Analysis of genetic variation in eggplant and related Solanum species using sequence-related amplified polymorphism markers

Collection and characterization of all sorts of germplasm resources are required for the development of new cultivars. Molecular characterization is more reliable than morphological characterization. Here, we employed sequence-related amplified polymorphism (SRAP) markers to evaluate genetic variation in a diverse collection of 56 Solanum accessions. Fifty-five SRAP primer combinations were used and a total of 635 polymorphic bands were observed. Cluster analysis by the unweighted pair-group method with arithmetic averages based on similarity matrices indicated that there were three clusters: (i) S. melongena; (ii) S. aethiopicum; (iii) S. surattense. The coefficients of genetic similarity among all the accessions ranged from 0.04 to 0.96 with an average of 0.73, and averaged 0.78 among S. melongena accessions originated from China, indicating extensive genetic variation. These results demonstrated that SRAP can be efficiently used to estimate genetic diversity and analyze phylogenetic relationship.     

基于表型和SRAP 标记的切花菊品种遗传多样性分析

 利用45 个表型性状和SRAP 标记分析56 个切花菊品种的遗传多样性。表型变异分析结果 表明：21 个性状表现出品种内一致性高及品种间特异性强;主成分分析发现,主成分贡献值较大的性状 有花序直径、花序类型和瓣型等花部性状,其次是叶部和茎杆性状,说明所选用的切花菊品种在分类时 应以花部性状为主,叶部和茎杆性状为辅;表型性状基于遗传距离UPGMA 聚类,将56 个切花菊品种分 为平瓣类、匙瓣类、桂瓣类、匙瓣-平瓣类和管瓣类,聚类结果大致按照花径-瓣型-花型分类。14 对 SRAP 引物组合扩增56 个切花菊品种的DNA,共扩增出454 条带,其中多态性带423 条,占扩增带数的 93.17%,多态性含量PIC 值在0.72 ~ 0.89 之间,平均为0.82,说明切花菊品种在分子水平上具有丰富的 遗传多样性。基于SRAP 标记的UPGMA 聚类分析显示：品种间遗传相似系数在0.64 ~ 0.97 之间,将56 个切花菊品种分为平瓣类-匙瓣、桂瓣类和管瓣类,聚类结果大致按照花径-瓣型-花型分类。Mantel 检验相关性系数为0.682,两种聚类结果有相似之处,均能很好体现试验切花菊品种间的遗传关系。     

河北省冬小麦田杂草群落特征

为了明确河北省冬小麦田杂草的群落组成和结构,采用倒置"W"取样法对河北省7个地区146块冬小麦田的杂草进行了调查和物种多样性测度。结果显示,河北省冬小麦田有61种杂草,隶属于21科53属,播娘蒿、打碗花、荠菜、麦瓶草和麦家公是河北省冬小麦田的优势杂草。保定地区麦田杂草群落的物种丰富度最大;沧州地区麦田杂草群落的Shannon-Wiener指数和Pielou指数最大;廊坊地区麦田杂草群落的Gleason指数、Shannon-Wiener指数和Pielou指数最小,优势草种比较突出。经聚类分析和主成分分析,河北省冬小麦田杂草群落分为3组:石家庄、保定、邢台和廊坊的麦田杂草群落中耐旱杂草的相对多度较高;沧州和衡水的麦田杂草群落中耐盐杂草的相对多度较高;邯郸的麦田杂草群落中喜湿杂草的相对多度较高。说明土壤的盐度和湿度是影响河北省冬小麦田杂草群落组成的主要生态因子。     

不同寄主植物对美国白蛾肠道细菌群落的影响

为明确美国白蛾Hyphantria cunea在取食不同寄主植物后其肠道细菌群落的变化情况,采用高通量测序技术分析其肠道细菌16S rDNA的V3～V4区域,分析肠道细菌的多样性、物种组成和菌群结构差异,并对其生物学功能进行预测。结果显示,美国白蛾4龄幼虫在取食不同寄主植物后肠道细菌Shannon多样性指数出现明显差异,由高到低依次为取食寄主法国梧桐Platanus orientalis、柿Diospyros kaki、胡桃Juglans regia、杨树Populus×canadensis和杏Armeniaca vulgaris的群体。美国白蛾肠道优势菌门主要为变形菌门和厚壁菌门,而属分类水平上的物种在不同处理之间存在较大差异,在取食法国梧桐和柿树的美国白蛾肠道中Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia的相对丰度较高,分别为63.16%和34.50%;取食杏树和杨树的美国白蛾肠道优势菌属分别是肠球菌属Enterococcus和肠杆菌属Enterobacter,相对丰度分别为87.58%和37.93%。不同寄主也导致美国白蛾肠道细菌群的组成结...     

基于全基因序列的中国北方3省(区)马铃薯Y病毒遗传多样性分析

本研究以马铃薯Y病毒(PVY)全基因组为基础,分析吉林、黑龙江和内蒙古3省(区)PVY群体遗传多样性和群体分化,并评估突变、重组、选择等遗传力所起的作用。根据已报道的PVY全基因序列保守区设计4对引物,采用片段重叠法对来自内蒙古和吉林的24个PVY分离物全基因序列进行测定,并联合NCBI中已登录的9个黑龙江分离物全基因组序列进行遗传多样性参数评估、群体分化检验和分子变异等分析。结果显示,我国北方3省(区)PVY群体遗传多样性高,其中内蒙古和黑龙江PVY群体遗传多样性高于吉林群体,并且3个群体之间呈现一定程度的遗传分化。分子变异分析发现在PVY基因组中存在1 786个变异位点,表明我国北方3省(区)PVY群体变异程度较高,并且这种高变异度有85.54%来自各个马铃薯种植区内PVY个体的遗传变异。重组分析和系统发育分析发现,我国北方3省(区)PVY群体中重组株系占比高达90.3%,并具有明显的株系多样性,表明PVY重组株系已成为我国北方3省(区)马铃薯种植区的流行株系。选择压力分析显示,使用FEL和IFEL法分别检测出501个和315个净化压力选择位点,这表明3省(区)PVY群体受净化选择压力为主。以上结果表明,中国北方3省(区)PVY群体遗传多样性高,突变、重组和自然选择都对遗传多样性和群体分化存在一定影响。     

沙漠化过程土壤种子库特征的研究

采用野外定点取样与室内萌发实验相结合的方法 ,研究了 4种不同类型退化沙地土壤种子库特征 ,主要结论是 :(1)土壤种子库密度随沙漠化程度的增加而下降 ,不同沙漠化发展阶段下降速率不同 ,从固定到半固定沙地是种子库密度衰减最快的时期 ;(2 )土壤种子库植物种数从固定到半流动沙地变化很小 ,半流动到流动沙地衰减速度明显加快 ,是种子库植物种数衰减最快的时期 ;(3) 4种类型退化沙地土壤种子库的种类组成以 1、2年生草本植物为主 ,所占比例 79%～ 88% ,多年生草本和灌木所占比例很小 ;(4 )土壤种子库物种多样性指数并非随着沙漠化程度的增加而下降 ,其中半流动沙地的物种多样性指数最小 ;(5 ) 4种类型退化沙地土壤种子库组成上的相似性系数变化范围为 0 .82 9～ 1.0 0 0 ,表现出较小的空间异质性。     

巨菌草根际土壤微生物群落代谢功能多样性分析

[目的]研究福州平潭巨菌草根际土壤与非根际土壤微生物对不同碳源利用,明确巨菌草对根际土壤微生物功能多样性的影响,为巨菌草生态治理提供理论依据.[方法]在福州平潭基地采集巨菌草(Pennisetum giganteum)根际土和非根际土壤样品,采用Biolog-ECO技术研究巨菌草根际土与非根际土壤微生物对不同碳源利用特...     

七子花种群遗传多样性和遗传分化的RAPD分析

 利用RAPD技术研究了浙江省9个七子花天然种群的遗传多样性和遗传分化。结果显示, 七子花遗传多样性水平较低, 种群间遗传分化明显, 9个种群可以聚为两个大的分支。分析认为, 七子花自身的生物学特点以及片断化时的取样效应是种群间遗传分化的主要原因。最后提出了两点当前应采取的七子花保护措施。     

玉米抗南方锈病种质标记基因型鉴定与遗传多样性分析

为阐明玉米抗南方锈病种质的标记基因型和遗传背景,利用7个与玉米抗南方锈病3个基因连锁的SSR标记鉴定了38份抗病玉米种质的标记基因型,并采用40个多态性SSR标记对39份抗南方锈病的玉米自交系和6个标准测验种进行了遗传多样性研究。结果表明,7个与抗病基因连锁的SSR标记将38份抗病种质鉴定为17种标记基因型,表明可能存在多样的抗性基因组合方式;辽2204等9份种质仅扩增出齐319的标记基因型,沈136和W456仅扩增出W2D的标记基因型;种质LO932未扩增出与齐319、P25和W2D相同的标记,可能携带新的抗南方锈病基因;相近遗传背景的抗性种质分属不同的标记基因型,表明抗病种质可能携带的抗南方锈病基因在育种选择中发生了分离。40对多态性SSR引物在45份自交系中共检测出115个等位基因变异,平均每对引物检测到2.88个等位基因,变异范围为2~4;平均多态性信息含量为0.4649,变化范围为0.1258~0.6951;通过UPGMA聚类分析,39份抗病材料被划分到以标准测验种为代表的6个杂种优势亚群中,与系谱分析基本一致,这为在育种中合理利用抗源提供了信息。     

宁夏灌区玉米平播密植模式下的农田蛾类多样性研究

为了解宁夏灌区玉米平播密植模式下田间蛾类昆虫的组成及发生时序动态,对灌区玉米田进行灯诱监测,获得蛾类昆虫标本10科42种。明确了该种植模式下蛾类以夜蛾科(Noctuidae)和草螟科(Crambidae)昆虫为主要类群,优势种为旋幽夜蛾(Discestra trifolii)、草地螟(Loxostege sticticalis)、亚洲玉米螟(Ostrinia furnacalis)和小地老虎(Agrotis ypsilon)。刀夜蛾(Simyra nervosa)为宁夏新记录的种类。8月下旬蛾类群落多样性水平最高,Shannon-Wiener指数、均匀度指数、丰富度指数及优势度指数依次为2.509 8、0.868 3、4.492 4、0.089 9。不同阶段蛾类群落相似性水平均很低,其中以7月上旬与7月中旬相似性水平最高,为0.526 3;相异性以6月中旬与7月上旬最高,为0.888 9。