采用16S rRNA基因序列分析海扇贝与3种扇贝的亲缘关系

采用16S rRNA基因序列分析技术,对2005年引自加拿大的海扇贝Placopecten magellanicus以及中国现有种类——虾夷扇贝P.yessoensis、栉孔扇贝Chlamys farreri和海湾扇贝Argopecten irradians进行了遗传学比较分析。每个扇贝种群随机抽取2个个体,利用通用引物进行16S rRNA基因片段扩增并双向测序。所得序列去掉不可信位点后,得到433 bp的基因片段。序列比对分析得到306个变异位点,其中转换位点为124个,颠换位点为111个,既有转换又有颠换的位点为45个,插入和缺失为26个。核苷酸变异值及分子系统树结果表明,海扇贝与虾夷扇贝的亲缘关系较近。     

一株抗铬芽孢杆菌的分离鉴定及16S rDNA序列分析

从湖北省大冶市某矿区土壤中分离到1株可以在含7mmo·L-1铬(Cr6+)的培养基上正常生长的菌株,命名为MD08.对该菌株进行了形态学观察和生理生化鉴定以及16S rDNA序列分析.结果表明,MD08为革兰氏阳性细菌,椭圆形,中央有1个大的芽孢,利用葡萄糖产气产酸,甲基红试验显示为阴性;通过对该菌株的16S rDNA进行测序和同源性比较,发现它与芽孢杆菌的同源性达到99%,该菌株被鉴定为巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium);MD08对多种重金属普遍具有较高的抗性,可以用于重金属污染的微生物修复和研究微生物与重金属的相互作用.     

一株热带土壤解磷细菌的筛选鉴定及拮抗初探

[目的]研究热带土壤解磷微生物种群结构,筛选鉴定高效解磷菌株,为热带土壤解磷细菌的筛选和菌肥制备奠定基础。[方法]以有机磷液体培养基进行生物富集,无机磷固体培养基平板法从海南、广东、云南等地热带土壤中筛选出解磷效果较好的一株解磷细菌PSB13。[结果]通过细菌16 S rRNA通用引物PCR扩增该菌株的16SrDNA序列,测得序列长度为1088bp,经Blastn搜索进行序列比对,结果表明,该菌株属于Burkholderia sp。进一步的室内平板对峙培养试验表明,PSB13对Fusarium axysporum piperis等11个供试病原菌中的9个具有不同程度的拮抗作用。[结论]PSB13是一株高效的具有开发前景的热带土壤解磷菌株。     

甘露聚糖酶产生菌F1-5的鉴定

[目的]鉴定1株高产甘露聚糖酶菌株。[方法]以高产甘露聚糖酶的菌株为对象,采用形态观察、生理生化试验及16S rDNA系统发育分析手段对其进行鉴定。[结果]该菌株在牛肉膏蛋白培养基上培养24h后,菌落表面粗糙,不透明白色,革兰氏阳性,杆状,能形成芽孢,表明其属于芽孢杆菌属。对F1-5进行生理生化特征鉴定,结果表明,其为枯草芽孢杆菌或蜡样芽孢杆菌。PCR扩增获取该菌的16S rDNA基因。经BLAST同源序列比对,结果显示,菌株F1-516SrDNA与枯草芽孢杆菌的16S rDNA具有99％的同源性,表明F1-5为枯草芽孢杆菌。[结论]该研究为甘露聚糖酶工业化开发应用奠定了基础。     

基于MOD16产品的陕西关中地区干旱时空分布特征

基于MOD16产品,利用作物缺水指数法,结合气象站点观测资料及MOD17植被指数信息,分析了2000—2013年陕西关中地区干旱的时空分布特征。结果表明:基于MOD16产品的作物缺水指数的计算结果与站点土壤相对湿度的变化规律一致,并且两者的相关系数通过了P0.001的显著性检验,说明MOD16数据可以用于关中地区干旱的时空变化分析;作物缺水指数的空间分布不均匀,在关中地区的东部和北部值较高,较为干旱,特别是在关中东北部和西安市周边干旱特别严重,作物缺水指数多年平均值在0.795~0.832,达到重旱等级,并且区域内干旱程度呈显著上升趋势;作物缺水指数有明显的年内变化波动,在3—6月及10—11月值最高,作物缺水指数达0.7左右,其中3—6月是重旱和特旱集中发生的时期,而10—11月以轻旱和中旱为主;2000—2013年作物缺水指数在2003年出现最低值(0.65左右),后逐年升高,在2013年达最高值(0.8左右);2000—2013年轻旱面积呈减小的趋势,中、特旱呈增加趋势;作物缺水指数与温度、降水及植被的关系密切,高温少雨时,作物缺水指数偏高,干旱容易发生,同时归一化植被指数较低。     

基于MOD16A2的锡林郭勒草原近14年的蒸散发时空动态

蒸散发(Evapotranspiration,ET)的时空动态对理解水热对植被的影响具有重要作用。利用MODIS MOD16A2月产品数据和气象数据,通过回归分析、空间变异分析和相关分析等方法,研究锡林郭勒草原不同类型草地近14年(2000-2013年)的ET时空动态及ET对气象要素的响应。结果表明:锡林郭勒草原ET总体表现为由东北部和东南延线向西南部递减的规律,草甸草原 > 典型草原和沙地植被 > 荒漠草原,典型草原和沙地植被无显著差异。各类草原的ET变化趋势相近,均在2003年、2008年和2012年出现波峰,2009年出现波谷。草甸草原、典型草原和总体的ET均有增加趋势,荒漠草原和沙地植被的ET均有减小趋势,但变化均不显著。空间变异分析表明近14年锡林郭勒草原ET的空间变异状况较为稳定。ET与降水量、NDVI、相对湿度和水汽压均成极显著正相关(P < 0.01),相关系数依次降低但都大于0.83;ET与气温、风速和日照时数均为不显著负相关,相关系数分别为-0.51,-0.48和-0.23。     

酵母诱导表达鸡IFN-α抗IBDV效果及其对信号分子PI3K和NF-κB的影响

试验旨在研究酵母表达鸡IFN-α抗传染性法氏囊病病毒（IBDV）的效果及对其淋巴细胞信号分子PI3K和NF-κB p65的影响。将40只10日龄非免疫雏鸡随机分为IFN-α组和空白对照组,持续注射给药3 d后,于第3次给药后第1天开始每天心脏采血,持续3 d,并于最后一次采血后对雏鸡进行攻毒,在攻毒后开始每天心脏采血,连续3 d。通过MTT法检测淋巴增殖活性情况,ELISA测定不同时间段淋巴细胞中PI3K的水平、细胞中总NF-κB p65、细胞核中NF-κB p65蛋白表达含量及IBDV抗原量。结果显示,与对照组相比,攻毒前,IFN-α对淋巴增殖活性、细胞中PI3K和NF-κB p65的表达具有极显著地促进作用（P<0.01）;与攻毒前相比,攻毒后第1和2天IFN-α组淋巴增殖活性、细胞中PI3K和NF-κB p65的表达极显著增加（P<0.01）,IFN-α对IBDV-Ag具有极显著地抑制效果（P<0.01）。这些结果表明,IFN-α可通过增加PI3K激活NF-κB信号通路以增强机体免疫反应,并对IBDV-Ag有显著的抑制作用,本试验为IFN-α免疫增强和抗病毒作用的研究提供科学依据。     

云南猪关节炎细菌性病原的分离鉴定

本试验旨在了解云南4个猪场猪关节炎的细菌性病因及其耐药性.通过分离培养、生化试验、药敏试验、动物致病性试验及16S rRNA鉴定,对4个猪场出现猪关节炎症状的样品进行了分析.结果显示,A、B、C和D 4个猪场共96份样品中,检出金黄色葡萄球菌55份,阳性率分别为20.8%、83.3%、91.7%和33.3%;检出链球菌56份,阳性率分别为95.8%、21.7%、25.0%和83.3%;混合感染阳性率分别为20.8%、21.7%、25.0%和33.3%.因此,金黄色葡萄球菌是导致B、C两猪场猪关节炎的主要细菌性病原;链球菌是导致A、D两猪场猪关节炎的主要细菌性病原;两种细菌对菌必治、米诺环素和环丙沙星较敏感,对多种抗生素产生了耐药性.     

牦牛瘤胃中产纤维素酶芽孢杆菌的分离鉴定

为了解牦牛瘤胃中产纤维素酶的芽孢杆菌种类,无菌采集10份成年麦洼牦牛瘤胃内容物样本,经80 ℃高温水浴20 min后分离得到耐高温芽孢菌.将分离菌株点种至羧甲基纤维素钠培养基上,使用刚果红染液染色筛选产纤维素酶菌株,扩增产酶菌株16S rRNA序列并测序,进行同源性比对和系统进化分析.结果显示:从10份样本中分离到64株菌,从中筛选出产纤维素酶芽孢杆菌共23株,其中蜡样芽孢杆菌16株,苏云金芽孢杆菌7株.系统进化分析结果显示,蜡样芽孢杆菌共分为两大支,有一株菌单独聚为一支,另外15株菌聚为一支,其中这一支又分为五小支,具有一定的遗传多样性;7株苏云金芽孢杆菌分布在一个大支上.该结果为了解牦牛瘤胃产纤维素酶芽孢杆菌的种类和开发牦牛专用微生态制剂奠定了试验基础.     

玉米Glyco-hydro-16糖苷酶家族全基因组的鉴定及其遗传分化

【目的】全基因组水平鉴定玉米Glyco-hydro-16家族,分析该家族基因在不同组织中的表达模式以及在不同玉米杂种优势群中的遗传分化。【方法】根据Glyco-hydro-16家族相对保守的序列及结构域,构建Glyco-hydro-16家族的隐马尔科夫模型文件（Glyco-hydro-16.hmm）,利用hmmersearch程序在玉米全基因组中进行比对,获得玉米中含有该家族保守结构域的所有序列。通过Blast2GO进行功能注释,利用蛋白质序列构建该家族的系统发育进化树。使用玉米自交系B73不同组织及不同发育时期的RNA-seq数据库分析该家族基因的表达模式。根据该家族基因在染色体上的位置筛选SNP标记,计算其在不同玉米杂种优势群间的群间遗传分化系数（genetic differentiation coefficient,Fst）,分析其遗传分化。【结果】根据该家族相对保守的序列及结构域,在全基因组水平共鉴定出34个玉米Glyco-hydro-16家族成员,注释表明所有基因都是木葡聚糖转移酶/水解酶基因,3个保守性较高的Motif区段存在于该家族所有成员中。通过系统发育关系和序列相似性将该家族分为8个亚家族,每个亚家族有2-8个基因,分布在除第3和第6染色体外的其他8条染色体上,在第2、第5及第10染色体上成簇分布。该家族在禾本科作物中同源性较高,与拟南芥分属不同的分支,但只有3个玉米成员（AC210669.3、GRMZM2G413006和GRMZM2G166944）被划分到禾本科分支中,其他玉米成员被划分到单独的分支中。通过表达谱分析表明该家族成员在玉米中均有表达,但在不同组织中的表达水平有差异。为解析该家族基因在不同玉米种质资源中等位基因的变异,根据玉米Glyco-hydro-16家族基因在染色体上的位置筛选SNP标记,计算其在玉米杂种优势群SS及NSS间的群间遗传分化系数。结果显示,共有10个该家族基因所处位点的Fst值高于阈值0.15,达到高度分化水平,分别位于第1、第2、第4、第5、第7以及第9染色体上。其中,位于第2染色体上的GRMZM2G091118相应位点的Fst值为0.52,表明该位点在SS群和NSS群间的群间遗传分化度极大。【结论】通过全基因组扫描在玉米中鉴定出34个Glyco-hydro-16家族成员,均为木葡聚糖转移酶/水解酶基因,在不同组织中,其表达模式不同,可能参与不同生理发育过程。部分该家族成员所处位点在玉米杂种优势群SS和NSS间的等位基因分化极大。