刺参响应灿烂弧菌侵染差异microRNAs鉴定及靶基因分析

microRNA参与基因的转录后调控,在真核生物的生长发育、细胞分化和免疫防御等过程中发挥重要作用。刺参(Apostichopus japonicus)病害问题已成为产业发展的主要限制因素之一,而其病害发生的分子机制尚待进一步完善。本研究以刺参重大疾病“腐皮综合征”的重要致病原灿烂弧菌(Vibrios splendidus)为侵染菌株,通过人工侵染实验制备患病刺参样本,采用miRNA-seq技术对侵染组(PT16S)和对照组(PT10H)各3头刺参的体壁组织进行miRNA测序,通过相关生物信息学软件对miRNAs进行鉴定和分析,筛选差异表达miRNAs (DEmiRNAs)并预测其靶基因,构建关键调控途径的miRNA-mRNA调控网络。结果显示,PT10H组平均得到5 902 588条有效序列,194个已知miRNA和19个新的miRNA;PT16S组平均得到5 053 529条有效序列,182个已知miRNA和42个新的miRNA。对2组鉴定到的miRNA进行差异表达分析,共筛选到2个上调和11个下调的具有显著差异的DEmiRNAs (P≤0.05),上调的DEmiRNAs靶基因预测结合到3010个靶基因,注释到585个GO terms及24条信号通路(P≤0.05),下调的DEmiRNAs靶基因预测到19 072个靶基因,注释到514个GO terms以及22条信号通路(P≤0.05)。对筛选到的DEmiRNAs进行实时荧光定量PCR (qRT-PCR)验证,显示miRNA-seq与qRT-PCR的一致率达到70%。根据KEGG分析结果构建泛素介导的蛋白水解途径和Notch信号通路的miRNA-mRNA调控网络,结果显示,13个DEmiRNAs分别靶向结合134个与泛素介导的蛋白水解相关的mRNAs和109个与Notch信号通路相关的mRNAs,Aja-miR-184、Aja-miR-2478和Aja-miR-9277p等DEmiRNAs可能参与对Notch信号通路和对泛素介导的蛋白水解的调控。相关研究结果将为刺参疾病发生调控网络建立和机制解析提供依据。     

虾夷扇贝高品质脂肪酸闭壳肌家系选育

以虾夷扇贝闭壳肌重量与脂肪酸组成为主要筛选指标,通过对不同选育家系的生长性状进行比较,在筛选出闭壳肌高出柱率家系的同时,以EPA、DHA和ω-3/ω-6脂肪酸比值等重要营养性状作为参考指标进行家系筛选。结果显示,在12个选育家系中,B04、B05、B10家系的出柱率优势最显著;各家系闭壳肌的EPA+DHA占总脂肪酸45%以上,ω-3/ω-6脂肪酸比值范围为10.94~12.69,家系B03、B05、B06、B07、B10、B11与B12在闭壳肌脂肪酸含量上具有更高选育价值;综合分析,判定B05和B10为虾夷扇贝闭壳肌高出柱率且高品质脂肪酸家系。研究表明,虾夷扇贝的生长与闭壳肌的主要脂肪酸组成没有显著相关性,以闭壳肌脂肪酸含量与生长性状指标进行虾夷扇贝复合性状选育是可行的,本研究结果可以为扇贝选择育种工作的深入开展提供科学依据。     

陆地棉REM基因家族全基因组鉴定及表达分析

[目的]REM(Reproductive meristem)基因家族编码一类转录因子在植物生长发育过程中发挥重要作用,但在棉花中未见报道.[方法]基于陆地棉基因组数据和公共数据库中的转录组数据,运用生物信息学方法对陆地棉REM基因家族成员进行系统鉴定,并对该基因家族的理化性质、基因结构、组织表达特异性以及胁迫条件下的表...     

斑马鱼miR-30e对血细胞生成的作用机制研究

microRNA(简写为miRNA)是一类内源基因编码的单链RNA分子,参与转录后基因的表达调控,在血液生成过程中起着重要作用.为研究miR-30e对鱼类血液生成的作用机制,以斑马鱼Danio rerio作为模式生物,针对青藏高原裂腹鱼血液组织中高表达的miR-30e,利用生物信息软件预测斑马鱼miR-30e的靶基因,...     

拟南芥和水稻cystatin基因家族的生物信息学分析

利用已经分离的植物半胱氨酸蛋白酶抑制剂(cystatin)基因的cystatin结构域为检索序列在基因组水平上对拟南芥和水稻中的cystatin基因家族的成员进行分析;同时利用这些基因编码的蛋白质序列构建系统发生树,并对这些蛋白序列的保守序列进行分析;最后在GenBank的EST数据库中查找这些基因的ESTs表达序列。结果表明:1结合结构域的鉴定、多序列联配以及MEME分析最终确定了7个拟南芥和11个水稻的cystatin基因。2系统发生分析表明,cystatin基因的基本特征很可能是在拟南芥和水稻的分离之前就已经形成。3 cystatin结构域在蛋白质间高度保守。4拟南芥和水稻的cystatin基因主要在花、叶、根、种子和愈伤组织中表达,这有助于植物避免昆虫的侵害。     

鱼类microRNA研究进展

microRNA是一种大小为18~25个核苷酸的非编码RNA,调控靶基因的转录后表达,广泛参与多种生理过程。本研究简要综述了microRNA生物学特性、转录后调控机制,详细讨论了第二代测序技术的相关应用、microRNA在鱼类中的表达模式、功能研究,包括渗透压调节、生殖、发育、生长、免疫、代谢等。现有的研究表明,miR-200和miR-30具有调控血浆离子浓度和渗透压平衡的功能;Dicer1是胚胎发育所必需的,在原肠胚时期,miR-20a调节头、眼、脊柱、体节的形态发生,miR-92调控内胚层的形成,miR-10影响体轴形成,miR-219影响头部和尾部细胞的凋亡;miR-122、miR-30、miR-145分别影响肝细胞成熟、肝胆管和肠道发育,miR-138和miR-143调控心脏发育,miR-126、miR-150、miR-451调控血小板、血细胞的发育和成熟,miR-10和miR-126影响血管生成,miR-200、miR-183分别影响嗅觉、听觉系统的发育,多个microRNA参与视网膜、肌肉、鱼鳍、肝脏等器官的再生;miR-133a/b、miR-206抑制肌肉细胞分裂,miR-214、miR-499、miR-199、miR-3906调控快肌纤维和慢肌纤维的生成;miR-430促进原始生殖细胞的生成;多个microRNA参与到禁食和再投喂调控的分解代谢和合成代谢平衡;此外,microRNA通过对免疫因子的调控参与到先天免疫、低氧适应、体色调控、应激反应、肌间刺形成等生理过程中。本研究通过对这些结果进行总结和讨论分析,将有助于对鱼类microRNA研究领域现状的了解和把握,促进鱼类非编码RNA研究的深入。     

近江牡蛎（Crassostrea hongkongensis）家系早期发育生长比较

选取数量性状有较大差异的6个近江牡蛎（Crassostrea hongkongensis）作为亲本,成功建赢了9个半同胞家系,并对各个家系的受精、孵化、成活和早期生长的情况进行比较。结果显示,各家系子代的受精率、9孵化率和成活率均受亲本成熟度的影响;各家系的早期生长中,家系CH1、CH4和CH7的生长率大于其他家系;近江牡蛎幼虫的早期生长阶段受母本效应影响明显。     

青海省海北州麝香资源及其开发利用和发展前景

麝香是由鹿科动物马麝和林麝成熟雄体香囊中的分泌物干燥而成,为我国特产的名贵药材和世界四大名香之一。介绍了马麝和林麝的动物形态特征以及麝香的采集加工方法、商品质量与鉴别方法及产销情况,并展望了麝香的发展前景。     

从生育行为看农村妇女的家庭地位——基于江西X村的研究

通过对农村妇女生育行为及其家庭地位的个案访谈，发现从农村妇女的生育行为，主要是生育孩子的数量和性别，已经无法准确判断她们的家庭地位。即生育行为与妇女的家庭地位之间的联系正在弱化甚至消失，取而代之的是包括妇女的性别意识、经济独立性、知识水平等多方面因素。因此，提高农村妇女家庭地位的途径也变得多样化，其中，增强农村女性自身素质显得尤为重要。