一种改进的基因表达数据分类方法

从分类算法和特征基因选择两个方面研究基因表达数据的分类,将传统的Support Vector Machines(SVM)算法和K-nearest neighbor(KNN)算法两者结合成为一种应用于基因表达数据分类的算法,并针对基因表达数据分类数据集“样本少,维数高”的特点,提出了一种改进的基于相关性的递归特征消除算法(简称为C-RFE),消除了数据冗余．实验结果表明,新方法可有效提高分类准确率和特征选取的效率．     

一种改进的基因表达式编程方法及应用

基因表达式编程(GEP)是基于遗传算法和遗传编程的具有更强数据处理和知识发现的进化算法。介绍了传统GEP算法的基本原理和关键技术,针对求解问题时传统GEP存在未成熟收敛和进化后期收敛速度慢等问题,提出了GEP算法的改进方法,并将改进算法应用于函数发现问题中。与传统GEP算法的对比试验表明改进的GEP算法具有更好的求解能力和更高的性能。     

Sequencing, Polymorphism and Expression Profile Analysis of Porcine Hexokinase Ⅱ (HK2) Gene

Hexokinase Ⅱ has been demonstrated to play the role of a key enzyme member in the glycolysis reaction. It catalyzes the conversion of glucose to glucose-6-phosphate, thus committing glucose to the glycolytic pathway. In this paper, the partial exons and introns 10, 11, 13 and 14 of the porcine HK2 gene were cloned and sequenced by comparative genomics.Comparative sequencing of three pig breeds revealed ten putative single-nucleotide polymorphisms (SNPs), one of which in intron 10 with differing bases (G981A) is within the restriction site for enzyme Msp Ⅰ. Distribution of Msp Ⅰ -RFLP genotype and allele frequencies among different pig breeds were studied. By association analysis between Msp Ⅰ PCR-RFLP polymorphism (AA, AB, BB genotypes of HK2 gene intron 10) and some meat quality and carcass traits in F2 group,which was constructed by our laboratory, a significant difference of pig average backfat at rump was found between AB and BB genotypes (P ＜ 0 05) in F2 group. In addition, the pattern of expression of HK2 in a variety of tissues in pig was also determined using semi-quantitative RT-PCR. The expression of HK2 mRNA was detected only in pig skeletal muscle.     

Construction of Recombinant Expression Plasmid pYELmleA of mleA Gene and Expression in Saccharomyces cerevisiae

苹果酸-乳酸酶是进行MLF的功能酶。笔者进行酒酒球菌SD-2a的苹果酸-乳酸酶基因重组表达质粒的构建。利用来自重组质粒pLmleA的，mleA基因，以PGK1强启动子和ADH1终止子为调控元件。以大肠杆菌-酵母菌穿梭质粒YEp352为载体，构建了重组表达质粒pYELmleA，并转化酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)YS58。酵母转化子用含有亮氨酸、组氨酸和色氨酸的YNB平板筛选鉴定。SDS—PAGE检测表明获得的转化子表达了约60KD的目标蛋白。斑点杂交检测表明目的基因mleA转化到受体菌中。获得的转化子在添加了L-苹果酸的培养基中培养4d；取培养液上清用HPLC检测L-苹果酸及L-乳酸含量，采用t检验进行差异显著性分析，结果表明mleA基因进行了功能性的表达，将L-苹果酸转化成L-乳酸，L-苹果酸和L-乳酸含量分别与对照差异极显著和显著，L-乳酸的生成量为1002—1106mg／L。苹果酸的相对降低率为19．16—22．34％。     

大肠杆菌K_(88ac)与LT(A~-B~ )抗原基因质粒在猪霍乱沙门氏菌弱毒株中的表达

应用细菌质粒转化技术,将大肠杆菌K_(?)与LT(A~-B~ )抗原基因重组质粒转入猪霍乱沙门氏菌弱毒菌苗株中.对获得的其中8个转化子进行鉴定的结果表明,转化的细菌仍保持沙门氏菌的形态、生化及抗原特性,同时可稳定地表达K(?)和LT-B两种抗原.用微量间接血凝试验、抗甘露糖豚鼠红细胞凝集试验(MRHA)、ELISA等对转化菌表达的K(?)抗原进行了测定,用间接免疫溶血试验对其表达的LT-B抗原进行了测定.结果,这两种抗原在转化的细菌中均可高效表达.电镜下观察,转化的细菌在其表面形成菌毛样结构.这种转化细菌表现出猪霍乱沙门氏菌与产肠毒素性大肠杆菌的两种抗原特性,为这种双价工程菌苗的研制提供了有价值的候选菌株.本研究结果还表明,猪霍乱沙门氏菌弱毒菌苗株可作为基因转化的有效受体菌.     

西瓜花叶病毒2号外壳蛋白基因克隆及其在大肠杆菌中的表达

以郑州地区西瓜花叶病病叶分离物──西瓜花叶病毒２号（２－ＷＭＶ－）为毒源，从繁殖寄主西葫芦病叶中分离、鉴定了病毒。以病毒基因组ＲＮＡ为模板，逆转录合成ｃＤＮＡ，通过多聚酶链式反应（ＰＣＲ），从ｃＤＮＡ中扩增和克隆了病毒外壳蛋白（ＣＰ）基因，其中包括３’端非编码区，完成了全部核苷酸序列分析。ＣＰ基因全长１０９９个苷耷酸，其中编码区长９０３个核苷酸，编码３０１个氨基酸，３’端非编码区长１９６个核苷酸。Ｚ－ＷＭＶ－２ＣＰ基因的编码区比Ａ－ＷＭＶ－２，Ｕ－ＷＭＶ－２两株系的ＣＰ基因编码区分别长出６０个核耷酸，多编码２０个氨基酸。与两个株系相比，编码区的核昔酸序列同源性分别为８８．５％和８７．０％，氨基酸序列同源性分别为９０．０％和８８．７％，３，端非编码区的同源性分别为６８．３％和７１．８％。若不考虑Ｚ－ＷＭＶ－２多出的６０个核苷酸及２０个氨基酸，则上述同源性依次为９５．４％、９３．７％、９６．４％、９５．０％、８８．８％和９３．４％。构建了含ＷＭＶ－２ＣＰ基因的大肠杆菌表达载体，经聚丙烯酰胺凝胶电泳分析，表达出了与天然病毒外壳蛋白分子量相同的蛋白。     

兔防御素cDNA表达质粒的构建及其表达

将兔防御素（MCP－1）cDNA插入真核表达载体pcDNA3的EcorRⅠ和XbaⅠ酶切位点之间，构建了兔MCP－1cDNA的真核表达质粒pcDEF。通过脂质体转染，使兔MCP－1 cDNA在COS－7细胞中表达，在转染60、84、108h后，提取总RNA。采用RT－PCR，在288bp的位置扩增出1条特异性带；RNA斑点印迹杂交表明，兔MCP－1 cDNA在60、84、108h均有表达。     

NDV融合蛋白裂解位点基因的重组昆虫杆状病毒表达载体的构建与鉴定

将新城疫病毒（ＮＤＶ）Ｆ４６Ｅ９株和ＬａＳｏｔａＥ４株的融合蛋白裂解位点（Ｆｃ）基因从本实验室构建的重组质粒ｐＵＣＦ４６Ｆｃ和ｐＵＣＬａＦｃ中用ＥｃｏＲＩ和ＳａｌⅠ切出。将这２个毒株的Ｆｃ基因定向克隆入昆虫杆状病毒表达载体ｐＳＸＩＶＶＩ＋Ｘ３的ＥｃｏＲＩ和ＳａｌⅠ位点之间，获得２个毒株的Ｆｃ基因克隆ｐＸ３Ｆ４６Ｆｃ和ｐＸ３ＬａＦｃ。重组质粒用ＥｃｏＲＩ／ＳａｌⅠ、ＰｓｔⅠ酶切法、ＰＣＲ和核酸探针法进行了鉴定，证明插入的基因来自ｐＵＣＦ４６Ｆｃ和ｐＵ－ＣＬａＦｃ，插入的位置和方向都正确。这２个载体的构建为Ｆｃ基因在昆虫细胞系统的表达创造了条件。     

人血小板因子Ⅳ在家蚕杆状病毒表达载体系统中的表达

将人血小板因子Ⅳ (HumanPlateletFactorⅣ ,简称hPF4)基因重组于家蚕杆状病毒转移载体pBacPAK8中 ,获得重组转移载体pBacPAK PF4,并与线性化病毒Bm BacPAK6DNA共转染家蚕培养细胞 ,在细胞内发生同源重组 ,获得重组病毒BacPAK PF4。Southern杂交结果表明重组病毒基因组中含有hPF4基因。重组病毒以MOI=10感染家蚕培养细胞 (2× 10 6个细胞 )和家蚕 5龄幼虫 ,表达产物用体外培养的血管内皮细胞测定其生物活性 ,测得表达量在家蚕培养细胞中第 3天达到最高值为 6 0 88μg/ 2× 10 6个细胞 ;在蚕体内表达第 5天达到最高值 ,表达量明显高于家蚕培养细胞     

镉对小鼠卵巢颗粒细胞凋亡的影响研究

为探讨镉对雌性生殖机能的影响,幼鼠皮下注射孕马血清促性腺激素(PMSG),48 h后腹腔注射不同剂量的氯化镉,用琼脂糖凝胶电泳及TUNEL法对卵巢颗粒细胞进行凋亡检测;免疫组织化学法检测颗粒细胞的bax表达。结果显示注射氯化镉后48 h的高、中、低剂量组卵巢颗粒细胞(GC)凋亡率分别为(13.887 1±1.329 9)%、(10.757 3±1.229 3)%(、10.020 8±0.983 7)%,均显著高于对照组(0.637 8±0.387 2)%(P<0.01);96 h对照组GC凋亡率显著升高,高剂量组与其它组间差异明显,中、低剂量组与对照组差异不明显。凝胶电泳仅96 h高剂量组呈现梯状带。48 h、96 h各剂量组bax表达明显高于对照组(P<0.01)。可见镉对卵巢颗粒细胞的凋亡有促进作用,并有一定的剂量相关性;TUNEL法检测细胞凋亡优于电泳法,当细胞凋亡率较低时(<20%),电泳检测不到DNA梯状带;卵巢颗粒细胞凋亡和bax的表达有一定的相关性,随凋亡率的升高bax表达呈上升趋势。