枯草芽孢杆菌群β-甘露聚糖酶基因克隆及同源性分析

本文对33株枯草芽孢杆菌群菌株进行β-甘露聚糖酶活性筛选,其中的32株具有β-甘露聚糖酶活性,只有1株无β-甘露聚糖酶活性。通过基因克隆测序的方法获得33株枯草芽孢杆菌群菌株β-甘露聚糖酶基因编码区全序列,对酶基因进行同源性分析并构建系统发育树;在β-甘露聚糖酶基因系统发育树中,33株枯草芽孢杆菌群菌株聚为3个分支,分别是枯草芽孢杆菌分支、地衣芽孢杆菌分支和解淀粉芽孢杆菌分支;枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌和解淀粉芽孢杆菌β-甘露聚糖酶基因种内同源性大于91％,而种间同源性为60％～69％。     

产毒微囊藻PCR检测方法的建立

[目的]建立产毒微囊藻的PCR检测方法。[方法]根据GenBank上发表的mcyA基因序列保守区域设计一对引物,建立和优化检测产毒微囊藻的PCR方法,并以此方法检测产毒和非产毒微囊藻参考株系。[结果]经PCR检测,产毒藻株出现特异性扩增条带,而不产毒株未出现特异性条带;以10倍系列稀释纯培养的蓝藻细胞作为PCR反应的模板,检测限均为2.46×103细胞/ml;运用建立的方法从天然水体中检测到了产毒微囊藻,对PCR产物序列进行比对,发现PCR扩增片段与铜绿微囊藻(PCC7806)核苷酸序列的同源性为98%。[结论]该研究为水华产毒微囊藻的监测提供了一种新方法。     

传染性支气管炎病毒山东分离株S1基因的克隆及序列比较分析

参照Genbank中传染性支气管炎病毒（IBC）M41纤突蛋白S1的基因序列，设计一对引物，对山东地区IBV分离株RNA进行反转录－聚合酶链反应（RT－PCR），成功扩增出约1634bp S1基因片段，将扩增出的S1基因分别克隆到T Easy质粒载体中，获得重组质粒，提取质粒DNA，利用Eco.RI酶切证实了重组质粒的特异性，并进行序列测序，克隆出的序列已被Gene Bank收录，序列号为：AY043313。将得到的序旬与标准株M41进行核酸序列和氨基酸同源性比较分析，与M41的核式酸同源率995。利用Omigo2.0软件对克隆出的山东IBV进行了理论酶切位点分析，在BstYI、AluI和BgⅢ位点与M41不同，结合血清学和分子生物学实验结果推测：山东A分离株可能是M41的变异株。     

1株高效聚磷节杆菌的分离鉴定及其聚磷特性研究

[目的]为降低水中磷含量以控制水体富营养化,从自然界筛选高活性的聚磷菌,用于生物除磷。[方法]以聚磷效果为主要指标,通过富集分离筛选细菌,并对其培养条件优化,提高其聚磷能力。根据生理生化反应特点以及分子生物学分析,对分离到的高效聚磷菌进行鉴定。[结果]从污水和污泥中分离到9株有效聚磷菌,其中菌株J-12的聚磷能力最强。16S rDNA序列分析显示,J-12与节杆菌属的同源性达99%,结合生长特性、生理生化特性,初步确定该菌株属于节杆菌属的一个种（Arthrobacter sp.）,尚未见到具有高效聚磷作用的节杆菌的报道。研究表明,J-12在生长温度32℃,pH值7.0,微量元素液添加量为4ml的条件下,培养10h,可使合成废水中总磷由20.0mg/L降至0.1mg/L,聚磷率达95%以上。[结论]筛选到1株具有高效聚磷菌能力的节杆菌,在污水治理和水产养殖业中有着潜在的应用前景。     

C型产气荚膜梭菌α毒素基因核苷酸序列的测定与分析

[目的]研究C型产气荚膜梭菌α毒素基因核苷酸序列的遗传变异特点。[方法]设计产气荚膜梭菌α毒素基因特异性引物进行PCR扩增,扩增产物纯化后测定核苷酸序列并与NCBI登录的参考序列通过DNAStar软件进行同源比对。[结果]序列分析表明,所测菌株α毒素基因核苷酸组成中腺苷酸含量较高,胞苷酸含量较低。所测菌株与13、C57-1、CER 89L43、S01、S08、T01以及T16菌株的核苷酸序列同源性分别为98.7%、98.7%、98.6%、98.8%、98.7%、97.0%、98.6%,推导的氨基酸序列同源性分别为98.6%、98.6%、98.9%、98.9%、98.9%、98.6%、98.6%。[结论]所测C型产气荚膜梭菌α毒素基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列与参考序列同源性均较高。     

甘蔗独脚金内酯生物合成关键基因ScD27的克隆与表达分析

独脚金内酯(strigolactones,SLs)是一类新型植物激素,D27基因是独脚金内酯生物合成途径中最上游的调控基因,且该基因调控SLs的合成是一个可逆的过程。本研究根据水稻、玉米、高粱、二穗短柄草4种禾本科作物的D27基因核苷酸序列保守区域设计引物,以甘蔗品种ROC22的c DNA为模板,利用RT-PCR和RACE技术,从甘蔗中克隆出D27基因的c DNA全长序列,命名为Sc D27,Gen Bank登录号为KP987221.1。该基因序列全长1379 bp,包含一个867 bp的完整开放阅读框(ORF),编码288个氨基酸残基。Sc D27编码的蛋白质分子量为71.58 k D,理论等电点为5.04,是一种非分泌性蛋白,主要分布于叶绿体上,该蛋白的保守区可能具有2个锌指蛋白结构域(Zn F_TAZ和Zn F_A20),且不存在信号肽;该基因编码的氨基酸序列具有较高的保守性,与高粱、谷子、大麦、短穗二柄草等禾本科植物的D27氨基酸序列相似性在70%以上;Sc D27基因在甘蔗各组织部位均有表达,其中茎尖和腋芽中表达量较高,叶、茎和根中的表达较低。此外,Sc D27基因在甘蔗茎尖中的表达受PEG、盐胁迫、磷缺乏和营养缺乏的诱导,推测Sc D27基因是甘蔗独脚金内酯生物合成途径中响应非生物胁迫的关键基因。     

基因组转座子鉴别与注释方法研究进展

转座子是一类可以在基因组不同位置间移动的、重复的序列,广泛存在于真核和原核生物基因组中,并对基因组的结构、功能和进化有着重要影响。转座子鉴别与注释是基因组注释工作的重要一步,相关软件可分为3类:从头算法、基于同源性的算法和联合算法,不同的软件实现方法和功能各不相同,并各有优缺点。文中对此进行了综述,并提出在今后的开发中将会出现更多结合多种算法的综合流程程序包,它们整合多种方法的优点,针对性强,可根据不同的需求来解决实际问题。     

落叶松－杨栅锈菌 MKK基因的克隆与生物信息学分析1）

利用同源克隆技术,从落叶松－杨栅锈菌（ Melampsora larici-populina Kleb．）菌株Wh03中克隆得到酿酒酵母MKK1和MKK2的同源基因,命名为MlpMK K1／2－WH。测序结果显示,MlpMKK1／2－WH基因的开放阅读框长度为1218 bp,编码405个氨基酸。 MlpMKK1／2－WH蛋白具有保守的PKc＿Pek1＿like和Pkinase结构域。系统进化树分析表明,MlpMKK12／－WH与柄锈菌属3种锈菌中的同源蛋白亲缘关系最近。     

水稻条纹病毒云南分离物NS2蛋白基因的分子变异

通过核苷酸测序表明,我国云南的16个RSV分离物,依据NS2蛋白基因同源性,基本按采样年份(2002、2003)分为了2组。结合已报道的日本T、O分离物,构建系统发育树,分析我国云南分离物与日本分离物可能有共同的起源。     

广州桑树矮缩病植原体secE基因序列分析与蛋白结构预测

[目的]预测广州桑树矮缩病植原体secE蛋白的抗原性。[方法]应用PCR技术从典型矮缩症状的桑树植株总DNA中扩增到约400 bp的特异片段,将此片段克隆后与GeneBank中已报道的5种植原体的secE基因进行序列同源性分析,并对克隆基因所编码的蛋白进行理化性质、二级结构、跨膜区以及前导信号序列分析。[结果]该片段长411 bp,编码136个氨基酸的蛋白。桑树矮缩植原体与洋葱黄化植原体同源性最高,核苷酸和编码的氨基酸序列同源率分别为100%和99%。secE蛋白理化性质预测其理论等电点为9.33;二级结构主要为螺旋,其次为折叠和无规则卷曲,无转角;有3个明显的疏水区,易形成跨膜螺旋;有4个明显的抗原区域。[结论]该secE蛋白具有良好的抗原性。