梅PGIP基因的克隆及全序列分析

 通过PCR扩增, 从梅基因组中得到1条全长1 192 bp的多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白( PGIP)基因序列。该序列包含有1个完整的开放阅读框和1个内元。比对结果表明, 克隆到的序列与桃、马哈利樱桃中相应序列一致度分别为96%和95% , 其蛋白质序列与桃、马哈利樱桃的蛋白质序列一致度分别为97%和94%。该蛋白质序列中包含着一段亮氨酸重复序列。     

禽流感病毒分离株 A/Chicken/Wangcheng/4/2001(H9N2)核蛋白基因(NP)的克隆和序列分析

用无特定病原体 (ＳＰＦ)鸡胚增殖禽流感鸡体分离株Ａ／Ｃｈｉｃｋｅｎ／Ｗａｎｇｃｈｅｎｇ／４／２００１(Ｈ９Ｎ２)(ＷＣ２００１),提取病毒总ＲＮＡ。根据已发表的Ａ型流感病毒株ＮＰ基因序列 ,设计一对引物 ,运用反转录 -聚合酶链反应(ＲＴ -ＰＣＲ)扩增该病毒分离株的ＮＰ基因 ,克隆后进行序列测定。序列分析表明 ,扩增的ＮＰ基因为相应的开放阅读框架。ＷＣ２００１株ＮＰ基因序列与数株Ａ型流感病毒ＮＰ序列进行比较 ,相互间同源性在８０%左右 ,其中与Ａ／Ｄｕｃｋ／ＨｏｎｇＫｏｎｇ／Ｙ２８０／９７(Ｈ９Ｎ２)有很高的同源性 ,而与人流感病毒株和猪流感病毒株差异较大 ,显示禽流感病毒特征。     

鹅细小病毒主要结构蛋白VP3基因的克隆与序列分析

将GPV H2分离株接种于13日龄非免疫鸭胚，收集接毒后3－7日死亡鸭胚的尿囊液。纯化病毒，通过PCR技术，从病毒基因组DNA中扩增出病毒衣壳蛋白VP3完整基因片段，经酶切鉴定后直接与pMD 18-T质粒载体连接，转化感受态大肠杆菌TG1。提取重组质粒经PCR鉴定和酶切鉴定后，对插入片段进行序列测定及分析。结果表明；鹅细小病毒H1分离株VP3基因全长1605bp,编码534个氨基酸，与国外已发表的鹅细小病毒B株核苷酸序列同源性为98．5％，氨基酸序列同源性为98．3％，表明这二个毒株亲缘关系相近。     

红汁乳菇及近缘种的分子鉴定及遗传距离分析

采集野生红汁乳菇及其近缘种子实体,经组织分离、纯化筛选后获得7个菌株,利用PAuP4．0构建系统发育树,通过树图分析,鉴定出组织分离茵株L1、L3、L5、L7为红汁乳菇（Lactarius hatsudake）,L2、L6为橙色乳菇（Lactarius akahatsu）,IA可能为乳菇属一未知种（Lactariussp．）,对4株红汁乳菇菌株用HKY85距离测量法分析遗传距离,结果表明,采自丽水市缙云与丽水城郊百果园的菌株序列完全一致,其遗传距离为0,而湖南的标本与上述标本存在一定的遗传距离。从这些结果推测,地理隔离可能会对红汁乳菇遗传产生一定的影响。     

单细胞测序技术及其在畜牧科学研究中的应用

单细胞测序(Single Cell Sequencing)是对单个细胞进行测序后利用生物信息学等手段进行分析的技术,包括单细胞分离、扩增测序和数据分析3个方面,主要应用于肿瘤、胚胎发育、免疫学等方面。随着单细胞测序技术的迅速发展,单细胞测序技术已成为研究细胞发育中基因组、转录组和表观基因组异质性的重要工具。单细胞测序可以获取单个细胞完整的全基因组,克服了大样本量、细胞异质性等问题,为研究细胞间异质性信息和细胞群体之间关系提供了新的研究策略。本文就单细胞测序方法及其在畜牧科学研究中的应用进行综述,并探讨其应用前景。     

辽宁绒山羊全基因组外显子测序研究

本研究应用全外显子捕获测序分析技术构建绒山羊的cDNA文库,研发绒山羊外显子捕获试剂盒进行测序研究。结果共找出9974个突变或SNP位点,其中2组羊中共享的SNP总共4254个,季节性长绒型的群体中独有的SNP有2713个,常年长绒型的群体中独有的SNP有3007个,为常年长绒辽宁绒山羊主效调控基因的QTL定位提供理论依据。     

桃RAPD扩增产物的不同电泳检测及其序列特征分析

以16个桃品种为试验材料,选用11个碱基引物以及严格筛选PCR退火温度的RAPD技术,对琼脂糖凝胶及聚丙烯酰胺凝胶电泳检测的RAPD、PCR扩增产物进行比较.结果表明,聚丙烯酰胺凝胶电泳检测出的总谱带及多态性谱带数均高于琼脂糖凝胶,前者不存在或少存在共迁移性的现象.随机选取19个片段,发现其中有6条是编码蛋白的基因片段,说明RAPD不仅扩增基因组上的非编码蛋白序列,同时可扩增编码蛋白的基因片段,能够较全面客观地反映不同桃品种遗传上的差异.     

琯溪蜜柚果肉过氧化物酶cDNA的克隆及序列分析

以琯溪蜜柚果肉为材料,运用cDNA克隆的方法,克隆得到了琯溪蜜柚果肉过氧化物酶的cDNA的全长,并对得到的序列进行了一些分析,从分子生物学角度对粒化的研究做了初步的探索。结果表明:琯溪蜜柚果肉PODcDNA全长1263bp,有完整的阅读框,编码351个氨基酸。另外5''非翻译区42bp,3''非翻译区168bp(不包含终止密码子TAA),其中包括一个多聚腺苷酸化信号AATAAA,以及一个含24个腺苷酸的poly(A)尾。由琯溪蜜柚果肉PODcDNA推导的氨基酸序列与无花果(Fi-cuscarica)、陆地棉(Gossypiumhirsutum)、杨属植物(Populus)等同源性较高,分别为:58.6%,67.61%,65.24%,67.14%等。     

不同品种南瓜内生细菌多样性及PICRUSt基因功能预测分析

[目的]比较5个不同品种南瓜内生细菌多样性特征并开展基因功能预测分析,为挖掘和利用南瓜内生细菌功能菌株及开拓南瓜辅助育种新方向提供理论依据与参考.[方法]采集5个不同品种南瓜茎部,基于MiSeq高通量测序技术比较分析南瓜茎内生细菌多样性与丰富度,内生细菌门、属分类水平的群落结构组成,以及不同品种南瓜茎内生细菌优势菌群占...     

鲤鱼干扰素γ-2β 全长cDNA的克隆及序列分析

[目的]进行鲤鱼干扰素γ-2β(IFNγ-2β)全长cDNA的克隆、鉴定及序列分析。[方法]以鲤鱼外周血白细胞干扰素γ-2β(inter-feronγ-2β,IFNγ-2β)EST序列为基础,以地高辛标记作为探针,对有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库进行核酸杂交筛选,克隆鲤鱼IFNγ-2β的全长cDNA,并进行序列分析。[结果]获得了3个阳性克隆,对其进行序列分析,结果显示,该序列包含119 bp的5'非编码区,218 bp的3'非编码区,开放阅读框ORF长537 bp,共编码178个氨基酸,在其3'非编码区存在几个ATTTA不稳定基序;序列同源性比较结果表明,所获序列与GenBank上登录的鲤鱼IFN基因的同源性达97%;蛋白质序列和结构分析发现,该序列具有IFN家族的典型序列特征。[结论]为进一步研究IFNγ-2β在体内的表达方式、功能特点和调控机理以及在炎症反应和免疫应答中的作用机制奠定了基础。