宏基因组测序技术在入海排污口污水监测中的研究进展

陆源污染主要通过入海排污口排入海洋,入海排污口排放的污水严重损害海洋生态安全,因此,加强入海排污口的污水监测非常重要。入海排污口污水主要包含化学污染物和生物污染物两大类,其中,生物污染物包括致病性细菌、病毒、有毒藻类和抗生素抗性基因(ARGs)等。近年来,生物污染物的种类和排放量不断增多,其检测要求和难度亦越来越大,客观上要求研发一种涵盖以上所有生物污染物的检测技术。宏基因组测序技术可以检测特定环境下所有生物遗传物质的丰度变化,是污水监测的理想解决方案。本文阐述了宏基因组测序技术的发展历程,从污水中致病性细菌、病毒、有毒藻类和ARGs的丰度与动态变化角度,综述了宏基因组测序技术在入海排污口污水中生物污染物监测的应用进展,结合团队前期研究和工作实践,重点阐述了基于宏基因组测序技术的入海排污口污水风险评估工作流程,并针对目前研究中存在的问题,提出了基于绝对定量宏基因组测序技术和定量预测模型,实时预测相关疾病的疫情规模,从而构建污水监测预警体系,以期为保障公共卫生安全和海洋生态环境安全提供理论参考和技术支撑。     

基诺族传统村落景观基因研究

随着城乡建设的加快,西双版纳州基诺乡基诺族传统村落景观风貌遭受严重破坏,对其村落景观基因的研究与保护势在必行。以仅有的5个国家级基诺族传统村落为研究对象,运用景观基因特征解构分类法构建指标识别体系,从环境、布局、建筑、文化四个层面识别基诺族传统村落景观基因,分析其成分与重要性,提取出主体基因、附着基因、混合基因和变异基因,构建基诺族传统村落景观基因图谱,旨在为基诺族村落保护与发展提供科学指导。     

不同遗传背景籼稻白叶枯病抗性基因Xa21、Xa23品系的抗性评价

以含有水稻白叶枯病抗性基因Xa21和Xa23的材料为供体,以课题组选育不含Xa21或Xa23基因的材料为受体,通过杂交、复交等方法,并采用分子标记辅助选择（molecular marker-assisted selection,MAS）世代选择,将含有Xa21和Xa23基因的材料、含与不含Xa21或Xa23基因的姊妹系接种7种广泛使用的白叶枯病菌种生理小种,分析了这些材料白叶枯病的抗性。研究表明含有抗性基因Xa21的水稻材料抗性累计（HR、R、MR）所占比例依次为菌株HNA1-4、PXO86（84.62%）>YN24（82.14%）>GD1358（73.08）>PXO99（67.86%）>GDA2（63.33%）>FuJ（6.67%）,表明含Xa21基因材料对菌株FuJ所诱发的白叶枯病基本无抗病能力,但对于其他菌株,仍有36.67%~15.38%的材料易感病;含Xa23基因的材料在所有诱发菌株中抗性累计（HR、R、MR）均在76%以上,仍有23.02%~15.52%的材料对7种诱发菌株没有抗性。通过对菌斑长度变异系数大小的分析,表明含有Xa21或Xa23基因的材料对不同菌株抗病能力或对同一菌株的抗病能力不同材料有较大的变化。通过对诱发白叶枯病菌株间菌斑长度的相关性分析,表明含有Xa21的材料菌株GDA2或HNA1-4与对应的其他6菌株之间达到了显著或极显著正相关,含有Xa23基因的材料菌株YN24、GD1358、PXO86与对应的其他6种菌株间呈极显著正相关,含此2类基因材料抗性鉴定选取对应菌系可以提高选育效率。通过对姊妹系的分析表明,Xa21或Xa23基因的白叶枯病抗性与选育材料的背景有关。相关性分析表明,Xa21基因的材料抗性与亲本材料呈极显著正相关（R=0.5725^**）,Xa23基因材料抗性与亲本材料呈显著正相关（R=0.2212^*）。     

福州地区宠物犬源大肠杆菌耐药性及耐药基因调查

从福建农林大学校宠物医院采集健康和患病犬肛拭子50份(健康犬23份、患病犬27份),通过选择性培养基分离大肠杆菌,并采用肠杆菌科细菌生化鉴定管进行细菌鉴定;采用琼脂稀释法测定大肠杆菌对12种抗菌药物的敏感性,通过PCR检测耐药基因的携带情况.结果显示：分离的50株宠物犬源大肠杆菌对氟苯尼考的耐药率最高(86%),其次是四环素(50%)、庆大霉素(30%)、环丙沙星(28%)、卡那霉素(26%)、头孢噻呋(24%)、阿奇霉素(16%)、头孢他啶(14%)、阿米卡星(4%)、多黏菌素E(4%);所有菌株均对美罗培南和甲氧苄啶/磺胺甲噁唑敏感;β-内酰胺类耐药基因以bla_TEM为主(检出率24%),四环素类耐药基因以tet(A)为主(检出率28%),氟喹诺酮类耐药基因则以qnrS(检出率18%)、qnrB(检出率14%)、oqxA(检出率14%)较为流行.综上,福州地区宠物犬源大肠杆菌的耐药状况严峻,且携带多种重要耐药基因,应加强对宠物细菌耐药性的监测与管理.     

谷子功能基因发掘现状及展望

谷子是起源于我国的古老粮食作物,在约1万年前由青狗尾草驯化而来,是人类最早驯化栽培的禾谷类作物。作为北方旱作生态农业建设的主体作物和应对未来极端气候条件的战略储备作物,谷子抗旱、耐贫瘠、适应性广等特性使其在当前的种植业结构调整中起着重要作用。谷子也因其具有自花授粉、单穗结实多、染色体倍性简单(二倍体)、基因组小、属于C₄作物等特征,已被认为是最适合的C₄光合作用及耐逆分子遗传学研究的禾谷类模式作物。此外,我国拥有最丰富的谷子种质资源及领先的谷子遗传育种研究,因此对这些种质及基因资源的充分发掘及合理利用,对我国谷子产业的发展具有深远意义及重要影响。本文综述了近年来谷子农艺及产量性状、品质性状、氮磷吸收转运及抗逆等方面的研究进展,并对存在的问题及未来的发展趋势进行了讨论和展望,以期推动我国谷子的科研创新水平及产业发展。     

基于非洲猪瘟病毒CD2v基因TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

为用于非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV) CD2v基因功能研究及区分ASFV野毒株和CD2v基因缺失毒株,本研究根据ASFV中国流行株(MK333180.1)的CD2v基因序列设计了1对特异性引物和探针,经过条件优化建立了一种以ASFV CD2v基因为靶标的能够鉴别ASFV野毒...     

重寄生拟盘多毛孢cr013菌株聚酮合酶基因的多样性分析

本研究通过基因组挖掘的方式首次从重寄生拟盘多毛孢cr013菌株中获得了聚酮合酶(polyketide syn-thase,PKS)基因,并利用NCBI、CDD、Clustal W、MEGA 7.0等生物信息软件对获得的PKS基因进行功能预测,挑选相似性较高、结构和功能已知的非还原型crPKS3基因和还原型crPKS12...     

坛紫菜叶绿体psaA基因片段的序列分析

根据日本kazusaDNA研究所收录的坛紫菜EST序列AV434021和AV433683设计引物,对坛紫菜配子体的RNA进行RT-PCR扩增,得到产物长度为480 bp。利用DNAstar、Clastal1.81等专业软件进行分析,结果表明,所得产物为紫菜叶绿体的psaA基因片段,其G C含量为55.9%。G C含量明显高于A T的含量;对按核酸序列推导的蛋白序列进行二级结构和三级结构预测,该蛋白存在3个α螺旋和2个β折叠。