谷子弯孢病菌Clga-1基因克隆及特征分析

谷子弯孢病菌(Cochliobolus lunatus)引起的谷子叶斑病是谷子生产上的重要病害之一,常造成严重经济损失.本研究利用候选基因法和RACE技术克隆了谷子弯孢病菌中的1个Ga基因,命名为Clga-1,在GeneBank登陆号为HQ699081.Clga-1基因开放阅读框为l 062 bp,编码353个氨基酸多...     

油桐LEC1基因的cDNA克隆与序列分析

为了解LEC1(Leafy Cotyledon 1)基因对油桐油脂合成过程的调控机理,以油桐种仁转录组数据库中基因的部分c DNA序列为基础,采用RT-PCR技术从油桐种子中克隆LEC1基因的全长c DNA,并对其进行序列分析。油桐LEC1基因全长c DNA为1 152 bp,编码区为729 bp(142~870),编码243个氨基酸,5′端非编码区和3′端非编码区分别为141 bp和263 bp。该基因编码蛋白质的相对分子质量为27 025.4 Da,理论等电点为6.97;蛋白二级结构以不规则卷曲和α螺旋为主,是不具有跨膜结构的膜外蛋白。经对比发现,油桐LEC1具有典型的HAP3结构特点,在不保守的N端和C端中间有1个十分保守的结构域,与拟南芥、玉米、麻风树、黄连木等的LEC1氨基酸序列高度同源。     

杨树抗黑斑病相关基因表达谱分析

利用黑斑病的高抗无性系美洲黑杨I-69及黑斑病的高感无性系欧美杨I-45为材料建立的2个cDNA文库,随机挑取cDNA克隆进行5'端EST序列测序,共获得有效序列20 023条.序列经聚类分析和拼接后,共获得10 816个Unigene,其中包括3 734个Contig,7 082个独立的Singleton.被注释的8 853个具有同源性匹配序列基因中,按照GO的分子功能、生物过程和细胞组分3个不同分类角度进行分类.在具有功能注释的8 853个Unigene中,选出330个与完成全基因组测序的毛果杨序列进行BLAST分析,结果发现有177个抗病相关候选基因出现在282个Unigene中,其中135个分布于杨树的18个不同连锁群上,其他42个基因位于还没定位的scaffolds上.所测定的这些EST序列为后期在基因组水平上研究杨树黑斑病的水平抗性遗传机制及进一步的相关基因发现奠定基础.

Abstract：

In an attempt to elucidate the molecular mechanism for resistance of black spot disease in poplar,gene expression profiles in leaves of Populus deltoides'Lus'(I-69/55)and P.euramericana'I-45/51',which were inoculated with the pathogen Marssonina brunnea f.sp.brunnea,were analyzed based on expressed sequence tags (ESTs).A total of 20 023 valid ESTs from the 5'terminal ends derived from corresponding cDNA libraries of the two poplar species were sequenced.Cluster analysis of the 20 023 sequences yielded 10 816 tentative unigenes,including 3 734 contigs and 7 082 singletons.All tentative unigenes were classified by Gene Ontology functional categories.To find resistance-associated candidate genes and locate them on poplar genome,330 unigenes was chosen from 8 853 annotated tentative unigenes,and their BLAST alignment was conducted with Populus trichocarpa assembly,1 77 related candidate resistant genes were found,and they presented in 282 unigenes.Among these genes,there were 1 35 genes located on 18 different linkage groups of poplar genome,and 42 genes located on the different scaffolds.This study supplied a resource of candidate genes for further exploring the genetic mechanism for the host horizontal resistance to the pathogen Marssonina brunnea at the whole genome range,and provided important information for further gene discovery.     

猪产仔数性状候选基因研究进展

产仔数性状是猪最重要的经济性状之一,与猪场的效益直接相关。影响猪产仔数的因素包括环境、品种、年龄、营养以及遗传等,而遗传是其中的关键因素。因此,对猪产仔数基因进行研究一直是猪高繁殖力育种领域的研究热点。鉴于科学家们已经找到了一些猪产仔数关键候选基因并定位了一些主效基因,且在这些基因分子标记研究方面取得了一些成果,该文对这些基因分子遗传机制研究进展进行综述,并提出分子育种领域存在的一些问题以及未来可能的发展方向,旨在为猪产仔数主效基因的筛选及猪高效育种提供参考。     

草莓白化相关病毒中国分离物全基因组分析

草莓白化相关病毒(strawberrypallidosis-associatedvirus,SPa V)属于长线形病毒科(Closteroviridae)毛形病毒属(Crinivirus),可引起草莓病害,2017年在中国首次报道。采用高通量测序、RACE和RT-PCR技术获得了SPa V中国分离物(FJ)的基因组全长。该病毒含有两条正单链基因组RNA1和RNA2。RNA1全长8 048 nt,5′和3′非编码区序列分别为264和197 nt,含有3个开放阅读框(ORF),分别编码ORF 1a/1b融合蛋白和p9蛋白。RNA2全长7 977 nt,5′和3′非编码区序列分别为248和186 nt,含有8个开放阅读框(ORF),分别编码HSP70h、CPh、CP、CPm、p7、p6、p9和p28等8个蛋白。RNA1和RNA2与美国M1分离物分别具有98.5%和99.0%的核苷酸一致性;系统发育分析结果表明,SPa V中国分离物(FJ)单独处在一个分支。对SPa V来源的小RNA的分析表明,来源于SPa V的小RAN长度以21和22 nt为主。     

一例疑似猪伪狂犬病的诊断与分析

猪伪狂犬病(PR)是由猪伪狂犬病毒(PRV)感染引起的一种重要的传染病,可导致怀孕母猪流产、死胎,仔猪腹泻、呕吐和神经症状等,给我国养猪业造成巨大的经济损失。2019年4月初,怀化市某散养场从外地购入的仔猪爆发疑似PR的疫情,通过临床症状和病理变化观察,结合实验室诊断,发病仔猪确诊为PRV感染。PCR及测序结果表明,引起该次疫情的PRV毒株,其gE基因序列与Genbank收录的PRV中国流行的河南株同源性最高,为99.7%,提示该毒株为变异株。通过对发病猪群紧急免疫PRV基因缺失弱毒疫苗有效地控制了该病的发生,研究对PR的诊断与防控提供借鉴。     

Sequence Analysis and Prokaryotic Expression of NSP1 Gene of Bovine Rotavirus UK Strain

Rotavirus is a major cause of acute diarrhea in both many kinds of young animals and children under 5 years old.Rotavirus NSP1, a 55 ku RNA binding protein, is the product of gene 5, which can subvert innate immune responses and be one of virulent determinant factors.According to the sequence in GenBank, specific primers targeting to NSP1 gene were designed and the gene was amplified by RT-PCR, following by being cloned into the pET-28a(+) vector.It showed that the full length of NSP1 gene was 1 473 bp, encoding 491 amino acids.The NSP1 shared the highest identity with WC3 strain.The recombinant protein was induced in E.coli Rosetta(DE3) by IPTG and was analyzed by SDS-PAGE and Western blotting.The results revealed that NSP1 recombinant protein existed in the form of inclusion body with the molecular weight of 55 ku.The purified recombinant protein could be recognized by His-tag antibody.This study laid the foundation for further research on the relationship between the intracytoplasmic location of NSP1 protein and its activity.     

苦豆子内生拮抗放线菌的筛选及活性菌株鉴定

以6种植物病原真菌为靶标菌,采用皿内对峙培养法,对126株苦豆子内生放线菌进行了抗菌活性筛选。结果表明:15株菌具有较高的抑菌活性,占总菌株数11.9%,其中菌株YWZKDS4和NDZKDS65对稻瘟病病菌和黄瓜枯萎病菌的抑菌带宽度最大,分别为15.12mm和18.54mm;菌株NDZKDS22具有广谱抗菌活性,它们的抑菌带宽度均大于10mm以上;根据形态特征和16SrRNA基因序列同源性分析,3株活性菌株YWZKDS4、NDZKDS22、NDZKDS65分别与Streptomyces scabiei、Streptomyces albospinus和Streptomyces capillispiralis亲缘关系最近,序列相似性分别为99.1%、96.4%、98.8%。试验结果表明,苦豆子内生放线菌对6种植物病原真菌具有较好的抑菌活性。     

牡丹江野生鹿血中伯氏疏螺旋体分子检测

为了解牡丹江地区野生鹿自然感染伯氏疏螺旋体的情况,2019年6月间在牡丹江海林市采集20份野生鹿血标本,应用普通PCR对鹿血标本进行5S-23S基因片段的扩增和测序,并将所得序列与GenBank中的项序列进行分析.结果检出7份阳性样本,阳性率为35％,序列分析发现伯氏疏螺旋体在有2个基因型,分别是Borreliella afzelii和Borreliella garinii.研究结果表明,该地区野生鹿存在伯氏疏螺旋体自然感染.     

爱荷华州立大学研究人员对镰刀菌基因组序列测序

<正>据天津市农业科学院信息研究所消息,日前,爱荷华州立大学的科学家开展了镰刀菌基因组测序工作,研究表明,这种真菌是大豆猝死综合症(SDS)的罪魁祸首。利用草图基因组序列,科学家们已经确定导致大豆SDS的基因。