基于高通量测序的猕猴桃根腐病根际土壤真菌群落研究

以猕猴桃根腐病根际土壤真菌群落为研究对象,通过高通量测序,研究猕猴桃根腐病感病植株与未感病植株根际土壤真菌群落结构的分布情况,为猕猴桃根腐病生物防治提供理论依据。结果表明,与未感病植株相比,猕猴桃植株感染根腐病后,其根际土壤真菌的群落结构和相对丰度发生了变化。在门分类水平上,感病植株根际土壤子囊菌门相对丰度较高,而接合菌门和担子菌门较低。在纲分类水平上,感病植株根际土壤粪壳菌纲相对丰度较高,伞菌纲、盘菌纲较低。在目分类水平上,感病植株根际土壤肉座菌目相对丰度较高,而Sordaihales, Trechnsporales、小壳菌目较低。在科分类水平上,感病植株根际土壤赤壳科相对丰度较高,而毛球壳科、囊菌科的较低。在属分类水平上,感病植株根际土壤的赤霉菌属、丛赤壳属相对丰度较高。     

凝结芽孢杆菌对蛋雏鸡肠道菌群结构的影响

【目的】分析凝结芽孢杆菌蛋雏鸡肠道菌群的变化。【方法】选取1日龄蛋雏鸡288只,分为对照组和凝结芽孢杆菌组,每组72只。饲养28 d后,每组选取6只蛋雏鸡,收集盲肠内容物,提取样品DNA,采用MiSeq PE300高通量测序平台进行测序分析。【结果】共获得121.8万条高质量序列,基于相似度大于97%的原则聚类后共获得1 926个OTU(Operational Taxonomic Unit)。与对照组相比,凝结芽孢杆菌低剂量组、凝结芽孢杆菌中剂量组和凝结芽孢杆菌高剂量组的4种α多样性指数存在差异显著(P<0.05)。在属水平上,添加凝结芽孢杆菌低剂量组、凝结芽孢杆菌中剂量组和凝结芽孢杆菌高剂量组的另枝菌属、毛螺菌属和巴恩斯氏菌属相对丰度均显著高于对照组(P<0.05),而拟杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属和乳杆菌属的相对丰度均显著低于对照组(P<0.05)。凝结芽孢杆菌高剂量组与相应的对照组相比,有1个菌目、6个菌科和18个菌属有显著差异。差异菌群的功能主要集中在氨基酸运输与代谢、碳水化合物运输与代谢及能量的产生和转换等相关基因上。凝结芽孢杆菌高剂量组与对照组相比差异显著...     

水稻土中土著细菌群落对重金属Cd的响应

为探究不同镉(Cd)浓度对水稻土中细菌群落分布的影响,设置不同Cd²⁺浓度梯度(0、20、40、80、160 mg/kg)的盆栽水稻土,采集水稻成熟期的根际土与非根际土,测定土壤样品的pH值、总氮(TN)、总有机碳(TOC)、铵态氮(NH⁺₄-N)与硝态氮(NO^-₃-N),并利用基于16S rRNA基因的高通量测序技术研究水稻土样品中的细菌群落结构以及细菌群落结构与Cd含量等理化因子的潜在关系。结果显示,不同Cd含量的水稻土样品中原核微生物主要为细菌界(Bacteria),共有35个门94个纲,变形菌门(Proteobacteria)和γ-变形菌纲(γ-Protebacteria)细菌在不同Cd含量的水稻土样品中均表现出优势。研究表明,水稻土中Cd和NO^-₃-N含量显著影响水稻土中纲水平细菌群落丰度。     

基于高通量测序分析辣椒/玉米套作对辣椒根际土壤细菌多样性的影响

【目的】从微生物角度揭示辣椒/玉米套作模式的优越性,为此模式的大力推广及高效栽培提供基础理论依据。【方法】利用Illumina高通量测序技术,分析辣椒/玉米套作、辣椒净作2个试验处理情况下,辣椒根际土壤细菌多样性及群落组成结构。【结果】辣椒/玉米套作后,辣椒根际土壤细菌的Chao1、Ace、Shannon指数均有所增加,增幅为3.07%～7.53%;2个处理在门、纲、目、科、属水平上排名前10的优势细菌种类相同,最大优势菌门均为变形菌门,占土壤细菌总量的88%以上,但各细菌数量发生变化,细菌群落组成结构发生变化;套作后辣椒根际土壤细菌富集并达到组间显著性差异的微生物种类有56种,主要有亚硝化单胞菌科(从目到科)、硝化螺旋菌属(从门到属)、Ignavibacteriaceae(从门到科)、丰佑菌属(从纲到属);辣椒净作仅10种,主要为脱铁杆菌科(从门到科)。【结论】辣椒玉米套作后,辣椒根际土壤细菌丰富度和多样性增加,富集并达到组间显著性差异的微生物种类明显增多,其中与氮素循环有关的亚硝化单胞菌科(从目到科)和硝化螺旋菌属(从门到属)显著增加,土壤微生物优势明显。     

烟草青枯病病株根际土壤可培养细菌多样性特征分析

【目的】解析保山植烟土壤罹患烟草青枯病病株根际土壤可培养细菌种群多样性特征,揭示烟草青枯病害发生与根际可培养微生物种群间的关系,为利用微生物功能多样性防控烟草青枯病提供理论支撑。【方法】采集隆阳区和施甸县10个乡(镇)、30个村的30份患病烟株根际土壤样品和30份健康烟株根际土壤样品,利用稀释涂布平板法获得可培养细菌种群,基于Illumina MiSeq高通量测序结果,分析健康烟株和患病烟株根际土壤可培养细菌种群结构组成和多样性的差异。【结果】健康烟株和患病烟株根际土壤可培养细菌的OTU数量和α多样性指数间差异不显著。与健康烟株相比,在门分类水平上,患病烟株根际Proteobacteria和Bacteroidetes的相对丰度提高,Firmicutes和Actinobacteria的相对丰度降低;在纲分类水平上,γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)和拟杆菌纲(Bacteroidia)的相对丰度提高;杆菌纲(Bacilli)和放线菌纲(Actinobacteria)的相对丰度降低;在属分类水平上,假单胞菌属(Pseudomonas)、无色杆菌属(Achromobacte...     

不同树龄沙田柚果园土壤肥力、叶片养分和土壤细菌群落的特征

通过分析不同树龄沙田柚果园土壤肥力和果树叶片营养成分的变化,以期为沙田柚果园精准施肥管理提供理论依据.选择广西壮族自治区玉林市容县12个不同树龄的沙田柚果园,对沙田柚果园土壤肥力指标及果树叶片营养成分含量进行测定,利用高通量测序技术对土壤细菌群落进行测序.结果表明,12个沙田柚果园土壤呈酸性,pH值、有机质含量、土壤全...     

牡丹根腐病病株和健株根内微生物菌群的差异

为有效防控牡丹根腐病,采用Illumina MiSeq测序技术对牡丹健康及患病植株根部样本中细菌16S rRNA基因V5—V7可变区、真菌ITS基因进行高通量测序分析,以明确牡丹根腐病发病植株和健株根部组织中细菌、真菌菌群结构差异,解析牡丹根腐病的发生机制。结果表明,与健株相比,患病植株中细菌和真菌群落丰富度均降低;真菌种群多样性显著降低,但细菌种群多样性差异不大。细菌优势菌的相对丰度在门、属水平上发生了变化,与健株相比,患病植株中变形菌门（Proteobacteria）相对丰度明显增加,增加了34.03个百分点,厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度明显降低,降低了65.00个百分点;在属水平上,链霉菌属（Streptomyces）和固醇杆菌属（Steroidobacter）细菌相对丰度增加,分别增加了3.56、0.38个百分点,而假诺卡氏菌属（Pseudonocardia）细菌相对丰度明显降低,其降低幅度为13.42个百分点。真菌优势菌的相对丰度在在门、属水平上也发生了显著变化,与健株相比,患病植株中担子菌门（Basidiomycota）相对丰度明显增加,增加了9.21个百分点,...     

不同处理对蛭石栽培的微型薯疮痂病防控效果及其微生态效应分析

通过田间小区试验评价了6个不同处理对蛭石栽培的微型马铃薯疮痂病的防效,并采用16S核糖体基因高通量测序技术研究了蛭石中细菌群落结构的变化.试验结果显示,棉隆+青霉菌34107处理对疮痂病防效最好(93.43％),显著高于对照药剂中生菌素处理(65.10％);而且商品薯的数量和经济效益也最高,分别达到348.3万个/hm...     

高通量分子标记检测方法的研究进展

分子标记直接反映基因组序列水平上的遗传多样性,被广泛地应用于基因定位、多样性分析、作物遗传育种及医疗等领域。近几年,伴随着芯片杂交技术和测序技术的快速发展,高通量、高自动化的分子标记检测技术有许多新发展。本文针对目前常用的分子标记检测新技术,包括dCAPS、KASPar、基因芯片、简化基因组测序和靶向测序基因型检测等技术的原理、方法、优缺点和其应用前景进行综述,为分子标记的检测和遗传相关研究提供信息支持。     

不同磷肥用量对水稻土有机碳矿化和细菌群落多样性的影响

以水稻田田间定位试验为研究对象,利用三维荧光光谱技术(3D EEMs)和454测序技术,采集4个施磷水平(0、30、60、90 kg hm-2a-1)土壤,测定其有机碳矿化、溶解有机碳(DOC)组成和结构特征及细菌群落结构和丰度的变化。结果显示:水田施磷增加了土壤速效磷(Olsen-P),从而提高了土壤DOC含量,加速了有机碳的矿化速率和累积矿化量。3D EEMs结果表明,施磷分别显著增加了荧光指数和鲜度指数值1%~10%和3%~21%,而降低了腐殖化指数,且与土壤生化性质(Olsen-P、DOC和β-葡萄糖苷酶)具有显著相关性。说明施磷通过提高Olsen-P,促进了微生物源DOC的生成,同时降低了DOC的芳香化程度、分子量及腐殖化程度,从而提高了DOC生物可降解性。同时,施磷提高了细菌群落的丰度和多样性,特别是磷诱导了多种具有碳降解功能细菌的增加,从而加速了复杂有机碳的降解和甲烷氧化。此外,主成分分析表明稻田磷素施用量在30~60 kg hm-2a-1时对土壤有机碳矿化及细菌群落多样性的提高作用最为明显。因此,适度施磷能显著提高涉碳降解微生物的活性,从而提高DOC的生物可降解性,加速有机碳的矿化速率,促进稻田土壤有机碳循环。