法对玉米全基因组DHN家族成员进行了鉴定,并进一步对其系统发育、基因结构、染色体定位和基因复制以及表达模式进行了系统分析。结果显示,在玉米DHN基因家族中共有5个家族成员,多物种系统发育进化树分析、基因结构以及基序分析都表明DHN家族成员在进化上具有高度的保守性。基因复制和物种间微共线性分析表明,在5个玉米DHN基因中存在着1对片段复制基因(ZmDHN1-ZmDHN2),玉米、高粱和水稻3个物种间存在2对直系同源基因(ZmDHN2-Sb04g032250.1,ZmDHN2-Os02g44870.1)。通过转录组表达数据分析表明,玉米DHN家族基因在不同发育时期具有不同的组织表达模式;同时,诱导表达模式分析表明ZmDHN基因的表达受到盐和干旱胁迫的显著诱导。该研究结果将为进一步鉴定玉米DHN家族重要的基因成员并对其开展功能分析奠定基础。     

青岛地区空肠弯曲菌的分离鉴定及Jej基因序列分析

为调查青岛地区空肠弯曲菌(C.jejuni)的流行状况,采集青岛地区不同分离地点的鸡盲肠棉拭子及内容物98份,经分离鉴定得到23株C.jejuni,分离率达到23.47％.应用C.jejuni的马尿酸酶(Jej)基因作为分子标记,对分离到的23株C.jejuni分离株和4株C.jejuni上海分离株进行分析,并与8株已知的C.jejuni序列进行相似性比较,构建系统进化树,对其系统进化关系进行分析.结果表明,分离菌株及已知菌株均能扩增出774 bp的Jej基因片段,得到11个不同的序列,有11个核苷酸变异位点,变异率为0.13％～1.42％;基于Jej基因构建的进化树表明,分离株分为2个分支,其中4株分离株与C.J-NCTC11168和C.J-IA3902亲缘关系近,1株与C.J-RM1221、C.J-S3亲缘关系近,2株与上海分离株亲缘关系比较近;2株与C.J-81116、C.J-M1组成另外一个分支.     

Genetic Diversity and Global Distribution of Citrus tristeza virus （CTV） Strains

Citrus tristeza virus （CTV）, the most devastating viral pathogen in citrus, causes tremendous economic losses to citrus industry worldwide. The CTV isolates exhibit variable pathogenicities on their ho...     

多花黄精炭疽病病原菌鉴定

炭疽病是多花黄精最严重的病害之一。本研究从重庆市万州区采集疑似为炭疽病的多花黄精病叶,分离培养获得了培养性状不同的2株炭疽菌,致病性测定表明这2株菌株都可引起多花黄精炭疽病;利用核糖体内转录间隔区(rDNA-ITS)、肌动蛋白(ACT)、几丁质合成酶(CHS-1)和β-微管蛋白(TUB)基因进行多基因系统发育分析,发现这2株菌株分别与松针炭疽菌Colletotrichum fioriniae和博宁炭疽菌C.boninense聚在一起,形成明显分支。结合形态学特点,确定引起多花黄精炭疽病的病原菌为松针炭疽菌C.fioriniae和博宁炭疽菌C.boninense。其中松针炭疽菌C.fioriniae引起黄精炭疽病是首次报道。     

安徽省太和县中国南瓜曲叶病毒自然侵染南瓜的检测分析

中国南瓜曲叶病毒(squash leaf curl China virus, SLCCNV)是一种植物单链DNA病毒, 属于双生病毒科Geminiviridae菜豆金色花叶病毒属Begomovirus?在自然条件下该病毒可以侵染多种葫芦科作物, 如南瓜?甜瓜等?该病毒由烟粉虱进行持久性传播, 是影响瓜类产量和品质的重要病害?2021年4月-5月, 安徽省太和县温室大棚中的南瓜叶片出现斑驳?皱缩?卷曲以及植株矮化等现象, 我们采集了具有典型病毒病症状的南瓜病叶样品以及烟粉虱虫体进行RT-PCR鉴定, 结合测序结果鉴定危害南瓜的病毒为SLCCNV?为了进一步明确安徽太和地区SLCCNV的系统进化特征, 我们测定了SLCCNV的外壳蛋白基因(coat protein, CP)序列并进行系统发育分析, 结果表明安徽太和县所检测到的SLCCNV分离物与中国广东和海南地区的分离物亲缘关系较近, 并且与越南?菲律宾?柬埔寨?泰国等一些国家的分离物处于同一个大分支, 存在较小的地域差异性, 而与印度和孟加拉国地区的分离物亲缘关系相对较远, 处于不同的大分支?本研究是安徽省SLCCNV侵染南瓜的首次报道, 期望为该病害的预警和防控提供理论依据?     

细菌生物学特性对其生物膜形成的影响

Biofilm-associated microorganisms play crucial roles in terrestrial and aquatic nutrient cycling and in the biodegradation of environmental pollutants.Biofilm formation was determined for a total of 18 bacterial isolates obtained from the biofilms of wastewater treatment systems and of little carpolite in soil.Among these isolates,seven showed strong biofilm-forming capacity.The phylogenetic affiliation of the isolates showing high biofilm formation capacity was determined through 16S rDNA sequencing and the isolates were grouped into 7 bacterial species including Pseudomonas sp.,Pseudomonas putida,Aeromonas caviae,Bacillus cereus,Pseudomonas plecoglossicida,Aeromonas hydrophila,and Comamonas testosteroni.The biofilm-forming capacity was closely related with flagella,exopolysaccharide,and extracel-lular protein.According to the coefficient of determination,the relative importance of the five biological characteristics to biofilm formation was,in order from greatest to least,exopolysaccharide > flagella > N-acyl-homoserine lactones (AHLs) signaling molecules > extracellular protein > swarming motility.     

番茄黄化曲叶病毒安徽分离物的基因组结构特征及变异分析

利用滚环扩增（RCA）技术从安徽淮北番茄温室表现曲叶症状的番茄上获得番茄黄化曲叶病毒（tomato yellow leaf curl virus, TYLCV）的2个分离物全基因组。 2个TYLCV DNA-A核苷酸序列全长均为2 781 nts,共编码6个ORF。序列比对结果表明,2个TYLCV安徽分离物DNA-A核苷酸序列同源性为99.7%,与已报道的国内外其他24个TYLCV各分离物同源性高达97.8% ~ 99.9%。系统进化分析显示,TYLCV安徽分离物与来自吉林、沈阳、天津、邯郸和山东的5个TYLCV分离物亲缘关系最近。     

部分茶竿竹亚属竹种亲缘关系的ITS序列分析

为了探讨怀集县铁厘茶竿竹和白水茶竿竹与其他茶竿竹亚属竹种之间在分子水平上的差异以及它们的分类地位,对包括铁厘茶竿竹和白水茶竿竹在内的9个茶竿竹亚属竹种的核糖体基因（nrDNA）的内转录间隔区（ITS）序列进行分析,并构建系统进化树。结果表明,所有供试材料ITS全长在559～648 bp,(G+C)含量变化范围为46.02%～57.65%,其中铁厘茶竿竹和白水茶竿竹ITS全长分别为559 bp和614 bp,(G+C)含量分别为55.64%和57.65%。ITS序列构建的系统进化树显示：正种茶竿竹及其变种聚为一个大支,其中铁厘茶竿竹和白水茶竿竹聚在一起。以上结果佐证了铁厘茶竿竹和白水茶竿竹是正种茶竿竹的2个变种。