努比亚山羊LMCD1基因生物信息学分析、真核表达载体的构建及表达

【目的】 扩增努比亚山羊LIM结构域基因1（LIM domain gene 1,LMCD1）并进行生物信息学分析,构建真核表达载体并检测LMCD1基因的表达情况,为研究努比亚山羊LMCD1基因功能及探究LMCD1基因在山羊骨骼肌肉发育中的作用提供依据。【方法】 从努比亚山羊背最长肌组织中提取总RNA,应用RT-PCR方法扩增LMCD1基因CDS区序列,并进行生物信息学分析;将LMCD1基因以同源重组的方式连接pEGFP-N1载体,经酶切、测序鉴定后重组阳性质粒命名为pEGFP-N1-LMCD1;将pEGFP-N1-LMCD1重组质粒转染至山羊骨骼肌卫星细胞,通过实时荧光定量PCR检测努比亚山羊LMCD1基因的表达情况。【结果】 努比亚山羊LMCD1基因CDS区序列全长1 092 bp,编码363个氨基酸。LMCD1蛋白分子式为C₁₇₇₅H₂₈₁₈N₅₀₈O₅₃₃S₂₉,分子质量为40.73 ku。努比亚山羊LMCD1基因CDS区序列与山羊相似性最高（99.8%）,与斑马鱼相似性最低（55.4%）,与其他物种的相似性在87.0%~98.8%之间。LMCD1蛋白无信号肽,不存在跨膜结构域,为亲水性蛋白。通过构建努比亚山羊pEGFP-N1-LMCD1真核表达载体并转染至骨骼肌卫星细胞,过表达LMCD1基因,产生绿色荧光信号。【结论】 试验成功扩增LMCD1基因CDS区序列,构建了pEGFP-N1-LMCD1真核表达载体,并分析了生物学功能,为后续开展LMCD1基因在山羊骨骼肌肉发育中的机制研究提供了理论基础。     

多年生人工草地矮生嵩草(Kobresia humilis)种群空间格局与种内关联性

植物种群空间分布格局不仅反映植物的空间分布特点,还有助于研究者了解植物利用资源的现状和生存能力。本研究以矮生嵩草(Kobresia humilis)为研究对象,按株丛斑块面积将矮生嵩草分为小斑块级株丛(0～30 cm²)、中斑块级株丛(30～80 cm²)和大斑块级株丛(>80 cm²)3个株丛级,采用点格局分析的g函数统计方法,分析了矮生嵩草各级株丛的空间格局及关联性。结果表明：矮生嵩草种群中小斑块级株丛占比高于中斑块、大斑块级株丛占比,种群中幼苗充足,正处于稳定的增长阶段;矮生嵩草小斑块、中斑块、大斑块级株丛在小尺度范围内表现为聚集分布,随着尺度的增大,所有株丛斑块的聚集程度减弱,逐渐趋向于随机分布;小斑块与中斑块、大斑块的矮生嵩草株丛在小尺度内表现为正关联。斑块聚集分布和相互共存是矮生嵩草的一种生存策略。     

鼠伤寒沙门菌毒力基因SptP的原核表达及生物信息学分析

【目的】试验旨在获得高效表达的鼠伤寒沙门菌SptP蛋白并进行生物信息学分析,为其功能研究和互作蛋白的筛选提供理论依据。【方法】通过PCR技术扩增SptP基因,并将该序列连接至pET-32a （+）载体,构建鼠伤寒沙门菌SptP基因原核表达载体pET32a-SptP。通过热激法将重组质粒导入大肠杆菌BL21（DE3）感受态细胞后经IPTG诱导表达、纯化重组蛋白,并经过SDS-PAGE和Western blotting验证;应用在线软件对SptP蛋白进行生物信息学分析。【结果】PCR成功扩增出大小为1 632 bp的SptP基因。SptP重组蛋白在大肠杆菌BL21（DE3）感受态细胞中成功诱导表达、纯化,得到分子质量为79.7 ku的蛋白。SptP蛋白分子式为C₂₆₂₅H₄₂₅₇N₇₄₅O₈₁₂S₂₅,分子质量为60 047.68 u,无跨膜结构,无信号肽存在,理论等电点为8.75,有57个潜在的磷酸化位点,主要定位于细胞核、细胞质、高尔基体、细胞骨架、分泌系统的囊泡、质膜,占比分别为43.5%、34.8%、8.7%、4.3%、4.3%和4.3%。SptP蛋白二级结构由α-螺旋、延伸链、β-转角及无规则卷曲组成,占比分别为43.65%、14.92%、4.42%和37.02%。【结论】本研究构建了表达SptP蛋白的重组质粒pET32a-SptP,获得分子质量为79.7 ku的SptP重组蛋白,阐明了SptP蛋白的基本理化性质和生物学功能,为后续SptP蛋白与宿主细胞互作的作用机制及鼠伤寒沙门菌新疫苗的制备提供理论基础和试验依据。     

高丹草农艺性状与产量的相关和通径分析

[目的] 明确对高丹草产量影响较大的关键农艺性状,挖掘其高产潜力,为品种选育及推广应用提供依据。[方法] 以12份高丹草材料为研究对象,对高丹草各性状进行测量,利用随机区组试验对高丹草主要农艺性状与单株干重进行相关性、主成分和通径分析。[结果] 各农艺性状的变异系数范围为11.61%~54.67%,表明各供试材料主要农艺性状存在丰富变异;各性状与单株干重相关性为株高>茎粗>叶片数>叶长>叶宽,单株干重与株高相关系数最大（0.746）,与叶宽的相关系数最小（0.349）;主成分分析共获得3个主成分,分别是株高因子、分蘖因子和叶宽因子,主成分分析中前3个主成分贡献率分别为45.855%、12.924%、11.594%,累计贡献率高达70.373%,主成分1中各性状特征向量值均为正值,单株干重、株高、茎粗、叶片数和叶长的载荷量较高,表明植株高大、主茎粗、叶片数多且植株叶片较长时,高丹草产量较高;通径分析中对植株产量直接影响的大小为株高（0.444）>茎粗（0.258）>叶片数（0.201）>叶宽（0.136）。[结论] 株高和茎粗是直接影响高丹草单株产量的重要性状。     

南极磷虾粉潜在危害因子分析及风险评价进展

南极磷虾粉是目前南极磷虾船载加工的主要产品之一,富含优质蛋白质、脂质、磷脂、虾青素和矿物质等物质,具有良好的开发利用前景。目前,南极磷虾粉主要用作水产动物饲料及提取油脂等的原料。然而,研究表明南极磷虾粉也存在潜在危害因子不明确等问题,严重限制了其应用领域和范围的拓展。因此,本文分析了南极磷虾粉潜在危害因子的来源、限量标准、检测方法等,介绍了南极磷虾粉风险评估进展,旨在为南极磷虾粉危害因子的减除和深度利用提供参考依据。     

不同退化程度高寒草甸植物物种多样性与生态系统多功能性关系

为探究高寒草甸不同退化程度生态系统多功能性的变化,本研究综合考虑了植物物种多样性和多种生态系统功能如生产力、养分循环和固存能力、土壤涵养水分能力等,运用降维因子分析的方法计算了生态系统多功能性,综合分析了植物物种多样性与生态系统功能和多功能性间的关系。结果表明：高寒草甸退化显著降低了Margalef指数、Shannon-weiner指数、Simpson指数和Pielou指数(P<0.05),各生态系统功能趋于恶化。高寒草甸退化导致生态系统多功能性的下降,综合统计量结果为轻度退化(21.9955)＞中度退化(8.7295)＞重度退化(—30.7245)。植物物种多样性与生态系统多功能性之间均存在正相关关系,其中Simpson指数与生态系统多功能性指数拟合的结果最好,说明高寒草甸生态系统多功能性受植物物种多样性的制约。本研究可为青藏高原草地退化及恢复的过程和机理研究提供理论依据。     

Investigation of Co-infection of PPV7 and PCV2 and Genetic Variation Analysis for PPV7 Cap Gene in Fujian and Guangdong

【Objective】 To investigate the co-infection situation of Porcine parvovirus (PPV7) and Porcine circovirus type 2 (PCV2)in Fujian and Guangdong, and to understand the molecular genetic characteristics of PPV7 Cap gene.【Method】 The blood sample of 432 infected pigs from 69 pig farms in Fujian and Guangdong were collected to detect PPV7 and PCV2 by PCR.The PPV7 Cap gene of positive samples was cloned and sequenced.The DNAStar software was used to analyze the nucleotide and amino acid sequences of PPV7 Cap gene, and Mega 7.0 software was used to draw the genetic evolution tree.【Result】 The results showed that the positive rate of PPV7 was 21.99% (96/432), the positive rate of farms was 53.62%(37/69), and the positive rate of PCV2 was 54.17% (234/432), and the co-infection rate of PCV2 and PPV7 was 13.43% (58/432).The 17 PPV7 Cap gene sequences were amplified using PCR.Nucleotide homology analysis revealed that the homology of the 17 PPV7 Cap gene sequences was 85.6%-100%, and the homology with reference strains was 85.8%-99.0%.Amino acid sequence comparison analysis revealed that the amino acid homology of the 17 PPV7 Cap protein sequences was 87.6%-100%, and the amino acid homology with reference strains was 82.6%-98.7%.Phylogenetic analysis of Cap gene showed that PPV7 could be divided into five main evolutionary branches of PPV7a-PPV7e, among which 9 isolates belonged to PPV7a subtype, 3 isolates belonged to PPV7b subtype, 4 isolates belong to PPV7c subtype, and only 1 isolates isolates belonged to PPV7e subtype.【Conclusion】 This study indicated that PPV7 was widely prevalent in Fujian and Guangdong regions, and had a high co-infection rate with PCV2, which might be the pathogenic factor of Porcine circovirus associated disease(PCVAD).The genetic diversity of PPV7 isolates was abudant in both regions, and PPV7a was the dominant strain at present.The findings of this study provided theoretical basis and data reference for PPV7 prevention and control and vaccine research.     

鸡RNF165蛋白多克隆抗体制备及其生物信息学分析

【目的】 制备鸡环指蛋白165（RNF165）多克隆抗体并对RNF165蛋白进行生物信息学分析,以期为研究鸡RNF165的生物学功能提供参考。【方法】 以鸡胚成纤维细胞（DF-1）为试验材料,提取总RNA,反转录获得cDNA,通过PCR扩增RNF165基因,将其连接至pET-28a （+）质粒构建重组表达质粒pET-28a-RNF165。将测序正确的重组表达质粒转化大肠杆菌BL21感受态细胞进行诱导表达,将表达的融合蛋白纯化后按照制定的免疫程序免疫7周龄BALB/c雌鼠。第3次免疫7 d后,分离小鼠血清,用Western blotting检测鼠抗RNF165蛋白多克隆抗体的特异性,间接ELISA法测定其效价。使用在线生物信息学软件对RNF165蛋白理化性质、信号肽、磷酸化位点、亚细胞定位、跨膜结构、二级结构和保守结构域进行分析。【结果】 成功扩增得到大小为1 068 bp的RNF165基因。成功构建原核表达载体pET-28a-RNF165,并诱导表达出约43 ku的RNF165蛋白。Western blotting结果显示,制备的鼠抗RNF165蛋白多克隆抗体能特异性识别DF-1细胞中过表达的RNF165蛋白,效价为1：32 000。生物信息学分析结果显示,RNF165蛋白由350个氨基酸组成,分子质量为39.88 ku,等电点为7.13,不稳定指数为69.87,为亲水性蛋白,不含信号肽和跨膜结构域,有29个磷酸化位点;RNF165蛋白二级结构主要由无规则卷曲、α-螺旋、延伸链和β-转角组成;RNF165出现在细胞核内的概率最高,为47.8%;RNF165蛋白质C-端296―341位氨基酸残基为RING-Ubox超家族保守结构域。【结论】 本研究所制备的鼠抗RNF165多抗隆抗体具有较高的反应性和特异性,RNF165蛋白为亲水性蛋白,主要在细胞核内表达,结果可为研究RNF165蛋白的生物学功能提供材料支持。     

中国大陆沿海地区互花米草生长特征及其对环境因子的响应

本研究实地调查了中国大陆沿海地区天津汉沽至广东雷州37个样地的互花米草生长特征,采用回归分析、地理探测器以及冗余分析,探究自然状态下中国大陆沿海地区互花米草生长特征及其对环境因子的响应。结果表明：互花米草生长特征存在显著的纬度梯度差异,株高随纬度的增加先升高后降低(P<0.001),21.44°N株高最低(54cm),36.12°N株高最高(250cm);种群密度和地上生物量随纬度的增加均呈先降低后升高趋势;互花米草具有较高的可塑性,年平均气温、一月最低气温、七月最高气温以及海水盐度是影响互花米草生长特征的主要环境因子;海水盐度在与纬度交互作用下对互花米草空间分异解释力最高(q>0.65)。自然状态下互花米草受多种环境因子调控,较强的可塑性是互花米草成功入侵的关键因素。     

陇中黄土高原半干旱区9个燕麦品种籽粒产量及其营养价值研究

本研究对9个燕麦(Avena sativa)品种的主要农艺性状、种子产量和籽粒营养品质进行了比较,以期筛选出适宜在陇中黄土高原半干旱区生产利用的燕麦品种。结果表明：供试燕麦品种均属于中熟型,在当地均能成熟;9个燕麦农艺性状、种子产量及籽粒营养品质之间存在显著差异(P<0.05),‘迪燕1号’的株高和穗长最高,分别为150.00cm和30.50cm,但种子产量最低,为1734.20kg·hm^-2,穗粒数和穗粒重均以‘魏都莜5号’最高,分别为128.4粒和2.84g,‘晋燕17号’的种子产量和淀粉含量最高,分别为2500.00kg·hm^-2和53.68%,但粗蛋白含量最低,仅为15.95%,‘张莜8号’的千粒重最高,为28.20g,粗蛋白含量以‘张莜9号’最高,达18.75%,‘坝莜18号’的β-葡聚糖和粗脂肪含量最高,分别为4.37%和6.35%。应用灰色关联度理论方法对9个燕麦品种的主要农艺性状、种子产量与籽粒营养品质指标进行综合分析得出,‘晋燕17号’‘魏都莜5号’‘迪燕1号’综合性状较好,适宜在陇中黄土高原半干旱区种植及推广。