荧光原位杂交法分析披碱草和圆柱披碱草染色体构成

采用荧光原位杂交(FISH)和基因组原位杂交(GISH)技术,对披碱草和圆柱披碱草的染色体组组成和亲缘关系进行了分析,结果表明：(1)披碱草和圆柱披碱草均为异源六倍体,染色体数为2n=6x=42,染色体组组成为StStYYHH,核型类型分别为2A和2B。(2)两种披碱草属植物的H染色体组起源于大麦属,St染色体组起源于拟鹅观草属的不同物种;Y染色体组与St染色体组有共同的祖先。(3)披碱草和圆柱披碱草都有6个5SrDNA位点,和4个45SrDNA位点;两个物种中有1对染色体上同时含有5SrDNA和45SrDNA位点,但5SrDNA和45SrDNA在染色体上的定位和所在染色体组别不同。(4)重复序列pAs1和pSc119.2在两种披碱草染色体上的分布呈现多态性,主要集中于H组,在St和Y组的分布较少,可作为披碱草属植物的细胞学标记,用于区分H组和其他染色体组。(5)两种披碱草均有染色体易位或重组的变异。     

宏基因组测序技术在入海排污口污水监测中的研究进展

陆源污染主要通过入海排污口排入海洋,入海排污口排放的污水严重损害海洋生态安全,因此,加强入海排污口的污水监测非常重要。入海排污口污水主要包含化学污染物和生物污染物两大类,其中,生物污染物包括致病性细菌、病毒、有毒藻类和抗生素抗性基因(ARGs)等。近年来,生物污染物的种类和排放量不断增多,其检测要求和难度亦越来越大,客观上要求研发一种涵盖以上所有生物污染物的检测技术。宏基因组测序技术可以检测特定环境下所有生物遗传物质的丰度变化,是污水监测的理想解决方案。本文阐述了宏基因组测序技术的发展历程,从污水中致病性细菌、病毒、有毒藻类和ARGs的丰度与动态变化角度,综述了宏基因组测序技术在入海排污口污水中生物污染物监测的应用进展,结合团队前期研究和工作实践,重点阐述了基于宏基因组测序技术的入海排污口污水风险评估工作流程,并针对目前研究中存在的问题,提出了基于绝对定量宏基因组测序技术和定量预测模型,实时预测相关疾病的疫情规模,从而构建污水监测预警体系,以期为保障公共卫生安全和海洋生态环境安全提供理论参考和技术支撑。     

杨梅全基因组的GATA转录因子鉴定、功能及进化分析

对杨梅GATA转录因子进行全基因组鉴定,并预测其理化特性、染色体定位、基因结构、蛋白保守序列等基本特征.结果表明,26个GATA转录因子随机分布在8条染色体上,共分为4个亚家族,并且各亚家族的成员在保守基序、结构域及基因结构上均存在一定的差异性.物种共线性结果表明,基因复制和片段性的重复事件可能是部分MrGATA演变的主要驱动力,MrGATA在不同组织和发育时期的表达数据说明各亚家族之间也存在功能上的差异.根据顺式作用元件及表达模式推测了GATA转录因子家族成员的功能.这些数据为探究杨梅MrGATA功能以及分子育种提供了依据.     

重寄生拟盘多毛孢cr013菌株聚酮合酶基因的多样性分析

本研究通过基因组挖掘的方式首次从重寄生拟盘多毛孢cr013菌株中获得了聚酮合酶(polyketide syn-thase,PKS)基因,并利用NCBI、CDD、Clustal W、MEGA 7.0等生物信息软件对获得的PKS基因进行功能预测,挑选相似性较高、结构和功能已知的非还原型crPKS3基因和还原型crPKS12...     

一株河鲈源致病性虫草菌Cordyceps confragosa CHL02菌株的全基因组测序及比较基因组分析

致病性虫草菌Cordyceps confragosa CHL02菌株是从患病河鲈(Perca fluviavilis)鱼体分离鉴定的一株昆虫致病菌,其无性阶段蜡蚧轮枝菌(Lecanicillium lecanii)广泛用于农业中昆虫防治.本研究基于IlluminaPE150测序平台进行CHL02菌株的全基因组测序,对测...     

基于全基因序列的中国北方3省(区)马铃薯Y病毒遗传多样性分析

本研究以马铃薯Y病毒(PVY)全基因组为基础,分析吉林、黑龙江和内蒙古3省(区)PVY群体遗传多样性和群体分化,并评估突变、重组、选择等遗传力所起的作用。根据已报道的PVY全基因序列保守区设计4对引物,采用片段重叠法对来自内蒙古和吉林的24个PVY分离物全基因序列进行测定,并联合NCBI中已登录的9个黑龙江分离物全基因组序列进行遗传多样性参数评估、群体分化检验和分子变异等分析。结果显示,我国北方3省(区)PVY群体遗传多样性高,其中内蒙古和黑龙江PVY群体遗传多样性高于吉林群体,并且3个群体之间呈现一定程度的遗传分化。分子变异分析发现在PVY基因组中存在1 786个变异位点,表明我国北方3省(区)PVY群体变异程度较高,并且这种高变异度有85.54%来自各个马铃薯种植区内PVY个体的遗传变异。重组分析和系统发育分析发现,我国北方3省(区)PVY群体中重组株系占比高达90.3%,并具有明显的株系多样性,表明PVY重组株系已成为我国北方3省(区)马铃薯种植区的流行株系。选择压力分析显示,使用FEL和IFEL法分别检测出501个和315个净化压力选择位点,这表明3省(区)PVY群体受净化选择压力为主。以上结果表明,中国北方3省(区)PVY群体遗传多样性高,突变、重组和自然选择都对遗传多样性和群体分化存在一定影响。     

植原体基因组学研究进展

植原体（phytoplasma）是一类重要的植物病原细菌, 可经叶蝉、飞虱等昆虫介体传播, 感染1 000多种植物, 产生丛枝、黄化、韧皮部黑斑坏死等症状, 给农业、林业生产带来巨大的损失。本文对植原体基因组学研究的历史、现状及当前植原体效应蛋白等方面的研究进展进行了综述。     

警惕番茄褐色皱纹果病毒在我国的传播和危害

番茄褐色皱纹果病毒(tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)是烟草花叶病毒属的一个新种,在自然界中主要危害番茄、辣椒等茄科作物。自2014年首次在以色列发现以来,ToBRFV迅速蔓延至全球4个洲的35个国家,严重影响番茄和辣椒的产量和品质。本文综述了ToBRFV的发现与分布、基因组结构、传播方式、寄主范围和检测方法,并提出了相应的防控建议,以防范ToBRFV在我国的进一步传播和危害。     

一株利福平高耐受鸭疫里默氏杆菌的分离鉴定及基因组分析

鸭疫里默氏杆菌(RA)为一种可引起鸭、鹅、鸡、火鸡等禽类急性或慢性败血症的革兰氏阴性菌,是鸭场重要病原菌之一。本研究利用鸭疫里默氏杆菌三重PCR鉴定方法,从养殖场病鸭的脏器中分离、鉴定出一株鸭疫里默氏杆菌,将其命名为RA-WH9;通过血清型鉴定实验和Kirby-Bauer药敏实验,确定了其血清型和药敏性;利用细菌基因组三代测序技术和生物信息学平台,我们构建并分析了RA-WH9基因组完成图。结果表明,RA-WH9为1型血清型鸭疫里默氏杆菌,对氨苄西林、多粘菌素B和利福平等抗生素耐药,其对利福平最小抑菌浓度达到50 μg/mL。全基因组序列分析表明,RA-WH9染色体总长度为2 488 018 bp,GC含量34.58%,编码2563个基因,其中包含88个耐药基因,其耐药基因型与耐药表型一致。此外,RA-WH9携带一个全长10736 bp的质粒。本研究丰富了鸭疫里默氏杆菌的基因库,为鸭疫里默氏杆菌病的防控提供了依据。