‘岩溪晚芦’椪柑果皮与果肉差减cDNA文库的构建及初步分析

 以‘岩溪晚芦’(Citrus reticulata Blanco)成熟果皮和果肉为材料,采用抑制性差减杂交技术,成功构建了果皮（tester）与果肉（driver）的差减cDNA文库。结果显示：cDNA克隆外源插入片段大小介于100～500 bp之间。成功对411个克隆进行了测序,测序结果经与NCBI基因库中序列进行比较,377个EST 找到了同源序列,它们分属于126个基因,涉及到与色素合成、能量代谢、初级代谢、次生代谢、抗逆防御、蛋白代谢、信号转导、香味形成、果皮软化（衰老）、精油合成、抗氧化代谢等代谢途径和生理生化过程。还有一些基因涉及到三价铁螯合物、反转录转座子gag蛋白、查尔酮合成、硼离子转运、儿茶酚氧位甲基转移酶等功能。功能已知且没有重复的EST共有63个,占总数的49.2%。有5个基因共62个克隆虽在Blast搜索时找到了较高的同源性序列,但功能目前尚未明确,有待进一步深入分析。另有34个基因未搜索到同源序列,可能为新发现的基因。     

cDNA cloning and complete primary structures of myosin heavy chains from brushtooth lizardfish Saurida undosquamis and wanieso lizardfish S. wanieso fast skeletal muscles

ABSTRACT:   The complete cDNA sequences encoding predominant types of myosin heavy chain (MYH) in the fast skeletal muscle were determined for brushtooth lizardfish Saurida undosquamis and wanieso lizardfish S. wanieso , which are used as materials for preparing high-quality surimi-based products. The cDNA consisted of 5973 and 5987 bp, respectively, and both encompassed an open reading frame encoding a polypeptide of 1936 amino acid residues. Brushtooth and wanieso lizardfish MYH showed the amino acid sequence identity of 92–93% to white croaker MYH, which was higher than that of 90% to walleye pollack MYH. The putative binding sites for ATP, actin, and regulatory and essential light chains in the subfragment-1 region of brushtooth lizardfish MYH exhibited a high identity with white croaker counterparts as well as the sequences of subfragment-2 and light meromyosin. In contrast, phylogenetic tree, constructed by the neighbor-joining method based on mitochondrial 16S rRNA gene, revealed that the two lizardfish species formed a cluster with walleye pollack, which was paraphyletic with white croaker. Therefore, a good reputation for lizardfish and white croaker to have a high thermal-gel forming ability seemed to be reflected by MYH rather than biological similarity as revealed by the mitochondrial 16S rRNA gene.     

水稻稻瘟病菌胁迫应答cDNA片段的表达及定位

以抗稻瘟病品系G205为材料,应用cDNA微阵列分别获得了一个受稻瘟病菌诱导的含NBS LRR的cDNA克隆（暂命名为RIM1, rice induced by Magnaporthe grisea）和一个受稻瘟病菌抑制的编码腈水解酶（Nitrilase）的cDNA克隆（暂命名为NIT）,并通过Northern得到证实。RFLP分析将RIM1和NIT分别定位于水稻第2和第3染色体上,它们均位于控制水稻稻瘟病部分抗性QTL区间。     

外源ABA处理大麦胚的均一化cDNA文库的构建

构建外源ABA处理大麦胚的均一化cDNA文库是利用酵母双杂交方法筛选与靶蛋白相互作用蛋白的前提条件。为给大麦抗逆基因的研究及抗逆转基因大麦材料的创制奠定基础,利用5μmol·L-1ABA和蒸馏水分别处理大麦种子0h、6h、12h、24h,剥取大麦的胚,用热酚法提取总RNA,利用SMART原理进行反转录PCR并进行均一化处理获得ds-cDNA。经SfiⅠ酶切的ds-cDNA与pGADT7-Rec载体连接后,转化大肠杆菌感受态细胞DH10B构建文库。结果表明,文库的容量为1.1×106,插入片段大于1 000bp,集中在1 000~3 000bp之间,符合酵母双杂交文库的要求。     

鳜胃蛋白酶原基因cDNA全长的克隆与序列分析

利用RT–PCR和cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆鳜(Siniperca chuatsi)胃蛋白酶原基因cDNA全长序列,并对该基因的结构特征和系统进化关系进行了分析。鳜胃蛋白酶原基因cDNA序列全长1367 bp,5′端非翻译区43 bp,3′端非翻译区187 bp,开放阅读框(ORF)1137 bp,共编码378个氨基酸。鳜胃蛋白酶原氨基末端存在信号肽和激活肽序列,序列中含有催化活性必需的2个天冬氨酸残基和构成二硫键的6个半胱氨酸残基。鳜胃蛋白酶原氨基酸序列与其他脊椎动物胃蛋白酶原氨基酸序列的同源性为59.9%～91.2%,表明胃蛋白酶原基因在脊椎动物的长期进化中比较保守。鳜胃蛋白酶原基因的成功克隆不仅为进一步研究该基因的时空表达奠定基础,而且为鱼类胃蛋白酶原的分子特征和进化提供了新的资料。     

猪HK2基因的克隆及序列分析

为克隆猪己糖激酶2基因,分析其生物功能,采用已报道的人及小鼠HK2的cDNA序列为依据,利用电脑克隆策略获得的ESTs设计引物,扩增新的猪HK2基因cDNA序列。将PCR产物克隆测序,分析获得的核苷酸序列及其编码蛋白的特性,分离的开放阅读框全长2754bp,编码917个氨基酸,与人和小鼠的核苷酸序列同源率分别为90%和87%,与人和小鼠的氨基酸序列同源率分别为96%和94%,利用生物信息学软件分析出此蛋白的理化特性并预测了其蛋白结构,为进一步开展猪HK2基因的结构功能、表达调控的相关研究奠定了基础。     

羊驼AIF部分cDNA序列分析及其在不同毛色的表达定位

通过对已构建的羊驼皮肤cDNA文库进行筛选和ESTs分析,发现与其它动物AIF基因相应cDNA序列高度同源的序列,经序列分析证明命名为羊驼AIF基因序列,已经向Genbank提交。与其他动物（褐鼠、小鼠、人等）的AIF基因相应序列进行相似性比较,相似性分别为100%、91%、71.6%。运用免疫组化技术进一步研究该基因在羊驼皮肤中的表达和定位,结果显示AIF在羊驼毛囊的毛根、根鞘、毛球、毛乳头位置均呈阳性表达,且棕色皮肤比灰色皮肤表达量高,提示该基因可能和羊驼毛色形成或毛的生长相关。     

库尔勒香梨的苹果茎痘病毒cDNA探针检测技术研究

 以库尔勒香梨叶片和皮层为材料 ,对 2种总RNA提取方法进行了比较研究 ,从中行筛选出了适合库尔勒香梨的提取方法 ;并利用RT PCR反应体系成功合成了生物素标记的cDNA探针 ,在此基础上 ,对影响杂交灵敏度的主要因素进行了试验研究 ,结果表明 ,当探针浓度为 4 0 0ng·ml-1,甲酰胺浓度为 4 5 % ,4 2℃杂交反应 6h ,可获得最高灵敏度。进口硝酸纤维素膜的灵敏度最好 ,基本无背景。Tween2 0的封闭效果比牛血清白蛋白好。对不同组织和不同提取方法提取的总RNA进行了杂交检测 ,结果表     

小黑麦异多附加系M17叶片cDNA文库构建及抗小麦白粉病特异表达cDNA的差别筛选(英文)

以对小麦白粉病菌免疫的小黑麦异多附加系Ｍ１７（１Ｒ“６Ｒ”）为材料,一组接种小麦白粉病菌,另一组不接种．分别提取两组叶片的总ＲＮＡ,经磁珠法分离出ｐｏｌｙ（Ａ＋）ＲＮＡ,以Ｏｌｉｇｏ（ｄＴ）为引物,经反转录合成ｃＤＮＡ．将接种组双链ｃＤＮＡ克隆进λｇｔ１０载体,得到一个含９．８×１０４个重组噬菌体的ｃＤＮＡ文库．两组ｃＤＮＡ双链经切口平移法制成总ｃＤＮＡ探针,分别与ｃＤＮＡ文库杂交,通过差别筛选的方法,找到了６个与小麦白粉病抗性有关的ｃＤＮＡ克隆．     

利用cDNA-AFLP技术分析白菜核雄性不育两用系的表达差异

 利用cDNA AFLP技术 ,对白菜核雄性不育两用系可育株群和不育株群分析显示 :花蕾之间基因表达存在差异 ;莲座期叶片之间、开花期叶片之间和花茎之间基因表达无差异 ;叶片、花茎和花蕾之间基因表达存在差异。对开花期的小蕾、中蕾和大蕾分析显示 :10对引物中 ,1对在可育株中蕾和大蕾中扩增出 1条特异带 ,另 1对扩增出 1条在可育株中蕾中表达丰度高于不育株中蕾的条带 ,其余 8对未发现差异条带。对上述表达丰度有差异的基因进行Northern验证 ,结果与之一致 ,表明cDNA AFLP技术可以用于植物雄性不育基因表达差异的研究。