一种提取荒漠拟步甲昆虫基因组DNA的新方法

昆虫基因组DNA的提取是研究昆虫功能基因的关键环节。一些荒漠昆虫个体较小,不易除去的外壳会造成多糖污染,用普通动物组织DNA提取方法效果不佳。通过紫外分光光度测定、凝胶电泳检测、PCR反应及限制性酶切分析表明,CTAB-NaCl法是一种适用于拟步甲科小个体昆虫提取基因组DNA的好方法,蛋白质、多糖及RNA影响很低,完全能够满足后续DNA研究的需求。与传统方法相比简便快速,且成本低,尤其适用于拟步甲科昆虫DNA的分离。     

普通变形杆菌TWN-3株基因组文库构建及免疫印迹筛选

在从患病大口鲇中分离到普通变形杆菌TWN-3株的基础上,将该菌总DNA用EcoRI不完全酶切后,分离5kb左右的片段,连接入pUC18质粒,转化E.coli BL21,构建基因组文库,得到3.6×103个重组子,远大于理论计算的1831个重组子,随机挑选重组子经EcoRI酶切鉴定重组率为100%,文库构建成功;将该菌裂解液与佐剂混合,免疫雄性新西兰大白兔,免疫程序结束后,抽血并分离血清,对用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导后的文库进行免疫印迹筛选,最终得到8个阳性克隆子。本实验为该菌的DNA疫苗以及重要基因表达研究打下基础。     

鱼类细胞肿大病毒属全基因组结构和蛋白功能研究进展

鱼类细胞肿大病毒隶属于虹彩病毒科,是引起重要经济淡水鱼类和海水鱼类死亡的主要病原之一.近年来,由于其对野生和养殖渔业造成的巨大经济损失及其对环境的破坏,受到人们越来越多的关注.目前,细胞肿大病毒属共报道了5株虹彩病毒的全基因组序列,论文就该5株病毒的基因结构特征及其编码的蛋白功能研究进行综述,以期为研究病毒和宿主之间的相互关系提供依据,为虹彩病毒疾病的诊断和防治策略提供参考.     

几种基因差异表达筛选技术在动物发育与繁殖中的最新进展

抑制性消减杂交(SSH)、DNA芯片和基因表达系列分析(SAGE)技术都是高效鉴别不同细胞群之间差异表达基因的方法。作者对这3种方法在动物发育与繁殖领域中的最新应用进展作了简要阐述。     

侵染白菜的黄瓜花叶病毒分离物基因组的全序列分析

对浙江省杭州地区白菜（Brassica campestris L. ssp. chinensis var. commuis Tsen et Lee.）上获得的CMV分离物（CMV-CTL）进行了全长克隆和基因组序列分析。结果显示：CMV-CTL的RNA1（GenBank序列号：EF213023）全长为3357个核苷酸（nt）,编码993个氨基酸（aa）的1a蛋白;RNA2 （GenBank序列号：EF213024）全长为3047 nt ,编码858 aa的2a蛋白和111 aa的2b蛋白;RNA3 （GenBank序列号：EF213025）全长为2217 nt,编码278 aa的MP蛋白和218 aa的CP蛋白。序列相似性分析表明,CMV-CTL与CMV亚组IB中株系IA相似性最高,RNA 1、RNA 2和RNA3与该株系的相似性分别为91.3%、91.3%和93.6%。CP基因和RNA 3 的5' NTR核酸序列系统发生树分析表明,CMV-CTL与中国大多数CMV分离物一样,属于CMV亚组IB。     

甘蔗花叶病毒2个山东分离物的全基因组序列分析

甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)是引起我国玉米矮花叶病的主要病毒。本文从山东泰安采集到2个表现矮花叶症状玉米样品的分离物(命名为DWK1和DWK2),通过RT-PCR扩增全基因组片段并测定了其序列(GenBank登录号分别为KU171814和KU171815)。序列分析结果表明,DWK1和DWK2基因组全长分别为9 575和9 576个核苷酸(nucleotides,nt),开放阅读框均为9 192 nt,编码3 063个氨基酸的多聚蛋白。DWK1和DWK2的全基因组核苷酸一致率为81.7%,DWK1与山西分离物SX(AY569692)的核苷酸一致率最高,为90.9%;DWK2与河北分离物BD8(JN021933)核苷酸一致率最高,达99.4%。二者在系统进化树中分别被聚类到Ⅰ组和Ⅳ组。重组分析发现,DWK1是HN(AF494510)、Guangdong(AJ310105)和BD8 3个分离物的重组体。选择压力分析表明,SCMV 11个蛋白的dN/dS值都小于1,均处于负选择,但在P1、P3和CP中存在正选择位点。本研究结果可为甘蔗花叶病毒株系的监测及防控提供理论指导。     

Development of a 16S rRNA microarray approach for the monitoring of rhizosphere Pseudomonas populations associated with the decline of take-all disease of wheat

So far, the analysis of microbial populations associated with wheat monocropping-induced decline of take-all disease (Gaeumannomyces graminis var. tritici) has focused mainly on culturable biocontrol pseudomonads. The objective of this study was to develop a taxonomic rrs (16S rRNA gene) microarray to assess the changes in Pseudomonas populations taking place during take-all decline. The microarray contains 12 probes for five Pseudomonas phylogenetic clusters chosen because they include well-known plant-beneficial pseudomonads. Four of the clusters are within the ‘Pseudomonas fluorescens’ species complex. PCR primers were selected to target these five clusters, and they were validated using 53 pseudomonads belonging or not to these clusters. Microarray analysis of the pseudomonads enabled discrimination between strains from several Pseudomonas clusters. Rhizosphere samples were collected from field plots grown with wheat for 1 (low level of take-all disease), 5 (high level of disease) or 10 years (low level of disease, suppressiveness reached). Microarray data could distinguish Pseudomonas populations from some of the wheat plants grown in the same plot. When comparing treatments, there was a difference between years 1 and 10. Cloning–sequencing of rrs enabled to define more precisely this difference by identifying two major Pseudomonas populations, one associated with year 1 and the other with year 10 (disease suppressiveness), which represent new clades within the ‘P. fluorescens’ complex. These populations may be useful as soil quality indicators. In conclusion, the combination of microarray and cloning–sequencing approaches highlighted changes in the prevalence of two major Pseudomonas populations, giving new insights on the dynamics of root-associated pseudomonads during take-all decline.     

疑似PMWS患猪中PCV2的分离及全基因组序列分析

将疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)病猪肺脏研磨、过滤除菌后接种无PCV1污染的PK15细胞,盲传4代,用PCR和免疫过氧化物酶单层试验(IPMA)检测。同时,利用所合成的PCV2全长的特异性引物进行病毒基因组全长的扩增及克隆、测序与比对分析。结果显示,不同传代细胞中PCV2核酸均为阳性,且PCV1特异引物检测为阴性,表明分离到的PCV2无PCV1污染,将该毒株命名为PCV2 B1株。序列分析表明,该病毒基因组全长1767 bp,与其他毒株的核苷酸同源性在95.4%~99.8%之间,ORF1的氨基酸的同源性在98.4%~99.7%之间,ORF2的氨基酸的同源性在89.7%~100%,核苷酸和氨基酸的序列与保定株BD1A(DQ910865)的序列最接近。     

利用栽培稻基因组DNA对非洲野生稻进行染色体荧光原位杂交分析

以地高辛标记的栽培稻基因组(基因组为AA)DNA为探针,对非洲野生稻(基因组为BBCC)的体细胞染色体进行荧光原位杂交分析,研究AA染色体组和BBCC染色体组之间的关系,同时对杂交后的染色体进行同源染色体配对。结果表明:栽培稻A基因组和非洲野生稻基因组有较高的同源性,其中高度重复DNA序列在栽培稻和非洲野生稻间具有保守性。     

抗微生物药物残留检测方法研究新进展

抗微生物药物残留检测一直是食品安全监督体系重要的组成部分。为了建立安全、高效、可靠的监测体系,近年来相继出现了一些快速、灵敏、高效的检测方法,极大地促进了抗微生物药物残留检测技术的发展。首先对抗微生物药物残留的安全风险进行了评价,并回顾了近年来抗微生物药物残留检测方法研究的最新进展。最后对生物传感器、色谱-质谱联用、分子印迹聚合物和微阵列芯片检测方法的优缺点进行了比较分析,并对这些技术的发展进行了展望。