中国沿海紫蛤属的系统发育

紫蛤属(Sanguinolaria)贝类具有很高的经济价值,长期以来却存在着物种鉴定错误、种名使用混乱、同物异名等一系列问题,关于其系统分类和演化问题的研究较少。为探究中国沿海紫蛤属的系统发育关系,本研究利用两个线粒体基因(COI和16S rRNA),以及两个核基因(H3和28S rRNA)的部分序列,对采自中国沿海紫蛤属3亚属9种紫蛤61个个体进行系统发育分析。基于4个基因片段联合数据集T12(剔除COI第三位密码子位置)构建系统发育树。结果表明,两个线粒体基因片段GC含量明显低于AT含量,表现出对AT偏斜,两个核基因表现出对GC的偏斜。4个基因片段(COI、16S rRNA、H3和28S rRNA)的颠换与转换比值分别为5.073、3.042、1.564和1.480,均远高于系统分析的临界值0.4,能够提供有效的系统发育信息。基于4个基因片段的遗传多样性分析表明,9种紫蛤均具有较高的核苷酸多样性(Pi0.05)与单倍型多态性(Hd0.5)。基于COI基因片段的紫蛤属种内遗传距离为0~0.016,种间的平均遗传距离为0.087~0.331,其中卵紫蛤(Sanguinolaria ovalis)与中国紫蛤(Sanguinolaria chinensis)遗传距离最小,仅为0.087。利用最大似然法(maximum likelihood,ML)和贝叶斯法(Bayesian inference,BI)构建的系统发生树拓扑结构一致,分化为3大支,与形态学分类的三个亚属分别对应。中国紫蛤和卵紫蛤在系统树上首先聚为一支,表明其亲缘关系最近。本研究结果阐明了中国沿海紫蛤属贝类的遗传多样性及其系统演化关系,为紫蛤属贝类种质资源的保护及可持续利用提供了科学依据。     

南极鱼类DNA条形码及分子系统进化研究

本文采用COI基因兼并引物对15种36个南极鱼类DNA进行扩增测序,并结合Gen Bank已有序列进行联配分析,对南极鱼2科22属43种共97条COI基因片段(539 bp)进行序列比较和系统发生关系研究,探索了DNA条形码技术在辅助鱼类物种鉴定和分类中的适应性与可行性。结果分析表明,43种南极鱼科和鳄冰鱼科的鱼类COI基因的平均碱基组成为T:31.9%、G:18.3%、A:22.2%和C:27.6%,具有明显的碱基偏倚性。南极鱼类的种间平均距离为0.157,种内平均遗传距离为0.002,种间平均遗传距离是种内平均距离的79倍;系统分析结果显示,除南极小带腭鱼(Cryodraco antarcticus)和罗斯海小带腭鱼(Cryodraco atkinsoni)外,其余的鱼类皆能够形成独立的分支,且与形态学分支一致。由此可见,DNA条形码对南极鱼亚目鳄冰鱼科和南极鱼科鱼类能够进行有效的物种鉴定,基于COI基因所建的NJ(neighbor-joining)树对物种分类具有较为准确的辨识力。系统发生关系表明,DNA条形码可以对除南极小带腭鱼(Cryodraco antarcticus)和罗斯海小带腭鱼(Cryodraco atkinsoni)外的南极鱼物种进行鉴定,不仅可以作为形态学的辅助手段为南极鱼分类系统的必要补充和佐证,并且可以用于探讨南极鱼类近缘种的系统发育关系。     

基于线粒体COI基因序列的磷虾目分子系统进化

为探讨磷虾目物种的系统进化关系,以磷虾目的 50种磷虾为研究对象,分析其线粒体COI基因序列的分子变异,构建系统发育树,初步探讨了磷虾种属间亲缘关系。所分析COI基因可比序列长度为519 bp,共包含258个变异位点,全部为碱基替换,无插入/缺失位点。四种碱基含量分别为A 27.58%、T 35.47%、G 18.88%、C 18.07%,碱基A+T含量(63.05%)显著高于G+C含量(36.95%),表现出明显的T偏倚特点。50种磷虾的种间遗传距离为0.065~0.306,其平均值为0.186;而种内遗传距离为0~0.071,其平均值为0.017,平均种间距离约为种内距离的11倍。根据物种鉴定最小种间遗传距离0.020的观点,COI基因序列间的差异能够很好地区分各磷虾种。基于COI基因分别构建了4种系统进化树:邻接树(neighbor-joining,NJ)、极大似然树(maximum likelihood,ML)、最大简约树(maximum parsimony,MP)及UPGMA(unweighted pair-group method with arithmetic means)树。它们拓扑结构基本一致,均可分为三大支系:假磷虾属处于系统树的基部,是磷虾目中最早分化出来的一支;而包含磷虾种类最多的磷虾属则最后分化出来,表明其为磷虾类中相对较新的一个属。本研究较全面地阐述了磷虾目的系统进化关系,结果表明磷虾目的线粒体COI序列变异可以用来研究磷虾属、种的分类单元及其系统进化问题,具有较好的理论和应用价值。     

不同保存条件下云杉八齿小蠹总DNA提取方法的比较分析

[目的]探讨云杉八齿小蠹总DNA的提取方法。[方法]将野外采集的云杉八齿小蠹分别保存在95％的酒精浸泡、自然风干和-40℃条件下,采用改良CTAB法、KAc法、盐析法和SDS法对不同保存条件下样品材料总DNA进行提取。[结果]结果表明,4种方法均可从95％酒精浸泡标本和-40℃冻存样品中提取出高质量的总DNA,相比之下改良CTAB法最为简单、高效、经济。以COI的通用引物对所提取的总DNA进行扩增检测,结果表明,采用改良的CTAB法可以从95％的酒精浸泡样品和-40℃冰存样品DNA中扩增出清晰的单一条带,片段大小700bp,经与已知昆虫的COI片段分子量对比,可以初步断定其为COI片段。[结论]该研究结果为今后小蠹类的分子系统学研究奠定基础。     

基于线粒体COI基因部分序列分析4种松毛虫的亲缘关系

为了探讨4种松毛虫的亲缘关系,对马尾松毛虫、油松毛虫、赤松毛虫和落叶松毛虫的线粒体COI基因序列进行了扩增和测序.在获得的636 bp的COI序列中碱基的平均频率为:A=34.75％,T/U =34.75％,C=15.25％,G=15.25％.马尾松毛虫遗传多样性最高(核酸多样度为3.93％),落叶松毛虫最低(0.62...     

9种鹤类DNA条形码的研究

为了研究9种鹤类的DNA条形码,采用DNA条形码鸟类通用引物扩增中国4种鹤类（22个个体）的线粒体细胞色素C氧化酶亚基I（COI）基因。从GenBank及BOLD Systems下载13条鹤类的COI基因序列,对35条COI序列进行分析,构建NJ树和MP树,探讨DNA条形码对鹤类的识别和鉴定。结果显示,丹顶鹤群体中,除D1和B18号个体外,均被归为同一类群;白鹤群体中,编号为AY567881的个体与黑鹤划为同一类群;其余鹤类的系统发育分析结果均与形态学分类结果相同。由于丹顶鹤样本均取自沈阳森林野生动物园,所以是同一物种或是近缘物种杂交的可能性最大;白鹤较大的种内差异则可能是地理位置或是其他原因。     

高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段的克隆和序列分析（摘要）

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16SrRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16SrRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16SrRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。     

不同寄主植物上茶黄硬蓟马mtDNACOⅠ序列分析

采用线粒体DNACOⅠ基因片段作为分子标记,对11个不同寄主上的茶黄硬蓟马(Scirtothrips dorsalis Hood)进行系统发育研究,获得655bp的线粒体DNACOⅠ基因片段。序列分析结果表明,不同寄主上茶黄硬蓟马mtDNACOⅠ的遗传距离在0~0.046之间,平均遗传距离为0.012。其中遗传距离最大的是木棉,遗传距离为0.046;杧果、荔枝、鳄梨、番荔枝、龙眼、咖啡无差异,遗传距离为0。基于COⅠ构建的11种寄主上茶黄硬蓟马之间的系统发育MP树显示:杧果、荔枝、鳄梨、番荔枝、龙眼、咖啡、花生、茶树紧密的聚合在一起;辣椒、台湾相思、木棉各为一支。     

Calibrating the liana crown occupancy index in Amazonian forests

Lianas hold an important, but understudied, role in forest dynamics, however they are difficult to measure and detailed liana measurements are time consuming. Many researchers have therefore used an ordinal scale index, the crown occupancy index (COI), to describe the liana load carried by trees. Here we assess the overall effectiveness, in terms of accuracy, precision, repeatability and efficiency, of the COI in tropical forests. We relate the COI to more detailed liana measurements at the individual tree-level and site-level, comparing sites with different levels of liana infestation. Our results show (1) that the COI accurately measures individual tree and plot level liana loads, indicated by the strong correlations between the COI and the number and basal area of lianas. However, (2) as expected, the COI is only weakly related to the basal area of lianas rooted close to the tree, which is a proxy for competition for below-ground resources. The COI is also (3) an efficient measure of liana loads, as the input time needed for a COI survey is considerably less than that of a detailed liana survey. We also (4) found a high degree of repeatability in COI classification between observers. Additionally (5), the COI can be used to differentiate between sites in terms of their overall liana canopy competition (precision), but (6) may not be a precise indicator of the site-level mean basal area of lianas in tree crowns.     

珍稀绢丝昆虫柳蚕的DNA条形编码与系统进化初步分析

利用DNA测序技术获得柳蚕(Actias selene)线粒体细胞色素酶C亚基Ⅰ基因(COI)5′端574 bp的片段,作为用于柳蚕种质资源分子鉴定的DNA条形编码(GenBank:FJ358505)。测定的柳蚕COI基因序列与其它大蚕蛾科绢丝昆虫的COI序列一样,均表现出偏好于碱基T的倾向(AT skew=-0.179)。在所分析的蚕类昆虫中,柳蚕与合目大蚕蛾的遗传距离最小(0.120),而与蓖麻蚕之间的遗传距离最大(0.138)。构建的NJ和UPGMA分子树中,大蚕蛾科的柳蚕属、柞蚕属、蓖麻蚕属、大乌桕蚕属、栗蚕属均各自形成一个支系,并且明显形成两个分支:大蚕蛾族(saturni-ini),包括柳蚕、柞蚕和栗蚕;眉纹大蚕蛾族(attacini),包括蓖麻蚕和大乌桕蚕。这一结果与传统分类一致。