Comparison of conventional and molecular techniques to investigate the intestinal microflora of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)

The concept of the use of probiotic organisms or prebiotic compounds to modify the fish gut microflora is becoming a popular topic for investigation. A major flaw in many such studies is a failure to consider fully the nature of the established microflora, which is to be modified pre-, or probiotically. Since it is widely accepted that a large proportion of bacteria are non-culturable, the use of conventional bacteriological (culture) techniques alone to investigate fish intestinal microflora may be expected to bias results. We report a study designed to investigate the normal intestinal microflora of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) using both conventional bacteriological and molecular methods.Over an 18 month period, the intestinal microflora of a single population of laboratory-raised rainbow trout was investigated. Bacteria isolated using bacteriological techniques were identified using the BiOLOG system and 16S rRNA gene sequencing. Dominant bacteria consistently were Aeromonas sp. and Carnobacterium piscicola, demonstrating that the microflora is stable in fish kept in defined conditions. Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) and 16S rRNA gene sequence analysis was used to investigate anaerobic and non-culturable bacteria. An obligate anaerobe, Clostridium gasigenes, was shown to be among the dominating intestinal microflora.     

花生连作障碍发生机理研究进展

连作导致花生产量和品质下降,严重影响了花生持续生产。本文结合20年花生长期定位试验研究,从土壤理化性质恶化、化感自毒作用和微生物区系失衡3个方面系统地综述了花生连作障碍的发生机理,认为花生根际微生态系统综合功能失调是造成花生连作障碍的主要原因,并分别就化感作用、根际分泌物与根际微生物的关系、根际微生物与连作障碍的关系和多因子综合考虑等角度对该领域未来的研究方向进行了展望。     

甘露寡糖和益生菌对肉仔鸡生产性能和肠道菌群的影响

试验研究了同时在日粮中添加甘露寡糖和益生菌对肉仔鸡生产性能和肠道菌群的影响,旨在寻找能够替代抗生素的绿色添加剂。选择1日龄的健康AA肉仔鸡400只,随机分为4组,每组4个重复。第1组为对照组,喂基础日粮,第2、3、4组分别在基础日粮中添加0.1%甘露寡糖、0.1%益生菌、0.1%甘露寡糖＋0.1%益生菌。结果表明,与对照组相比,第2、3、4试验组鸡的平均日增重分别提高了4.09%（P〈0.05）、5.84%（P〈0.05）和8.17%（P〈0.05）;料重比分别较降低了2.42%、2.90%和4.35%,但差异均不显著（P〈0.05）;3个试验组的死亡率均显著低于对照组,其中4组较对照组低50.00%（P〈0.05）,2、3组较对照组低25.00%（P〉0.05）和33.33%（P〈0.05）;第2、3、4试验组的大肠杆菌分别较对照组低13.50%（P〈0.05）、22.04%（P〈0.01）和21.53%（P〈0.01）,乳酸杆菌分别比对照组高12.85%（P〈0.05）、16.12%（P〈0.05）和25.09%（P〈0.01）,双歧杆菌分别比对照组高8.52%（P〈0.05）、9.30%（P〈0.05）和8.07%（P〈0.05）。结果提示,甘露寡糖和益生菌对肉仔鸡的增重效果明显,也能有效改善其肠道内的菌群组成。     

花鲈irak4基因cDNA的克隆与表达分析

该研究基于Illumina MiSeq高通量测序技术,对周期性缺氧应激下花鲈(Lateolabrax maculatus)肠道菌群结构的变化进行分析,为研究其幼鱼肠道菌群对环境缺氧的适应机制提供参考依据。结果显示,周期性缺氧导致花鲈肠道菌群多样性和丰富度显著增加(P<0.05),群落结构复杂化,缺氧组和常氧组群落组成存在较大差异。缺氧组肠道菌群分类操作单元相比常氧组显著增加(P<0.05),其特有操作分类单元 (operational taxonomic unit, OTU)数达1 003个。门分类水平上,变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门为2组肠道菌群的主要组成菌门。与常氧组相比,缺氧组变形菌门相对丰度显著降低(P<0.05),而拟杆菌门相对丰度显著升高(P<0.05);纲水平上,缺氧组α变形菌纲和芽孢杆菌纲相对丰度显著降低(P<0.05),梭菌纲、γ变形菌纲和拟杆菌纲相对丰度显著升高(P<0.05)。此外,周期性缺氧应激还引起花鲈肠道内厌氧绳菌科、毛螺菌科、瘤胃菌科等厌氧或兼性厌氧菌和绿硫菌科等光合产氧菌类相对丰度升高。

     

复合菌系预处理稻秆半连续厌氧发酵产甲烷性能

利用复合菌系预处理稻秆进行半连续厌氧发酵,通过高通量测序和宏基因组技术,研究复合菌系降解稻秆产酸效果,并对微生物菌群结构及功能进行解析,进而将其用于半连续厌氧发酵产甲烷。结果表明:复合菌系对稻秆的降解主要发生在前3 d,稻秆的降解率达到64.05%,复合菌系预处理稻秆12 d,稻秆的降解率达到89.02%,半纤维素、纤维素和木质素的降解率分别达到88.73%、80.51%和62.68%;复合菌系预处理稻秆的代谢产物以乙酸和丁酸为主,其含量分别占总VFAs挥发性脂肪酸的54.51%和29.02%。复合菌系主要由Cellulosilyticum、Prevotella、Pseudomonas、Mobilitalea、Lysinibacillus、Clostridium和Oscillibacter等组成,它们对碳代谢的相对贡献度均在45%以上,其中,Prevotella和Cellulosilyticum对果糖、甘露糖代谢和戊糖转化的相对贡献度最大,分别达到20.90%和11.98%,Pseudomonas对木质素降解的相对贡献度最大,达到7.5%。利用复合菌系预处理稻秆进行半连续厌氧发酵,日产气量、甲烷含量和日甲烷产量分别较对照增加了11.34%、25.24%和34.10%,日甲烷产量始终保持在200 mL/d左右。复合菌系预处理稻秆能有效提高稻秆厌氧发酵产甲烷的效率。     

皱纹盘鲍在转口期阶段肠道菌群结构演替研究

转口期是皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)早期育苗的重要时期,本研究结合16S rDNA高通量测序和生物信息学技术,分析皱纹盘鲍转口前(T0)、转口后第4天(T4)、第10天(T10)、第35天(T35)和第40天(T40)的肠道菌群结构和多样性。结果显示,皱纹盘鲍T35和T40的肠道菌群多样性低于T0和T4。主成分分析(PCA)显示,T0~T4、T35~T40肠道菌群结构相似度高,T10属于转口期肠道菌群演替变化的过渡阶段。鲍转口期肠道内优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes);优势菌属在转口期不同阶段呈现明显的变化,到后期逐渐趋于稳定。Lentilitoribacter是T0和T4的主要优势菌属;到了T10,弓形菌属(Arcobacter)和弧菌属(Vibrio)的相对丰度增加,Lentilitoribacter减少;在转口后期(T35和T40),弧菌属和Formosa则占绝对优势。LEfSe分析共获得59个生物标志物,各个组的生物标志物与其阶段的优势菌群相对应。共发生网络图结果显示,T35阶段的网络关系最为复杂,皱纹盘鲍肠道菌群之间的关系随着转口期的进行发生改变。Tax4Fun功能预测显示,随着转口期的进行,稚鲍肠道菌群所编码的基因多与代谢有关。本研究首次以微生物学的角度揭示了转口期皱纹盘鲍对饵料的适应机制,为皱纹盘鲍的健康养殖奠定了理论基础。     

植物粉剂对肉鸡生长性能、肠道菌群数量和肌肉脂肪酸的影响

文章旨在评估植物粉剂(大蒜粉和石莲花粉)对1～42?d肉鸡生长性能、肠道菌群和肌肉脂肪酸组成的影响.试验选择平均初始体重为(48.33±0.47)g的1日龄商品肉仔鸡640只,随机分为4组,每组5个重复,每个重复32只.对照组饲喂基础日粮,药物组肉鸡饲喂基础日粮,但通过饮水补充2?mg/L维吉尼亚霉素水溶剂,大蒜粉组肉...     

有机肥对连作西瓜生长和土壤微生物区系的影响

在产生西瓜连作障碍土壤上增施有机肥,促进了连作西瓜生长,显著提高了西瓜根系活性,西瓜总根长、根表面积增大,改善了连作西瓜土壤中微生物的数量和区系,细菌和放线菌数量增加显著。4种有机肥料相比,3号、4号肥料优于1号、2号肥料。     

早期断奶对沂蒙黑山羊羔羊生长性能、盲肠短链脂肪酸含量和菌群多样性的影响

为分析早期断奶对沂蒙黑山羊羔羊生长性能、盲肠短链脂肪酸含量和菌群多样性影响,选用0d沂蒙黑山羊羔羊36只,分为2组,对照组和试验组,每组18只羔羊.母乳组(B组)羔羊哺喂母乳,代乳粉组(R组)于8 d起断奶,10 d完全哺喂代乳粉,15 d开始两组均饲喂开食料.在8、10、15、25、45和75 d时每组随机屠宰3头羊...     

酸化剂对早期断奶仔猪胃酸分泌、消化酶活性和肠道微生物的影响

用24头平均体重6.10±0.35kg 的28±1日龄断奶杜×长×大杂交仔猪 ,分成4个处理组 ,分别饲喂玉米—膨化大豆—豆粕型基础饲粮和添加0.6 %HCl、1.5 %柠檬酸、0.25 %复合酸的3种饲粮。结果表明 :在断奶后头2周 ,添加0.6 %HCl、1.5 %柠檬酸、0.25 %复合酸分别提高仔猪日增重5.9 % (P<0.10)、10.5 %(P<0.05)、9.2 %(P<0.05) ,在不同程度上降低了腹泻率 ,对采食量和料肉比没有显著影响 (P>0.10)。添加0.25 %复合酸提高了胃蛋白酶 (P<0.10)和胃酸分泌 (P<0.10) ,显著提高了十二指肠内容物中胰蛋白酶和淀粉酶活性 (P<0.05) ,添加1.5 %柠檬酸有提高上述两种酶活性的趋势 (P<0.15 ,P<0.10) ,但对胃酸和胃蛋白酶分泌没有影响 ,显著降低了结肠大肠杆菌数量 (P<0.05)。此外 ,添加0.25 %复合酸有降低大肠杆菌数量 ,增加乳酸杆菌数量的趋势 (P<0.10)。上述结果表明 ,在早期断奶仔猪饲粮中添加复合酸可刺激胃酸和胃蛋白酶分泌 ,提高十二指肠消化酶活性 ;添加柠檬酸对降低结肠大肠杆菌 ,减少腹泻发生效果显著。添加盐酸可降低仔猪腹泻率 ,提高日增重 ,但效果不及有机酸和复合酸显著