不同光湿环境对葡萄花芽分化和叶绿体类囊体膜磷酸酯酶活性的影响

以欧亚种葡萄美人指(Vitisviniferacv.ManicureFinger)为试材,正常光湿为对照,采用正常光偏高湿、偏弱光正常湿度、偏弱光高湿、偏弱光临界高湿、临界弱光偏高湿和临界弱光临界高湿6种处理。试验表明:单一偏弱光处理,葡萄叶片叶绿素含量上升,其余处理叶绿素含量下降;6种处理叶绿体类囊体膜磷酸酯酶活性都低于对照,叶绿体类囊体膜磷酸酯酶活性与光照和湿度有关;正常光偏高湿和偏弱光正常湿度部分芽能分化花原基,但在偏弱光高湿或偏弱光临界高湿花芽分化质量严重下降,临界弱光偏高湿和临界弱光临界高湿几乎未发现花原基;单一的弱光因子比单一的高湿因子对叶绿体类囊体膜磷酸酯酶活性和花芽形态分化影响更大,但弱光与高湿同时存在比单一弱光或高湿因子作用于葡萄时,叶绿体类囊体膜磷酸酯酶活性下降更为显著,花芽更难以形成。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒缺失变异株的基因组特征

对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)分离株HB2(sh)／2002的全基因组序列进行了测定与分析。该毒株基因组全长为15373nt(不包括PolyA尾)，与国内外美洲型PRRSV分离株全序列相似性介于88．7％～95．1％之间。序列分析表明，该毒株是1个天然存在缺失的变异毒株，其ORFla的Nsp2存在编码12个氨基酸的连续36个核苷酸的缺失，ORF、3存在编码1个氨基酸的3个核苷酸的缺失。这是国内外首次发现PRRSV存在缺失变异现象，研究结果补充和丰富了PRRSV毒株的基因组信息数据，为深入研究该毒株的遗传与变异及其与生物学特性的关系奠定了基础。     

羊草叶绿体非编码区多态性标记筛选及群体遗传多样性

为筛选多态性丰富的羊草叶绿体非编码区片段,本研究以9个不同地理位置的羊草居群为材料,通过对12个叶绿体非编码区DNA片段测序及其序列间变异分析试图从中找出有遗传差异的叶绿体DNA(cpDNA)片段,并利用有多态性的cpDNA片段进行遗传多样性分析。结果表明,序列ndhF-rpl32、trnL-trnF、trnC-ycf6、aptI-aptH具有比较丰富的变异,可作为下一步研究野生羊草群体遗传学和谱系地理学较为理想的分子标记。在37个羊草个体4条非编码区片段的合并序列中,共检测到15种单倍型,单倍型多态性(Hd)为0.928,核苷酸多态性(Pi)为0.00101;遗传分化指数(Fst)为0.58884,基因流(Nm)为0.17,基因流较小;中性检验Tajima’s D(-1.08542)和Fu’s Fs(-5.301)均为负值,且差异不显著(P>0.10),推测羊草遵循中性进化理论,可能经历过种群扩张;AMOVA结果显示,65%的分子变异出现在居群间,35%出现在居群内;Mantel检验得到,遗传距离与地理距离具有显著相关性(r=0.449,P<0.05);居群分化值Nst 0.386(0.1865)大于Gst 0.234(0.1506),差异显著(P<0.05),表明羊草居群存在分子谱系地理结构。通过系统发育树分析得到,羊草15个单倍型分为两大分支,H2和H10聚为一支,它们与别的居群个体亲缘关系较远,其余单倍型聚为另一支;单倍型网络图显示,H2和H12、H10和H12亲缘关系较远,与系统发育树分析结果基本一致。本研究为羊草的种质资源保护、谱系地理学研究等工作奠定了基础。     

白菜胞质雄性不育系叶绿体DNA的SSR分析

从烟草的36时叶绿体SSR引物中筛选出10对引物对白菜不育系和保持系的叶绿体基因组进行了SSR分析,发现两系间扩增片段的多态性较小,获得了1条只在不育系稳定出现的微卫星序列.此结果显示,不育系和保持系的叶绿体基因组间确实存在差异,此差异也许与细胞质雄性不育相关.     

长白山杜鹃花基因组DNA提取及RAPD体系的建立

采用改良的CTAB法提取杜鹃花的基因组DNA,所得的DNA纯度高、质量好,可用于RAPD分析.筛选出的杜鹃花RAPD反应的最佳体系为25μL反应体系中包括模板DNA20～200ng.引物10pmol,dNTPs100μmol·L-1,TaqDNA聚合酶0.5U,Mg2 2.5 mmol·L-1,10xbuffer缓冲液2.5 mmol·-1,其余部分用无茵超纯水补充.PCR扩增程序为94℃预变性5 min;94℃变性1 min,37℃退火1min,72℃延伸2min,40次循环;72℃最终延伸7min.应用优化后的反应体系PCR扩增获得的RAPD指纹图谱带型清晰,重复性好,为长白山杜鹃花品种鉴定、分类的研究提供了一定基础.     

猪圆环病毒2型山东分离株全基因组的克隆与序列分析

根据猪圆环病毒2型(PCV-2)全基因组序列,设计一对特异性引物,从疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)病料中扩增出PCV-2基因组DNA,将基因片段克隆于pMD18-T载体,筛选获得含有相应片段的阳性重组质粒pMD18-T-PCV-2。对筛选出的阳性质粒进行测序。结果表明,PCV山东株的全基因组为1 767 bp,与国内外毒株核苷酸同源性高达99.6%。     

水稻基因组中分泌蛋白的初步分析

本文利用Signa1P3．0两种算法NN（neural network）和HMM（hidden markov model）对水稻基因组中59712个ORF进行了初步的筛选,其中有4433个ORF编码的蛋白具有分泌特性,占整个基因组的7．3％。4433个具有分泌特性的蛋白,在染色体的分布是不均一的。在1号染色体的所占的比例最多,为8．8％;而12号染色体上所占的比例最少,为5．0％。其中在具有分泌特性的蛋白中,酶类、非酶类和推测蛋白分别占具有分泌型信号肽蛋白的24．9％、45．7％和29．5％。     

基于采后转录组的香菇密码子偏好性分析

以香菇基因组数据为基础,对其细胞核基因组的密码子偏好性及偏好性形成因素进行分析。香菇细胞核编码基因的GC含量为48.66%,同义密码子第3位中碱基T(T3s)的出现频率最高（36.07%）,同时高表达基因的GC、GC3以及GC3s含量均显著高于基因组水平;相关性分析结果显示基因表达与序列C3s含量、GC3、GC3s、GC含量、C含量以及CAI呈显著正相关;香菇基因组编码序列中共29个高频密码子,结合转录组筛选高表达和低表达基因的基础上鉴定出16个最优密码子;偏好性形成影响因素分析表明,香菇基因组密码子偏好性形成受中性突变和选择压力影响。本研究可以为采后香菇关键基因功能解析,开展香菇采后品质劣变机制研究提供参考。     

基于全基因序列的中国北方3省(区)马铃薯Y病毒遗传多样性分析

本研究以马铃薯Y病毒(PVY)全基因组为基础,分析吉林、黑龙江和内蒙古3省(区)PVY群体遗传多样性和群体分化,并评估突变、重组、选择等遗传力所起的作用。根据已报道的PVY全基因序列保守区设计4对引物,采用片段重叠法对来自内蒙古和吉林的24个PVY分离物全基因序列进行测定,并联合NCBI中已登录的9个黑龙江分离物全基因组序列进行遗传多样性参数评估、群体分化检验和分子变异等分析。结果显示,我国北方3省(区)PVY群体遗传多样性高,其中内蒙古和黑龙江PVY群体遗传多样性高于吉林群体,并且3个群体之间呈现一定程度的遗传分化。分子变异分析发现在PVY基因组中存在1 786个变异位点,表明我国北方3省(区)PVY群体变异程度较高,并且这种高变异度有85.54%来自各个马铃薯种植区内PVY个体的遗传变异。重组分析和系统发育分析发现,我国北方3省(区)PVY群体中重组株系占比高达90.3%,并具有明显的株系多样性,表明PVY重组株系已成为我国北方3省(区)马铃薯种植区的流行株系。选择压力分析显示,使用FEL和IFEL法分别检测出501个和315个净化压力选择位点,这表明3省(区)PVY群体受净化选择压力为主。以上结果表明,中国北方3省(区)PVY群体遗传多样性高,突变、重组和自然选择都对遗传多样性和群体分化存在一定影响。