小麦EST-SSR标记的开发和遗传作图

【目的】利用小麦EST序列数据库开发EST-SSR标记。【方法】对GenBank/dbEST注册的普通小麦EST序列(2006.4.18—2007.2.4)进行SSR查找,采用Primer5.0软件设计EST-SSR引物,选用3个小麦品种进行有效性检测,利用RIL群体和Mapmaker/Exp3.0软件进行遗传作图。【结果】在265362条普通小麦EST序列中,共发现6314个SSR,占整个EST数据库的2.38%。其中二核苷酸、三核苷酸重复序列最多,分别为2237(35.43%)和2084(33.01%)个。二核苷酸重复中,以GA/CT和AG/TC出现频率最高、分别占SSR总数的17.85%和10.37%,其次是CA/GT(4.07%)和AC/TG(2.53%);三核苷酸重复中,CAA/GTT(3.93%)、CGG/GCC(3.83%)、CGC/GCG(3.36%)、GGC/CCG(3.14%)、CTT/GAA(2.53%)、TGC/ACG(2.27%)以较高的频率出现。根据筛选得到的微卫星序列共设计了596个EST-SSR引物对,选择其中95分以上的194个合成。PCR检测表明,165个引物对(85%)可以扩增出稳定清晰的带型;在RIL群体中检测到21个EST-SSR引物26个位点有多态性,将其中的23个位点整合到已有的小麦遗传图谱上。【结论】开发了165个小麦EST-SSR新标记,EST序列是小麦SSR标记的重要来源。     

4个加工番茄新品种SSR指纹图谱的构建与品种鉴定

[目的]探明加工番茄主要品种的遗传变异,建立准确高效的种子纯度鉴定方法.[方法]利用SSR引物对4个加工番茄杂交品种及其8个亲本进行PCR扩增,经4;的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,进行带型分析.[结果]从34对SSR引物中筛选出10对扩增产物具有稳定多态性的引物,这些引物分布在番茄整个基因组,每对引物可以检测到2～4个数目不等的多态性片段,共28个多态性片段,平均2.8个,片段大小介于60～150 bp,成功构建出4个加工番茄杂交种及其8个亲本的指纹图谱,并鉴定出了这4个杂交种的共显性标记.[结论]这些标记不仅可用于亲本材料和杂交品种的真伪鉴别,还可为杂交种纯度的鉴定提供可靠的方法,对亲本知识权的保护及杂交种推广具有重要意义.     

黄瓜抗霜霉病的分子标记及相关基因的研究进展

从黄瓜霜霉菌的病原菌和发病特点、发病规律、影响发病的因素、分子标记、抗霜霉病基因相关的分离、鉴定等方面综述了黄瓜抗霜霉病的相关分子生物学领域的研究进展,并对今后的研究方向进行了展望。     

磁珠富集法开发长臀鮠微卫星分子标记

为长臀鮠遗传育种、种质鉴定和种苗流放等提供理论依据,采用磁珠富集法开发长臀鮠(Cranoglanis bouderius)微卫星分子标记,筛选获得阳性克隆进行分析,选取侧翼较长的序列,用Primer Premier 5.0设计合成引物。结果表明:从596个白斑中筛选获得80个阳性克隆,测序获得微卫星序列47个,其中完美型31个(66%),非完美型14个(30%),复合型2个(4%)。设计合成32对引物,通过优化反应条件,得到27对引物能扩增特异条带,其中多态性引物24对。     

基于银鲳RNA－seq数据中SR标记的信息分析

[目的]开发银鲳分子标记技术。[方法]通过对银鲳（Pampus argenteus）进行高通量转录组测序（RNA－seq ）获得银鲳转录组原始试验数据,经过拼接后,获得3715603条unigene序列。采用生物信息学分析软件MISA对所有unigene进行简单重复序列（ simple se-quence repeat,SSR）位点鉴定。同时,利用软件对银鲳转录组SSR的多态性进行评价。[结果]银鲳转录组水平上,共鉴定出107007个SSR位点,分布在97289条unigene中,发生频率为2．62％,SSR平均密度为476个／Mbp。在银鲳转录组SSRs中,单核苷酸与二核苷酸重复序列为主要重复类型,分别占总SSRs的48．14％和34．10％。银鲳转录组数据中SSR序列共包括424种重复基元类型,单核苷酸重复基元A占较高比例,占同一重复类型SSRs的49．57％,二核苷酸重复基元TG／AC和三核苷酸重复基元GAG／AAC是优势重复基元,分别占同一重复类型SSRs的42．43％和9．61％。重复序列长度在12 bp以上的SSR标记位点数占总SSR的76．95％,具有丰富的多态性。[结论]银鲳SSRs位点具有极大的可开发性,可为银鲳遗传多样性研究、遗传图谱构建及分子辅助育种提供有效工具。     

基于表型和SRAP标记的唐菖蒲品种遗传多样性分析

为进一步研究唐菖蒲杂交育种亲本选配和杂种的早期鉴定,以21个唐菖蒲品种为试材,对这些品种的表型性状特征进行聚类分析,并利用SRAP技术对其构建指纹图谱。结果表明:21个品种的表型性状表现出一定的遗传多样性,变异6.78%~147.29%。经过对SRAP-PCR反应条件的优化,从100对引物中筛选出16对引物适用于唐菖蒲PCR反应;通过对21个品种SRAP标记的试验与分析,共在468个位点上扩增出条带,多态性位点411个,平均每个引物组合扩增多态性条带25.7个;基于SRAP标记的UPGMA聚类分析显示,21个品种间Jaccardp’s相似系数0.46~0.75。将2种聚类结果进行比较发现,唐菖蒲品种的分类与表型性状无显著相关性,说明其品种具有复杂的遗传背景。     

利用SSR 标记分析甘蔗重要亲本粤农73-204及其衍生品种的遗传多样性

为深入了解甘蔗重要亲本粤农73-204(YN73-204)及其衍生品种之间的遗传关系,利用SSR标记研究了甘蔗亲本粤农73-204及其衍生系、相关品种共计20份甘蔗材料的遗传多样性.结果显示,52对SSR引物检测到512个变异位点,每对引物平均为9.8个,变幅为5～20个.20份甘蔗材料遗传多样性GS变幅为0.6518～0.9086,整体遗传差异相对较小.54对引物多态性信息含量(PIC)变幅为0～0.50,平均为0.29.UPGMA聚类分析将20份甘蔗材料分成4大类,聚类结果能较好地反映品种之间的遗传关系.     

遗传标记在罗非鱼良种选育研究中的应用与展望

综述了在近些年中传统遗传标记罗非鱼良种选育相关研究中的应用情况,探讨了多种分子标记联合分析的必要性,展示了罗非鱼选育群体基于SSR/AFLP分别计算的Nei(1978)相似性系数比率稳定分布于0.942 07~0.963 70之间,而群体间SSR/AFLP遗传距离比率全都远大于1,具有良好的区分度。综合多种因素,推荐SSR作为罗非鱼良种选育群体遗传多样性水平的常规监测手段。并指出基于DNA序列测定与生物信息学技术开发的新型分子标记类型应当作为未来罗非鱼良种选育研究的重点方向。     

我国紫薇属植物AFLP分子标记体系的优化

以采自广西、云南和河南等地的紫薇属Lagerstroemia植物紫薇L.indica,南紫薇L.subcostata,福建紫薇L.limii和桂林紫薇L.guilinensis叶片为材料,利用改良CTAB（十六烷基三甲基溴化铵）法提取叶片基因组DNA,获得了高质量的紫薇叶片DNA,并以其基因组DNA为模板进行了酶切连接,利用酶切连接的产物稀释一定倍数作为预扩增的模板,最后以稀释一定倍数的预扩增产物进行选择性扩增,进行紫薇和南紫薇的AFLP（扩增片段长度多态性）银染反应体系的优化。AFLP体系中每一步反应都设置了不同的反应体系,采用了160对引物作为初选引物,筛选出了10对适合紫薇基因组扩增的引物。结果表明,适宜紫薇基因组扩增的最佳酶切、预扩增和选择性扩增体系为：酶切连接体系1;预扩体系3;选扩体系3,反应体系中Mg2＋质量浓度为1.2×10-6kg.L-1时扩增效果较好。     

利用微卫星标记分析皖南山区中华蜜蜂遗传多样性

利用23对微卫星标记,对皖南山区中华蜜蜂群体遗传多样性进行分析,评估其群体遗传结构。结果表明：23个微卫星座位中共检测到144个等位基因,等位基因数为2-13,平均等位基因数为6.26;所有位点的平均期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.6058和0.5714,说明皖南山区中华蜜蜂群体遗传多样性较为丰富。