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为了对异源抗体对接方法预测流感病毒血凝素B细胞构象表位的可行性进行分析,本研究基于蛋白质相互作用界面的形状互补理论,使用异源抗体(来自于抗原抗体复合物1G9M、1RVF、1TPX、1NCA、1A2Y)的晶体结构同流感病毒血凝素(A/Aichi/2/68(H3N2))的晶体结构进行刚性分子对接,通过计算B细胞表位的预测表面和实际表面C-α原子之间的RSMD以及表位氨基酸的准确率,分析用异源抗体探测出血凝素B细胞表位的可能性。结果表明,不同的异源抗体均可结合到A/Aichi/2/68(H3N2)的已知B细胞表位,最佳的对接构象与原晶体结构重叠后表位残基C-α原子的均方根偏差均小于0.6埃,表位氨基酸预测的准确性大于60%,说明异源抗体对接方法可以尝试用于B细胞构象表位的预测。 相似文献
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利用SSR标记对19个喀斯特山区常用玉米自交系进行遗传多样性分析,在此基础上又进行了杂种优势类划分。从90对引物中共筛选出46个能够稳定扩增的多态性引物,这46对引物共扩增出190条具有遗传多态性的条带,平均每个位点监测到的等位基因数为4.13个,变化范围为2~8个。每个位点的多态性信息量(PIC)变化于0.291~0.861之间,平均为0.623。供试材料的遗传距离变化范围为0.093~0.521,平均为0.342。UPGMA聚类分析结果表明,可将19个喀斯特山区常用玉米自交系划分为3个类群,分类结果与系谱来源基本一致。研究表明SSR标记可以进行玉米自交系遗传多样性分析。喀斯特山区地方玉米种质与温带玉米种质的遗传基础存在异质性,是温带玉米育种不可多得的异源种质。 相似文献
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甜瓜结实花初花节位QTL分析 总被引:2,自引:1,他引:2
以WI998为母本(纯雌株、厚皮网纹甜瓜品系),TopMark为父本(雄全同株纯合品系),配置杂交组合,利用单粒传得到171个株系的重组自交系(F2S4)群体构建甜瓜SSR分子标记遗传连锁图谱。该连锁图谱包含19个连锁群,覆盖基因组长度为1 414.2 cM,标记间平均距离为10.2 cM。对结实花初花节位开展QTL分析,共检测到9个QTL,分别分布在第1、9、10、11连锁群上,各QTL的LOD值在2.89 ~ 9.42之间,4个QTL贡献率超过10%。位于第9连锁群的QTL Fp9.4贡献率最大,为18.57%(2010秋季LOD = 9.17);位于第9连锁群的Fp9.3(2010春季8.64%,LOD = 6.44;2010秋季17.99%,LOD = 9.42),位于第10连锁群的Fp10.1(2010春季3.59%,LOD = 2.89;2010秋季6.20%,LOD = 3.43)在两季的位置都很稳定。获得与结实花初花节位紧密连锁(< 10 cM)的8个特异标记(SSR01737、MU141991、TJ105、GCM206、SSR04910、MU173563、NR52、MU146331),为进一步开展QTL精细定位提供参考。 相似文献
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本研究克隆了二化螟(Chilo suppressalis)、台湾稻螟(Cauricilius)、芦苞螟(C.luteellus)、甘蔗条螟(C.sac-chariphagus)、三化螟(Tryporyza incertulas)、亚洲玉米螟(Ostrinia furnacalis)、甘蔗红尾白螟(Scirpophaga ex-cerptalis)、黄纹髓草螟(Calamotrophapaludella)、桃蛀螟(Conogethes puncti eralis)、棘禾草螟(Chilo hyrax)和稻蛀茎夜蛾(Sesamia in.erens)11种常见蛀茎害虫102个个体的线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因片段.序列分析显示:该COⅠ基因片段长为709 bp,序列都未发生缺失或插入现象,碱基颠换率(55.42%)高于转换率(44.58%);种间遗传距离平均值为0.140(0.088~0.179),种内遗传距离平均值为0.004(0~0.015),两者之间没有重叠区域;聚类分析表明,不同种蛀茎害虫分别形成独立的进化分支,分支自展值均为100%.研究结果表明该COⅠ基因序列具有适宜的变异信息,种内相对保守,种间变异显著,适用于蛀茎害虫的物种识别,并为开发蛀茎害虫DNA条形码技术奠定了基础. 相似文献