Investigations on the efficacy of routinely used phenotypic methods compared to genotypic approaches for the identification of staphylococcal species isolated from companion animals in Irish veterinary hospitals

Background

Identification of Staphylococci to species level in veterinary microbiology is important to inform therapeutic intervention and management. We report on the efficacy of three routinely used commercial phenotypic methods for staphylococcal species identification, namely API Staph 32 (bioMérieux), RapID (Remel) and Staph-Zym (Rosco Diagnostica) compared to genotyping as a reference method to identify 52 staphylococcal clinical isolates (23 coagulase positive; 29 coagulase negative) from companion animals in Irish veterinary hospitals.

Results

Genotyping of a 412 bp fragment of the staphylococcal tuf gene and coagulase testing were carried out on all 52 veterinary samples along with 7 reference strains. In addition, genotyping of the staphylococcal rpoB gene, as well as PCR-RFLP of the pta gene, were performed to definitively identify members of the Staphylococcus intermedius group (SIG). The API Staph 32 correctly identified all S. aureus isolates (11/11), 83% (10/12) of the SIG species, and 66% (19/29) of the coagulase negative species. RapID and Staph-Zym correctly identified 61% (14/23) and 0% (0/23) respectively of the coagulase-positives, and 10% (3/29) and 3% (1/29) respectively of the coagulase-negative species.

Conclusions

Commercially available phenotypic species identification tests are inadequate for the correct identification of both coagulase negative and coagulase positive staphylococcal species from companion animals. Genotyping using the tuf gene sequence is superior to phenotyping for identification of staphylococcal species of animal origin. However, use of PCR-RFLP of pta gene or rpoB sequencing is recommended as a confirmatory method for discriminating between SIG isolates.     

哺乳动物性别决定机理及性别鉴定方法研究进展

哺乳动物的性别决定是由SRY基因为调控中心、多基因参与的级联调控过程。本文综述了性别决定基因及其功能、性别决定的分子模型及性别鉴定的方法等方面的研究进展。     

高效脂肪酶产生真菌的筛选、鉴定及产酶条件优化

研究旨在筛选高产脂肪酶活性的菌株,并鉴定其菌属及确定其最佳产酶条件。采集富含油脂的土壤,通过溴甲酚紫平板法进行菌株分离筛选,并采用橄榄油乳化法测定脂肪酶活力。利用真菌ITS序列通用引物进行PCR扩增,将测序结果Blast比对,并建系统发育树。采用正交试验设计优化产酶条件。通过筛选得到1株产脂肪酶的真菌菌株GW-1,经鉴定为黑曲霉Aspergillus niger。经单因素试验和正交试验得到该菌的最佳产酶条件为:葡萄糖0.5%、黄豆粉2.0%、橄榄油1.0%、MgSO4.7H2O 0.1%、pH值9.0、接种量8%、装液量50 ml/250 ml、发酵4 d。在此发酵条件下,其产酶活力可达39.82 U/(ml.min)。试验结果显示,访菌株在产脂肪酶能力上具有显著优越性,且菌株GW-1产酶活力较优化前高出19.96 U/(ml.min),提高了100.50%。     

禽致病性大肠杆菌的分离、O血清群鉴定及药物敏感试验

对2005年5月~2016年3月自河北、山东、河南、江苏、陕西、辽宁等省发病鸡场疑似大肠杆菌病的病死鸡病变部位分离的194株禽致病性大肠杆菌进行了生化特性测定、O抗原血清群鉴定及药敏试验。试验用5种大肠杆菌单因子（O1、O2、O57、O65、O78）阳性血清进行O血清群鉴定,确定了124株O血清群,占鉴定菌株数的63.9%（124/194）,其中O1 3株、O2 26株、O57 15株、O65 47株和O78 33株,O65和O78为优势菌株,而O2和O57血清群菌株次之,O1血清群菌株最少。8种药物（氨苄西林、新霉素、多西环素、磺胺间甲氧嘧啶、替米考星、环丙沙星、头孢噻呋和氟苯尼考）的药敏试验结果表明,受试的5株大肠杆菌分离株均对环丙沙星和新霉素敏感,而对其他药物均有不同程度的耐受。本研究结果表明O65、O78、O2和O57血清群高度流行,为进一步研发多价菌苗奠定了基础。     

一株3型牛腺病毒的分离与鉴定

本研究于2009年由患急性呼吸道疾病牛的鼻拭子中分离获得一株病毒,经形态特征、血清学试验及PCR鉴定表明,该病毒与牛腺病毒3型(BAV-3)相似。对其E2A基因进行序列测定,并与GenBank中登录的BAV1型、3型、4型及人、绵羊、鼠等其它种属来源的腺病毒E2A基因序列进行比对及系统进化分析,结果显示该分离株与BAV-3的同源性为95.5%。经MEGA4软件分析,分离株与BAV-3验证值为100,表明其为BAV-3,并命名为BAV-3HLJ0955株。对该分离株热敏感试验表明,BAV-3 HLJ0955在56℃ 30min可被完全灭活,属于BAV第一群。这是国内首次分离获得BAV-3的报道。     

中国主栽水稻品种微卫星标记数据库的初步构建

以前期筛选的微卫星标记为基础,并在4个染色体上增加新标记,进一步检测了63个主栽常规稻品种和杂交稻亲本,推荐了24个微卫星标记（每条染色体2个）作为水稻品种鉴别的标记;除了63个常规稻品种和杂交稻亲本外,这24个标记还应用于检测41个主栽杂交稻组合,并确定了各个标记在试验材料中检测到的等位基因类型。通过杂交稻组合与其亲本的标记匹配性检验,确认了杂交稻母本的高真实性,提高了恢复系数据的可靠性,剔除了1个假杂交稻,建立了103个水稻材料×24个标记的主栽水稻品种微卫星标记数据库,并分析了数据库中各个标记、各组材料的多态性表现。此外,还讨论了材料真实性和典型性对数据库构建的影响,提出了水稻品种间差异判别标准的建议及其应用风险和解决途径。     

金刺梨黑斑病病原菌的分离及鉴定

金刺梨黑斑病主要于开花期危害幼嫩的果梗,果梗受害后产生黑色干腐病斑,导致整个花序从果梗处脱落。对黑斑病病原菌进行了分离和鉴定,通过形态学特性、致病性测定、rDNA-ITS序列分析,初步确定该病主要由拟茎点霉属(Phomopsis Sacc.)的Phomopsis.capsici真菌引起。     

比格犬皮肤病病原的分离与鉴定

对青岛某犬场一例比格犬皮肤病患犬进行了病原的分离培养以及鉴定。经过皮肤局部观察、寄生虫检查、真菌分离及18SrRNA基因测序、细菌分离及16SrRNA基因测序,结果显示本病例主要致病原因是寄生虫、细菌和真菌的混合感染,其中寄生虫感染以蠕形螨为主,细菌病原包括中间型葡萄球菌、链球菌和乳酸菌,真菌病原主要有隐球菌、青霉菌和念珠菌。调查结果为临床治疗提供了理论依据。     

犬副流感病毒D121004株的分离鉴定及其F基因遗传进化分析

为了给犬副流感病毒(CPIV)疫苗研制提供支持,无菌采集有呼吸道症状病死犬的脑和肺脏样品,处理后接种Marc-145细胞,通过RT-PCR、红细胞吸附试验,对盲传3代的细胞培养液进行鉴定,成功分离到1株CPIV。该病毒能使Marc-145细胞出现细胞病变,且具有吸附鸡红细胞的能力,将其命名为CPIV-D121004株。对该毒株的F糖蛋白全基因进行克隆及核苷酸同源性分析并构建遗传进化树,发现分离株的F基因较为保守,未出现大的遗传变异。今后需要对分离株的免疫原性进行研究,以探究其作为候选疫苗株的潜力。     

江西永修凤凰山桃实腐病病原鉴定

桃实腐病是江西永修凤凰山桃园发生的一种新的重要病害,其主要危害挂果期的果实,严重影响桃产量和品质。病果主要表现为脐部变褐腐烂,并在病部表面密生黑色小点（分生孢子器）,病果易脱落。本文对病果进行了组织分离,对获得的病菌纯培养进行了回接,同时对病菌的形态及大小观察和测量,结果表明引起凤凰山桃实腐病的病原菌为核果果腐拟茎点菌（Phomopsis amygdalina Canonaco）。